SeRMN Wiki

User Tools

Site Tools

You are here: sermn_wiki » informatica » hp_xw4300_500_topspin13
Trace: • servidor_internet_2009_debian_8 • eines_biblio • servidor_internet_2009_debian_10_part_3 • configuracio_blog • hp_z400_600_topspin31
informatica:hp_xw4300_500_topspin13

Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

Both sides previous revision Previous revision
Next revision 		Previous revision
Last revision Both sides next revision
informatica:hp_xw4300_500_topspin13 [2015/09/29 13:36]
miquel [Canvis addicionals al programa 'makeau'] 		informatica:hp_xw4300_500_topspin13 [2015/09/29 17:38]
miquel [Manquen solvents a la comanda lock]
Line 963: Line 963:
 </file> </file>
  
-===== expinstall =====+===== expinstall, edhead, edlock, etc. =====
  
 Executo la comanda ''expinstall'' amb l'opció //Type of acquisition: High Resolution Systems// per instal·lar els //parameter set// i //pulse programs//, compilar els programes AU, i instal·lar altres recursos necessaris per emprar l'espectròmetre: Executo la comanda ''expinstall'' amb l'opció //Type of acquisition: High Resolution Systems// per instal·lar els //parameter set// i //pulse programs//, compilar els programes AU, i instal·lar altres recursos necessaris per emprar l'espectròmetre:
Line 984: Line 984:
   * :ok: ''edscon''   * :ok: ''edscon''
  
-===== Compilació dels programes AU =====+==== Tasques pendents ====
  
 Tasques pendents per més endavant: Tasques pendents per més endavant:
Line 1097: Line 1097:
 </file> </file>
  
-===== Compilació dels programes AU ===== +===== go no funciona, exit(127) =====
- +
-Aquesta part és tan llarga i específica que l'he mogut a una pàgina a part: +
-  * [[informatica:hp_xw4300_500_topspin13_au_compilation]] +
- +
- +
- +
- +
- +
- +
-==== Canvis al TopSpin ==== +
- +
-=== /opt/topspin1.3/prog/bin/topspin === +
- +
-Afegeixo la variable //$LD_LIBRARY_PATH// al final de la definició de la variable LD_LIBRARY_PATH, +
- +
-<code diff> +
-# diff topspin topspin.ORIG-20150824  +
-62c62 +
-<     export LD_LIBRARY_PATH="$szProgPath"/pvshlib:"$szProgPath"/shlib:$LD_LIBRARY_PATH +
---- +
->     export LD_LIBRARY_PATH="$szProgPath"/pvshlib:"$szProgPath"/shlib +
-</code> +
- +
-=== /etc/profile.d/topspin_compile_au.sh === +
- +
-Creo el fitxer ///# more /etc/profile.d/topspin_compile_au.sh// que contindrà la definició de les variables d'entorn necessàries perquè funcioni la compilació dels programes AU, +
- +
-<code bash> +
-# MCE - 20150925 - Library path environment variables added to allow +
-# compilating TopSpin 1.3 AU programs in newer GNU/Linux versions +
- +
-export PATH=$PATH:/opt/topspin1.3/gnu/bin +
-export LIBRARY_PATH=/usr/lib32:$LIBRARY_PATH +
-export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib32:/lib32:$LD_LIBRARY_PATH +
-</code> +
- +
-==== Compilació dels programes AU ==== +
- +
-Executo la comanda ''cplbruk all'' per compilar tots els programes AU i els compila tots excepte els esmentats a [[https://www.bruker.com/cgi-bin/bkb/show_bug.cgi?id=9641 | l'Item#: 9641. Some AU programs do not compile with native compiler]] +
- +
-<file> +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/coiltemp:42:5: error: conflicting types for 'coiltemp_program' +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/coiltemp:43:1: note: an argument type that has a default promotion can't match an empty parameter name list declaration +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/coiltemp:31:9: note: previous implicit declaration of 'coiltemp_program' was here +
-exit 1 +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/decra: In function 'AU_program': +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/decra:112:12: error: invalid storage class for function 'DECRA_program' +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/decra: At top level: +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/decra:293:12: error: static declaration of 'DECRA_program' follows non-static declaration +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/decra:115:9: note: previous implicit declaration of 'DECRA_program' was here +
-exit 1 +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/disconv: In function 'AU_program': +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/disconv:128:12: error: invalid storage class for function 'DISNMR_program' +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/disconv: At top level: +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/disconv:878:12: error: static declaration of 'DISNMR_program' follows non-static declaration +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/disconv:131:9: note: previous implicit declaration of 'DISNMR_program' was here +
-exit 1 +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/disinfo: In function 'AU_program': +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/disinfo:106:12: error: invalid storage class for function 'DISNMR_program' +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/disinfo: At top level: +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/disinfo:832:12: error: static declaration of 'DISNMR_program' follows non-static declaration +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/disinfo:109:9: note: previous implicit declaration of 'DISNMR_program' was here +
-exit 1 +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/lcsino:46:7: error: conflicting types for 'lcsino' +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/lcsino:40:7: note: previous implicit declaration of 'lcsino' was here +
-exit 1 +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/multi_zgvd: In function 'AU_program': +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/multi_zgvd:47:13: error: invalid storage class for function 'PrintExpTime' +
-exit 1 +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/multi_zgvt: In function 'AU_program': +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/multi_zgvt:54:13: error: invalid storage class for function 'PrintExpTime' +
-exit 1 +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/multicmd: In function 'AU_program': +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/multicmd:39:13: error: invalid storage class for function 'PrintExpTime' +
-exit 1 +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/multiexpt: In function 'AU_program': +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/multiexpt:29:13: error: invalid storage class for function 'PrintExpTime' +
-exit 1 +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/multizg: In function 'AU_program': +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/multizg:38:13: error: invalid storage class for function 'PrintExpTime' +
-exit 1 +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/noemult: In function 'AU_program': +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/noemult:53:13: error: invalid storage class for function 'PrintExpTime' +
-exit 1 +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/pulsecalib: In function 'AU_program': +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/pulsecalib:123:16: error: invalid storage class for function 'pulsecalib' +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/pulsecalib: At top level: +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/pulsecalib:290:1: error: static declaration of 'pulsecalib' follows non-static declaration +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/pulsecalib:124:12: note: previous implicit declaration of 'pulsecalib' was here +
-exit 1 +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/setproj:149:5: error: conflicting types for 'sorter' +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/setproj:35:5: note: previous declaration of 'sorter' was here +
-exit 1 +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/simplex: In function 'AU_program': +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/simplex:262:12: error: invalid storage class for function 'SIMPLEX_program' +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/simplex: At top level: +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/simplex:468:12: error: static declaration of 'SIMPLEX_program' follows non-static declaration +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/simplex:265:9: note: previous implicit declaration of 'SIMPLEX_program' was here +
-exit 1 +
-</file> +
- +
-<note important> +
-Ara que els programes AU s'han compilat correctament, el problema és que quan els executo, tots donen el següent missatge d'error: +
- +
-<file> +
-ILLEGAL TERMINATION of process 28469 +
-due to signal 11 +
-</file> +
- +
-potser pels motius explicats [[http://superuser.com/questions/908377/ldd-with-32-bit-binaries-on-64-bit-system-runs-but-wont-report | aquí]]: //ldd with 32-bit binaries on 64-bit system - runs but won't report//. +
-</note> +
- +
-==== go no funciona, exit(127) ====+
  
 L'error //exit(127)// està causat perquè el programa ''go'' no troba totes les biblioteques que necessita. És un error semblant a l'esmentat a [[https://www.bruker.com/cgi-bin/bkb/show_bug.cgi?id=8702 | l'Item  L'error //exit(127)// està causat perquè el programa ''go'' no troba totes les biblioteques que necessita. És un error semblant a l'esmentat a [[https://www.bruker.com/cgi-bin/bkb/show_bug.cgi?id=8702 | l'Item 
Line 1262: Line 1149:
 Tanmateix, podria provar a descarregar-les del magatzem [[http://archive.debian.net/ | Archive Debian]] i comprovar si són compatibles. Les darreres versions disponibles són les que es varen distribuir amb el paquet [[http://archive.debian.net/sarge/libdps1 | libdps1 (4.3.0.dfsg.1-14sarge7)]] de la versió 7 (aka Sarge) de Debian. Tanmateix, podria provar a descarregar-les del magatzem [[http://archive.debian.net/ | Archive Debian]] i comprovar si són compatibles. Les darreres versions disponibles són les que es varen distribuir amb el paquet [[http://archive.debian.net/sarge/libdps1 | libdps1 (4.3.0.dfsg.1-14sarge7)]] de la versió 7 (aka Sarge) de Debian.
  
-==== Manquen solvents a la comanda lock ====+===== Compilació dels programes AU ===== 
 + 
 +Aquesta part és tan llarga i específica que l'he mogut a una pàgina a part: 
 +  * [[informatica:hp_xw4300_500_topspin13_au_compilation]] 
 + 
 +===== Manquen solvents a la comanda lock =====
  
 Quan executo la comanda ''lock'', la llista de solvents que surt en pantalla és massa curta i no conté, entre altres, l'acetona. **Temporalment, per resoldre el problema** copio el fitxer ///opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/lists/2Hlock// a ///opt/topspin1.3/conf/instr/spect//, tot i que és un fitxer més vell que inclou menys solvents. Quan executo la comanda ''lock'', la llista de solvents que surt en pantalla és massa curta i no conté, entre altres, l'acetona. **Temporalment, per resoldre el problema** copio el fitxer ///opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/lists/2Hlock// a ///opt/topspin1.3/conf/instr/spect//, tot i que és un fitxer més vell que inclou menys solvents.
Line 1274: Line 1166:
   * [[https://www.bruker.com/cgi-bin/bkb/show_bug.cgi?id=2375]]   * [[https://www.bruker.com/cgi-bin/bkb/show_bug.cgi?id=2375]]
  
-==== Canvi de /lib32 a /lib/i386-linux-gnu? ====+<WRAP center round tip 80%> 
 +FIXME
  
-Fins ara he provat a compilar/enllaçar els programes amb les biblioteques disponibles a ///lib32///, però a les futures versions de Debian multiarquitectura (per exemple, 32- i 64-bits) les biblioteques de 32-bits estaran a ///lib/i386-linux-gnu///.+Explicar la solució final: 
 +  * copiar el fitxer //solvents.all// del TS31 
 +  * editar els fitxers del TS13 per corregir els noms dels solvents segons el fitxer de solvents del TS31 
 +  * afegir la informació dels solvents afegits després de la versió TS13 
 +</WRAP>
  
-Potser convindria redefinir les variables d'entorn //LIBRARY_PATH// i //LD_LIBRARY_PATH// per fer servir aquesta nova carpeta, i recompilar els programes AU amb les noves biblioteques. Podria ser que això resolgués els problemes de segmentation fault?+===== Còpia dels programes AU compilats a l'antic ordinador =====
  
-La definició actual de la variable d'entorn //LD_LIBRARY_PATH// és+Mentres cerco la forma de compilar els programes AU en aquesta versió de GNU/Linux, intento una solució més immediata: copiar els fitxers AU ja compilats a l'antic ordinador i comprovar si funcionen al nou ordinador. Provo alguns programes (''iexpno'', ''paropt'', ''dosy'') i tots funcionen. Així doncs, mentre no es trobi una solució millor, aquesta serà la forma de poder executar programes AU al nou ordinador.
  
-<file> +<WRAP center round important 80%> 
-# topspin -e echo $LD_LIBRARY_PATH +Caldrà compilar a l'antic ordinador tots els programes AU disponibles o, com a mínim, tots els que previsiblement es podrien fer servir. 
-/usr/lib32:/lib32::/opt/topspin1.3/prog/shlib:/opt/topspin1.3/prog/lib:/opt/topspin1.3/prog/shlib:/opt/topspin1.3/prog/lib:/opt/topspin1.3/gnu/lib +</WRAP>
-</file>+
  
-i les biblioteques emprades pel programa AU ''au_zg'' estan disponibles a ///lib32// i ///lib/i386-linux-gnu/// 
  
-<file> 
-# ls -l /lib32/libm* /lib/i386-linux-gnu/libm* 
--rw-r--r-- 1 root root 148920 Feb 22  2015 /lib32/libm-2.13.so 
--rw-r--r-- 1 root root  13884 Feb 22  2015 /lib32/libmemusage.so 
-lrwxrwxrwx 1 root root     12 Feb 22  2015 /lib32/libm.so.6 -> libm-2.13.so 
--rw-r--r-- 1 root root 148992 Feb 22  2015 /lib/i386-linux-gnu/libm-2.13.so 
--rw-r--r-- 1 root root  13960 Feb 22  2015 /lib/i386-linux-gnu/libmemusage.so 
-lrwxrwxrwx 1 root root     12 Feb 22  2015 /lib/i386-linux-gnu/libm.so.6 -> libm-2.13.so 
- 
-# ls -l /lib32/libdl* /lib/i386-linux-gnu/libdl* 
--rw-r--r-- 1 root root 9768 Feb 22  2015 /lib32/libdl-2.13.so 
-lrwxrwxrwx 1 root root   13 Feb 22  2015 /lib32/libdl.so.2 -> libdl-2.13.so 
--rw-r--r-- 1 root root 9844 Feb 22  2015 /lib/i386-linux-gnu/libdl-2.13.so 
-lrwxrwxrwx 1 root root   13 Feb 22  2015 /lib/i386-linux-gnu/libdl.so.2 -> libdl-2.13.so 
- 
-# ls -l /lib32/libc* /lib/i386-linux-gnu/libc* 
--rwxr-xr-x 1 root root 1445980 Feb 22  2015 /lib32/libc-2.13.so 
--rw-r--r-- 1 root root  185852 Feb 22  2015 /lib32/libcidn-2.13.so 
-lrwxrwxrwx 1 root root      15 Feb 22  2015 /lib32/libcidn.so.1 -> libcidn-2.13.so 
--rw-r--r-- 1 root root   38336 Feb 22  2015 /lib32/libcrypt-2.13.so 
-lrwxrwxrwx 1 root root      16 Feb 22  2015 /lib32/libcrypt.so.1 -> libcrypt-2.13.so 
-lrwxrwxrwx 1 root root      12 Feb 22  2015 /lib32/libc.so.6 -> libc-2.13.so 
--rwxr-xr-x 1 root root 1360008 Feb 22  2015 /lib/i386-linux-gnu/libc-2.13.so 
--rw-r--r-- 1 root root  185928 Feb 22  2015 /lib/i386-linux-gnu/libcidn-2.13.so 
-lrwxrwxrwx 1 root root      15 Feb 22  2015 /lib/i386-linux-gnu/libcidn.so.1 -> libcidn-2.13.so 
-lrwxrwxrwx 1 root root      17 Feb 22  2015 /lib/i386-linux-gnu/libcom_err.so.2 -> libcom_err.so.2.1 
--rw-r--r-- 1 root root   13836 Feb 22  2015 /lib/i386-linux-gnu/libcom_err.so.2.1 
--rw-r--r-- 1 root root   38416 Feb 22  2015 /lib/i386-linux-gnu/libcrypt-2.13.so 
-lrwxrwxrwx 1 root root      16 Feb 22  2015 /lib/i386-linux-gnu/libcrypt.so.1 -> libcrypt-2.13.so 
-lrwxrwxrwx 1 root root      12 Feb 22  2015 /lib/i386-linux-gnu/libc.so.6 -> libc-2.13.so 
-</file> 
  
informatica/hp_xw4300_500_topspin13.txt · Last modified: 2020/07/09 13:02 by miquel

Page Tools

Donate Powered by PHP Valid HTML5 Valid CSS Driven by DokuWiki