User Tools

Site Tools


informatica:hp_z230_400sb_topspin364_1

Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

Both sides previous revision Previous revision
Next revision
Previous revision
Last revision Both sides next revision
informatica:hp_z230_400sb_topspin364_1 [2021/08/26 13:34]
miquel [Instal·lació del Topspin 3.6.4]
informatica:hp_z230_400sb_topspin364_1 [2021/08/26 16:31]
miquel [Fitxers de configuració de les connexions RS232]
Line 110: Line 110:
  
 Per acabar premo el botó <key>Finish</key> i surto del programa d'instal·lació. Per acabar premo el botó <key>Finish</key> i surto del programa d'instal·lació.
 +
 +===== Posada en funcionament del TopSpin 3.6.4 =====
 +
 +Abans de posar en marxa per primer cop aquesta versió del TopSpin, visito l'adreça web de l'IPSO (http://149.236.99.90/) per comprovar que s'hagi reiniciat correctament i que estigui en funcionament.
 +
 +També comprovo l'estat de TFTP i, com que està inactiu, l'engego, però abans el configuro perquè es posi en marxa automàticament (''systemctl enable tftp''),
 +
 +<file>
 +# systemctl status tftp
 +● tftp.service - Tftp Server
 +   Loaded: loaded (/usr/lib/systemd/system/tftp.service; indirect; vendor preset: disabled)
 +   Active: inactive (dead)
 +     Docs: man:in.tftpd
 +
 +# systemctl enable tftp                                                                                                                                    
 +Created symlink from /etc/systemd/system/sockets.target.wants/tftp.socket to /usr/lib/systemd/system/tftp.socket.
 +
 +# systemctl start tftp                                                                                                                                     
 +
 +# systemctl status tftp                                                                                                                                    
 +● tftp.service - Tftp Server
 +   Loaded: loaded (/usr/lib/systemd/system/tftp.service; indirect; vendor preset: disabled)
 +   Active: active (running) since Thu 2021-08-26 16:02:06 CEST; 2s ago
 +     Docs: man:in.tftpd
 + Main PID: 13576 (in.tftpd)
 +   CGroup: /system.slice/tftp.service
 +           └─13576 /usr/sbin/in.tftpd -s /var/lib/tftpboot
 +
 +Aug 26 16:02:06 cie-54-214.uab.cat systemd[1]: Started Tftp Server.
 +</file>
 +
 +==== Copia de la configuració de l'espectròmetre ====
 +
 +Com que no s'ha copiat la configuració de l'espectròmetre a TopSpin 3.6.3 durant la instal·lació de la versió 3.6.4, copio a mà les següents carpetes,
 +
 +  * ''/opt/topspin3.6.3/conf/instr/spect''
 +  * ''/opt/topspin3.6.3/conf/instr/curinst''
 +  * ''/opt/topspin3.6.3/conf/instr/probeheads''
 +  * ''/opt/topspin3.6.3/conf/instr/probehead''
 +
 +dins la carpeta ''/opt/topspin3.6.4/conf/instr/''.
 +
 +==== Posada en marxa del TopSpin ====
 +
 +Poso en marxa per primer cop el TopSpin, detecta la consola, i arrenca amb la "spectrometer service license",
 +
 +<file>
 +$ ./topspin -d
 ++ shift
 ++ test 0 '!=' 0
 ++ StartCpr
 ++ AssertUserIsNotRoot
 +++ whoami
 ++ '[' 1 = 1 -a sermnadmin = root ']'
 ++ ImportJavaEnv
 ++ . /opt/topspin3.6.4/javaenv.sh
 +++ SYSTEM_PROPS='-DsecondVirtualMachine=n -DXWINNMRHOME="/opt/topspin3.6.4" -DCOMPUTERNAME=cie-54-214 -DUSERHOME_DOT_TOPSPIN="/home/sermnadmin/.topspin-cie-54-214" -Duser.language= -Dawt.useSystemAAFontSettings=lcd'
 +++ SYSTEM_PROPS='-DsecondVirtualMachine=n -DXWINNMRHOME="/opt/topspin3.6.4" -DCOMPUTERNAME=cie-54-214 -DUSERHOME_DOT_TOPSPIN="/home/sermnadmin/.topspin-cie-54-214" -Duser.language= -Dawt.useSystemAAFontSettings=lcd -Djava.endorsed.dirs="/opt/topspin3.6.4/classes/lib/jacorb" -DTOPSPIN_COMM_DEBUG=0'
 +++ case $OS in
 +++ ShLibExt=.so
 +++ export JAVA=/opt/topspin3.6.4/jre/bin/java
 +++ JAVA=/opt/topspin3.6.4/jre/bin/java
 ++++ quote /opt/topspin3.6.4/jre/bin/java
 ++++ case "$1" in
 ++++ echo /opt/topspin3.6.4/jre/bin/java
 +++ JAVA=/opt/topspin3.6.4/jre/bin/java
 +++ SYSTEM_PROPS='-DsecondVirtualMachine=n -DXWINNMRHOME="/opt/topspin3.6.4" -DCOMPUTERNAME=cie-54-214 -DUSERHOME_DOT_TOPSPIN="/home/sermnadmin/.topspin-cie-54-214" -Duser.language= -Dawt.useSystemAAFontSettings=lcd -Djava.endorsed.dirs="/opt/topspin3.6.4/classes/lib/jacorb" -DTOPSPIN_COMM_DEBUG=0 -Djava.util.Arrays.useLegacyMergeSort=true'
 +++ MEMORY='-Xms64M -Xmx200M'
 +++ MEMORY='-Xms64M -Xmx200M -XX:+HeapDumpOnOutOfMemoryError'
 +++ test '' = cmca
 +++ SPLASH_OPTIONS=-splash:/opt/topspin3.6.4/classes/prop/loadinggraphic_600.png
 +++ JAR='"/opt/topspin3.6.4/classes/lib/topspin.jar"'
 +++ START_CLASS=bruker.bio.start.topspin.Start
 +++ test '' = ICONIFIED
 +++ VERIFY=-Xverify:none
 +++ test -z ''
 +++ test -z ''
 +++ export 'JAVA_ARGS=-splash:/opt/topspin3.6.4/classes/prop/loadinggraphic_600.png -Xms64M -Xmx200M -XX:+HeapDumpOnOutOfMemoryError   -Xverify:none -DsecondVirtualMachine=n -DXWINNMRHOME="/opt/topspin3.6.4" -DCOMPUTERNAME=cie-54-214 -DUSERHOME_DOT_TOPSPIN="/home/sermnadmin/.topspin-cie-54-214" -Duser.language= -Dawt.useSystemAAFontSettings=lcd -Djava.endorsed.dirs="/opt/topspin3.6.4/classes/lib/jacorb" -DTOPSPIN_COMM_DEBUG=0 -Djava.util.Arrays.useLegacyMergeSort=true -jar "/opt/topspin3.6.4/classes/lib/topspin.jar"'
 +++ JAVA_ARGS='-splash:/opt/topspin3.6.4/classes/prop/loadinggraphic_600.png -Xms64M -Xmx200M -XX:+HeapDumpOnOutOfMemoryError   -Xverify:none -DsecondVirtualMachine=n -DXWINNMRHOME="/opt/topspin3.6.4" -DCOMPUTERNAME=cie-54-214 -DUSERHOME_DOT_TOPSPIN="/home/sermnadmin/.topspin-cie-54-214" -Duser.language= -Dawt.useSystemAAFontSettings=lcd -Djava.endorsed.dirs="/opt/topspin3.6.4/classes/lib/jacorb" -DTOPSPIN_COMM_DEBUG=0 -Djava.util.Arrays.useLegacyMergeSort=true -jar "/opt/topspin3.6.4/classes/lib/topspin.jar"'
 ++ '[' '!' -z '' ']'
 ++ StartProgram /opt/topspin3.6.4/prog/mod/cpr -c demo
 ++ '[' /opt/topspin3.6.4/prog/mod/cpr = topspin ']'
 ++ case "$machine" in
 ++ export LD_LIBRARY_PATH=/opt/topspin3.6.4/prog/shlib
 ++ LD_LIBRARY_PATH=/opt/topspin3.6.4/prog/shlib
 ++ Program=/opt/topspin3.6.4/prog/mod/cpr
 ++ shift
 +++ dirname /opt/topspin3.6.4/prog/mod/cpr
 ++ d=/opt/topspin3.6.4/prog/mod
 ++ '[' /opt/topspin3.6.4/prog/mod = . ']'
 ++ '[' '!' -f /opt/topspin3.6.4/prog/mod/cpr ']'
 ++ '[' '!' -x /opt/topspin3.6.4/prog/mod/cpr ']'
 ++ MyExec /opt/topspin3.6.4/prog/mod/cpr -c demo
 ++ exec /opt/topspin3.6.4/prog/mod/cpr -c demo
 +TopSpin 3.6.4  -  Copyright (C) 2021 Bruker BioSpin GmbH
 +Installation directory: "/opt/topspin3.6.4"
 +Waiting for CodeMeter license
 +
 +2021-08-26 15:57:11.616 +0200
 +Cannot checkout TopSpin CodeMeter license
 +No matching license entry found for feature "TOPSPIN3" mapped to product code 1011013000 .
 +CmContainer Entry not found, Error 200.
 +
 +CodeMeter Runtime Version: 7.10.4196
 +empty CodeMeter Server Search List Configuration
 +
 +      If your workstation controls the spectrometer,
 +      you may run the program without license.
 +      This requires the acquisition server to be ready.
 +
 +checking connection to spectrometer (may last several minutes)
 +CPR : 2021-08-26 15:57:13.104 +0200 
 +      TopSpin is currently running under
 +      the spectrometer service license.
 +      Please apply to receive a correct
 +      license for your workstation
 +      using the online license form:
 +      https://www.bruker.com/nmr_license_requests.html
 +</file>
 +
 +===== Configuració de l'espectròmetre =====
 +
 +Un cop es posa en marxa el TopSpin, s'obre una finestra on posa que cal executar ''cf'' i després ''expinstall'' per completar la instal·lació.
 +
 +Executo ''cf'' i trio la configuració d'espectròmetre importada **Avance III 400 (configured in spect)**, la carrega i vaig passant pàgines alhora que comprovo que no surti cap missatge d'error.
 +
 +  * Spectrometer Description
 +    * Description:  Avance III 400 MHz SB - SeRMN, UAB
 +  * Spectrometer Data
 +    * 1H Spectrometer frequency:  400.130 MHz
 +  * Security Options
 +    * Enable power check:  yes (option checked)
 +  * Optional Standard Devices
 +    * MAS2 control unit: connected to: tty05
 +    * Eurotherm VTU: device connected to: tty04
 +
 +I només surt un error
 +
 +<WRAP alert>
 +<file>
 +Error setting parameter "LIFTMODE": Parameter does not exist
 +(Original message = Error setting parameter "LIFTMODE": Parameter does not exist)
 +
 +====================================================
 +26 August 2021 16:17:50.630 +0200
 +Topspin Version  = TopSpin 3.6.4 (of 2021-07-26 14:56:34),build 95
 +OS Name          = Linux 3.10.0-1160.25.1.el7.x86_64
 +JVM Version      = 1.8.0_242 (64 bit) AdoptOpenJDK
 +JVM Total memory = 236 MB
 +JVM Free  memory = 142 MB
 +
 +java.lang.Exception: Stack trace
 + at bruker.bio.topspin.bfw.gui.warn.AbstractMessage.getDetailsString(AbstractMessage.java:875)
 + at bruker.bio.topspin.bfw.gui.warn.AbstractMessage.setMsgSource(AbstractMessage.java:837)
 + at bruker.bio.topspin.bfw.gui.warn.AbstractMessage.<init>(AbstractMessage.java:821)
 + at de.bruker.nmr.mfw.base.BWarning.<init>(BWarning.java:59)
 + at de.bruker.nmr.mfw.base.BError.<init>(BError.java:50)
 + at de.bruker.nmr.sc.util.Misc.makeDialog(Misc.java:119)
 + at de.bruker.nmr.sc.util.Misc.showMsg(Misc.java:98)
 + at de.bruker.nmr.sc.util.Misc.showMsg(Misc.java:72)
 + at de.bruker.nmr.sc.util.Misc.showMsg(Misc.java:59)
 + at de.bruker.nmr.sc.bsms.impl.BsmsCorbaUtil$1.run(BsmsCorbaUtil.java:147)
 + at java.lang.Thread.run(Thread.java:748)
 +</file>
 +</WRAP>
 +
 +==== Fitxer "uxnmr.info" ====
 +
 +<file>
 +# cat uxnmr.info 
 +CONFIGURATION INFORMATION
 +=========================
 +
 +Path         : /opt/topspin3.6.4/conf/instr/spect/uxnmr.info
 +Date         : Thu Aug 26 16:17:50 2021
 +Release      : TopSpin 3.6.4
 +Installed in : /opt/topspin3.6.4
 +Host         : cie-54-214.uab.cat
 +OS           : CentOS Linux release 7.9.2009 (Core)
 +CPU          : Intel(R) Xeon(R) CPU E3-1246 v3 @ 3.50GHz (8 cores at 3500 MHz with Hyperthreading)
 +User         : sermnadmin (SeRMN Staff)
 +System       : Avance III 400 NMR spectrometer
 +1H-frequency : 400.13 MHz
 +Description  : Avance III 400 MHz SB - SeRMN, UAB
 +Bruker Order : Instal·lat al 1993
 +Configured in: cie-54-214.uab.cat:/opt/topspin3.6.4/conf/instr/spect
 +
 +IPSO: connected to spectrometer subnet
 +- TCP/IP address = 149.236.99.90
 + - IPSO type: AQS
 +- Tctrl : 1
 +- Fctrls: 2
 +- Gctrl1: with digital preemphasis
 +- Rctrl : 1
 +- FREDs : none
 +- DPP : 1
 +
 +DRU1: AQS DRU Z100977/00582 ECL 04.00
 +- TCP/IP address = 149.236.99.89
 +- Firmware Version = 170619
 +- DRU1 controls AQS-Rack and HPPR/2
 +
 +AQS: connected to 149.236.99.89:/dev/tty10
 +  _Slot_ SBSB _____________________Board_____________________
 +  Number Addr Type HW-VS FW-VS ID  ECL Name   Description
 +  -----------------------------------------------------------
 +       0x10 0x72   0x3    AW  R  3.0 REC-1  AQS RXAD400 Z102116/705 ECL 03.00
 +       0x34  0x2   0x1        X  5.0 REF-1  REF-400 Reference Board for AQS Receiver
 +       0x24 0x11   0x8    AE  S  2.0 SGU-1  AQS SGU/2 400 Z103080/00351 ECL 02.00 FPGA-Vs=AF
 +       0x25 0x11   0x8    AE  S  2.0 SGU-2  AQS SGU/2 400 Z103080/00340 ECL 02.00 FPGA-Vs=AF
 +       0x36  0x5            A  6.0 BLA-1  BLA2BB 150/60 20-400 W1345049/1817 ECL 6
 +    21   0x21 0xcf            P  1.0 PSD-1  PSD/3 Power Supply Distribution Board
 +    --   0x20 0xd1            B  2.0 MASTER AQS/3 Chassis
 +       0x20  0x7            B      MASTER AQS Rack Master
 +  Logical Receiver/SGU configuration:
 +
 +Router: 1 AQS-Minirouter
 +
 +Amplifiers (AQS configuration):
 +  RO  Amplifier  Module  Nucleus  Power/ Switchbox Name PN/SN/FW
 +        1                B      150    N         BLA2BB 150/60 20-400 W1345049/1817/-
 +        1                B       60    N         BLA2BB 150/60 20-400 W1345049/1817/-
 +        2               2H       20    N         2HTX in BSMS -/-/-
 +
 +Gradient amplifiers at the spectrometer subnet:
 +----------------------------------------------
 +BGA1: BGA_W1213891_0040
 +- TCP/IP address   = 149.236.99.92
 +- Firmware version = 20080206
 +- Web version      = 1.1
 +- Current limits   = 0.0/X, 0.0/Y, -10.0/Z (in A)
 +
 +BSMS: BSMS/2 connected to ethernet
 +- TCP/IP address = 149.236.99.20
 +- ELCB firmware version = 20150423
 +- SCB channels = 20
 +- Shim System = BOSS1-SB
 +- 2HTX Amplifier: available
 +- Lock: installed
 +
 +MAS2 control unit: connected to 149.236.99.90:/dev/tty05
 +- Boot Software        : 20031216
 +- Application Software : 20120329
 +- Insert Time          : 10 s
 +- Eject Time           : 10 s
 +- Spin Lock Tolerance  : 5 Hz
 +
 +Eurotherm VTU: device connected to 149.236.99.90:/dev/tty04
 +
 +Preamplifiers :
 +HPPR2: - HPPR/2 preamplifier connected to 149.236.99.89:/dev/tty10
 +    Type      : HPPR/2
 +    Controller: Cover/1 with Application firmware = AQ
 +                15 LEDs for tuning, 15 LEDs for matching
 +    Module  1 : 1H/2H 1H (virtual 50 Ohm reference: 274.9%/85.9deg)
 +                PN=Z003959, SN=00418 from 20070319
 +    Module  2 : 1H/2H 2H (virtual 50 Ohm reference: 116.6%/-71.1deg)
 +                PN=Z003959, SN=00418 from 20070319
 +    Module  3 : XBB19F 2HS
 +                PN=Z003504, SN=00415 from 20070425
 +
 +Gradient Controller cable connections
 +--------------------------------------------------------------------
 +GCtrl1: connected via DPP to GREAT 1-10 Gradient Amplifier Unit W1213891/0040
 +
 +RF cable connections (assumed)
 +--------------------------------------------------------------------
 +SGU1 NORM output -> input 2 of transmitter 1 (BLA2BB 150/60 20-400 W1345049/1817)
 +SGU1 AUX  output -> input 1 of transmitter 2 (2HTX in BSMS)
 +SGU2 NORM output -> input 3 of transmitter 1 (BLA2BB 150/60 20-400 W1345049/1817)
 +SGU2 AUX  output -> TUNE signal input of HPPR
 +
 +Blanking cable connections (assumed)
 +--------------------------------------------------------------------
 +transmitter 1 = BLA2BB 150/60 20-400 W1345049/1817:
 +- amplifier B-150W uses blanking 1
 +- amplifier B-60W uses blanking 2
 +
 +transmitter 2 = 2HTX in BSMS:
 +- amplifier 2H-20W uses blanking 3
 +</file>
 +
 +==== Fitxers de configuració de les connexions RS232 ====
 +
 +La configuració de les connexions per port sèrie (RS232) és la mateixa que a la versió 3.6.3 perquè he copiat els fitxers de configuració,
 +
 +  * ''~topspin/conf/instr/spect/rs232_device/aqs''
 +  * ''~topspin/conf/instr/spect/rs232_device/mas''
 +  * ''~topspin/conf/instr/spect/rs232_device/mas2''
 +  * ''~topspin/conf/instr/spect/rs232_device/preamp1''
 +  * ''~topspin/conf/instr/spect/rs232_device/temp''
 +</file>
 +
informatica/hp_z230_400sb_topspin364_1.txt · Last modified: 2021/08/26 16:31 by miquel