User Tools

Site Tools


informatica:hp_z230_400sb_topspin363_2

Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

Both sides previous revision Previous revision
Next revision
Previous revision
Last revision Both sides next revision
informatica:hp_z230_400sb_topspin363_2 [2021/08/25 10:34]
miquel [exp/stan/nmr/py/user/]
informatica:hp_z230_400sb_topspin363_2 [2021/08/26 16:37]
miquel [Edprobe]
Line 5: Line 5:
   * :ok: edprobe   * :ok: edprobe
     * copiar els fitxers de configuració de les sondes i seleccionar la sonda TBI que està muntada     * copiar els fitxers de configuració de les sondes i seleccionar la sonda TBI que està muntada
-  * :fail: expinstall+  * :ok: expinstall
     * copiar els parameter sets ''~/par/user''     * copiar els parameter sets ''~/par/user''
-  * :failedprosol +  * :okprosol 
-    * comprovar si es poden importar els valors de la darrera instal·lació. +    * copiar els valors de la darrera instal·lació. 
-  * :fail: pulse programs+  * :ok: pulse programs
     * copiar els fitxers de la darrera instal·lació.     * copiar els fitxers de la darrera instal·lació.
-  * :fail: pulse shapes+  * :ok: pulse shapes
     * copiar els fitxers de la darrera instal·lació.     * copiar els fitxers de la darrera instal·lació.
-  * :fail: **PENDENT** iconnmr +  * :ok: compilació dels programes AU amb ''cplbruk all'' i ''cpluser all'' 
-    * importar/copiar els fitxers de la darrera instal·lació.+  * :fail: Variable Temperature Unit (VTU) & EdTE 
 +    la comanda ''edte'' dona un error i la finestra de control de la VTU s'obre però no conté res. 
 +    * **Aquest error es resol instal·lant la versió 3.6.4 del TopSpin.** 
 +  * :ok: topshim 
 +    * no es pot executar fins que es defineixin els pulsos de 2H al PROSOL 
  
 ===== Edprobe ===== ===== Edprobe =====
  
-Les dues sondes disponibles per aquest espectròmetre són,+Les tres sondes disponibles per aquest espectròmetre són,
  
 ^ Nickname                ^ Probe ID        ^ Description                                ^ ^ Nickname                ^ Probe ID        ^ Description                                ^
Line 151: Line 156:
 found /usr/diskless found /usr/diskless
  
-Every non-Bruker file in /home/sermnadmin/.topspin-cie-56-18.uab.cat/ will be saved: +Every non-Bruker file in /home/sermnadmin/.topspin-cie-54-214.uab.cat/ will be saved: 
  
 Every non-Bruker file in /opt/topspin3.6.3/exp/stan/nmr/au/src/ will be saved:  Every non-Bruker file in /opt/topspin3.6.3/exp/stan/nmr/au/src/ will be saved: 
Line 160: Line 165:
 Now writing zip file /opt/topspin3.6.3/nmr_backup/extractedDirectories.zip1... Now writing zip file /opt/topspin3.6.3/nmr_backup/extractedDirectories.zip1...
  
-Every non-Bruker file in /opt/topspin3.6.3/exp/stan/nmr/lists/base_info/ will be saved:  +[...]
- +
-now extracting from dir /opt/topspin3.6.3/exp/stan/nmr/lists/base_info/... +
-  +
- +
-[..]  +
- +
-Every non-Bruker file in /opt/topspin3.6.3/exp/stan/nmr/lists/vd/ will be saved:  +
- +
-now extracting from dir /opt/topspin3.6.3/exp/stan/nmr/lists/vd/... +
-  +
- +
-Every non-Bruker file in /opt/topspin3.6.3/exp/stan/nmr/lists/vp/ will be saved:  +
- +
-now extracting from dir /opt/topspin3.6.3/exp/stan/nmr/lists/vp/... +
-  +
- +
-Every non-Bruker file in /opt/topspin3.6.3/exp/stan/nmr/lists/vt/ will be saved:  +
- +
-now extracting from dir /opt/topspin3.6.3/exp/stan/nmr/lists/vt/... +
-  +
- +
-Every non-Bruker file in /opt/topspin3.6.3/exp/stan/nmr/lists/wave/ will be saved:  +
- +
-now extracting from dir /opt/topspin3.6.3/exp/stan/nmr/lists/wave/... +
-  +
- +
-Now writing zip file /opt/topspin3.6.3/nmr_backup/extractedDirectories.zip7... +
- +
-Every non-Bruker file in /opt/topspin3.6.3/exp/stan/nmr/par/ will be saved:  +
- +
-now extracting from dir /opt/topspin3.6.3/exp/stan/nmr/par/... +
-  +
- +
-Now writing zip file /opt/topspin3.6.3/nmr_backup/extractedDirectories.zip8... +
- +
-Every non-Bruker file in /opt/topspin3.6.3/exp/stan/nmr/py/ will be saved:  +
- +
-now extracting from dir /opt/topspin3.6.3/exp/stan/nmr/py/... +
-  +
- +
-Now writing zip file /opt/topspin3.6.3/nmr_backup/extractedDirectories.zip9...+
  
 Now writing zip file /opt/topspin3.6.3/nmr_backup/nmr_backup_sermnadmin_20210812-1137.zip... Now writing zip file /opt/topspin3.6.3/nmr_backup/nmr_backup_sermnadmin_20210812-1137.zip...
Line 210: Line 174:
 The backup file The backup file
  
-/opt/topspin3.6.3/nmr_backup/nmr_backup_sermnadmin_20210812-1137.zip+/opt/topspin3.6.3/nmr_backup/nmr_backup_sermnadmin_20210826-1027.zip
  
 has been generated! has been generated!
Line 217: Line 181:
 </file> </file>
  
-===== Còpia dels fitxers a les carpetes "exp/stan/nmr/*/user/" =====+===== Còpia dels fitxers de PROSOL ===== 
 + 
 +Copio els fitxers que hi ha a la carpeta ''~topspin/conf/instr/spect/prosol'' de la darrera instal·lació del TopSpin, la 3.6.1. 
 + 
 +===== Còpia dels fitxers a les carpetes "~topspin/exp/stan/nmr/*/user/" =====
  
-Copio els fitxers que hi ha a les carpetes ''exp/stan/nmr/*/user/'' de les dues darreres instal·lacions del TopSpin, la 3.perquè és la que més s'ha fet servir, i la 3.6 instal·lada al maig per si hi hagués algun fitxer nou.+Copio els fitxers que hi ha a les carpetes ''exp/stan/nmr/*/user/'' de les dues darreres instal·lacions del TopSpin, la 3.6.1 instal·lada al maig perquè és la més recent, i la 3.per si de cas conté algun fitxer que no es va importar a la 3.6.1.
  
 ==== exp/stan/nmr/au/src/user ==== ==== exp/stan/nmr/au/src/user ====
Line 238: Line 206:
 ==== exp/stan/nmr/lists/  (multiples carpetes) ==== ==== exp/stan/nmr/lists/  (multiples carpetes) ====
  
-  * Copio els fitxers de /mnt/old-opt/topspin/3.5pl6 +  * Copio els fitxers de /mnt/old-opt/topspin/3.6.1 
-  * **PENDENT** Copio els fitxers de /mnt/old-opt/topspin/3.6+  * **PENDENT** Copio els fitxers de /mnt/old-opt/topspin/3.5pl6 
 + 
 +===== Compilació dels programes AU ===== 
 + 
 +Executo les comandes ''cplbruk all'' per compilar els programes AU de Bruker, i ''cpluser all'' per compilar els de la carpeta ''user''. També es pot fer servir la comanda ''compileall'' per compilar-los tots alhora. 
 +===== Configuració dels paràmetres del client i sistema ===== 
 + 
 +<WRAP todo 100%> 
 +Comprovar i/o completar les dades 
 +</WRAP> 
 + 
 +Un cop completada la configuració del TopSpin amb la comanda ''cf'', a la finestra de //Additional Setups - Important// executo la comanda ''Edcstm'' per entrar la informació sobre el sistema i el client: 
 + 
 +^ Customer Info                                                         || 
 +^ Customer Name *             | Servei de Ressonància Magnètica Nuclear 
 +^ Operator Name               | ---                                      | 
 +^ Company *                   | Universitat Autònoma de Barcelona        | 
 +^ Address                     | Edifici C, Campus de Bellaterra s/n      | 
 +^ Postal Code                 | 08193                                    | 
 +^ City *                      | Cerdanyola del Vallès                    | 
 +^ Country *                   | Catalunya (Spain)                        | 
 +^ Phone Contact Customer *    | +34 93 581 2291                          | 
 +^ Mobile                      | ---                                      | 
 +^ Fax                         | ---                                      | 
 +^ E-Mail *                    | <s.rmn@uab.cat>                          | 
 +^ Bruker Info                                                           || 
 +^ Engineer *                  | Òscar Benítez                            | 
 +^ Office *                    | Bruker Española, S.A.                    | 
 +^ Central Hotline Phone *     | +34 686 944 920                          | 
 +^ Central Hotline E-Mail *    | <oscar.benitez@bruker.com>               | 
 +^ System Info                                                           || 
 +^ Order No. *                 | Instal·lat al 1993                       | 
 +^ Contract Service No         | ---                                      | 
 +^ System Type                 | Avance III 400 MHz SB - SeRMN, UAB       | 
 +^ Console Part and Serial No  | H03128OB / Var 0.00 & 0122 / ECL 01      | 
 +^ Coil                        | BZH 161 40 70B                           | 
 +^ Dewar                       | D 105 52 1275                            | 
 +^ Shim System Offset *        | 769 mm from magnet top / 768 mm          | 
 +^ Shim System Angle           | ---                                      | 
 +^ CryoProbe Order No.         | ---                                      | 
 +^ Location                    | Servei de Ressonància Magnètica Nuclear 
 +^ Register No.                |                                          | 
 + 
 +* Required Fields
  
 ===== Finestra de la BSMS Tool ===== ===== Finestra de la BSMS Tool =====
Line 257: Line 268:
 Executo la comanda ''rsh'' per carregar un dels fitxers de shims més actuals. s'0bre la finestra per seleccionar el fitxer a carregar, trio un i el TopSpin el llegeix sense problemes. Executo la comanda ''rsh'' per carregar un dels fitxers de shims més actuals. s'0bre la finestra per seleccionar el fitxer a carregar, trio un i el TopSpin el llegeix sense problemes.
  
-===== PENDENT: Configuració de l'IconNMR =====+===== TopShim =====
  
-<WRAP todo+<WRAP alert
-Documentar la configuració de l'IconNMR.+Quan provo d'executar la comanda ''topshim'' dona un error perquè els pulsos de 2H no estan definits al PROSOL. 
 +</WRAP> 
 + 
 +===== PROBLEMA - Unitat de temperatura (VTU) ===== 
 + 
 +Provo d'obrir amb la comanda ''edte'' la finestra de control de la Unitat de temperatura (VUT) i em dona un error, 
 + 
 +<file> 
 +Command table does not exist 
 +cmdtab_edte.prop 
 +(Original message = Command table does not exist 
 +cmdtab_edte.prop) 
 + 
 +==================================================== 
 +25 August 2021 15:13:17.353 +0200 
 +Topspin Version  = TopSpin 3.6.3 (of 2021-01-04 15:18:28),build 311 
 +OS Name          = Linux 3.10.0-1160.25.1.el7.x86_64 
 +JVM Version      = 1.8.0_202 (32 bit) Oracle Corporation 
 +JVM Total memory = 235 MB 
 +JVM Free  memory = 155 MB 
 + 
 +Command table does not exist 
 +cmdtab_edte.prop 
 +java.lang.reflect.InvocationTargetException 
 + at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) 
 + at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(NativeMethodAccessorImpl.java:62) 
 + at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(DelegatingMethodAccessorImpl.java:43) 
 + at java.lang.reflect.Method.invoke(Method.java:498) 
 + at de.bruker.nmr.mfw.base.CmdThreadImpl.executeMethod(CmdThreadImpl.java:652) 
 + at de.bruker.nmr.mfw.base.CmdThreadImpl.doJmethod(CmdThreadImpl.java:565) 
 + at de.bruker.nmr.mfw.base.CmdThreadImpl.exec(CmdThreadImpl.java:514) 
 + at de.bruker.nmr.mfw.base.CmdThreadImpl.run(CmdThreadImpl.java:494) 
 +Caused by: de.bruker.nmr.mfw.base.CommandTableDoesNotExistsException: Command table does not exist 
 +cmdtab_edte.prop 
 + at de.bruker.nmr.mfw.base.Comint.<init>(Comint.java:91) 
 + at de.bruker.nmr.sc.vtu.ContPanel.<init>(ContPanel.java:81) 
 + at de.bruker.nmr.sc.vtu.Starter.createApplFrame(Starter.java:176) 
 + ... 8 more 
 +</file> 
 + 
 +i la finestra que s'obre no conté res. Comprovo que hi ha un fitxer amb aquest nom 
 + 
 +<file> 
 +# ls -/opt/topspin3.6.3/classes/prop/cmdtab_edte.prop  
 +-rw-rw-rw-. 1 nmrsu nmrsu 2427 Jan  4  2021 /opt/topspin3.6.3/classes/prop/cmdtab_edte.prop 
 +</file> 
 + 
 +Comprovo els permisos dels fitxers a ''/opt/topspin3.6.3/exp/stan/nmr/lists/eurotherm'' i trobo que el fitxer ''EdteLogSettings.txt'' té permisos incorrectes, 
 + 
 +<file> 
 +# ls -ld /opt/topspin3.6.3/exp/stan/nmr/lists/eurotherm/ 
 +drwxrwxrwx. 7 nmrsu nmrsu 95 Aug 25 11:08 /opt/topspin3.6.3/exp/stan/nmr/lists/eurotherm/ 
 + 
 +# ls -l /opt/topspin3.6.3/exp/stan/nmr/lists/eurotherm/                                                                                       
 +total 4 
 +drwxrwxrwx. 2 nmrsu nmrsu  44 Jun  7  2019 config 
 +drwxrwxrwx. 2 nmrsu nmrsu   6 Aug 23 13:47 corr 
 +-rw-rw-rw-. 1  1003  1003 345 Aug 21  2019 EdteLogSettings.txt 
 +drwxrwxrwx. 2 nmrsu nmrsu   6 Aug 23 13:47 hex 
 +drwxrwxrwx. 2 nmrsu nmrsu   6 Aug 23 13:47 record 
 +drwxrwxrwx. 2 nmrsu nmrsu   6 Aug 23 13:47 tcf 
 +</file> 
 + 
 +El corregeixo, però això no resol el problema, 
 + 
 +<file> 
 +# chown nmrsu:nmrsu /opt/topspin3.6.3/exp/stan/nmr/lists/eurotherm/EdteLogSettings.txt  
 + 
 +# ls -l /opt/topspin3.6.3/exp/stan/nmr/lists/eurotherm/EdteLogSettings.txt  
 +-rw-rw-rw-. 1 nmrsu nmrsu 345 Aug 21  2019 /opt/topspin3.6.3/exp/stan/nmr/lists/eurotherm/EdteLogSettings.txt 
 +</file> 
 + 
 +<WRAP important> 
 +**Aquest error es resol instal·lant la versió 3.6.4 del TopSpin** 
 + 
 +<blockquote> 
 +4.1   Bug Fixes in TopSpin 
 + 
 +  * SKB-230: Fixed an error in edte stating that BVT units were not supported 
 + 
 +<cite>TopSpin. Release Letter 3.6.4- User Manual Version 003. July 19, 2021.</cite> 
 +</blockquote>
 </WRAP> </WRAP>
  
informatica/hp_z230_400sb_topspin363_2.txt · Last modified: 2021/08/26 17:06 by miquel