======= Instal·lació del Topspin 1.3 =======
===== Preparació de TopSpin 1.3 =====
Em descarrego el fitxer //TopSpin 1.3 pl10 & (mos13.iso) (1390.9 MiB)// del [[https://www.bruker.com/service/support-upgrades/software-downloads/preclinical-imaging/linux/linux-topspin.html | servidor software de Bruker]], comprovo que la seva signatura sigui la correcte,
sermnadmin@sermn107:~/Downloads/Topspin-1.3$ md5sum TopSpin-1.3.10.iso
802b0c4bf6f456d4674c6c3ba31352f4 TopSpin-1.3.10.iso
Els primers intents d'executar el programa ''autorun'' i/o ''install'' em donen errors perquè a les noves versions de Debian ///bin/sh// és enllaç a ///bin/dash//, un shell restringit que no és compatible amb la sintaxi emprada als programes d'instal·lació del Topspin-1.3. Per resoldre el problema, segueixo les instruccions a [[https://wiki.debian.org/DashAsBinSh | Debian wiki: dash as bin]] per configurar temporalment //bash// com a shell per defecte,
$ ls -l /bin/sh
lrwxrwxrwx 1 root root 4 Mar 1 2012 /bin/sh -> dash
$ sudo dpkg-reconfigure dash
[sudo] password for sermnadmin:
Removing 'diversion of /bin/sh to /bin/sh.distrib by dash'
Adding 'diversion of /bin/sh to /bin/sh.distrib by bash'
Removing 'diversion of /usr/share/man/man1/sh.1.gz to /usr/share/man/man1/sh.distrib.1.gz by dash'
Adding 'diversion of /usr/share/man/man1/sh.1.gz to /usr/share/man/man1/sh.distrib.1.gz by bash'
$ ls -l /bin/sh
lrwxrwxrwx 1 root root 4 Aug 24 11:20 /bin/sh -> bash
Llavors executo el programa ''/mnt/iso/autorun'' per iniciar la instal·lació del Tospin, i **com a //setup type// trio Data processing, acquisition and automation** i li dic que afegeixi el directori d'instal·lació del TopSpin al PATH. **El programa s'instal·larà a ///opt/topspin1.3//.**
===== Creació d'usuaris =====
El programa d'instal·lació dóna un error un cop creat l'usuari //nmrsu//. Diu que no pot connectar-se a cap gestor de sessions, però comprovo que el compte d'usuari de //nmrsu// s'ha creat correctament. :warn: Aquest error es pot ignorar sense problemes, però s'hauria d'actualitzar el script d'instal·lació per evitar que sortís.
===== Instal·lació =====
Un cop completat el procés de configuració, s'obre una finestra amb la llista de programes que s'instal·laran,
FIXME {{ :informatica:debian-ts31:screenshot-0.png?400 |}}
i tot seguit comença el procés de còpia i instal·lació de les carpetes i fitxers dels programes.
Un cop completada la instal·lació es mostra en pantalla un resum del què s'ha fet, **incloent-hi alguns errors i avisos que caldrà comprovar i corregir.** Els registre de la instal·lació es guarda al fitxer ///opt/topspin1.3/install.log//.
==== Errors relacionats amb el Diskless ====
Aquests són els missatges d'avís i error que han aparegut durant la instal·lació del mòdul Diskless.
=== Fitxer creats o editats ===
El fitxer ///opt/topspin1.3/prog/bin/install.net/install.net// indica que es crearan o modificaran els següents fitxers,
* /etc/hosts
* /etc/bootparams
* /etc/exports
* /etc/services
* /etc/inetd.conf
* /etc/sysconfig/network-scripts/ifcfg-eth1 (Linux)
* /etc/init.d/bfsd (if it does not exist)
* /usr/diskless/clients/spect/swapfile
* /usr/diskless/clients/spect/root/dev/*
Caldrà comprovar el contingut d'aquests fitxers i editar-los si fos necessari per configurar correctament la connexió amb la consola de l'espectròmetre.
=== Posada en marxa del servidor de NFS ===
L'avís següent té a veure amb la posada en funcionament del servidor de NFS,
*** WARNING: ***
Cannot enable NFS server.
(Details: The command 'chkconfig nfs on' failed.)
El servidor es posarà en marxa de forma manual un cop s'hagi comprovat la seva configuració i la de les carpetes exportades.
=== Configuració de la connexió a la consola (CCU) ===
L'error següent té a veure amb la configuració de la targeta de xarxa per la connexió a la consola (CCU),
sort: open failed: /etc/sysconfig/network-scripts/ifcfg-eth1: No such file or directory
cp: cannot create regular file `/etc/sysconfig/network-scripts/ifcfg-eth1': No such file or directory
/opt/topspin1.3/prog/bin/install.net/install.net: line 132: /sbin/chkconfig: No such file or directory
/opt/topspin1.3/prog/bin/install.net/install.net: line 135: /sbin/chkconfig: No such file or directory
/etc/init.d/bfsd: line 39: initlog: command not found
/etc/init.d/bfsd: line 50: initlog: command not found
*** WARNING: ***
Network configuration for spectrometer completed with errors.
See the above protocol for details.
Acquisition may not run correctly.
Com que la configuració de la xarxa es fa a través del //Network Manager// podem ignorar aquests errors i configurar la targeta manualment a través d'aquest programa.
Per altra banda, els errors relacionats amb el servei ''bfsd'' tenen a veure amb la creació dels enllaços per engegar i aturar aquest servei en funció del nivell d'execució. Per resoldre el problema
- comprovo primer que el fitxer ///opt/topspin1.3/prog/bin/install.net/bfsd3.0.linux// s'hagi copiat com a //bfsd// dins ///etc/init.d/// (:ok:);
- consulto el fitxer ///opt/topspin1.3/prog/bin/install.net/install.net// per saber en quins nivells s'ha d'engegar ''bfsd'' (:ok:, nivells 2345);
- creo manualment els enllaços amb la comanda ''chkconfig add bfsd''
# chkconfig --add bfsd
insserv: warning: script 'K01bruker_lmgr' missing LSB tags and overrides
insserv: warning: script 'bfsd' missing LSB tags and overrides
insserv: warning: script 'bruker_lmgr' missing LSB tags and overrides
bfsd 0:off 1:off 2:on 3:on 4:on 5:on 6:off
# /etc/init.d/bfsd start
Starting bfsd.linux services: bfsd.linux [ OK ]
=== Verificació final de la instal·lació del Diskless ===
Output of installation script (post) for Diskless:
Configuring the second ethernet port for spectrometer communication:
Found init directory: /etc/init.d
Configuring /etc/sysconfig/network-scripts/ifcfg-eth1 (R) ... done (file copied)
Configuring /etc/exports (D) ... done (file was ok).
Checking for conflicts in /etc/exports ... done.
Configuring /etc/exports (A) ... done (lines added).
Configuring /etc/hosts.allow (A) ... done (lines added).
Configuring /etc/bootparams (A) ... done (lines added).
Configuring /etc/hosts (R) ... done (lines replaced).
Configuring /etc/services (A) ... done (lines added).
Configuring domain name ... done.
Installing bfsd (-all) ...Copied /opt/topspin1.3/prog/bin/install.net/bfsd3.0.linux to /etc/init.d/bfsd.
Starting bfsd.linux services: bfsd.linux [ FAILED ]
done
Creating swap file ... done.
Creating CCU special files ... done.
==== Errors relacionats amb el NMR-Sim ====
L'//Installation protocol for NMR-Sim// dóna el següent error,
Errors from installation script (post) for NMR-Sim:
cp: cannot create regular file `/usr/lib/X11/app-defaults/Nmrsim': No such file or directory
Saved in: /opt/topspin1.3/install.log
La carpeta //X11/app-defaults// es troba actualment a ///etc/X11//, però per ara no crearé cap enllaç per l'aplicació //nmrsim//. Per més informació sobre l'ús de la carpeta //X11/app-defaults// consultar [[http://www.tldp.org/HOWTO/XWindow-User-HOWTO/moreconfig.html | The X Window User HOWTO]].
==== Errors relacionats amb el FLEXlm ====
L'//Installation protocol for FLEXlm// dóna el següent error
Errors from installation script (post) for FLEXlm:
/mnt/iso/xwinstall.d/modscripts/flexlm.post: line 358: /sbin/chkconfig: No such file or directory
Saved in: /opt/topspin1.3/install.log
que té a veure amb la creació dels enllaços al fitxer ///etc/init.d/bruker_lmgr// per engegar o aturar el servidor de llicències als diferents nivells d'execució.
Per resoldre el problema consulto quins enllaços s'han creat a la instal·lació del TopSpìn 3.2 a l'AvanceII 400wb, i veig que hi ha els següents enllaços
* per posar-lo en marxa a: rc2.d, rc3.d, rc4.d i rc5.d
* per aturar-lo a: rc0.d, rc1.d i rc6.d
i executo la comanda ''chkconfig bruker_lmgr 2345'' per crear-los,
$ sudo chkconfig bruker_lmgr 2345
insserv: warning: script 'bruker_lmgr' missing LSB tags and overrides
insserv: warning: script 'bfsd' missing LSB tags and overrides
insserv: warning: script 'bruker_lmgr' missing LSB tags and overrides
insserv: warning: script 'bfsd' missing LSB tags and overrides
$ sudo chkconfig --list bruker_lmgr
bruker_lmgr 0:off 1:off 2:on 3:on 4:on 5:on 6:off
$ ls /etc/rc?.d/*lmgr*
/etc/rc0.d/K01bruker_lmgr /etc/rc2.d/S02bruker_lmgr /etc/rc4.d/S02bruker_lmgr /etc/rc6.d/K01bruker_lmgr
/etc/rc1.d/K01bruker_lmgr /etc/rc3.d/S02bruker_lmgr /etc/rc5.d/S02bruker_lmgr
==== Errors relacionats amb chkconfig ====
Alguns dels errors no s'haurien produït si prèviament hagués instal·lat el paquet //chkconfig (system tool to enable or disable system services)//. Per properes vegades, l'afegeixo a la [[informatica:hp_xw4300_500#altres_paquets_i_programes_de_debian | llista de paquets de Debian ha instal·lar.]]
===== Comprovació del sistema després d'instal·lar el Topspin =====
Un cop completat el procés d'instal·lació i corregits els errors esmentats pel programa d'instal·lació, comprovo els fitxers de configuració.
==== Fitxers de configuració d'usuaris ====
=== /etc/passwd ===
...
nmrsu:x:****:****:NMR Super User:/home/nmrsu:/bin/sh
flexlm:x:****:****:FLEXlm Licence Manager:/nonexistent:/bin/bash
...
=== /etc/shadow ===
...
nmrsu::****:0:99999:7:::
flexlm:!:****:0:99999:7:::
...
=== /etc/gshadow ===
...
nmrsu:!::nmrsu
flexlm:!::flexlm
...
=== /etc/group ===
...
nmrsu:x:****:nmrsu
flexlm:x:****:flexlm
...
==== Fitxers de configuració de serveis ====
=== /etc/init.d i /etc/rc?.d ===
Comprovo que existeixen els fitxers per posar en marxa els serveis //bfsd// i //lmgr//
# ls -ltr /etc/init.d
total 356
:
-rwxr-xr-x 1 root root 3114 Aug 24 11:46 bruker_lmgr
-rwxr-xr-x 1 root root 3163 Aug 24 14:50 bfsd
i que estan configurats per engegar-se en accedir als nivells 2 a 5, i per aturar-se en canviar als nivells 0, 1 i 6
# chkconfig --list bfsd
bfsd 0:off 1:off 2:on 3:on 4:on 5:on 6:off
root@sermn107:/etc# chkconfig --list bruker_lmgr
bruker_lmgr 0:off 1:off 2:on 3:on 4:on 5:on 6:off
=== /etc/booparams ===
Comprovo la configuració del servei //bootparamd// (Bootstrap Protocol)
# cat /etc/bootparams
:
spect root=ASP_ST2:/usr/diskless/clients/spect/root swap=ASP_ST2:/usr/diskless/clients/spect/swapfile dump=ASP_ST2:/usr/diskless/clients/spect
/dump
=== /etc/exports ===
Comprovo la configuració del servei //nfs//
# cat /etc/exports
:
/usr/diskless/dl_usr spect(sync,ro)
/usr/diskless/clients/spect spect(sync,rw,no_root_squash)
=== /etc/services ===
Comprovo que els serveis no estàndard s'hagin afegit al fitxer ///etc/services//
# tail /etc/services
:
# Local services
bfs 2201/udp # BRUKER: bootfileserver
bruker_ls 1700/tcp # FLEXlm licensing for Bruker
===== Posada en funcionament dels serveis pel Topspin =====
Un cop comprovats els fitxers de configuració, provo a posar en marxa els serveis necessaris pel TopSpin
==== NFS Server ====
Exporto les carpetes a compartir amb la consola (aka //spect//)
# exportfs -av
exportfs: /etc/exports [1]: Neither 'subtree_check' or 'no_subtree_check' specified for export "spect:/usr/diskless/dl_usr".
Assuming default behaviour ('no_subtree_check').
NOTE: this default has changed since nfs-utils version 1.0.x
exportfs: /etc/exports [2]: Neither 'subtree_check' or 'no_subtree_check' specified for export "spect:/usr/diskless/clients/spect".
Assuming default behaviour ('no_subtree_check').
NOTE: this default has changed since nfs-utils version 1.0.x
exporting spect:/usr/diskless/clients/spect
exporting spect:/usr/diskless/dl_usr
exporting spect:/usr/diskless/clients/spect to kernel
exportfs: spect:/usr/diskless/clients/spect: Function not implemented
exporting spect:/usr/diskless/dl_usr to kernel
exportfs: spect:/usr/diskless/dl_usr: Function not implemented
unexporting -test-client-:/usr/diskless/dl_usr from kernel
# exportfs -v
/usr/diskless/dl_usr
spect(ro,wdelay,root_squash,no_subtree_check)
/usr/diskless/clients/spect
spect(rw,wdelay,no_root_squash,no_subtree_check)
i poso en marxa el servidor de NFS
# /etc/init.d/nfs-kernel-server status
nfsd not running
root@sermn107:/etc/profile.d# /etc/init.d/nfs-kernel-server start
Exporting directories for NFS kernel daemon...exportfs: /etc/exports [1]: Neither 'subtree_check' or 'no_subtree_check' specified for export "sp
ect:/usr/diskless/dl_usr".
Assuming default behaviour ('no_subtree_check').
NOTE: this default has changed since nfs-utils version 1.0.x
exportfs: /etc/exports [2]: Neither 'subtree_check' or 'no_subtree_check' specified for export "spect:/usr/diskless/clients/spect".
Assuming default behaviour ('no_subtree_check').
NOTE: this default has changed since nfs-utils version 1.0.x
.
Starting NFS kernel daemon: nfsd mountd.
# /etc/init.d/nfs-kernel-server status
nfsd running
==== bfsd service ====
Poso en marxa el servei //bfsd//
# /etc/init.d/bfsd start
Starting bfsd.linux services: bfsd.linux [ OK ]
# ps ax | grep bfsd
12206 ? S 0:00 /usr/diskless/bfsd.linux
==== portmap (rpc) service ====
Comprovo l'estat del servei //portmap// i verifico que estiguin en funcionament tots els serveis necessaris perquè la consola de l'espectròmetre es pugui descarregar el seu sistema operatiu de l'estació de treball,
# rpcinfo -p
program vers proto port service
100000 4 tcp 111 portmapper
100000 3 tcp 111 portmapper
100000 2 tcp 111 portmapper
100000 4 udp 111 portmapper
100000 3 udp 111 portmapper
100000 2 udp 111 portmapper
100024 1 udp 58490 status
100024 1 tcp 50841 status
100026 1 udp 724 bootparam
100003 2 tcp 2049 nfs
100003 3 tcp 2049 nfs
100003 4 tcp 2049 nfs
100227 2 tcp 2049
100227 3 tcp 2049
100003 2 udp 2049 nfs
100003 3 udp 2049 nfs
100003 4 udp 2049 nfs
100227 2 udp 2049
100227 3 udp 2049
100021 1 udp 54321 nlockmgr
100021 3 udp 54321 nlockmgr
100021 4 udp 54321 nlockmgr
100021 1 tcp 54215 nlockmgr
100021 3 tcp 54215 nlockmgr
100021 4 tcp 54215 nlockmgr
100005 1 udp 52091 mountd
100005 1 tcp 45406 mountd
100005 2 udp 46109 mountd
100005 2 tcp 58608 mountd
100005 3 udp 58109 mountd
100005 3 tcp 52451 mountd
Aparentment tot està en funcionament i correctament configurat. Ara només caldrà connectar l'estació de treball a la placa CPU (CCU11) de la consola i provar a posar-la en marxa.
===== Transferència de dades de l'antic ordinador =====
Abans de substituir l'antic ordinador, copio al nou ordinador les següents carpetes:
* /home/teo
* /root (excepte el fitxer per swap)
* /u
* /opt/topspin/conf
* /opt/topspin/data
* /opt/topspin/exp
* /opt/topspin/prog/curdir
* /opt/topspin/prog/logfiles
* /usr/local/flexlm/Bruker/licenses/license.dat
==== Còpia de seguretat de /home/teo ====
sermnadmin@sermn107:~/Downloads/Topspin-1.3@old-computer/home_teo$ rsync -Hvax root@rmn6.uab.cat:/home/teo/ .
root@rmn6.uab.cat's password:
receiving file list ... done
./
.DCOPserver_rmn6.uab.es_:0 -> /home/teo/.DCOPserver_rmn6.uab.es__0
.emacs.d/
...
wave.hwt/zsqua095.10
wave.hwt/zsqua100.10
sent 78320 bytes received 248889736 bytes 2606995.35 bytes/sec
total size is 248590367 speedup is 1.00
==== Còpia de seguretat de /root ====
sermnadmin@sermn107:~/Downloads/Topspin-1.3@old-computer/root_root$ rsync -Hvax root@rmn6.uab.cat:/root/ .
root@rmn6.uab.cat's password:
receiving file list ... done
./
.Trash/
...
install.log
install.log.syslog
sent 3728 bytes received 40001236 bytes 2162430.49 bytes/sec
total size is 39978548 speedup is 1.00
==== Còpia de seguretat de /u ====
sermnadmin@sermn107:~/Downloads/Topspin-1.3@old-computer/root_u$ rsync -Hvax root@rmn6.uab.cat:/u/ .
root@rmn6.uab.cat's password:
receiving file list ... done
./
conf/
conf/instr/
conf/instr/test/
...
data/teo/nmr/stopflow_icon/26/spnam9
data/teo/nmr/stopflow_icon/26/uxnmr.par
sent 45712 bytes received 100237274 bytes 2253550.25 bytes/sec
total size is 100044929 speedup is 1.00
==== Còpia de seguretat de /opt/topspin/conf ====
sermnadmin@sermn107:~/Downloads/Topspin-1.3@old-computer/opt_topspin_conf$ rsync -Hvax root@rmn6.uab.cat:/opt/topspin/conf/ .
root@rmn6.uab.cat's password: ******
receiving file list ... done
./
instr/
instr/Bruker_default_av500/
...
rs232/init/zeta936
rs232/ps1200_A4
sent 18592 bytes received 100302016 bytes 2254395.69 bytes/sec
total size is 100388123 speedup is 1.00
==== Còpia de seguretat de /opt/topspin/data ====
sermnadmin@sermn107:~/Downloads/Topspin-1.3@old-computer/opt_topspin_data$ rsync -Hvax root@rmn6.uab.cat:/opt/topspin/data/ .
root@rmn6.uab.cat's password: ******
receiving file list ... done
./
absc/
...
teo/nmr/~TEMP/2/pdata/1/procs
teo/nmr/~TEMP/2/pdata/1/used_from
sent 3850864 bytes received 12644013046 bytes 2392936.13 bytes/sec
total size is 12626980788 speedup is 1.00
==== Còpia de seguretat de /opt/topspin/exp ====
sermnadmin@sermn107:~/Downloads/Topspin-1.3@old-computer/opt_topspin_exp$ rsync -Hvax root@rmn6.uab.cat:/opt/topspin/exp/ .
root@rmn6.uab.cat's password: ******
receiving file list ... done
./
stan/
...
stan/nmr/tcl/lib/tk/tkerror.tcl
stan/nmr/tcl/limit-lib.tcl
sent 401856 bytes received 256501643 bytes 1232151.07 bytes/sec
total size is 255189834 speedup is 0.99
==== Còpia de seguretat de /opt/topspin/prog/curdir ====
sermnadmin@sermn107:~/Downloads/Topspin-1.3@old-computer/opt_topspin_prog_curdir$ rsync -Hvax root@rmn6.uab.cat:/opt/topspin/prog/curdir/ .
root@rmn6.uab.cat's password: ******
receiving file list ... done
./
changer/
changer/inmrchanger/
...
teo/stdout.dataserver.12805
teo/temon
sent 11680 bytes received 72050071 bytes 1152988.02 bytes/sec
total size is 71987773 speedup is 1.00
==== Còpia de seguretat de /opt/topspin/prog/logfiles ====
sermnadmin@sermn107:~/Downloads/Topspin-1.3@old-computer/opt_topspin_prog_logfiles$ rsync -Hvax root@rmn6.uab.cat: /opt/topspin/prog/logfiles/ .
root@rmn6.uab.cat's password: ******
receiving file list ... done
./
heliumlog
heliumlog.err
setpre.log
sent 64 bytes received 264366 bytes 58762.22 bytes/sec
total size is 264064 speedup is 1.00
==== Còpia de seguretat de /usr/local/flexlm ====
sermnadmin@sermn107:~/Downloads/Topspin-1.3@old-computer/usr_local_flexlm$ rsync -Hvax root@rmn6.uab.cat:/usr/local/flexlm/ .
root@rmn6.uab.cat's password: ******
receiving file list ... done
./
Bruker/
Bruker/help/
...
Bruker/lmdiag => Bruker/lmver
Bruker/lmborrow => Bruker/lmver
sent 320 bytes received 3963771 bytes 528545.47 bytes/sec
total size is 9430751 speedup is 2.38
===== Primer intent de posar en marxa la CCU =====
Per accedir a la CCU (CPU de la consola) a través del port sèrie cal instal·lar el paquet //cu// i afegir l'usuari //sermnadmin// als grups //uucp// i //dialout//. Finalment, cal executar la comanda ''cu -l ttyS0'' per monitoritzar remotament la CCU,
BRUKER CCU R4600 Monitor
Version 5.40 MIPS OPT Thu May 17 12:18:17 MSZ 2001 mar
Memory size: 16777216 (0x1000000) bytes, 16 MB
Icache size: 16384 (0x4000) bytes
Dcache size: 16384 (0x4000) bytes
>> u
Autoboot: Waiting to load bfs()/usr/diskless/clients/spect/root/unix.r4600_std
(CTRL-C to abort)
loading
Fast ethernet (FEN): 100 MBit/s, half duplex
Obtaining /usr/diskless/clients/spect/root/unix.r4600_std from server sermn107
799440+98960+804288 entry: 0x80021000
CPU: MIPS R4700 Processor Chip Revision: 1.0
FPU: MIPS R4700 Floating Point Unit [CP1] Revision: 1.0
RISC/os Release 4_52 mips Version UMIPS
Total real memory = 16777216
Available memory = 14442496
Root on nfs file :,Swap on nfs file :
Fast ethernet (FEN) : 100 MBit/s, full duplex
hostname: spect
domainname: (none)
Root fstype nfs
Available memory = 12795904
The system is coming up. Please wait.
ASP_ST2:/usr/diskless/clients/spect/var mounted on /var
ASP_ST2:/usr/diskless/dl_usr mounted on /usr
Fast ethernet (FEN) : 100 MBit/s, full duplex
Internet daemons: portmap inetd.
NFS daemons: biod lockd statd.
The system is ready.
spect Console login: ~.
Disconnected.
i aparentment es carreguen correctament el sistema operatiu i programes de la CCU.
===== Configuració de l'espectròmetre =====
Copio les següents carpetes i/o fitxers de l'antiga estació de treball a la nova:
* ///opt/topspin/conf/instr/spect/// dins la carpeta //opt/topspin1.3/conf/instr//
* ///opt/topspin/conf/instr/probeheads/// dins la carpeta //opt/topspin1.3/conf/instr//
* ///opt/topspin/conf/instr/probehead// dins la carpeta //opt/topspin1.3/conf/instr//
* ///opt/topspin/conf/instr/autoshim/refmaps/*// dins la carpeta //opt/topspin1.3/conf/instr/autoshim/refmaps///
* ///opt/topspin/conf/instr/servtool/cryocontrol/// dins la carpeta //opt/topspin1.3/conf/instr/servtool///
===== Posada en marxa del TopSpin 1.3 - Primer intent =====
Provo a posar en funcionament el TopSpin per primer cop.
Executo la comanda ''cf'' i trio la configuració de l'instrument //spect//. Després de passar les dues o tres primeres pantalles, surt una finestra amb el missatge //Collecting data, please wait...// i una finestra petita amb el missatge
Cannot read FCU BBIS data: cannot open /opt/topspin1.3/conf/instr/spect/bbis_fcu:
error in "iiconf"
Comprovo que no hi ha cap fitxer //bbis_fcu// en aquesta carpeta, llavors premo el botó ok i apareix la finestra amb el llistat de ports sèrie a què estan connectats els dispositius externs,
* HPPR Preamplifier 1: tty10
* ACB Amplifier Control Board: tty04
* RX22 Receiver: tty10
* BSMS Smart Magnetc Control System: tty02
* Lock Signal: tty03
* LC-NMR Software HyStar: tty07
* VTU Variable Temperature Unit: tty05
Premo el botó Next i avanço fins que s'obre una altra finestra d'avís,
Warning: The 2H amplifier in the BMSM uses router output 3 which is selected by the 0.5W 1H Amplifier
Tanco la finestra prement el botó Close i surten dos avisos (ja conegut dels altres espectròmetres amb GNU/Linux Debian),
Operation not permitted
Cannot make link
link must be done manually with
ln /opt/topspin1.3/prog/mod/go4 /opt/topspin1.3/prog/mod/acq_control
i
Operation not permitted
Cannot make link
link must be done manually with
ln /opt/topspin1.3/prog/wobble/pp_drx_X /opt/topspin1.3/prog/wobble/pulsprog_X
Finalment s'obre la finestra amb la llista de nuclis i la seva freqüència a l'espectròmetre, i després s'obre la finestra amb les connexions entre els amplificadors, la sonda i els preamplificador.
La comparació del nou fitxer //uxnmr.info// amb el mateix fitxer a l'antiga estació de treball ens indica l'existència dels següents problemes
* No s'han detectat les plaques FCU (unitats de control de la freqüència)
* No s'ha detectat la placa RCU (unitat de control del receptor)
* No s'ha detectat la placa DRU (digitalitzador)
La diferència al fitxer //uxnmr.info// és que a la darrera configuració operativa s'identificaven correctament les plaques //FCU// i //RCU//
[teo@rmn6 spect]$ more uxnmr.info
CONFIGURATION INFORMATION
=========================
Date : Thu Dec 11 13:24:54 2014
Release : TopSpin Acquisition Version ts_1_3pl-10
Host : rmn6.uab.es Linux 2.4.21-9.EL #1 Thu Jan 8 17:24:12 EST 2004 i686
User : teo (Teodor Parella,Servei RMN,935812291,972843351)
System : DRX spectrometer
1H-frequency : 500.13 MHz
Hardware info: using "/opt/topspin/conf/instr/spect/hardware_list"
(ignoring RS device entries)
#--------------------
# FCU configuration:
#--------------------
board # 1 :
MEMORY 0x3f000 (=63 k Words)
PAL-Version 0x3 = new version (EC level 07 or more)
board # 2 :
MEMORY 0x3f000 (=63 k Words)
PAL-Version 0x3 = new version (EC level 07 or more)
board # 3 :
MEMORY 0x3f000 (=63 k Words)
PAL-Version 0x3 = new version (EC level 07 or more)
RCU1: DRAM = 4096 kByte, SRAM = 256 kByte, FIFO = 4 kByte
Digitizers and Filters connected to RCU1:
- HADC/2 ADC937
Gcu: GCU1
Router: 1 Avance-Router
i a la configuració actual no,
root@sermn107:/opt/topspin1.3/conf/instr/spect# more uxnmr.info
CONFIGURATION INFORMATION
=========================
Date : Fri Sep 18 17:20:46 2015
Release : TopSpin Acquisition Version ts_1_3pl-10
Host : sermn107 Linux 3.2.0-4-amd64 #1 SMP Debian 3.2.68-1+deb7u3 x86_64
User : sermnadmin (SeRMN-UAB Staff,,,)
System : DRX spectrometer
1H-frequency : 500.13 MHz
Hardware info: using "/opt/topspin1.3/conf/instr/spect/hardware_list"
(ignoring RS device entries)
FCU-BBIS data not available due to error, assume 3 FCUs:
RCU/DRU: neither RCU nor DRU found!
Gcu: GCU1
Router: 1 Avance-Router
===== Posada en marxa del TopSpin 1.3 - Segon intent =====
Comprovo que a la carpeta //spect// a l'antiga estació de treball hi ha dos fitxers //bbis_fcu// i //bbis_rcu1// que no es van copiar a la nova instal·lació del TopSpin. Els copio i torno a executar la comanda ''cf'', però dóna el mateix error i comprovo que han desaparegut tots dos fitxers.
Per si de cas es tracta d'un problema causat per l'absència de biblioteques de 32-bits, comprovo el contingut dels fitxers //*.rpm// de Bruker per les versions mése noves de CentOS (v 6 i 7) disponibles al [[ftp://ftp.bruker.de/pub/nmr/CentOS/6/Bruker-Addon/ | servidor ftp de Bruker]] i instal·lo els paquets de Debian que contenen aquestes biblioteques:
^ rpm package file by Bruker ^ lib files included ^ Debian package ^
| bruker-compatlibs-1.3-6.el6.brk.x86_64.rpm | libcom_err.so | :ok: comerr-dev |
| --- | libcrypto.so | :ok: libssl-dev |
| --- | libssl.so | :ok: libssl-dev |
La resta de paquets rpm contenen programes i/o utilitats que no són necessaris per ara.
Instal·lo el programa //auditd// per monitoritzar els canvis al directori de configuració del TopSpin
* [[http://people.redhat.com/sgrubb/audit/ | Linux Audit]]
* [[http://security.blogoverflow.com/2013/09/stump-the-chump-with-auditd-01/ | Stump the Chump with Auditd 01]]
* [[http://security.blogoverflow.com/2013/01/a-brief-introduction-to-auditd/ | A Brief Introduction to auditd]]
* [[https://benchmarks.cisecurity.org/index.cfm | Welcome to CIS Security Benchmarks]]
* [[http://askubuntu.com/questions/501965/why-isnt-auditd-logging-file-deletes]]
* [[http://serverfault.com/questions/320716/find-out-which-process-is-changing-a-file]]
* [[http://linoxide.com/how-tos/auditd-tool-security-auditing/ | Auditd - Tool for Security Auditing on Linux Server]]
* [[http://linux-audit.com/tuning-auditd-high-performance-linux-auditing/ | Tuning auditd: High Performance Linux Auditing]]
*
Defineixo les següents regles
# Monitor Bruker Topspin spectrometer configuration folder to
# find out which process deletes the bbis_fcu and bbis_rcu files
#
# -w watch /opt/topspin1.3/conf/instr
# -p warx watch for write, attribute change, execute, read events
-w /opt/topspin1.3/conf/instr/ -a exit,always -p warx -k TOPSPIN-CONF
# Monitor the bbis_fcu and bbis_rcu Bruker Topspin spectrometer
# configuration files to find out which process deletes them
#
# -w watch /opt/topspin1.3/conf/instr/spect/bbis_fcu
# -w watch /opt/topspin1.3/conf/instr/spect/bbis_rcu
# -p warx watch for write, attribute change, execute, read events
-w /opt/topspin1.3/conf/instr/spect/bbis_fcu -a exit,always -p warx -k TOPSPIN-BBIS-FCU
-w /opt/topspin1.3/conf/instr/spect/bbis_rcu1 -a exit,always -p warx -k TOPSPIN-BBIS-RCU
# Monitor delete files & folders by 64-bit and 32-bit applications
#
# -F arch=b32 or -F arch=b64 monitor 32- or 64-bit applications
# -S unlink watch for unlink (aka delete) system events
# -S rmdir watch for remove directory system events
# -k TOPSPIN-CONF
-a exit,always -F arch=b64 -S unlink -S unlinkat -S rmdir -k TOPSPIN-DEL-64
-a exit,always -F arch=b64 -S unlink -S unlinkat -S rmdir -k TOPSPIN-DEL-64
i faig que el programa torni a llegir el fitxers de configuració amb la comanda ''/etc/init.d/auditd restart''. Llavors comprovo el registre a ///var/log/audit/audit.log//.
Com era d'esperar, el causant del problema és el programa ''hconfserver'' que, per motius encara desconeguts, esborra els fitxers //bbis_fcu// i //bbis_rcu1// fins i tot quan són propietat de //root:root// i tenen permís d'escriptura només pel propietari.
Provo a assignar l'atribut **immutable** a aquests fitxers i tornar a executar ''cf'',
root@sermn107:/opt/topspin1.3/conf/instr/spect# chattr -V +i bbis_fcu
chattr 1.42.5 (29-Jul-2012)
Flags of bbis_fcu set as ----i--------e--
root@sermn107:/opt/topspin1.3/conf/instr/spect# chattr -V +i bbis_rcu1
chattr 1.42.5 (29-Jul-2012)
Flags of bbis_rcu1 set as ----i--------e--
root@sermn107:/opt/topspin1.3/conf/instr/spect# lsattr bbis_fcu bbis_rcu1 bbis_bla*
----i--------e-- bbis_fcu
----i--------e-- bbis_rcu1
-------------e-- bbis_bla1
-------------e-- bbis_bla4
-------------e-- bbis_bla5
i finalment aconsegueixo que ''cf'' no esborri els fitxers i completi la configuració de l'espectròmetre.
Els únics missatges d'error que es mostren durant el procés de configuració són els relacionats amb la impossibilitat de crear els enllaços d'alguns fitxers,
09:54:52.963 19230 error msg: hconfserver
Operation not permitted
Cannot make link
link must be done manually with
ln /opt/topspin1.3/prog/mod/go4 /opt/topspin1.3/prog/mod/go
09:55:07.362 19230 error msg: hconfserver
Operation not permitted
Cannot make link
link must be done manually with
ln /opt/topspin1.3/prog/mod/go4 /opt/topspin1.3/prog/mod/acq_control
09:55:11.440 19230 error msg: hconfserver
Operation not permitted
Cannot make link
link must be done manually with
ln /opt/topspin1.3/prog/wobble/pp_drx_X /opt/topspin1.3/prog/wobble/pulsprog_X
Per resoldre'l creo un bash-script //fix_topspin13.sh//
#!/bin/sh
#******************************************************************
#
# Copyright (c) 2015
# SeRMN, Universitat Autonoma de Barcelona
#
#******************************************************************
# DESCRIPTION
#
# When TopSpin 1.3 runs on a Debian GNU/Linux, the 'cf' command
# fails to create several hard links needed to run the software,
# and to (re)create the program 'shimcntl'.
#
# To fix this problem,
# 1. run 'cf' and ignore all warnings and errors about not
# being able to create hardlinks.
# 2. run this script. It requires root permissions to create, hence,
# this script upon running the 'cf' command.
#
#******************************************************************
echo ""
# link pulsprog_X to pp_drx_X
echo "creating file '/opt/topspin1.3/prog/wobble/pulsprog_X'"
ln -fv /opt/topspin1.3/prog/wobble/pp_drx_X /opt/topspin1.3/prog/wobble/pulsprog_X
ls -li /opt/topspin1.3/prog/wobble/pp_drx_X /opt/topspin1.3/prog/wobble/pulsprog_X
echo ""
# link go to go4
echo "creating file '/opt/topspin1.3/prog/mod/go'"
ln -fv /opt/topspin1.3/prog/mod/go4 /opt/topspin1.3/prog/mod/go
ls -li /opt/topspin1.3/prog/mod/go4 /opt/topspin1.3/prog/mod/go
echo ""
# link acq_control to go4
echo "creating file '/opt/topspin1.3/prog/mod/acq_control'"
ln -fv /opt/topspin1.3/prog/mod/go4 /opt/topspin1.3/prog/mod/acq_control
ls -li /opt/topspin1.3/prog/mod/go4 /opt/topspin1.3/prog/mod/acq_control
echo ""
==== uxnmr.info ====
Aquesta és la configuració final de l'espectròmetre. Coincideix amb la que hi havia a l'antiga estació de treball.
CONFIGURATION INFORMATION
=========================
Date : Tue Sep 22 09:54:02 2015
Release : TopSpin Acquisition Version ts_1_3pl-10
Host : sermn107 Linux 3.2.0-4-amd64 #1 SMP Debian 3.2.68-1+deb7u3 x86_64
User : sermnadmin (SeRMN-UAB Staff,,,)
System : DRX spectrometer
1H-frequency : 500.13 MHz
Hardware info: using "/opt/topspin1.3/conf/instr/spect/hardware_list"
(ignoring RS device entries)
#--------------------
# FCU configuration:
#--------------------
board # 1 :
MEMORY 0x3f000 (=63 k Words)
PAL-Version 0x3 = new version (EC level 07 or more)
board # 2 :
MEMORY 0x3f000 (=63 k Words)
PAL-Version 0x3 = new version (EC level 07 or more)
board # 3 :
MEMORY 0x3f000 (=63 k Words)
PAL-Version 0x3 = new version (EC level 07 or more)
RCU1: DRAM = 4096 kByte, SRAM = 256 kByte, FIFO = 4 kByte
Digitizers and Filters connected to RCU1:
- HADC/2 ADC937
Gcu: GCU1
Router: 1 Avance-Router
Amplifier Control Board: connected to spect:/dev/tty04
- Warning: The 2H amplifier in the BSMS uses router output 3 which is
selected by the 0.5W 1H Amplifier
Amplifiers (ACB configuration):
RO Amplifier Module Nucleus Power/W Switchbox PN/SN/FW
1 1 1 X 300 Y vCB=de W1301865/564/20000509
2 1 2 1H 50 Y --""-- W1301865/564/20000509
3 2 1 2H 20 Y iCB=00 -/-/-
5 3 1 X 300 vCB=ff W1301840/1340/19990407
ASU's (BBIS configuration):
AQ-Rack position MOD MULT connected to
6 2 1 FCU-1
6 2 1 FCU-2
5 2 1 FCU-3
(Note: AQ-Rack positions are counted from right)
BSMS: device connected to spect:/dev/tty02
- absolute lockshift frequency = 13227000 Hz
- 2H Amplifier: connected to router output 3
BPSU: device connected to spect:/dev/tty07
- use BACS air = no
- BACS sx delay = 10 s
- Sample Rail fast changer mode = no
Synthesizers :
- PTS-620DL 1MHZ : for F1/F2, 620 MHz max, doubling frequency = 309.00MHz
- PTS-620SL 1MHZ : for F3, 620 MHz max, doubling frequency = 309.00MHz
Lock: device connected to spect:/dev/tty03
Eurotherm VTU: device connected to spect:/dev/tty05
Preamplifiers :
HPPR: - HPPR/2 preamplifier connected to spect:/dev/tty10
Type : HPPR/2
Controller: Application firmware = AO
15 LEDs for tuning, 15 LEDs for matching
Module 1 : 1H LNA
Module 2 : XBB19F 2HS
Module 3 : 2H
Module 4 : 13C
Module 5 : 15N
Receiver :
- RX22-1 connected to spect:/dev/tty10
Frequency generation:
- F1: for 22 MHz IF
- F2: for 22 MHz IF
- F3: direct
===== expinstall, edhead, edlock, etc. =====
Executo la comanda ''expinstall'' amb l'opció //Type of acquisition: High Resolution Systems// per instal·lar els //parameter set// i //pulse programs//, compilar els programes AU, i instal·lar altres recursos necessaris per emprar l'espectròmetre:
* Install Pulse Programs
* Install Bruker Libray AU Programs
* Install Library CDP Programs
* Install Library Gradiend Files
* Install Library Shape Files
* Convert Standard Parameter Sets
* Install Standard Scaling Region Files
* Enable Define Statements in Pulse Programs
El procés es completa sense problemes.
Tot seguit executo les comandes:
* :ok: ''edsolv''
* :ok: ''edhead''
* :ok: ''edprosol''
* :ok: ''edlock''
* :ok: ''edscon''
==== Tasques pendents ====
Tasques pendents per més endavant:
* :fail: ''cplbruk all'' per compilar tots els programes AU de Bruker.
* :fail: ''cpluser all'' per compilar tots els programes AU dels usuaris.
===== Còpia de les dades =====
Creo l'usuari //sermnuab// i la carpeta de dades ///home/sermnuab/data//. Llavors copio les dades que hi havia a l'antiga estació de treball dins aquesta nova carpeta de dades.
# cd /home/sermnuab/
# mkdir data
# cd data
# rsync -Hvax --progress --stats /home/sermnadmin/Downloads/Topspin-1.3@old-computer/opt_topspin_data/ .
[...]
Number of files: 276808
Number of files transferred: 240678
Total file size: 12626980788 bytes
Total transferred file size: 12626980788 bytes
Literal data: 12626980788 bytes
Matched data: 0 bytes
File list size: 4490020
File list generation time: 0.001 seconds
File list transfer time: 0.000 seconds
Total bytes sent: 12643300746
Total bytes received: 4717413
sent 12643300746 bytes received 4717413 bytes 10677938.50 bytes/sec
total size is 12626980788 speedup is 1.00
# chown root:root ../data
# chown -R sermnuab:sermnuab
# chmod 755 ../data
# ls -ld ../data
drwxr-xr-x 28 root root 4096 Sep 22 16:33 ../data
===== Còpia dels parameter-sets, pulse-programs, etc. =====
Amb el programa [[http://meldmerge.org/ | meld]] comparo les carpetes de parameter-sets, pulse-programs, shapes, llistes, i altres que es troben a ///opt/topspin1.3/exp/stan/nmr//:
^ Item ^ Origen ^ Propietari ^ Permisos per sermnuab ^
| Parameter-sets | TopSpin | sermnadmin | Només lectura. No els pot modificar |
| Parameter-sets | Usuaris | sermnuab | Lectura i escriptura. Els pot modificar |
| Pulse-programs | TopSpin | nmrsu | Només lectura. No els pot modificar |
| Pulse-programs | Usuaris | sermnuab | Lectura i escriptura. Els pot modificar |
| Pulse-shapes | TopSpin | nmrsu | Només lectura. No els pot modificar |
| Pulse-shapes | Usuaris | sermnuab | Lectura i escriptura. Els pot modificar |
| Composite-pulses | TopSpin | nmrsu | Només lectura. No els pot modificar |
| Composite-pulses | Usuaris | sermnuab | Lectura i escriptura. Els pot modificar |
| Gradient-pulse | TopSpin | nmrsu | Només lectura. No els pot modificar |
| Gradient-pulse | Usuaris | sermnuab | Lectura i escriptura. Els pot modificar |
| Llistes vàries (vc, vd, f1...) | Usuaris | sermnuab | Lectura i escriptura. Les pot modificar |
===== Còpia dels fitxers que hi havia a /home/teo =====
===== Ús del TopSpin =====
* **EDHEAD / LOCK / GRADSHIM:** problemes amb edhead i la definició de la sonda: no coincideix amb l'existent a l'anterior estació de treball i dóna errors amb els fitxers de shim, a l'hora d'agafar el lock, i amb la comanda gradshim. Afegeixo l'antiga definició de la sonda i els problemes semblen resoldre's.
* :ok: **EDTE** funciona
* :ok: **LOCK-display** funciona
* :ok: **BMSM-display** funciona, però sembla que sigui possible treure la finestra fora del topspin
* :ok: **RGA** funciona
* :fail: **ZG** no funciona! (veure més avall)
Quan provo d'adquirir un espectre amb la comanda ''zg'' em surt el missatge d'error **No acquisition hardware available for: 192.168.2.7** que està relacionat amb el problema de la compilació de programes AU.
No acquisition hardware available for: 192.168.2.7
(Original message = `NO_ACQUISITION_AVAILABLE1` 192.168.2.7)
====================================================
Wed Sep 23 16:30:56 CEST 2015
Topspin Version 1.3 (of July 13 2009)
No acquisition running.
ConfigProp.get: ACQ_DISCFUNC
de.bruker.nmr.jutil.except.MfrException: No acquisition running.
ConfigProp.get: ACQ_DISCFUNC
at de.bruker.nmr.prsc.cpr.ConfigProp.get(ConfigProp.java:91)
at de.bruker.nmr.sc.acq.AcqUtil.getAcqFileName(AcqUtil.java:53)
at de.bruker.nmr.sc.acq.Acq.checkAcquisitionRunning(Acq.java:591)
at de.bruker.nmr.sc.acq.Acq.showAcqWindow(Acq.java:631)
at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method)
at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(NativeMethodAccessorImpl.java:39)
at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(DelegatingMethodAccessorImpl.java:25)
at java.lang.reflect.Method.invoke(Method.java:585)
at de.bruker.nmr.mfw.base.CmdThreadImpl.doJmethod(CmdThreadImpl.java:535)
at de.bruker.nmr.mfw.base.CmdThreadImpl.exec(CmdThreadImpl.java:439)
at de.bruker.nmr.mfw.base.CmdThreadImpl.run(CmdThreadImpl.java:393)
Class versions
===============
Class: de.bruker.nmr.prsc.cpr.ConfigProp
Version: $Id: ConfigProp.java,v 1.81 2005/01/11 09:51:11 prs Exp
Class: de.bruker.nmr.sc.acq.AcqUtil
Version: $Id: AcqUtil.java,v 1.61.2.3 2005/01/13 15:15:47 es Exp
Class: de.bruker.nmr.sc.acq.Acq
Version: $Id: Acq.java,v 1.151.2.19 2005/01/24 13:03:26 es Exp
Class: de.bruker.nmr.mfw.base.CmdThreadImpl
Version: $Id: CmdThreadImpl.java,v 1.107.2.1 2006/06/30 12:40:12 pavel Exp
===== go no funciona, exit(127) =====
L'error //exit(127)// està causat perquè el programa ''go'' no troba totes les biblioteques que necessita. És un error semblant a l'esmentat a [[https://www.bruker.com/cgi-bin/bkb/show_bug.cgi?id=8702 | l'Item
#8702 What can I do if the Plot Editor does not start?]]. Aplico la solució esmentada per trobar quines biblioteques no es troben,
$ /opt/topspin1.3/topspin -e ldd /opt/topspin1.3/prog/mod/go
linux-gate.so.1 => (0xf779d000)
ConvSf.so => /opt/topspin1.3/prog/shlib/ConvSf.so (0xf7796000)
[...]
libXmu.so.6 => not found
libXpm.so.4 => not found
[...]
libXdmcp.so.6 => /usr/lib/i386-linux-gnu/libXdmcp.so.6 (0xf704e000)
Comprovo que les biblioteques //libXmu.so// i //libXpm.so// estan disponibles, però que són de 64-bits, o sigui que instal·lo les biblioteques equivalents de 32-bits disponibles als paquets //libxpm4:i368// i //libxmu6:i386//. Un cop instal·lats els paquets, comprovo si ''go'' troba totes les biblioteques,
$ /opt/topspin1.3/topspin -e ldd /opt/topspin1.3/prog/mod/go
linux-gate.so.1 => (0xf779d000)
ConvSf.so => /opt/topspin1.3/prog/shlib/ConvSf.so (0xf7796000)
[...]
libXmu.so.6 => /usr/lib/i386-linux-gnu/libXmu.so.6 (0xf73f3000)
libXpm.so.4 => /usr/lib/i386-linux-gnu/libXpm.so.4 (0xf73e2000)
[...]
libXdmcp.so.6 => /usr/lib/i386-linux-gnu/libXdmcp.so.6 (0xf704e000)
Per evitar problemes, comprovo si estan disponibles totes les biblioteques cridades pels programes,
$ for PROG in /opt/topspin1.3/prog/mod/*;
do
echo $PROG;
/opt/topspin1.3/topspin -e ldd $PROG | grep "not found";
done
i trobo que només el programa //xwinplot// no troba dues biblioteques,
/opt/topspin1.3/prog/mod/xwinplot.mod
libdpstk.so.1 => not found
libdps.so.1 => not found
Per resoldre el problema hauria d'instal·lar aquestes biblioteques, però no estan disponibles a cap versió de GNU/Linux relativament moderna (veure [[https://www.bruker.com/cgi-bin/bkb/show_bug.cgi?id=7044 | Item #7044]] i [[https://www.bruker.com/cgi-bin/bkb/show_bug.cgi?id=7301 | Item #7301]]). La única possibilitat seria provar a copiar unes biblioteques procedents d'una versió de GNU/Linux més antiga, tot i que a [[https://www.bruker.com/cgi-bin/bkb/show_bug.cgi?id=8702 | l'Item #8702]] es recomana no fer-ho per possibles problemes d'incompatibilitat.
Tanmateix, podria provar a descarregar-les del magatzem [[http://archive.debian.net/ | Archive Debian]] i comprovar si són compatibles. Les darreres versions disponibles són les que es varen distribuir amb el paquet [[http://archive.debian.net/sarge/libdps1 | libdps1 (4.3.0.dfsg.1-14sarge7)]] de la versió 7 (aka Sarge) de Debian.
===== Compilació dels programes AU =====
Aquesta part és tan llarga i específica que l'he mogut a una pàgina a part:
* [[informatica:hp_xw4300_500_topspin13_au_compilation]]
===== Manquen solvents a la comanda lock =====
Quan executo la comanda ''lock'', la llista de solvents que surt en pantalla és massa curta i no conté, entre altres, l'acetona. **Temporalment, per resoldre el problema** copio el fitxer ///opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/lists/2Hlock// a ///opt/topspin1.3/conf/instr/spect//, tot i que és un fitxer més vell que inclou menys solvents.
La causa de l'error podria estar a la inconsistència dels noms d'alguns solvents a diferents fitxers. Per exemple, en alguns llocs surt //aceton// i en altres //acetone//.
Comprovar a la Bruker Knowledge Base els [[https://www.bruker.com/cgi-bin/bkb/buglist.cgi?long_desc_type=allwordssubstr&long_desc=edlock&short_desc_type=allwordssubstr&short_desc=&bug_id=| registres relacionats amb edlock]], per exemple:
* [[https://www.bruker.com/cgi-bin/bkb/show_bug.cgi?id=10711]]
* [[https://www.bruker.com/cgi-bin/bkb/show_bug.cgi?id=8259]]
* [[https://www.bruker.com/cgi-bin/bkb/show_bug.cgi?id=5956]]
* [[https://www.bruker.com/cgi-bin/bkb/show_bug.cgi?id=2375]]
FIXME
Explicar la solució final:
* copiar el fitxer //solvents.all// del TS31
* editar els fitxers del TS13 per corregir els noms dels solvents segons el fitxer de solvents del TS31
* afegir la informació dels solvents afegits després de la versió TS13
===== Còpia dels programes AU compilats a l'antic ordinador =====
Mentres cerco la forma de compilar els programes AU en aquesta versió de GNU/Linux, intento una solució més immediata: copiar els fitxers AU ja compilats a l'antic ordinador i comprovar si funcionen al nou ordinador. Provo alguns programes (''iexpno'', ''paropt'', ''dosy'') i tots funcionen. Així doncs, mentre no es trobi una solució millor, aquesta serà la forma de poder executar programes AU al nou ordinador.
Caldrà compilar a l'antic ordinador tots els programes AU disponibles o, com a mínim, tots els que previsiblement es podrien fer servir.