SeRMN Wiki

User Tools

Site Tools

You are here: sermn_wiki » informatica » hp_z400_600_topspin363_1
Trace:
informatica:hp_z400_600_topspin363_1

Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

Both sides previous revision Previous revision
Next revision 		Previous revision
Last revision Both sides next revision
informatica:hp_z400_600_topspin363_1 [2021/08/19 13:05]
miquel [Avance III 600 MHz - Instal·lació del Topspin 3.6.3] 		informatica:hp_z400_600_topspin363_1 [2021/08/19 16:06]
miquel [Configuració de l'espectròmetre]
Line 1: Line 1:
 ====== Avance III 600 MHz - Instal·lació del Topspin 3.6.3 ====== ====== Avance III 600 MHz - Instal·lació del Topspin 3.6.3 ======
 +
 +===== Instal·lació del Topspin 3.6.3 =====
  
 Instal·lo el TopSpin 3.6.3 a partir del fitxer d'instal·lació descarregat al maig i que es va fer servir per instal·lar el programa a l'antic disc dur. Instal·lo el TopSpin 3.6.3 a partir del fitxer d'instal·lació descarregat al maig i que es va fer servir per instal·lar el programa a l'antic disc dur.
Line 51: Line 53:
  
 Per acabar premo el botó <key>Finish</key> i surto del programa d'instal·lació. Per acabar premo el botó <key>Finish</key> i surto del programa d'instal·lació.
 +
 +===== Posada en funcionament del TopSpin 3.6.3 =====
 +
 +Poso en marxa el TopSpin per primer cop, i no detecta la consola,
 +
 +<file>
 +TopSpin 3.6.3  -  Copyright (C) 2021 Bruker BioSpin GmbH
 +Installation directory: "/opt/topspin3.6.3"
 +Waiting for CodeMeter license
 +
 +2021-08-11 12:57:11.846 +0200
 +Cannot checkout TopSpin CodeMeter license
 +No matching license entry found for feature "TOPSPIN3" mapped to product code 1011013000 .
 +CmContainer Entry not found, Error 200.
 +
 +CodeMeter Runtime Version: 7.10.4196
 +empty CodeMeter Server Search List Configuration
 +
 +      If your workstation controls the spectrometer,
 +      you may run the program without license.
 +      This requires the acquisition server to be ready.
 +
 +checking connection to spectrometer (may last several minutes)
 +no spectrometer service license available
 +</file>
 +
 +segurament perquè cal reiniciar-la perquè es descarregui el nou //diskless// (i llavors també caldrà veure quina adreça IP té i editar ''/etc/hosts'' si ha canviat), però malgrat tot, s'obre la finestra per acceptar la llicència del programa i, després d'acceptar-la, s'obre una finestra on posa que no hi ha cap llicència disponible i mostra les diferents opcions per aconseguir-ne una.
 +
 +Premo el botó <key>Exit</key> i es tanca el TopSpin.
 +
 +Per resoldre el problema amb la xarxa de l'espectròmetre obro el programa ''Wireshark'' per capturar i examinar els paquets a la xarxa de l'espectròmetre. El primer que veig és que l'IPSO pregunta per la IP 149.239.99.90, però que al fitxer ''/etc/hosts'' ''spect'' té assignada l'adreça 149.236.99.99. Canvio l'adreça IP
 +
 +<file>
 +# cat hosts
 +## 127.0.0.1   localhost localhost.localdomain localhost4 localhost4.localdomain4
 +### ::1        localhost localhost.localdomain localhost6 localhost6.localdomain6
 +
 +127.0.0.1       localhost localhost.localdomain
 +158.109.56.18   cie-56-18.uab.es        cie-56-18       av3-600
 +
 +# The following lines are related to Bruker NMR spectrometers
 +# DO NOT REMOVE THEM.
 +#
 +# An older TS version?
 +# 149.236.99.99   spect
 +
 +# TS 3.6.3
 +149.236.99.90   spect
 +
 +149.236.99.1    ASP_ST2
 +
 +[...]
 +</file>
 +
 +i a Wireshark puc veure que ja s'estableix la correspondència entre adreça IP i MAC, i que l'IPSO sol·licita descarregar-se el seu sistema operatiu PXE/PXELinux, però que no ho aconsegueix, potser perquè cal configurar o activar el servidor o servei (tftp? bootparams?).
 +
 +Comprovo l'estat de TFTP i, com que està inactiu, l'engego
 +
 +<file>
 +# systemctl status tftp
 +● tftp.service - Tftp Server
 +   Loaded: loaded (/usr/lib/systemd/system/tftp.service; indirect; vendor preset: disabled)
 +   Active: inactive (dead)
 +     Docs: man:in.tftpd
 +[root@cie-56-18 etc]# 
 +[root@cie-56-18 etc]# 
 +[root@cie-56-18 etc]# systemctl start tftp
 +[root@cie-56-18 etc]# systemctl status tftp
 +● tftp.service - Tftp Server
 +   Loaded: loaded (/usr/lib/systemd/system/tftp.service; indirect; vendor preset: disabled)
 +   Active: active (running) since Wed 2021-08-11 13:16:53 CEST; 1s ago
 +     Docs: man:in.tftpd
 + Main PID: 22927 (in.tftpd)
 +   CGroup: /system.slice/tftp.service
 +           └─22927 /usr/sbin/in.tftpd -s /var/lib/tftpboot
 +
 +Aug 11 13:16:53 cie-56-18.uab.cat systemd[1]: Started Tftp Server.
 +</file>
 +
 +i només posar-lo en marxa, Wireshark mostra que l'IPSO s'ha pogut connectar i que està descarregant el seu sistema operatiu, i una estona després, ja hi ha connexió entre l'ordinador i l'IPSO,
 +
 +<file>
 +# ping -c 5 149.236.99.90
 +PING 149.236.99.90 (149.236.99.90) 56(84) bytes of data.
 +64 bytes from 149.236.99.90: icmp_seq=1 ttl=64 time=0.160 ms
 +64 bytes from 149.236.99.90: icmp_seq=2 ttl=64 time=0.134 ms
 +64 bytes from 149.236.99.90: icmp_seq=3 ttl=64 time=0.131 ms
 +64 bytes from 149.236.99.90: icmp_seq=4 ttl=64 time=0.131 ms
 +64 bytes from 149.236.99.90: icmp_seq=5 ttl=64 time=0.134 ms
 +
 +--- 149.236.99.90 ping statistics ---
 +5 packets transmitted, 5 received, 0% packet loss, time 3999ms
 +rtt min/avg/max/mdev = 0.131/0.138/0.160/0.011 ms
 +</file>
 +
 +Torno a posar en marxa el TopSpin i aquest cop detecta la consola i arrenca amb la "spectrometer service license",
 +
 +<file>
 +TopSpin 3.6.3  -  Copyright (C) 2021 Bruker BioSpin GmbH
 +Installation directory: "/opt/topspin3.6.3"
 +Waiting for CodeMeter license
 +
 +2021-08-11 13:21:55.389 +0200
 +Cannot checkout TopSpin CodeMeter license
 +No matching license entry found for feature "TOPSPIN3" mapped to product code 1011013000 .
 +CmContainer Entry not found, Error 200.
 +
 +CodeMeter Runtime Version: 7.10.4196
 +empty CodeMeter Server Search List Configuration
 +
 +      If your workstation controls the spectrometer,
 +      you may run the program without license.
 +      This requires the acquisition server to be ready.
 +
 +checking connection to spectrometer (may last several minutes)
 +CPR : 2021-08-11 13:21:57.046 +0200 
 +      TopSpin is currently running under
 +      the spectrometer service license.
 +      Please apply to receive a correct
 +      license for your workstation
 +      using the online license form:
 +      https://www.bruker.com/nmr_license_requests.html
 +</file>
  
 ===== Configuració de l'espectròmetre ===== ===== Configuració de l'espectròmetre =====
  
-Al final de la instal·lació s'obre una finestra on posa que cal executar ''cf'' i després ''expinstall'' per completar la instal·lació.+Un cop es posa en marxa el TopSpin, s'obre una finestra on posa que cal executar ''cf'' i després ''expinstall'' per completar la instal·lació.
  
 Executo ''cf'', trio crear un nou espectròmetre, i aprofito l'opció d'importar una configuració anterior per importar el fitxer creat a la instal·lació de maig (carpeta ''/mnt/old-opt/topspin3.6.3/conf/instr/spect''). però quan provo a editar, em dona un error perquè no es pot connectar a la DRU ja que la xarxa de l'espectròmetre està caiguda. Executo ''cf'', trio crear un nou espectròmetre, i aprofito l'opció d'importar una configuració anterior per importar el fitxer creat a la instal·lació de maig (carpeta ''/mnt/old-opt/topspin3.6.3/conf/instr/spect''). però quan provo a editar, em dona un error perquè no es pot connectar a la DRU ja que la xarxa de l'espectròmetre està caiguda.
Line 88: Line 213:
 malauradament per ara no el puc posar en marxa. malauradament per ara no el puc posar en marxa.
  
-Després de reiniciar els amplificadors, aconsegueixo completar ''cf'' sense errors i el contingut del fitxer ''uxnmr.info'' és semblant al de la instal·lació feta al maig.+Després de reiniciar els amplificadors, aconsegueixo completar ''cf'' sense errors i el contingut del fitxer ''uxnmr.info'' és semblant al de la instal·lació feta al maig, 
 + 
 +<file> 
 +# cat uxnmr.info  
 +CONFIGURATION INFORMATION 
 +========================= 
 + 
 +Path         : /opt/topspin3.6.3/conf/instr/spect/uxnmr.info 
 +Date         : Fri Aug 13 09:38:41 2021 
 +Release      : TopSpin 3.6.3 
 +Installed in : /opt/topspin3.6.3 
 +Host         : cie-56-18.uab.cat 
 +OS           : CentOS Linux release 7.9.2009 (Core) 
 +CPU          : Intel(R) Xeon(R) CPU W3550 @ 3.07GHz (4 cores at 3067 MHz) 
 +User         : sermnuab 
 +System       : Avance III 600 NMR spectrometer 
 +1H-frequency : 600.13 MHz 
 +Description  : Avance III 600 @SeRMN 
 +Location     : SeRMN UAB 
 +Bruker Order : PH000806 
 +Configured in: cie-56-18.uab.cat:/opt/topspin3.6.3/conf/instr/spect 
 + 
 +IPSO: connected to spectrometer subnet 
 +- TCP/IP address = 149.236.99.90 
 + - IPSO type: 19" 
 +- Tctrl : 1 
 +- Fctrls: 3 
 +- Gctrl1: with digital preemphasis 
 +- Rctrl : none 
 +- FREDs : none 
 +- DPP : 1 
 + 
 +DRU1: DEB_DEFAULT  
 +- TCP/IP address = 149.236.99.77 
 +- Firmware Version = 170619 
 +- DRU1 controls AQS-Rack and HPPR/2 
 + 
 +AQS: connected to 149.236.99.77:/dev/tty10 
 +  _Slot_ SBSB _____________________Board_____________________ 
 +  Number Addr Type HW-VS FW-VS ID  ECL Name   Description 
 +  ----------------------------------------------------------- 
 +     2   0x10 0x42   0x3    AW  R  3.0 REC-1  AQS RXAD600 Z102117/00312 ECL 03.00 
 +     3   0x34 0xc0   0x1        X  0.4 REF-1  REF-600 Reference Board for AQS Receiver 
 +     4   0x24 0x19   0x8    AD  S  2.0 SGU-1  AQS SGU/2 600 Z103081/00300 ECL 02.00 FPGA-Vs=AF 
 +     5   0x25 0x19   0x8    AD  S  2.0 SGU-2  AQS SGU/2 600 Z103081/00126 ECL 02.00 FPGA-Vs=AF 
 +     6   0x26 0x19   0x8    AD  S  2.0 SGU-3  AQS SGU/2 600 Z103081/00316 ECL 02.00 FPGA-Vs=AF 
 +    21   0x21 0xcf     0        P  1.0 PSD-1  PSD/3 Power Supply Distribution Board 
 +    --   0x20 0xc6     0        B  1.2 AQS/2  AQS/2 chassis 
 +     1   0x20  0x7     0        B      MASTER AQS Rack Master 
 +  Logical Receiver/SGU configuration: 
 + 
 + 
 +Router: none installed 
 + 
 +Transmitters at the spectrometer subnet: 
 +---------------------------------------- 
 +BLA_W1345096_0091 W1345096/0091 ECL 1: 
 +- TCP/IP address = 149.236.99.93 
 +- Firmware VS    = 20120627 
 +- Amplifier      = BLAXH2H300/100/150 E 200-600MHZ: W1345096/0091 ECL 1 
 +- Router         = BLMMR32 RF AMPLIFIER MODULE: W1345204/0135 ECL 0 
 +- Controller     = BLA CONTROL BOARD 6 2V H-USB: W1522050/0022 ECL 1 
 +BLA_W1345092_0060 W1345092/0060 ECL 0: 
 +- TCP/IP address = 149.236.99.92 
 +- Firmware VS    = 20120627 
 +- Amplifier      = BLAX300 E 6-365MHZ: W1345092/0060 ECL 0 
 +- Router         = BLMMR31 RF AMPLIFIER MODULE: W1345212/0215 ECL 0 
 +- Controller     = BLA CONTROL BOARD 6 1V V-USB: W1522041/0110 ECL 1 
 + 
 +Gradient amplifiers at the spectrometer subnet: 
 +---------------------------------------------- 
 +BGA1: BGA_W1213891_0009 
 +- TCP/IP address   = 149.236.99.94 
 +- Firmware version = 20080206 
 +- Web version      = 1.1 
 +- Current limits   = 0.0/X, 0.0/Y, -10.0/Z (in A) 
 + 
 +BSMS: BSMS/2 connected to ethernet 
 +- TCP/IP address = 149.236.99.20 
 +- ELCB firmware version = 20210212 
 +- SCB channels = 40 
 +- Shim System = BOSS2-SB 
 +- 2HTX Amplifier: not available 
 +- Lock: installed 
 +- VTU_SPB = BSMS/2 SPB-E SENSOR & PNEUMATIC BD: Z115192/00855 ECL 05.04 
 +- VTU_VPSB1 = BSMS/2 VARIABLE POWER SUPPLY BD: Z115193/04339 ECL 01.05 
 + 
 +VTU: in BSMS/2 connected to ethernet 
 +- TCP/IP address = 149.236.99.20 
 + 
 +SampleCase: in BSMS/2 connected to ethernet 
 +- TCP/IP address = 149.236.99.20 
 + 
 +Bruker Automatic Changer: device connected to 149.236.99.90:/dev/tty01 
 +- Capacity: 24 holders 
 +- Firmware: 970111 
 +- use BACS air  = yes 
 +- BACS sx delay = 10 s 
 +- Sample Rail fast changer mode = no 
 + 
 +Eurotherm VTU: device connected to 149.236.99.90:/dev/tty05 
 +- (used by TopSpin) 
 + 
 +Preamplifiers : 
 +HPPR2: - HPPR/2 preamplifier connected to 149.236.99.77:/dev/tty10 
 +    Type      : HPPR/2 
 +    Controller: Cover/1 with Application firmware = AQ 
 +                15 LEDs for tuning, 15 LEDs for matching 
 +    Module  1 : 1H LNA 
 +                PN=Z003462, SN=00485 from 20061101 
 +    Module  2 : XBB19F 2HS 
 +                PN=Z003506, SN=00529 from 20061024 
 +    Module  3 : 2H 
 +                PN=Z003473, SN=00491 from 20061206 
 + 
 +Gradient Controller cable connections 
 +-------------------------------------------------------------------- 
 +GCtrl1: connected via DPP to GREAT 1-10 Gradient Amplifier Unit W1213891/0009 
 + 
 +RF cable connections (detected) 
 +-------------------------------------------------------------------- 
 +SGU1 NORM output -> input 1 of transmitter 1 (BLAXH2H300/100/150 E 200-600MHZ W1345096/0091 at TCP/IP 149.236.99.93) 
 +SGU1 AUX  output -> input 4 of transmitter 1 (BLAXH2H300/100/150 E 200-600MHZ W1345096/0091 at TCP/IP 149.236.99.93) 
 +SGU2 NORM output -> input 2 of transmitter 1 (BLAXH2H300/100/150 E 200-600MHZ W1345096/0091 at TCP/IP 149.236.99.93) 
 +SGU2 AUX  output -> TUNE signal input of HPPR 
 +SGU3 NORM output -> input 3 of transmitter 1 (BLAXH2H300/100/150 E 200-600MHZ W1345096/0091 at TCP/IP 149.236.99.93) 
 +SGU3 AUX  output -> input 1 of transmitter 2 (BLAX300 E 6-365MHZ W1345092/0060 at TCP/IP 149.236.99.92) 
 + 
 +Blanking cable connections (detected) 
 +-------------------------------------------------------------------- 
 +transmitter 1 = BLAXH2H300/100/150 E 200-600MHZ W1345096/0091 at TCP/IP 149.236.99.93: 
 +- amplifier 1H-100W uses blanking 2 
 +- amplifier X-300W uses blanking 1 
 +- amplifier 2H-150W needs no blanking 
 + 
 +transmitter 2 = BLAX300 E 6-365MHZ W1345092/0060 at TCP/IP 149.236.99.92: 
 +- amplifier X-300W uses blanking 3 
 +</file> 
 + 
 +i la de les connexions per port sèrie (RS232) també, 
 + 
 +<file> 
 +$ for FILE in ./rs232_device/* 
 +> do 
 +> echo $FILE 
 +> cat $FILE 
 +> echo 
 +> done 
 + 
 +./rs232_device/aqs 
 +# TOPSPIN alpha TTY configuration file 
 +# created automatically by 'cf' 
 +# do not edit, changes are lost after next 'cf' 
 +unit   = AQS 
 +host   = 149.236.99.77 
 +device = /dev/tty10 
 +type   = RS485 
 +stty   = 9600 min 1 time 50 cs8 hupcl cread clocal 
 + 
 +./rs232_device/bacs 
 +# TOPSPIN alpha TTY configuration file 
 +# created automatically by 'cf' 
 +# do not edit, changes are lost after next 'cf' 
 +unit   = Bruker Automatic Changer 
 +host   = 149.236.99.90 
 +device = /dev/tty01 
 +type   = RS232 
 +stty   = 9600 min 1 time 50 cs8 hupcl cread clocal 
 + 
 +./rs232_device/preamp1 
 +# TOPSPIN alpha TTY configuration file 
 +# created automatically by 'cf' 
 +# do not edit, changes are lost after next 'cf' 
 +unit   = HPPR/2 preamplifier 
 +host   = 149.236.99.77 
 +device = /dev/tty10 
 +type   = RS485 
 +stty   = 9600 min 1 time 50 cs8 hupcl cread clocal 
 + 
 +./rs232_device/temp 
 +# TOPSPIN alpha TTY configuration file 
 +# created automatically by 'cf' 
 +# do not edit, changes are lost after next 'cf' 
 +unit   = Eurotherm VTU 
 +host   = 149.236.99.90 
 +device = /dev/tty05 
 +type   = RS232 
 +stty   = 9600 time 5 parenb cs7 cread clocal istrip 
 +</file> 
 + 
informatica/hp_z400_600_topspin363_1.txt · Last modified: 2021/08/19 16:09 by miquel

Page Tools

Donate Powered by PHP Valid HTML5 Valid CSS Driven by DokuWiki