Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

--- informatica:hp_z230_400sb_topspin364-post [2021/09/02 10:48]
miquel [Data Browser]
+++ informatica:hp_z230_400sb_topspin364-post [2021/09/08 12:10] (current)
miquel [PENDENT - Error setting parameter "LIFTMODE"]
@@ Line 410: / Line 410: @@
   * muntar la carpeta compartida al servidor de dades i muntar per separar ''current'' i ''archive''.
 </WRAP>
+==== Exportar les carpetes de dades ====
 Afegeixo les següents línies per compartir la carpeta de dades i la carpeta ''~topspin/exp/stan/nmr/list'' amb el servidor de dades,
@@ Line 442: / Line 444: @@
                 sermn.uab.cat(sync,wdelay,hide,no_subtree_check,sec=sys,ro,insecure,root_squash,all_squash)
 </file>
+==== Muntar les carpetes de dades ====
+Edito el fitxer ''/etc/fstab'' al servidor per actualitzar la informació sobre les carpetes exportades per l'espectròmetre,
+<file>
+root@sermnserver:/etc# cat fstab
+...
+################################################################################
+# 2021-09-01 SPECTROMETER AVAILABLE AFTER COMPUTER UPGRADE
+#
+# AVANCE III 400SB + HR-MAS
+# Spectrometer or computer ... Bruker AVANCE III 400 MHz SB + HR-MAS
+# OS ......................... CentOS GNU/Linux
+# shared dir (protocol) ...... /opt/nmrdata (nfs)    DATA DIRECTORY
+#
+# removed rsize/wsize option "rsize=8192,wsize=8192" so that the client uses the values set by the server
+## TEMP OFF - 20210824 - MCE cie-55-31.uab.cat:/home/sermnuab/data   /var/ftp/av3-400-sb     nfs     ro,nosuid,noexec,nodev,soft   0
+
+## TEMP OFF - 20210824 - MCE cie-55-31.uab.cat:/opt/topspin3.6.1/exp/stan/nmr/lists            /var/ftp/av3-400-sb-ts3-lists   nfs
+ro,nosuid,noexec,nodev,soft     0       0
+cie-54-214.uab.cat:/opt/nmrdata    /var/ftp/av3-400-sb    nfs    ro,nosuid,noexec,nodev,soft    0    0
+cie-54-214.uab.cat:/opt/topspin3.6.4/exp/stan/nmr/lists    /var/ftp/av3-400-sb-ts3-lists    nfs    ro,nosuid,noexec,nodev,soft    0    0
+...
+</file>
+Llavors provo a muntar la carpeta, però em dona un error
+<file>
+root@sermnserver:/etc# mount -v /var/ftp/av3-400-sb
+mount.nfs: timeout set for Sat Sep  4 12:18:17 2021
+mount.nfs: trying text-based options 'soft,vers=4,addr=158.109.54.214,clientaddr=192.168.2.2'
+mount.nfs: mount(2): No route to host
+mount.nfs: trying text-based options 'soft,vers=4,addr=158.109.54.214,clientaddr=192.168.2.2'
+mount.nfs: mount(2): No route to host
+mount.nfs: trying text-based options 'soft,vers=4,addr=158.109.54.214,clientaddr=192.168.2.2'
+mount.nfs: mount(2): No route to host
+^C
+</file>
+Comprovo si l'espectròmetre i el seu servidor de NFS són accessibles,
+<file>
+root@sermnserver:/etc# ping -c 5 cie-54-214.uab.cat
+PING cie-54-214.uab.cat (158.109.54.214) 56(84) bytes of data.
+bytes from cie-54-214.uab.es (158.109.54.214): icmp_seq=1 ttl=63 time=0.911 ms
+bytes from cie-54-214.uab.es (158.109.54.214): icmp_seq=2 ttl=63 time=0.790 ms
+bytes from cie-54-214.uab.es (158.109.54.214): icmp_seq=3 ttl=63 time=0.795 ms
+bytes from cie-54-214.uab.es (158.109.54.214): icmp_seq=4 ttl=63 time=0.824 ms
+bytes from cie-54-214.uab.es (158.109.54.214): icmp_seq=5 ttl=63 time=0.856 ms
+--- cie-54-214.uab.cat ping statistics ---
+packets transmitted, 5 received, 0% packet loss, time 4080ms
+rtt min/avg/max/mdev = 0.790/0.835/0.911/0.048 ms
+root@sermnserver:/etc# rpcinfo -p cie-54-214.uab.cat
+rpcinfo: can't contact portmapper: RPC: Remote system error - No route to host
+root@sermnserver:/etc# route -n
+Kernel IP routing table
+Destination     Gateway         Genmask         Flags Metric Ref    Use Iface
+.0.0.0         192.168.2.1     0.0.0.0         UG    0      0        0 eth0
+.0.0.0         192.168.2.1     0.0.0.0         UG    1024   0        0 eth1
+.168.2.0     0.0.0.0         255.255.255.0   U     0      0        0 eth0
+.168.2.0     0.0.0.0         255.255.255.0   U     0      0        0 eth1
+root@sermnserver:/etc# traceroute cie-54-214.uab.cat
+traceroute to cie-54-214.uab.cat (158.109.54.214), 30 hops max, 60 byte packets
+  sermn.sermn.net (192.168.2.1)  0.259 ms  0.291 ms  0.454 ms
+  cie-54-214.uab.es (158.109.54.214)  2.026 ms !X  2.059 ms !X  2.090 ms !X
+</file>
+i la resposta m'indica que hi ha comunicació entre els dos ordinadors, però que no es pot accedir al servei ''portmapper'' del servidor de NFS, potser perquè la configuració del firewall a l'espectròmetre ho impedeix. L'informe de la comanda ''traceroute'' indica el mateix, pot accedir a l'ordinador i pot mesurar el temps de resposta (per exemple, 2.026 ms), però no pot accedir als ports que fa servir per comprovar l'accés l'ordinador i per això surt ''!X'' a l'informe.
+Comprovo la configuració del tallafocs a l'espectròmetre,
+<file>
+[root@cie-54-214 sermnadmin]# ip -brief addr
+lo               UNKNOWN        127.0.0.1/8 ::1/128
+ens3             UP             149.236.99.1/24 fe80::a236:9fff:fe8f:ab3/64
+eno1             UP             158.109.54.214/20 fe80::5265:f3ff:fe3a:125e/64
+[root@cie-54-214 sermnadmin]# firewall-cmd --get-active-zones
+public
+  interfaces: eno1
+trusted
+  interfaces: ens3
+[root@cie-54-214 sermnadmin]# firewall-cmd --list-services
+dhcpv6-client ssh
+</file>
+i afegeixo els serveis relacionats amb NFS que manquen,
+<file>
+[root@cie-54-214 sermnadmin]# firewall-cmd --permanent --zone=public --add-service=mountd
+success
+[root@cie-54-214 sermnadmin]# firewall-cmd --permanent --zone=public --add-service=nfs
+success
+[root@cie-54-214 sermnadmin]# firewall-cmd --permanent --zone=public --add-service=rpc-bind
+success
+[root@cie-54-214 sermnadmin]# firewall-cmd --reload
+success
+[root@cie-54-214 sermnadmin]# firewall-cmd --zone=public --list-services
+dhcpv6-client mountd nfs rpc-bind ssh
+</file>
+Torno a comprovar si el servidor de dades ja pot accedir al servidor NFS a l'espectròmetre,
+<file>
+root@sermnserver:/etc# rpcinfo -p cie-54-214.uab.cat
+   program vers proto   port  service
+    4   tcp    111  portmapper
+    3   tcp    111  portmapper
+    ...
+    2   tcp   2049  nfs
+    3   tcp   2049  nfs
+    ...
+    4   tcp  46271  nlockmgr
+    1   udp    766  bootparam
+</file>
+i com que ara té accés, provo a muntar la carpeta de dades i aquest cop funciona,
+<file>
+root@sermnserver:/etc# mount -v /var/ftp/av3-400-sb
+mount.nfs: timeout set for Sat Sep  4 19:17:13 2021
+mount.nfs: trying text-based options 'soft,vers=4,addr=158.109.54.214,clientaddr=192.168.2.2'
+root@sermnserver:/etc# ls -l /var/ftp/av3-400-sb
+total 0
+drwxr-xr-x 2 root root 6 Sep  1 12:07 archive
+drwxr-xr-x 2 root root 6 Sep  1 12:07 current
+</file>
+==== Enllaços d'interès ====
+  * [[https://www.howtoforge.com/nfs-server-and-client-on-centos-7 | NFS Server and Client Installation on CentOS]]
+  * [[https://serverfault.com/questions/434211/what-does-z-and-x-mean-in-a-traceroute | What does "!Z" and "!X" mean in a traceroute?]]
+  * [[https://man.cx/traceroute(1) | traceroute − print the route packets take to network host.]] Section # 1 : User command (executable programs or shell commands). Linux Manpages Online - man.cx manual pages
+  * [[https://man.cx/traceroute(8) | traceroute − print the route packets take to network host.]] Section # 8: System administration commands (usually only for root). Linux Manpages Online - man.cx manual pages
+  * [[https://access.redhat.com/documentation/en-us/red_hat_enterprise_linux/7/html/security_guide/sec-viewing_current_status_and_settings_of_firewalld | 5.3. Viewing the Current Status and Settings of firewalld Red Hat Enterprise Linux 7.]] Red Hat Customer Portal.
+  * [[https://access.redhat.com/documentation/en-us/red_hat_enterprise_linux/7/html/security_guide/sec-working_with_zones | 5.7. Working with Zones Red Hat Enterprise Linux 7.]] Red Hat Customer Portal.
+  * [[https://www.liquidweb.com/kb/find-view-active-zones-in-firewalld-on-centos-7/ | Find (View) Active Zones in Firewalld on CentOS 7.]] Liquid Web.
+  * [[https://www.thegeekdiary.com/5-useful-examples-of-firewall-cmd-command/ | 5 Useful Examples of firewall-cmd command.]] The Geek Diary.
 ===== Configuració del TopSpin =====
@@ Line 465: / Line 619: @@
 Copio el fitxer a ''/home/sermnadmin/.topspin/prop'' perquè tots dos comptes vegin les mateixes carpetes.
-==== Error setting parameter "LIFTMODE" ====
+==== PENDENT - Error setting parameter "LIFTMODE" ====
 <WRAP todo>
-Cal consultar amb Bruker aquest error.
+  * He enviat a Bruker aquest error i estic a l'espera de la seva resposta.
+  * La resposta és que cal actualitzar el firmware de la placa ELCB.
+  * Actualitzo el firmware però el missatge d'error no desapareix.
+  * Envio la nova informacíó amb Bruker.
+  * La nova resposta és que afecta a tots els equips amb BVT en comptes de BSVT, i que estan treballant en una solució.
+Sortosament, aquest error no sembla afectar al funcionament del TopSpin.
 </WRAP>
@@ Line 496: / Line 656: @@
 	at java.lang.Thread.run(Thread.java:748)
 </file>
+Segons Bruker, aquest error es resol actualitzant el firmware de la placa ELCBñ. La versió actualment instal·lada és,
+^ Unit                 ^ Version  ^ Date         ^
+| ELCB Firmware        |   150423 |  Apr 23 2015 |
+| Bootloader Firmware  |       CB |  Feb 19 2007 |
+i a la pàgina "BSMS Service Web - Setup" ho confirma,
+^  Firmware Status  ^^^^
+^  Unit Name     ^  Required Firmware         ^  Loaded Firmware           ^  Status                     ^
+| BSMS/2 ELCB    |  unknown                   |  elcb_firmware_150423.gz   |  <color red>not ok</color>  |
+| BSMS/2 SCB20   |  scb20_fpga_00-001-00.bit  |  scb20_fpga_00-001-00.bit  |  ok                         |
+| BSMS/2 SLCB/2  |  slcb_firmware_090206.hex  |  slcb_firmware_090206.hex  |  ok                         |
+Clico a l'enllaç ''Load new firmware'' i em descarrego la darrera versió disponible ''elcb_firmware_210212.gz
+'' del [[ftp://ftp.bruker.ch/NMR/download/servtools/firmware/elcb/ | servidor FTP de Bruker,]] i la instal·lo. Un cop finalitzada la instal·ació del nou firmware. torno a comprovar la versió instal·lada,
+^ Unit                 ^ Version  ^ Date         ^
+| ELCB Firmware        |   210212 |  Feb 12 2021 |
+| Bootloader Firmware  |       CB |  Feb 19 2007 |
+i a la pàgina "BSMS Service Web - Setup" la columna ''Status'' marca que els firmwares de totes les plaques són correctes.
+Llavors reinicio TopSpin per comprovar si ja no apareix l'error i malauradament **l'error no ha desaparegut.**

SeRMN Wiki

User Tools

Site Tools

Differences

Page Tools