Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

--- informatica:hp_xw4400_400sb_topspin31 [2013/03/27 12:42]
miquel [Fitxers au/scr/user]
+++ informatica:hp_xw4400_400sb_topspin31 [2020/07/09 13:05] (current)
miquel
@@ Line 1: / Line 1: @@
 ====== Instal·lació del Topspin 3.1 ======
-<note>
+<WRAP info>
 El procés d'instal·lació del Topspin 3.1 ja està descrit amb detall per l'estació de treball HP Z400 de l'espectròmetre AvanceII+ 600 a [[informatica:hp_z400_600_topspin31 | Instal·lació del Topspin 3.1]]. Així doncs, aquestes instruccions seran molt més simples i esquemàtiques.
-</note>
+</WRAP>
 Copio el contingut del DVD d'instal·lació del Topspin al disc dur per tal de fer més ràpida la instal·lació.
@@ Line 15: / Line 15: @@
   * Data processing, acquisition and automation
 i li dic que afegeixi el directori d'instal·lació del TopSpin al PATH.
 ===== Creació d'usuaris =====
 El programa d'instal·lació dóna un error un cop creat l'usuari //nmrsu//. Diu que no pot connectar-se a cap gestor de sessions, però comprovo que el compte d'usuari de //nmrsu// s'ha creat correctament. :warn: Aquest error es pot ignorar sense problemes, però s'hauria d'actualitzar el script d'instal·lació per evitar que sortís.
 ===== Linux Firewall =====
@@ Line 28: / Line 26: @@
 /opt/Bruker/mics/setfirewall.sh install
 </code>
 ===== Instal·lació =====
@@ Line 782: / Line 779: @@
   * <TOPSPIN_HOME>/exp/stan/nmr/au/src/
   * <TOPSPIN_HOME>/exp/stan/nmr/par/
-  * <TOPSPIN_HOME>/exp/stan/nmr/parx/preemp
+  * <TOPSPIN_HOME>/exp/stan/nmr/parx/preemp  :!: excepte el fitxer ''dif25''
   * <TOPSPIN_HOME>/plot/layouts/
   * <TOPSPIN_HOME>/prog/tcl/xwish3_scripts/
@@ Line 816: / Line 813: @@
 ===== Fitxers PROSOL =====
-FIXME Consultar si cal transferir els fitxers PROSOL del TopSpin 2.1.x de l'antiga estació de treball. Els fitxers antics tenen com a nom **<NUC>.<F#>.<FIELD>.txt**, per exemple, ''13C.F1.400.txt'', mentre que els nous fitxers tenen com a nom **<NUC>_<obs|dec>.<FIELD>**, per exemple, ''13C_obs.400''.
+Transfereixo els fitxers PROSOL del TopSpin 2.1.x de l'antiga estació de treball al TopSpin 3.1.x de la nova estació de treball. Els fitxers antics tenen com a nom **<NUC>.<F#>.<FIELD>.txt**, per exemple, ''13C.F1.400.txt'', mentre que els nous fitxers tenen com a nom **<NUC>_<obs|dec>.<FIELD>**, per exemple, ''13C_obs.400''.
+Després, importo els valors amb l'opció //Edit | Import Old 90° Pulses | Default Mode// de l'eina //edprosol//, i el resultat és,
-===== Fitxers pp/user, gp/user, ... =====
+<file>
+degree pulse import for
+/opt/topspin3.1/conf/instr/spect/prosol/33/generic/19F_dec	failed!
+/opt/topspin3.1/conf/instr/spect/prosol/33/generic/1H_obs	succeeded
+/opt/topspin3.1/conf/instr/spect/prosol/33/generic/1H_dec	succeeded
+/opt/topspin3.1/conf/instr/spect/prosol/33/generic/2H@o_obs	succeeded
+/opt/topspin3.1/conf/instr/spect/prosol/33/generic/2H@o_dec	succeeded
+/opt/topspin3.1/conf/instr/spect/prosol/33/generic/11B_obs	succeeded
+/opt/topspin3.1/conf/instr/spect/prosol/33/generic/11B_dec	succeeded
+/opt/topspin3.1/conf/instr/spect/prosol/33/generic/13C_obs	succeeded
+/opt/topspin3.1/conf/instr/spect/prosol/33/generic/13C_dec	succeeded
+/opt/topspin3.1/conf/instr/spect/prosol/33/generic/15N_obs	succeeded
+/opt/topspin3.1/conf/instr/spect/prosol/33/generic/19F_obs	succeeded
+/opt/topspin3.1/conf/instr/spect/prosol/33/generic/29Si_obs	succeeded
+/opt/topspin3.1/conf/instr/spect/prosol/33/generic/29Si_dec	succeeded
+/opt/topspin3.1/conf/instr/spect/prosol/33/generic/31P_obs	succeeded
+/opt/topspin3.1/conf/instr/spect/prosol/33/generic/31P_dec	succeeded
+Get more information about failed imports by typing "hist"!
+Please check the succeeded imports experimentally!
+The customized import from within edprosol provides more chances.
+</file>
+===== Fitxers gp/user, par/user, pp/user, ... =====
 Transfereixo els fitxers que hi ha a les carpetes:
+  * <TOPSPIN_HOME>/exp/stan/nmr/par/users/
   * <TOPSPIN_HOME>/exp/stan/nmr/lists/pp/users/
   * <TOPSPIN_HOME>/exp/stan/nmr/lists/gp/users/
@@ Line 837: / Line 860: @@
 FIXME cal comprovar els fitxers creats pels usuaris fora de la carpeta //user// i copiar-los dins la carpeta si no hi són o si són més nous.
+===== Carpeta ~/.topspin-... =====
+Transfereixo la carpeta ///home/sermn/.topspin-cie-55-32// a la carpeta //home// de l'usuari //sermnuab//, i comparo el contingut amb el de la carpeta ///home/sermnuab/.topspin-cie-55-31//.
+FIXME Consultar si val la pena copiar el contingut.
+====== Darrers problemes ======
+===== Permisos dins la carpeta ~topspin/prog/mod =====
+Per tal que la comanda 'cf' no doni missatges d'error indicant que no pot crear enllaços als fitxers que hi ha dins la carpeta ///opt/topspin3.1/prog/mod// cal que els fitxers executables siguin propietat de ''nmrsu:nmrsu'' i tinguin els permisos ''-rwxrwxr-x-''  (octal: 775). Per canviar-los cal executar,
+<code>
+chmod 775 *
+chmod 664 *i
+chmod u+s xwish3
+chown root:root xwish3
+</code>
+:warn: Compte! comprova el propietari i els permisos dels següents fitxers:
+<file>
+root@cie-55-31:/opt/topspin3.1/prog/mod# ls -l *.i
+-rw-rw-r-- 1 nmrsu nmrsu 1308 Feb 12  2012 ecu.i
+-rw-rw-r-- 1 nmrsu nmrsu 1308 Feb 12  2012 gcu2.i
+-rw-rw-r-- 1 nmrsu nmrsu 1308 Feb 12  2012 gcu3.i
+-rw-rw-r-- 1 nmrsu nmrsu 1308 Feb 12  2012 gcu.i
+-rw-rw-r-- 1 nmrsu nmrsu 1308 Feb 12  2012 rcu.i
+-rw-rw-r-- 1 nmrsu nmrsu 1308 Feb 12  2012 tcu3.i
+root@cie-55-31:/opt/topspin3.1/prog/mod# ls -l | grep root
+-rwsrwxr-x 1 root  root   6913656 Feb 12  2012 xwish3
+</file>
+===== Afegir sermnadmin al grup 'nmrsu' =====
+Cal afegir l'usuari //sermnadmin// al grup //nmrsu//,
+<code>
+root@cie-55-31:/opt/topspin3.1/prog/mod# addgroup sermnadmin nmrsu
+Adding user `sermnadmin' to group `nmrsu' ...
+Adding user sermnadmin to group nmrsu
+Done.
+</code>
+===== L'amplificador de gradients no funciona =====
+L'amplificador de gradients no funciona. Al procés de configuració del hardware es detecta correctament, però a l'hora d'adquirir els experiments o quan es fa servir el //topshim// no fa res. Després de provar a reiniciar-ho, aturar-ho, i desconnectar-ho sense resultats, faig una consulta a n'Òscar i resulta que la solució es canviar el valor del paràmetre ''GRADRES'' al fitxer de configuració //uxnmr.par//,
+<file>
+Subject: Re: Error quan faig CF amb Topspin-3 al 600 i 400sb
+Date: 2014-02-19 15:06
+From: Óscar Benítez <...@bruker.es>
+To: Miquel Cabanas <...@uab.cat>
+Mira el parametre GRADRES del fitxer /opt/Topspin3.x/conf/instr/spect/uxnmr.par
+Hauria de ser 5. Si no ho és canvia'l.
+Oscar Benítez Castells
+NMR Service Engineer
+</file>
+Comprovo que el valor actual no és el correcte, el modifico i l'amplificador de gradients comença a funcionar.
+====== Adreces IP dels mòduls de la consola ======
+<WRAP important>
+Aquestes adreces només donen accés als mòduls de la consola si es visiten des de l'ordinador de l'espectròmetre. Des de qualsevol altre ordinador, en la major part dels casos no porten enlloc (són adreces de xarxa local) o a altres ordinadors/dispositius que no tenen res a veure amb els indicats aquí.
+</WRAP>
+  * [[http://149.236.99.90 | IPSO Service Web - Main]]
+  * [[http://149.236.99.89 | DRU Service Web - AQS Main]]
+  * [[http://149.236.99.91 | Bruker Gradient Amplifier - Device Information]]
+  * [[http://149.236.99.20 | BSMS Service Web - Main Menu]]
+====== Problemes amb 'cf' ======
+Cada cop que s'executa la comanda ''cf'', surten en pantalla uns missatges d'avís per indicar que el programa no ha pogut crear uns enllaços (//hardlinks//) necessaris pel funcionament del Topspin i que caldrà crear-los a mà. Per exemple,
+<file>
+hconfserver
+Operation not permitted
+Cannot make link
+link must be done manually with
+  ln /opt/topspin3.1/prog/mod/go4 /opt/topspin3.1/prog/mod/acq_control
+Operation not permitted
+Cannot make link
+link must be done manually with
+  ln /opt/topspin3.1/prog/wobble/pp_birds /opt/topspin3.1/prog/wobble/pulsprog_X
+</file>
+Per resoldre provisionalment el problema,
+  * he escrit un petit //script// amb les comandes a executar per crear els enllaços i copiar un fitxer (''shimcntl'') que de vegades desapareix quan s'executa la comanda ''cf''; i
+  * he configurat el sistema perquè l'usuari //sermnuab// pugui executar aquest //script// amb els permisos necessaris.
+Així doncs, després d'executar la comanda 'cf' al Topspin,
+<WRAP tip>
+  * obre una finestra per comandes, i
+  * escriu la següent ordre:\\ ''sudo /home/sermnuab/bin/fix_topspin31.sh''
+</WRAP>
+el resultat de la comanda hauria de ser semblant a,
+<file>
+sermnuab@cie-55-31:~$ sudo /home/sermnuab/bin/fix_topspin31.sh
+creating file '/opt/topspin3.1/prog/wobble/pulsprog_X'
+`/opt/topspin3.1/prog/wobble/pulsprog_X' => `/opt/topspin3.1/prog/wobble/pp_birds'
+-rw-rw-r-- 2 nmrsu nmrsu 686 Oct  5  2012 /opt/topspin3.1/prog/wobble/pp_birds
+-rw-rw-r-- 2 nmrsu nmrsu 686 Oct  5  2012 /opt/topspin3.1/prog/wobble/pulsprog_X
+creating file '/opt/topspin3.1/prog/mod/go'
+`/opt/topspin3.1/prog/mod/go' => `/opt/topspin3.1/prog/mod/go4'
+-rwxr-xr-x 2 nmrsu nmrsu 3927964 Oct  5  2012 /opt/topspin3.1/prog/mod/go
+-rwxr-xr-x 2 nmrsu nmrsu 3927964 Oct  5  2012 /opt/topspin3.1/prog/mod/go4
+creating file '/opt/topspin3.1/prog/mod/acq_control'
+`/opt/topspin3.1/prog/mod/acq_control' => `/opt/topspin3.1/prog/mod/go4'
+-rwxr-xr-x 3 nmrsu nmrsu 3927964 Oct  5  2012 /opt/topspin3.1/prog/mod/acq_control
+-rwxr-xr-x 3 nmrsu nmrsu 3927964 Oct  5  2012 /opt/topspin3.1/prog/mod/go4
+creating file '/opt/topspin3.1/prog/mod/shimcntl'
+`/home/sermnuab/bin/shimcntl' -> `/opt/topspin3.1/prog/mod/shimcntl'
+-rwxr-xr-x 1 nmrsu nmrsu 2988748 Jun 26 11:46 /opt/topspin3.1/prog/mod/shimcntl
+</file>
+Pels més curiosos, aquest és el contingut del script,
+<code>
+#!/bin/sh
+#******************************************************************
+#
+# Copyright (c) 2014
+# SeRMN, Universitat Autonoma de Barcelona
+#
+#******************************************************************
+#		DESCRIPTION
+#
+# When TopSpin 3.x runs on a Debian GNU/Linux, the 'cf' command
+# fails to create several hard links needed to run the software,
+# and to (re)create the program 'shimcntl'.
+#
+# To fix this problem,
+# 1. run 'cf' and ignore all warnings and errors about not
+#    being able to create hardlinks.
+# 2. run this script. It requires root permissions to create, hence,
+#     this script upon running the 'cf' command.
+#
+#******************************************************************
+echo ""
+# link pulsprog_X to pp_birds
+echo "creating file '/opt/topspin3.1/prog/wobble/pulsprog_X'"
+ln -fv /opt/topspin3.1/prog/wobble/pp_birds /opt/topspin3.1/prog/wobble/pulsprog_X
+ls -li /opt/topspin3.1/prog/wobble/pp_birds /opt/topspin3.1/prog/wobble/pulsprog_X
+echo ""
+# link go to go4
+echo "creating file '/opt/topspin3.1/prog/mod/go'"
+ln -fv /opt/topspin3.1/prog/mod/go4 /opt/topspin3.1/prog/mod/go
+ls -li /opt/topspin3.1/prog/mod/go /opt/topspin3.1/prog/mod/go4
+echo ""
+# link acq_control to go4
+#
+# NOTE: apparently, this link is only required on the AvanceIII-600.
+# Remove or comment out these lines on the AvanceIII-400sb.
+#
+echo "creating file '/opt/topspin3.1/prog/mod/acq_control'"
+ln -fv /opt/topspin3.1/prog/mod/go4 /opt/topspin3.1/prog/mod/acq_control
+ls -li /opt/topspin3.1/prog/mod/go4  /opt/topspin3.1/prog/mod/acq_control
+echo ""
+# copy shimcntl to /opt/topspin3.1/prog/mod/
+echo "creating file '/opt/topspin3.1/prog/mod/shimcntl'"
+cp -fv /home/sermnuab/bin/shimcntl /opt/topspin3.1/prog/mod/
+chown nmrsu:nmrsu /opt/topspin3.1/prog/mod/shimcntl
+chmod 755 /opt/topspin3.1/prog/mod/shimcntl
+ls -li /opt/topspin3.1/prog/mod/shimcntl
+echo ""
+</code>
+i aquesta la línia on es configura el programa ''sudo'' perquè //sermnuab// pugui executar aquest //script// amb permisos de superusuari (o //root//).
+<file>
+# Allow sermnuab to fix some problems related to running Topspin 'cf' command.
+sermnuab  ALL=(root) NOPASSWD: /home/sermnuab/bin/fix_topspin31.sh
+</file>

SeRMN Wiki

User Tools

Site Tools

Differences

Page Tools