Avance III 400 MHz SB - Configuració del TopSpin

Aquesta és la llista de tasques de configuració a rer per completar la instal·lació i configuració del TopSpin:

• edprobe
  • copiar els fitxers de configuració de les sondes i seleccionar la sonda TBI que està muntada
• expinstall
  • copiar els parameter sets ~/par/user
• prosol
  • copiar els valors de la darrera instal·lació.
• pulse programs
  • copiar els fitxers de la darrera instal·lació.
• pulse shapes
  • copiar els fitxers de la darrera instal·lació.
• compilació dels programes AU amb cplbruk all i cpluser all
• Variable Temperature Unit (VTU) & EdTE
  • la comanda edte dona un error i la finestra de control de la VTU s'obre però no conté res.
  • Aquest error es resol instal·lant la versió 3.6.4 del TopSpin.
• topshim
  • no es pot executar fins que es defineixin els pulsos de 2H al PROSOL

Les tres sondes disponibles per aquest espectròmetre són,

La segona (OLD 1H+BBI) és la que està muntada però el TopSpin no la detecta perquè no té PICS. Per configurar-les, copio els fitxers de configuració de l'anterior instal·lació i comprovo que apareixen a edprobe. Llavors selecciono la sonda OLD 1H+BBI com a sonda actual (Set as current), i comprovo i guardo la configuració de les connexions (Edit RF Connections).

Els fitxers de configuració actuals són,

# pwd
/opt/topspin3.6.3/conf/instr/probeheads

# ls -l
total 48
-rw-rw-rw-. 1 nmrsu nmrsu 9584 Aug 25 09:53 B3748_0321.par
-rw-rw-rw-. 1 nmrsu nmrsu   15 Mar  2  2020 curprobe
-rw-rw-rw-. 1 nmrsu nmrsu 3061 Mar  2  2020 Z104450_0188.bb
-rw-rw-rw-. 1 nmrsu nmrsu 9854 Aug 25 09:51 Z104450_0188.par
-rw-rw-rw-. 1 nmrsu nmrsu 1314 Mar  2  2020 Z104450_0188.ph
-rw-rw-rw-. 1 nmrsu nmrsu 9585 Aug 25 09:56 Z8202_0003.par

Executo la comanda expinstall per copiar i configurar els parameter sets a les especificacions de l'espectròmetre. Les opcions triades són:

• Select the type of acquisition: High Resolution Systems
• Available spectrometer or datastation copnfigurations
  • Select the configuration you want to use: spect
• Select the items you want to install
  • Install Pulse Programs
  • Install Bruker AU Programs
  • [unchecked] Recompile All User AU Programs
  • Install Library CPD Programs
  • Install Library Gradient Files
  • Install Library Shape Files
  • Convert Standard Parameter Sets
  • Install Standard Scaling Region Files
  • Install Bruker Python Programs
• Select the basic frequency of your spectrometer
  • Basic Frequency: 400.13
• Select the pre-scan delay DE
  • Default pre-scan-delay (us): 6.5
• Select the plotter paper format
  • Paper format: A4 / Letter

Configuro i activo l'opció de crear còpies de seguretat automàtiques de la configuració del TopSpin amb les següents opcions:

• SAVE INSTALLATION FILES
  • Location of backup file: /opt/topspin3.6.3/nmr_backup * Installation to be saved (TopSpin home): /opt/topspin3.6.3
  • Spectrometer configuration (e.g. spect): spect
  • Display default informaiton: checked
  • Display additional informaiton: unchecked
• Execute “Save installation specific files” periodically: [Automatic Backup]

Deixo les opcions per defecte i es crea el cron-job que periòdicament farà una còpia dels fitxers de configuració.

Quan surto es compila el programa AU nmr-save i es crea la primera còpia de seguretat.

El contingut de les còpies de seguretat es pot veure al fitxer de registre

retrieving path to diskless (may take some time)...
found /usr/diskless
prepare backup: Copy /usr/diskless/prog/logfiles to /opt/topspin3.6.3/nmr_backup/tmp_backup_dir/logfiles
extract and backup /opt/topspin3.6.3/conf/instr/servtool/bsmstool/boss/
=>
extract and backup /opt/topspin3.6.3/conf/instr/servtool/bsmstool/boss/wb/
now extracting from dir /opt/topspin3.6.3/conf/instr/servtool/bsmstool/boss/wb/...
[...]...
Every file of the following directories will be saved: 

/opt/topspin3.6.3/QTP/ 
/opt/topspin3.6.3/conf/global/ 
/opt/topspin3.6.3/conf/instr/...
[...]
/opt/topspin3.6.3/db/user/ 
/opt/topspin3.6.3/data/final/nmr/protocolfiles/ 

Additionally the following files will be saved (if existing): 

/opt/topspin3.6.3/conf/instr/spect/uxnmr.par 
/opt/topspin3.6.3/conf/instr/spect/uxnmr.info 
[...]
/opt/topspin3.6.3/prog/server/export.conf 

------------------------------------------------------------------

start to generate back-up copy... 

Now writing zip file /opt/topspin3.6.3/nmr_backup/completeDirectories.zip1...
[...]
Backing up of NMR data was successful! 
The backup file

/opt/topspin3.6.3/nmr_backup/nmr_backup_20210824-1726.zip

has been generated!
 
####################################

• SAVE USER FILES
  • Location of backup file: /opt/topspin3.6.3/nmr_backup
  • Overwrite existing backup file unchecked
  • Display default information: checked
  • Display additional information: unchecked
• Execute Save user files periodically:

premo el botó [Automatic Backup] i s'obre una nova finestra amb els paràmetres de la tasca automàtica. Deixo les opcions per defecte i es crea el cron-job que periòdicament farà una còpia dels fitxers de configuració.

Quan surto es compila el programa AU nmr-save i es crea la primera còpia de seguretat.

El contingut de les còpies de seguretat es pot veure al fitxer de registre

retrieving path to diskless (may take some time)...
found /usr/diskless

Every non-Bruker file in /home/sermnadmin/.topspin-cie-54-214.uab.cat/ will be saved: 

Every non-Bruker file in /opt/topspin3.6.3/exp/stan/nmr/au/src/ will be saved: 

now extracting from dir /opt/topspin3.6.3/exp/stan/nmr/au/src/...
 

Now writing zip file /opt/topspin3.6.3/nmr_backup/extractedDirectories.zip1...

[...]

Now writing zip file /opt/topspin3.6.3/nmr_backup/nmr_backup_sermnadmin_20210812-1137.zip...

####################################
 
Backing up of NMR data was successful! 
The backup file

/opt/topspin3.6.3/nmr_backup/nmr_backup_sermnadmin_20210826-1027.zip

has been generated!
 
####################################

Copio els fitxers que hi ha a la carpeta ~topspin/conf/instr/spect/prosol de la darrera instal·lació del TopSpin, la 3.6.1.

Copio els fitxers que hi ha a les carpetes exp/stan/nmr/*/user/ de les dues darreres instal·lacions del TopSpin, la 3.6.1 instal·lada al maig perquè és la més recent, i la 3.5 per si de cas conté algun fitxer que no es va importar a la 3.6.1.

• Copio els fitxers de /mnt/old-opt/topspin/3.6.1
• PENDENT Copio els fitxers de /mnt/old-opt/topspin/3.5pl6

• Copio els fitxers de /mnt/old-opt/topspin/3.6.1
• PENDENT Copio els fitxers de /mnt/old-opt/topspin/3.5pl6

• Copio els fitxers de /mnt/old-opt/topspin/3.6.1
• PENDENT Copio els fitxers de /mnt/old-opt/topspin/3.5pl6

• Copio els fitxers de /mnt/old-opt/topspin/3.6.1
• PENDENT Copio els fitxers de /mnt/old-opt/topspin/3.5pl6

Executo les comandes cplbruk all per compilar els programes AU de Bruker, i cpluser all per compilar els de la carpeta user. També es pot fer servir la comanda compileall per compilar-los tots alhora.

Un cop completada la configuració del TopSpin amb la comanda cf, a la finestra de Additional Setups - Important executo la comanda Edcstm per entrar la informació sobre el sistema i el client:

* Required Fields

Obro la finestra de la BSMS Tool sense problemes, la configuro perquè es mostri com finestra externa

• Config / External checked

i la moc a la seva ubicació final al monitor secundari. Llavors mesuro el nivell d'heli actual i comprovo que la BSMS Tool funciona.

Obro la finestra “LOCK Signal Display” sense problemes. Ja està configurada com finestra externa, o sigui que només l'he de moure a la seva ubicació al monitor secundari.

Executo la comanda rsh per carregar un dels fitxers de shims més actuals. s'0bre la finestra per seleccionar el fitxer a carregar, trio un i el TopSpin el llegeix sense problemes.

Un cop configurat PROSOL, executo la comanda topshim i funciona sense problemes.

Provo d'obrir amb la comanda edte la finestra de control de la Unitat de temperatura (VUT) i em dona un error,

Command table does not exist
cmdtab_edte.prop
(Original message = Command table does not exist
cmdtab_edte.prop)

====================================================
25 August 2021 15:13:17.353 +0200
Topspin Version  = TopSpin 3.6.3 (of 2021-01-04 15:18:28),build 311
OS Name          = Linux 3.10.0-1160.25.1.el7.x86_64
JVM Version      = 1.8.0_202 (32 bit) Oracle Corporation
JVM Total memory = 235 MB
JVM Free  memory = 155 MB

Command table does not exist
cmdtab_edte.prop
java.lang.reflect.InvocationTargetException
	at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method)
	at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(NativeMethodAccessorImpl.java:62)
	at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(DelegatingMethodAccessorImpl.java:43)
	at java.lang.reflect.Method.invoke(Method.java:498)
	at de.bruker.nmr.mfw.base.CmdThreadImpl.executeMethod(CmdThreadImpl.java:652)
	at de.bruker.nmr.mfw.base.CmdThreadImpl.doJmethod(CmdThreadImpl.java:565)
	at de.bruker.nmr.mfw.base.CmdThreadImpl.exec(CmdThreadImpl.java:514)
	at de.bruker.nmr.mfw.base.CmdThreadImpl.run(CmdThreadImpl.java:494)
Caused by: de.bruker.nmr.mfw.base.CommandTableDoesNotExistsException: Command table does not exist
cmdtab_edte.prop
	at de.bruker.nmr.mfw.base.Comint.<init>(Comint.java:91)
	at de.bruker.nmr.sc.vtu.ContPanel.<init>(ContPanel.java:81)
	at de.bruker.nmr.sc.vtu.Starter.createApplFrame(Starter.java:176)
	... 8 more

i la finestra que s'obre no conté res. Comprovo que hi ha un fitxer amb aquest nom

# ls -l /opt/topspin3.6.3/classes/prop/cmdtab_edte.prop 
-rw-rw-rw-. 1 nmrsu nmrsu 2427 Jan  4  2021 /opt/topspin3.6.3/classes/prop/cmdtab_edte.prop

Comprovo els permisos dels fitxers a /opt/topspin3.6.3/exp/stan/nmr/lists/eurotherm i trobo que el fitxer EdteLogSettings.txt té permisos incorrectes,

# ls -ld /opt/topspin3.6.3/exp/stan/nmr/lists/eurotherm/
drwxrwxrwx. 7 nmrsu nmrsu 95 Aug 25 11:08 /opt/topspin3.6.3/exp/stan/nmr/lists/eurotherm/

# ls -l /opt/topspin3.6.3/exp/stan/nmr/lists/eurotherm/                                                                                      
total 4
drwxrwxrwx. 2 nmrsu nmrsu  44 Jun  7  2019 config
drwxrwxrwx. 2 nmrsu nmrsu   6 Aug 23 13:47 corr
-rw-rw-rw-. 1  1003  1003 345 Aug 21  2019 EdteLogSettings.txt
drwxrwxrwx. 2 nmrsu nmrsu   6 Aug 23 13:47 hex
drwxrwxrwx. 2 nmrsu nmrsu   6 Aug 23 13:47 record
drwxrwxrwx. 2 nmrsu nmrsu   6 Aug 23 13:47 tcf

El corregeixo, però això no resol el problema,

# chown nmrsu:nmrsu /opt/topspin3.6.3/exp/stan/nmr/lists/eurotherm/EdteLogSettings.txt 

# ls -l /opt/topspin3.6.3/exp/stan/nmr/lists/eurotherm/EdteLogSettings.txt 
-rw-rw-rw-. 1 nmrsu nmrsu 345 Aug 21  2019 /opt/topspin3.6.3/exp/stan/nmr/lists/eurotherm/EdteLogSettings.txt