SeRMN Wiki

User Tools

Site Tools

You are here: sermn_wiki » informatica » hp_xw4300_500_topspin13
Trace:
informatica:hp_xw4300_500_topspin13

Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

Both sides previous revision Previous revision
Next revision 		Previous revision
informatica:hp_xw4300_500_topspin13 [2015/09/29 13:37]
miquel [Canvis al TopSpin] 		informatica:hp_xw4300_500_topspin13 [2020/07/09 13:02] (current)
miquel
Line 963: Line 963:
 </file> </file>
  
-===== expinstall =====+===== expinstall, edhead, edlock, etc. =====
  
 Executo la comanda ''expinstall'' amb l'opció //Type of acquisition: High Resolution Systems// per instal·lar els //parameter set// i //pulse programs//, compilar els programes AU, i instal·lar altres recursos necessaris per emprar l'espectròmetre: Executo la comanda ''expinstall'' amb l'opció //Type of acquisition: High Resolution Systems// per instal·lar els //parameter set// i //pulse programs//, compilar els programes AU, i instal·lar altres recursos necessaris per emprar l'espectròmetre:
Line 984: Line 984:
   * :ok: ''edscon''   * :ok: ''edscon''
  
-===== Compilació dels programes AU =====+==== Tasques pendents ====
  
 Tasques pendents per més endavant: Tasques pendents per més endavant:
Line 1097: Line 1097:
 </file> </file>
  
-===== Compilació dels programes AU ===== +===== go no funciona, exit(127) =====
- +
-Aquesta part és tan llarga i específica que l'he mogut a una pàgina a part: +
-  * [[informatica:hp_xw4300_500_topspin13_au_compilation]] +
- +
- +
- +
- +
- +
- +
- +
-==== Compilació dels programes AU ==== +
- +
-Executo la comanda ''cplbruk all'' per compilar tots els programes AU i els compila tots excepte els esmentats a [[https://www.bruker.com/cgi-bin/bkb/show_bug.cgi?id=9641 | l'Item#: 9641. Some AU programs do not compile with native compiler]] +
- +
-<file> +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/coiltemp:42:5: error: conflicting types for 'coiltemp_program' +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/coiltemp:43:1: note: an argument type that has a default promotion can't match an empty parameter name list declaration +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/coiltemp:31:9: note: previous implicit declaration of 'coiltemp_program' was here +
-exit 1 +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/decra: In function 'AU_program': +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/decra:112:12: error: invalid storage class for function 'DECRA_program' +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/decra: At top level: +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/decra:293:12: error: static declaration of 'DECRA_program' follows non-static declaration +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/decra:115:9: note: previous implicit declaration of 'DECRA_program' was here +
-exit 1 +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/disconv: In function 'AU_program': +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/disconv:128:12: error: invalid storage class for function 'DISNMR_program' +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/disconv: At top level: +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/disconv:878:12: error: static declaration of 'DISNMR_program' follows non-static declaration +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/disconv:131:9: note: previous implicit declaration of 'DISNMR_program' was here +
-exit 1 +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/disinfo: In function 'AU_program': +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/disinfo:106:12: error: invalid storage class for function 'DISNMR_program' +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/disinfo: At top level: +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/disinfo:832:12: error: static declaration of 'DISNMR_program' follows non-static declaration +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/disinfo:109:9: note: previous implicit declaration of 'DISNMR_program' was here +
-exit 1 +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/lcsino:46:7: error: conflicting types for 'lcsino' +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/lcsino:40:7: note: previous implicit declaration of 'lcsino' was here +
-exit 1 +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/multi_zgvd: In function 'AU_program': +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/multi_zgvd:47:13: error: invalid storage class for function 'PrintExpTime' +
-exit 1 +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/multi_zgvt: In function 'AU_program': +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/multi_zgvt:54:13: error: invalid storage class for function 'PrintExpTime' +
-exit 1 +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/multicmd: In function 'AU_program': +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/multicmd:39:13: error: invalid storage class for function 'PrintExpTime' +
-exit 1 +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/multiexpt: In function 'AU_program': +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/multiexpt:29:13: error: invalid storage class for function 'PrintExpTime' +
-exit 1 +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/multizg: In function 'AU_program': +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/multizg:38:13: error: invalid storage class for function 'PrintExpTime' +
-exit 1 +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/noemult: In function 'AU_program': +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/noemult:53:13: error: invalid storage class for function 'PrintExpTime' +
-exit 1 +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/pulsecalib: In function 'AU_program': +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/pulsecalib:123:16: error: invalid storage class for function 'pulsecalib' +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/pulsecalib: At top level: +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/pulsecalib:290:1: error: static declaration of 'pulsecalib' follows non-static declaration +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/pulsecalib:124:12: note: previous implicit declaration of 'pulsecalib' was here +
-exit 1 +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/setproj:149:5: error: conflicting types for 'sorter' +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/setproj:35:5: note: previous declaration of 'sorter' was here +
-exit 1 +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/simplex: In function 'AU_program': +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/simplex:262:12: error: invalid storage class for function 'SIMPLEX_program' +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/simplex: At top level: +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/simplex:468:12: error: static declaration of 'SIMPLEX_program' follows non-static declaration +
-/opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/au/src/simplex:265:9: note: previous implicit declaration of 'SIMPLEX_program' was here +
-exit 1 +
-</file> +
- +
-<note important> +
-Ara que els programes AU s'han compilat correctament, el problema és que quan els executo, tots donen el següent missatge d'error: +
- +
-<file> +
-ILLEGAL TERMINATION of process 28469 +
-due to signal 11 +
-</file> +
- +
-potser pels motius explicats [[http://superuser.com/questions/908377/ldd-with-32-bit-binaries-on-64-bit-system-runs-but-wont-report | aquí]]: //ldd with 32-bit binaries on 64-bit system - runs but won't report//. +
-</note> +
- +
-==== go no funciona, exit(127) ====+
  
 L'error //exit(127)// està causat perquè el programa ''go'' no troba totes les biblioteques que necessita. És un error semblant a l'esmentat a [[https://www.bruker.com/cgi-bin/bkb/show_bug.cgi?id=8702 | l'Item  L'error //exit(127)// està causat perquè el programa ''go'' no troba totes les biblioteques que necessita. És un error semblant a l'esmentat a [[https://www.bruker.com/cgi-bin/bkb/show_bug.cgi?id=8702 | l'Item 
Line 1236: Line 1149:
 Tanmateix, podria provar a descarregar-les del magatzem [[http://archive.debian.net/ | Archive Debian]] i comprovar si són compatibles. Les darreres versions disponibles són les que es varen distribuir amb el paquet [[http://archive.debian.net/sarge/libdps1 | libdps1 (4.3.0.dfsg.1-14sarge7)]] de la versió 7 (aka Sarge) de Debian. Tanmateix, podria provar a descarregar-les del magatzem [[http://archive.debian.net/ | Archive Debian]] i comprovar si són compatibles. Les darreres versions disponibles són les que es varen distribuir amb el paquet [[http://archive.debian.net/sarge/libdps1 | libdps1 (4.3.0.dfsg.1-14sarge7)]] de la versió 7 (aka Sarge) de Debian.
  
-==== Manquen solvents a la comanda lock ====+===== Compilació dels programes AU ===== 
 + 
 +Aquesta part és tan llarga i específica que l'he mogut a una pàgina a part: 
 +  * [[informatica:hp_xw4300_500_topspin13_au_compilation]] 
 + 
 +===== Manquen solvents a la comanda lock =====
  
 Quan executo la comanda ''lock'', la llista de solvents que surt en pantalla és massa curta i no conté, entre altres, l'acetona. **Temporalment, per resoldre el problema** copio el fitxer ///opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/lists/2Hlock// a ///opt/topspin1.3/conf/instr/spect//, tot i que és un fitxer més vell que inclou menys solvents. Quan executo la comanda ''lock'', la llista de solvents que surt en pantalla és massa curta i no conté, entre altres, l'acetona. **Temporalment, per resoldre el problema** copio el fitxer ///opt/topspin1.3/exp/stan/nmr/lists/2Hlock// a ///opt/topspin1.3/conf/instr/spect//, tot i que és un fitxer més vell que inclou menys solvents.
Line 1248: Line 1166:
   * [[https://www.bruker.com/cgi-bin/bkb/show_bug.cgi?id=2375]]   * [[https://www.bruker.com/cgi-bin/bkb/show_bug.cgi?id=2375]]
  
-==== Canvi de /lib32 a /lib/i386-linux-gnu? ====+<WRAP tip> 
 +FIXME
  
-Fins ara he provat a compilar/enllaçar els programes amb les biblioteques disponibles a ///lib32///, però a les futures versions de Debian multiarquitectura (per exemple, 32- i 64-bits) les biblioteques de 32-bits estaran a ///lib/i386-linux-gnu///.+Explicar la solució final: 
 +  * copiar el fitxer //solvents.all// del TS31 
 +  * editar els fitxers del TS13 per corregir els noms dels solvents segons el fitxer de solvents del TS31 
 +  * afegir la informació dels solvents afegits després de la versió TS13 
 +</WRAP>
  
-Potser convindria redefinir les variables d'entorn //LIBRARY_PATH// i //LD_LIBRARY_PATH// per fer servir aquesta nova carpeta, i recompilar els programes AU amb les noves biblioteques. Podria ser que això resolgués els problemes de segmentation fault?+===== Còpia dels programes AU compilats a l'antic ordinador =====
  
-La definició actual de la variable d'entorn //LD_LIBRARY_PATH// és+Mentres cerco la forma de compilar els programes AU en aquesta versió de GNU/Linux, intento una solució més immediata: copiar els fitxers AU ja compilats a l'antic ordinador i comprovar si funcionen al nou ordinador. Provo alguns programes (''iexpno'', ''paropt'', ''dosy'') i tots funcionen. Així doncs, mentre no es trobi una solució millor, aquesta serà la forma de poder executar programes AU al nou ordinador.
  
-<file> +<WRAP important> 
-# topspin -e echo $LD_LIBRARY_PATH +Caldrà compilar a l'antic ordinador tots els programes AU disponibles o, com a mínim, tots els que previsiblement es podrien fer servir. 
-/usr/lib32:/lib32::/opt/topspin1.3/prog/shlib:/opt/topspin1.3/prog/lib:/opt/topspin1.3/prog/shlib:/opt/topspin1.3/prog/lib:/opt/topspin1.3/gnu/lib +</WRAP>
-</file>+
  
-i les biblioteques emprades pel programa AU ''au_zg'' estan disponibles a ///lib32// i ///lib/i386-linux-gnu/// 
  
-<file> 
-# ls -l /lib32/libm* /lib/i386-linux-gnu/libm* 
--rw-r--r-- 1 root root 148920 Feb 22  2015 /lib32/libm-2.13.so 
--rw-r--r-- 1 root root  13884 Feb 22  2015 /lib32/libmemusage.so 
-lrwxrwxrwx 1 root root     12 Feb 22  2015 /lib32/libm.so.6 -> libm-2.13.so 
--rw-r--r-- 1 root root 148992 Feb 22  2015 /lib/i386-linux-gnu/libm-2.13.so 
--rw-r--r-- 1 root root  13960 Feb 22  2015 /lib/i386-linux-gnu/libmemusage.so 
-lrwxrwxrwx 1 root root     12 Feb 22  2015 /lib/i386-linux-gnu/libm.so.6 -> libm-2.13.so 
- 
-# ls -l /lib32/libdl* /lib/i386-linux-gnu/libdl* 
--rw-r--r-- 1 root root 9768 Feb 22  2015 /lib32/libdl-2.13.so 
-lrwxrwxrwx 1 root root   13 Feb 22  2015 /lib32/libdl.so.2 -> libdl-2.13.so 
--rw-r--r-- 1 root root 9844 Feb 22  2015 /lib/i386-linux-gnu/libdl-2.13.so 
-lrwxrwxrwx 1 root root   13 Feb 22  2015 /lib/i386-linux-gnu/libdl.so.2 -> libdl-2.13.so 
- 
-# ls -l /lib32/libc* /lib/i386-linux-gnu/libc* 
--rwxr-xr-x 1 root root 1445980 Feb 22  2015 /lib32/libc-2.13.so 
--rw-r--r-- 1 root root  185852 Feb 22  2015 /lib32/libcidn-2.13.so 
-lrwxrwxrwx 1 root root      15 Feb 22  2015 /lib32/libcidn.so.1 -> libcidn-2.13.so 
--rw-r--r-- 1 root root   38336 Feb 22  2015 /lib32/libcrypt-2.13.so 
-lrwxrwxrwx 1 root root      16 Feb 22  2015 /lib32/libcrypt.so.1 -> libcrypt-2.13.so 
-lrwxrwxrwx 1 root root      12 Feb 22  2015 /lib32/libc.so.6 -> libc-2.13.so 
--rwxr-xr-x 1 root root 1360008 Feb 22  2015 /lib/i386-linux-gnu/libc-2.13.so 
--rw-r--r-- 1 root root  185928 Feb 22  2015 /lib/i386-linux-gnu/libcidn-2.13.so 
-lrwxrwxrwx 1 root root      15 Feb 22  2015 /lib/i386-linux-gnu/libcidn.so.1 -> libcidn-2.13.so 
-lrwxrwxrwx 1 root root      17 Feb 22  2015 /lib/i386-linux-gnu/libcom_err.so.2 -> libcom_err.so.2.1 
--rw-r--r-- 1 root root   13836 Feb 22  2015 /lib/i386-linux-gnu/libcom_err.so.2.1 
--rw-r--r-- 1 root root   38416 Feb 22  2015 /lib/i386-linux-gnu/libcrypt-2.13.so 
-lrwxrwxrwx 1 root root      16 Feb 22  2015 /lib/i386-linux-gnu/libcrypt.so.1 -> libcrypt-2.13.so 
-lrwxrwxrwx 1 root root      12 Feb 22  2015 /lib/i386-linux-gnu/libc.so.6 -> libc-2.13.so 
-</file> 
  
informatica/hp_xw4300_500_topspin13.1443526620.txt.gz · Last modified: 2015/09/29 13:37 by miquel

Page Tools

Donate Powered by PHP Valid HTML5 Valid CSS Driven by DokuWiki