Web
Directori
Seu Electrònica
Intranet
Serveis d'Intranet
Control horari
DTIC
DTIC - Incidències
Servei de biblioteca
——–
Avis Legal, UAB
Protecció de dades, UAB
S'instal·la la darrera versió disponible per consoles AvanceIII: Topspin 3.6.1
2019-06-07 - TREBALL EN MARXA / WORK IN PROGRESS
actualitzar el sistema operatiu Debian GNU/Linux instal·lar i configurar el TopSpin 3.6.1 còpia automàtica dels parameter sets de TopSpin 3.5.pl6 a 3.6.1 comprovar el CORTAB definir els valors de referència de durada i potència dels pulsos (
edprosol) No ha calgut fer res perquè no ha canviat: exportar la carpeta de dades al servidor de dades i fer-la accessible a través del servidor de ftp.
exportar les carpetes de llistes (pulse programs, etc.) al servidor de dades i fer-les accessibles a través del servidor de ftp. optimar l'homogeneïtat: topshim 3d i després topshim comprovar la sintonia del canal BB pels nuclis més habituals, i, si cal, corregir els valors per defecte de Tuning & Matching.Un cop instal·lades les llibreries necessàries, executo el programa d'instal·lació
sermnadmin@cie-55-31:~/Downloads/Topspin-3.6.1$ sh ./topspin-3.6.1-linux.sh Verifying archive integrity... All good. Uncompressing TopSpin 3.6.1 Not enough space left in /tmp (342777 KB) to decompress ./topspin-3.6.1-linux.sh (1042072 KB) Consider setting TMPDIR to a directory with more free space.
Llavors comprovo l'espai disponible a la partició /tmp
sermnadmin@cie-55-31:~/Downloads/Topspin-3.6.1$ df -lh Filesystem Size Used Avail Use% Mounted on udev 10M 0 10M 0% /dev tmpfs 1.6G 9.1M 1.6G 1% /run /dev/dm-0 8.2G 3.9G 3.9G 51% / tmpfs 4.0G 18M 3.9G 1% /dev/shm tmpfs 5.0M 4.0K 5.0M 1% /run/lock tmpfs 4.0G 0 4.0G 0% /sys/fs/cgroup /dev/mapper/cie--55--31--vg-tmp 360M 2.3M 335M 1% /tmp /dev/sda1 236M 89M 135M 40% /boot /dev/mapper/cie--55--31--vg-var 2.7G 1.2G 1.5G 44% /var /dev/mapper/cie--55--31--vg-home 394G 190G 185G 51% /home /dev/mapper/cie--55--31--vg-opt 40G 3.7G 34G 10% /opt tmpfs 799M 12K 799M 1% /run/user/1000
i com que és massa petita, defineixo una nova carpeta temporal
sermnadmin@cie-55-31:~/Downloads/Topspin-3.6.1$ ls -la ~/Temp total 8 drwxr-xr-x 2 sermnadmin sermnadmin 4096 May 19 2017 . drwxr-xr-x 31 sermnadmin sermnadmin 4096 Jun 7 15:32 .. sermnadmin@cie-55-31:~/Downloads/Topspin-3.6.1$ export set TMPDIR=~/Temp sermnadmin@cie-55-31:~/Downloads/Topspin-3.6.1$ printenv TMPDIR /home/sermnadmin/Temp
i torno a iniciar el procés d'instal·lació del TopSpin 3.6.1
sermnadmin@cie-55-31:~/Downloads/Topspin-3.6.1$ sh ./topspin-3.6.1-linux.sh Verifying archive integrity... All good. Uncompressing TopSpin 3.6.1 100% NOTE: using DISPLAY=:0 Please enter root password if prompted for it. Password: NOTE: using DISPLAY=:0 NOTE: using TCL_LIBRARY=/home/sermnadmin/Temp/selfgz2657/linux/tcl-8.5.16/lib/tcl8.5 NOTE: using TK_LIBRARY=/home/sermnadmin/Temp/selfgz2657/linux/tk-8.5.16/lib/tk8.5 NOTE: running /home/sermnadmin/Temp/selfgz2657/linux/tk-8.5.16/bin/wish8.5 -f /home/sermnadmin/Temp/selfgz2657/xwinstall.d/swim/lib/xwinstall.tcl -- NOTE: using log file: /tmp/install.log NOTE: using log file: /opt/topspin3.6.1/install.log
A la finestra Selection of components to install deixo les opcions triades per defecte:
El programa s'instal·la a la carpeta
A la finestra Please select setup type trio l'opció Data processing, acquisition and automation que instal·la els components del TopSpin necessaris per l'adquisició i processament de les dades de rmn.
Al pas de configuració del tallafocs (firewall), trio l'opció Show necessary firewall rules i desactivo la configuració automàtica del firewall. Les firewall rules són:
Note: Using init directory /etc/init.d Note: Using Systemd for service control /usr/diskless/prog/bin/setfirewall.sh: install firewall rules for Spectrometer Operating System (show only) command: iptables-restore < /etc/sysconfig/iptables saving of iptables not necessary command: ip6tables-restore < /etc/sysconfig/ip6tables saving of ip6tables not necessary /usr/diskless/prog/bin/setfirewall.sh: terminated with status OK
El programa d'instal·lació mostra diversos missatges d'error i avís mentre s'executa:
sermnadmin@cie-55-31:~/Downloads/Topspin-3.6.1$ sh ./topspin-3.6.1-linux.sh Verifying archive integrity... All good. Uncompressing TopSpin 3.6.1 100% NOTE: using DISPLAY=:0 Please enter root password if prompted for it. Password: NOTE: using DISPLAY=:0 NOTE: using TCL_LIBRARY=/home/sermnadmin/Temp/selfgz2657/linux/tcl-8.5.16/lib/tcl8.5 NOTE: using TK_LIBRARY=/home/sermnadmin/Temp/selfgz2657/linux/tk-8.5.16/lib/tk8.5 NOTE: running /home/sermnadmin/Temp/selfgz2657/linux/tk-8.5.16/bin/wish8.5 -f /home/sermnadmin/Temp/selfgz2657/xwinstall.d/swim/lib/xwinstall.tcl -- NOTE: using log file: /tmp/install.log NOTE: using log file: /opt/topspin3.6.1/install.log Error: Execute cmd: exit=1 Error: Execute cmd: error=<
*** ERROR: *** Could not enable service tftp: not in xinetd.conf sed: can't read /usr/lib/systemd/system/dhcpd.service: No such file or directory /tftpboot/service-lib.sh: line 1272: restorecon: command not found *** ERROR: *** restorecon -v /etc/dhcpd.conf Failed to start dhcpd.service: Unit dhcpd.service failed to load: Invalid argument. See system logs and 'systemctl status dhcpd.service' for details. (systemctl start dhcpd.service) [FAILED] (systemctl status dhcpd.service) [FAILED]> Error: Execute cmd: exit=1 Error: Execute cmd: error=<Warning: network interface eth1 not found /usr/diskless/prog/bin/service-lib.sh: line 1243: /etc/sysconfig/iptables: No such file or directory
Instal·lo el paquet de Debian policycoreutils que inclou el programa 'restorecon'
Sroot@cie-55-31:/tftpboot# apt install policycoreutils Reading package lists... Done Building dependency tree Reading state information... Done The following extra packages will be installed: libapol4 libauparse0 libqpol1 python-audit python-ipy python-selinux python-semanage python-sepolgen python-sepolicy python-setools selinux-utils Suggested packages: selinux-policy-dev Recommended packages: selinux-policy-default The following NEW packages will be installed: libapol4 libauparse0 libqpol1 policycoreutils python-audit python-ipy python-selinux python-semanage python-sepolgen python-sepolicy python-setools selinux-utils 0 upgraded, 12 newly installed, 0 to remove and 0 not upgraded. Need to get 3,385 kB of archives. After this operation, 12.5 MB of additional disk space will be used. Do you want to continue? [Y/n] Get:1 http://ftp.caliu.cat/debian/ jessie/main libqpol1 amd64 3.3.8-3.1 [198 kB] : : Get:12 http://ftp.caliu.cat/debian/ jessie/main python-audit amd64 1:2.4-1+b1 [60.8 kB] Fetched 3,385 kB in 1s (3,081 kB/s) Selecting previously unselected package libqpol1:amd64. (Reading database ... 165291 files and directories currently installed.) Preparing to unpack .../libqpol1_3.3.8-3.1_amd64.deb ... Unpacking libqpol1:amd64 (3.3.8-3.1) ... : : Processing triggers for libc-bin (2.19-18+deb8u10) ... Processing triggers for systemd (215-17+deb8u13) ...
i executo la comanda '/tftpboot/service-lib.sh' i no surt cap missatge d'error.
*** ERROR: *** iptables-restore /usr/diskless/prog/bin/service-lib.sh: line 1243: /etc/sysconfig/ip6tables: No such file or directory *** ERROR: *** ip6tables-restore /usr/diskless/prog/bin/setfirewall.sh: terminated with error status 1> Error: *** Error *** Could not configure and show firewall rules for Diskless: (command: /bin/bash /usr/diskless/prog/bin/setfirewall.sh install) Warning: network interface eth1 not found /usr/diskless/prog/bin/service-lib.sh: line 1243: /etc/sysconfig/iptables: No such file or directory *** ERROR: *** iptables-restore /usr/diskless/prog/bin/service-lib.sh: line 1243: /etc/sysconfig/ip6tables: No such file or directory *** ERROR: *** ip6tables-restore /usr/diskless/prog/bin/setfirewall.sh: terminated with error status 1 Note: Using init directory /etc/init.d Note: Using Systemd for service control /usr/diskless/prog/bin/setfirewall.sh: install firewall rules for Spectrometer Operating System command: iptables-restore < /etc/sysconfig/iptables saving of iptables not necessary command: ip6tables-restore < /etc/sysconfig/ip6tables saving of ip6tables not necessary Summary of errors that occurred during installation: Error: Execute cmd: exit=1 Error: Execute cmd: error=< *** ERROR: *** Could not enable service tftp: not in xinetd.conf sed: can't read /usr/lib/systemd/system/dhcpd.service: No such file or directory /tftpboot/service-lib.sh: line 1272: restorecon: command not found *** ERROR: *** restorecon -v /etc/dhcpd.conf Failed to start dhcpd.service: Unit dhcpd.service failed to load: Invalid argument. See system logs and 'systemctl status dhcpd.service' for details. (systemctl start dhcpd.service) [FAILED] (systemctl status dhcpd.service) [FAILED]> Error: Execute cmd: exit=1 Error: Execute cmd: error=<Warning: network interface eth1 not found /usr/diskless/prog/bin/service-lib.sh: line 1243: /etc/sysconfig/iptables: No such file or directory *** ERROR: *** iptables-restore /usr/diskless/prog/bin/service-lib.sh: line 1243: /etc/sysconfig/ip6tables: No such file or directory *** ERROR: *** ip6tables-restore /usr/diskless/prog/bin/setfirewall.sh: terminated with error status 1> Error: *** Error *** Could not configure and show firewall rules for Diskless: (command: /bin/bash /usr/diskless/prog/bin/setfirewall.sh install) Warning: network interface eth1 not found /usr/diskless/prog/bin/service-lib.sh: line 1243: /etc/sysconfig/iptables: No such file or directory *** ERROR: *** iptables-restore /usr/diskless/prog/bin/service-lib.sh: line 1243: /etc/sysconfig/ip6tables: No such file or directory *** ERROR: *** ip6tables-restore /usr/diskless/prog/bin/setfirewall.sh: terminated with error status 1 Note: Using init directory /etc/init.d Note: Using Systemd for service control /usr/diskless/prog/bin/setfirewall.sh: install firewall rules for Spectrometer Operating System command: iptables-restore < /etc/sysconfig/iptables saving of iptables not necessary command: ip6tables-restore < /etc/sysconfig/ip6tables saving of ip6tables not necessary Could not configure and show firewall rules for Diskless: (command: /bin/bash /usr/diskless/prog/bin/setfirewall.sh install) Warning: network interface eth1 not found /usr/diskless/prog/bin/service-lib.sh: line 1243: /etc/sysconfig/iptables: No such file or directory *** ERROR: *** iptables-restore /usr/diskless/prog/bin/service-lib.sh: line 1243: /etc/sysconfig/ip6tables: No such file or directory *** ERROR: *** ip6tables-restore /usr/diskless/prog/bin/setfirewall.sh: terminated with error status 1 Note: Using init directory /etc/init.d Note: Using Systemd for service control /usr/diskless/prog/bin/setfirewall.sh: install firewall rules for Spectrometer Operating System command: iptables-restore < /etc/sysconfig/iptables saving of iptables not necessary command: ip6tables-restore < /etc/sysconfig/ip6tables saving of ip6tables not necessary Terminated SETUP at 2019-06-07 16:36:11 +0200 with status OK
*** Error *** Could not configure and show firewall rules for Diskless: (command: /bin/bash /usr/diskless/prog/bin/setfirewall.sh install) Warning: network interface eth1 not found /usr/diskless/prog/bin/service-lib.sh: line 1243: /etc/sysconfig/iptables: No such file or directory *** ERROR: *** iptables-restore /usr/diskless/prog/bin/service-lib.sh: line 1243: /etc/sysconfig/ip6tables: No such file or directory *** ERROR: *** ip6tables-restore /usr/diskless/prog/bin/setfirewall.sh: terminated with error status 1 Note: Using init directory /etc/init.d Note: Using Systemd for service control /usr/diskless/prog/bin/setfirewall.sh: install firewall rules for Spectrometer Operating System command: iptables-restore < /etc/sysconfig/iptables saving of iptables not necessary command: ip6tables-restore < /etc/sysconfig/ip6tables saving of ip6tables not necessary
Al pas de post-instal·lació de l'IpsoOS s'obre una finestra amb el següents avisos i errors,
during command /tftpboot/install-services Errors: *** ERROR: *** Could not enable service tftp: not in xinetd.conf sed: can't read /usr/lib/systemd/system/dhcpd.service: No such file or directory /tftpboot/service-lib.sh: line 1272: restorecon: command not found *** ERROR: *** restorecon -v /etc/dhcpd.conf Failed to start dhcpd.service: Unit dhcpd.service failed to load: Invalid argument. See system logs and 'systemctl status dhcpd.service' for details. (systemctl start dhcpd.service) [FAILED] (systemctl status dhcpd.service) [FAILED] Output: Note: Using init directory /etc/init.d Note: Using Systemd for service control *** WARNING: *** network interface eth1 not found /tftpboot/install-services: install services: tftp dhcpd command: echo > /tftpboot/dhcpd.service command: cp -af /tftpboot/dhcpd.conf /etc/dhcpd.conf command: restorecon -v /etc/dhcpd.conf systemctl -q daemon-reload ... [OK] systemctl start dhcpd.service ... systemctl status dhcpd.service ... * dhcpd.service Loaded: error (Reason: Invalid argument) Active: inactive (dead) Jun 07 15:52:39 cie-55-31 systemd[1]: dhcpd.service lacks both ExecStart= and ExecStop= setting. Refusing. Jun 07 15:52:39 cie-55-31 systemd[1]: dhcpd.service lacks both ExecStart= and ExecStop= setting. Refusing. /tftpboot/install-services: terminated with error status 1
Al TopSpin 3.5.x aquests errors es varen resolen amb la instal·lació i configuració dels següents servidors:
Al final del procés d'instal·lació apareix un error relacionat amb l'IpsoOS post installation
during command /tftpboot/install-services Errors: /tftpboot/service-lib.sh: line 241: rpm: command not found *** Fatal error: *** /tftpboot/install-services: is not a number Output: /tftpboot/install-services: terminated with status 99
i
Error: Execute cmd: exit=99 Error: Execute cmd: error=</usr/diskless/crco_data/service-lib.sh: line 241: rpm: command not found *** Fatal error: *** /usr/diskless/crco_data/crco-install: is not a number > Error: Execute cmd: exit=99 Error: Execute cmd: error=</tftpboot/service-lib.sh: line 241: rpm: command not found *** Fatal error: *** /tftpboot/install-services: is not a number
Aquest error potser es podria solucionar amb la instal·lació del paquet rpm, però la recomanació per Debian és no instal·lar-ho i emprar el programa alien per tal que la instal·lació dels paquets amb format .rpm es gestioni conjuntament amb la dels paquets propis de Debian en format .deb.
Premo el botó Seen per continuar, i ja miraré més endavant si cal corregir o completar aquest pas de la instal·lació.
Al final del procés d'instal·lació apareix un error relacionat amb la configuració del firewall,
*** Error *** * Could not show firewall rules for Diskless: (command: /bin/bash /usr/diskless/prog/bin/setfirewall.sh show) /usr/diskless/prog/bin/service-lib.sh: line 241: rpm: command not found Fatal error: is not a number /usr/diskless/prog/bin/setfirewall.sh: terminated with status 3
Com abans, premo el botó Seen per continuar, i ja miraré més endavant si cal completar o corregir algun pas del procés d'instal·lació i/o configuració.
El primer intent d'executar TopSpin aparentment funciona sense problemes
copy & paste dels missatges mostrats a la terminal
... ...
Però més endavant s'obre una finestra en pantalla, relacionada amb el mòdul bsmsproxyserver (finestres del senyal de lock i del panel de control de la BSMS), on es mostra un missatge d'error:
mod bsmsproxy terminated with exit(1 2 7) libjpeg.so.62 => not found libXp.so.6 => not found
El fitxer libjpeg.so.62 forma part del paquet libjpeg62-turbo que ja està instal·lat per l'arquitectura amd64 (64 bits), de forma que només cal instal·lar-ho per l'arquitectura i386 (32 bits).
El fitxer libXp.so.6 forma part del paquet libxp6 que no està instal·lat, de forma que l'instal·lo per les arquitectures amd64 (64 bitsç) i i386 (32 bits).
Per precaució, comprovo si /opt/topspin3.6.1/prog/mod/bsmsproxyserver té accés a totes les biblioteques enllaçades
root@cie-55-31:/opt/topspin3.6.1/prog/curdir/sermnadmin# ldd /opt/topspin3.6.1/prog/mod/bsmsproxyserver
linux-gate.so.1 (0xf7703000)
libomniORB4.so.2 => not found
libomniCodeSets4.so.2 => not found
libomnisslTP4.so.2 => not found
libomnithread.so.4 => not found
libssl.so.1.0.0 => not found
libcrypto.so.1.0.0 => not found
libpthread.so.0 => /lib/i386-linux-gnu/i686/cmov/libpthread.so.0 (0xf76c6000)
:
libuuid.so.1 => /lib/i386-linux-gnu/libuuid.so.1 (0xf6f6e000)
libXdmcp.so.6 => /usr/lib/i386-linux-gnu/libXdmcp.so.6 (0xf6f67000)
i, de les que no es troben, instal·lo el paquet libomniorb4-dev per l'arquitectura i386 (32-bits):
libomniorb4-dev:i386ln -s /usr/lib/libomniORB4.so.1.6 /usr/lib/libomniORB4.so.2ln -s /usr/lib/libomniCodeSets4.so.1.6 /usr/lib/libomniCodeSets4.so.2ln -s /usr/lib/libomnisslTP4.so.1.6 /usr/lib/libomnisslTP4.so.2ln -s /usr/lib/libomnithread.so.3.4 /usr/lib/libomnithread.so.4Ja posats, comprovo tots els programes,
root@cie-55-31:/opt/topspin3.6.1/prog/mod# for FILE in *; do echo $FILE; \
ldd $FILE | grep "not found" | grep "so.[0-9]"; done
accumctrlserver
:
bsmsproxyserver
libXp.so.6 => not found
cf
:
chkpwd
libpam.so.0 => not found
cpr
:
mddnmr
libgfortran.so.3 => not found
mvcube
:
nmrquant
nmrsim.mod
libXp.so.6 => not found
peak
plot
libXp.so.6 => not found
probeserver
proc1d
proc2d
libgfortran.so.3 => not found
proc3d
libgfortran.so.3 => not found
psf
:
xwish3
i, de les que no es troben, instal·lo els paquets per l'arquitectura i386 (32-bits) que les contenen
libpam0g-dev:i386 libgfortran-4.9-dev:i386 libxp-dev:i386
La biblioteca libXp.so.6 inicialment s'havia proporcionat amb la instal·lació del paquet libxp6 (veure més amunt), però el gestor de paquets ha suggerit que es podia desinstal·lar perquè no hi havia cap paquet instal·lat que en depengués. Per evitar confusions més endavant, l'he desinstal·lat i he instal·lat el paquet libxp-dev:i386 en substitució.
Aquest script permet comprovar si tots els executables del tipus “ELF 32-bit” d'un directori troben les biblioteques que necessiten:
for FILE in `file * | grep "ELF 32-bit" | awk -F: '{ print $1 }' ` do echo $FILE ldd $FILE | grep "not found" | grep "so.[0-9]" done
Un cop resolts aquests problemes, provo a configurar-ho amb cf i expinstall.
Executo la comanda cf del TopSpin i, després de reiniciar l'IPSO perquè no es configurava correctament i l'amplificador de gradients perquè no es detectava, aquest és el resultat:
afegir el text mostrat en pantalla
CONFIGURATION INFORMATION
=========================
Path : /opt/topspin3.6.1/conf/instr/spect/uxnmr.info
Date : Sun Jun 9 19:18:38 2019
Release : TopSpin 3.6.1
Installed in : /opt/topspin3.6.1
Host : cie-55-31
OS : Linux 4.9.0-0.bpo.9-amd64 #1 SMP Debian 4.9.168-1+deb9u2~deb8u1 (2019-05-14)
CPU : Intel(R) Core(TM)2 CPU 6600 @ 2.40GHz (2 cores at 2400 MHz)
User : sermnadmin (SeRMN-UAB Staff)
System : Avance III 400 NMR spectrometer
1H-frequency : 400.13 MHz
Description : Avance III 400 MHz standard-bore
Location : Servei de Ressonància Magnètica Nuclear
Bruker Order : FIXME
Configured in: cie-55-31:/opt/topspin3.6.1/conf/instr/spect
IPSO: connected to spectrometer subnet
- TCP/IP address = 149.236.99.90
- IPSO type: AQS
- Tctrl : 1
- Fctrls: 2
- Gctrl1: with digital preemphasis
- Rctrl : 1
- FREDs : none
- DPP : 1
DRU1: AQS DRU Z100977/00582 ECL 04.00
- TCP/IP address = 149.236.99.89
- Firmware Version = 170619
- DRU1 controls AQS-Rack and HPPR/2
AQS: connected to 149.236.99.89:/dev/tty10
_Slot_ SBSB _____________________Board_____________________
Number Addr Type HW-VS FW-VS ID ECL Name Description
-----------------------------------------------------------
2 0x10 0x72 0x3 AW R 3.0 REC-1 AQS RXAD400 Z102116/705 ECL 03.00
3 0x34 0x2 0x1 X 5.0 REF-1 REF-400 Reference Board for AQS Receiver
4 0x24 0x11 0x8 AE S 2.0 SGU-1 AQS SGU/2 400 Z103080/00351 ECL 02.00 FPGA-Vs=AF
5 0x25 0x11 0x8 AE S 2.0 SGU-2 AQS SGU/2 400 Z103080/00340 ECL 02.00 FPGA-Vs=AF
9 0x36 0x5 0 A 6.0 BLA-1 BLA2BB 150/60 20-400 W1345049/1817 ECL 6
21 0x21 0xcf 0 P 1.0 PSD-1 PSD/3 Power Supply Distribution Board
-- 0x20 0xd1 0 B 2.0 MASTER AQS/3 Chassis
1 0x20 0x7 0 B MASTER AQS Rack Master
Logical Receiver/SGU configuration:
Router: 1 AQS-Minirouter
Amplifiers (AQS configuration):
RO Amplifier Module Nucleus Power/W Switchbox Name PN/SN/FW
1 1 1 B 150 N BLA2BB 150/60 20-400 W1345049/1817/-
2 1 2 B 60 N BLA2BB 150/60 20-400 W1345049/1817/-
3 2 1 2H 20 N 2HTX in BSMS -/-/-
Gradient amplifiers at the spectrometer subnet:
----------------------------------------------
BGA1: BGA_W1213891_0040
- TCP/IP address = 149.236.99.93
- Firmware version = 20080206
- Web version = 1.1
- Current limits = 0.0/X, 0.0/Y, -10.0/Z (in A)
BSMS: BSMS/2 connected to ethernet
- TCP/IP address = 149.236.99.20
- ELCB firmware version = 20150423
- SCB channels = 20
- Shim System = BOSS1-SB
- 2HTX Amplifier: available
- Lock: installed
MAS2 control unit: connected to 149.236.99.90:/dev/tty05
- Boot Software : 20031216
- Application Software : 20120329
- Insert Time : 10 s
- Eject Time : 10 s
- Spin Lock Tolerance : 5 Hz
Eurotherm VTU: device connected to 149.236.99.90:/dev/tty04
Preamplifiers :
HPPR2: - HPPR/2 preamplifier connected to 149.236.99.89:/dev/tty10
Type : HPPR/2
Controller: Cover/1 with Application firmware = AQ
15 LEDs for tuning, 15 LEDs for matching
Module 1 : 1H/2H 1H (virtual 50 Ohm reference: 274.9%/85.9deg)
PN=Z003959, SN=00418 from 20070319
Module 2 : 1H/2H 2H (virtual 50 Ohm reference: 116.6%/-71.1deg)
PN=Z003959, SN=00418 from 20070319
Module 3 : XBB19F 2HS
PN=Z003504, SN=00415 from 20070425
Gradient Controller cable connections
--------------------------------------------------------------------
GCtrl1: connected via DPP to GREAT 1-10 Gradient Amplifier Unit W1213891/0040
RF cable connections (assumed)
--------------------------------------------------------------------
SGU1 NORM output -> input 2 of transmitter 1 (BLA2BB 150/60 20-400 W1345049/1817)
SGU1 AUX output -> input 1 of transmitter 2 (2HTX in BSMS)
SGU2 NORM output -> input 3 of transmitter 1 (BLA2BB 150/60 20-400 W1345049/1817)
SGU2 AUX output -> TUNE signal input of HPPR
Blanking cable connections (assumed)
--------------------------------------------------------------------
transmitter 1 = BLA2BB 150/60 20-400 W1345049/1817:
- amplifier B-150W uses blanking 1
- amplifier B-60W uses blanking 2
transmitter 2 = 2HTX in BSMS:
- amplifier 2H-20W uses blanking 3
Probe information:
BB Information:
El TopSpin detecta el PICS de la sonda, i es descarrega el paràmetres de configuració i la configura correctament. Però quan comprovo el funcionament de la sintonia automàtica ATMA, em dona un missatge d'error:
tma Info atma_ProbeCorba_impl::start exception: NucConf::init Error: can't create probe-obj Probe-MotorBase-Motor: findActiveLimitSwitch cant access Motor-Nr:1 <1H Tune> (Original message = Atma Info atma_ProbeCorba_impl::start exception: NucConf::init Error: can't create probe-obj Probe-MotorBase-Motor: findActiveLimitSwitch cant access Motor-Nr:1 <1H Tune>) ==================================================== atma_ProbeCorba_impl::start exception: NucConf::init Error: can't create probe-obj Probe-MotorBase-Motor: findActiveLimitSwitch cant access Motor-Nr:1 <1H Tune> 9 June 2019 20:15:16.721 +0200 Topspin Version = TopSpin 3.6.1 (of 2018-12-20 14:06:00),build 143 OS Name = Linux 4.9.0-0.bpo.9-amd64 JVM Version = 1.8.0_192 (32 bit) Oracle Corporation JVM Total memory = 244 MB JVM Free memory = 80 MB java.lang.Exception: Stack trace at bruker.bio.topspin.bfw.gui.warn.AbstractMessage.getDetailsString(AbstractMessage.java:875) at bruker.bio.topspin.bfw.gui.warn.AbstractMessage.setMsgSource(AbstractMessage.java:837) at bruker.bio.topspin.bfw.gui.warn.AbstractMessage.<init>(AbstractMessage.java:821) at de.bruker.nmr.mfw.base.BWarning.<init>(BWarning.java:102) at de.bruker.nmr.mfw.base.BError.<init>(BError.java:93) at de.bruker.nmr.sc.atma.impl.AtmaPanelStart.showAtmaException(AtmaPanelStart.java:2010) at de.bruker.nmr.sc.atma.impl.AtmaPanelStart.connect(AtmaPanelStart.java:318) at de.bruker.nmr.sc.atma.impl.AtmaPanelStart.start(AtmaPanelStart.java:176) at de.bruker.nmr.sc.atma.impl.AtmaPanelStart.atmm(AtmaPanelStart.java:121) at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(NativeMethodAccessorImpl.java:62) at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(DelegatingMethodAccessorImpl.java:43) at java.lang.reflect.Method.invoke(Method.java:498) at de.bruker.nmr.mfw.base.CmdThreadImpl.executeMethod(CmdThreadImpl.java:652) at de.bruker.nmr.mfw.base.CmdThreadImpl.doJmethod(CmdThreadImpl.java:565) at de.bruker.nmr.mfw.base.CmdThreadImpl.exec(CmdThreadImpl.java:514) at de.bruker.nmr.mfw.base.CmdThreadImpl.run(CmdThreadImpl.java:494)
Aquest missatge es correspon al següent error al fitxer /opt/topspin3.6.1/prog/curdir/sermnuab/db_xatma_default.log
root@cie-55-31:/opt/topspin3.6.1/prog/curdir/sermnuab# cat db_xatma_default.log 2019-06-09 20:15:10.340 +0200 INFO DebugBase::DebugBase() depth:10 2019-06-09 20:15:10.340 +0200 INFO DebugBase::DebugBase() depth:10 ... 2019-06-09 20:15:11.357 +0200 INFO ProbeCorba::initialize 2019-06-09 20:15:11.357 +0200 INFO ProbeCorba TopSpin: 3.5 Atma version 5.01 2019-06-09 20:15:11.357 +0200 INFO ProbeData::initialize 2019-06-09 20:15:11.357 +0200 INFO ProbeData::check_lock (new client) fd:18 count:2 lock:2 2019-06-09 20:15:11.357 +0200 INFO ProbeData::initialize Current used Dataset is: /home/sermnuab/data/eva/nmr/test_bor/1/pdata/1/home/sermnuab/data/eva/nmrtest_bor11 2019-06-09 20:15:11.358 +0200 INFO ProbeData::initialize: pics = new Pics 0 2019-06-09 20:15:12.525 +0200 INFO ProbeData::initialize pics->readAndUpdatePicsFile() 2019-06-09 20:15:13.419 +0200 INFO ProbeCorba::getVersion() 2019-06-09 20:15:13.462 +0200 INFO ProbeCorba::getInfo() 2019-06-09 20:15:13.462 +0200 INFO ProbeData::getProbeInfo 2019-06-09 20:15:13.462 +0200 INFO ProbeData::getProbeInfo [Probe information: Name: PA BBO 400S1 BBF-H-D-05 Z ID: Z104450\-182457200 ECL: 2.0 Var: 0.0 ATM Nuclei: 1H BB Required ATMA-SW Version: 2.1] 2019-06-09 20:15:13.463 +0200 INFO ProbeData::getBBInfo 2019-06-09 20:15:13.474 +0200 INFO ProbeData::getBBInfo [BB range: 19F-109Ag Nuclei: 19F 7Li 31P 117Sn 13C 11B 87Rb 23Na 79Br 113Cd 29Si 127I 77Se 2H 17O 15N 14N 95Mo 109Ag 119Sn 195Pt] 2019-06-09 20:15:13.474 +0200 INFO ProbeData::getDrivePos 2019-06-09 20:15:13.474 +0200 INFO ProbeData::getDrivePos [1H Tune fine: 1 1H Match fine: 2 BB Tune fine: 9 BB Match fine: 3 BB Tune coarse 100: 6 BB Tune coarse 10: 7 BB Tune coarse 1: 8 BB Match coarse 10: 4 BB Match coarse 1: 5 ] ... 2019-06-09 20:15:15.558 +0200 INFO Probe::updatePicsRef: PICS changed, create backup </opt/topspin3.6.1/conf/instr/probeheads/Z104450_0188.20170529.bb> ... 2019-06-09 20:15:16.047 +0200 INFO PositionTracker::PositionTracker Nr:4 2019-06-09 20:15:16.047 +0200 INFO Motor::Motor Nr:4 2019-06-09 20:15:16.047 +0200 INFO DebugBase::DebugBase() depth:10 2019-06-09 20:15:16.047 +0200 INFO MotorDrv2: LogMotNr:4 Physik.Nr:3 Dir:0 Imax:388 2019-06-09 20:15:16.047 +0200 INFO Motor::setMotorName name [BBSlider3] 2019-06-09 20:15:16.047 +0200 INFO Slider: LogMotNr:4 maxNotch: 9 name [BBSlider3] 2019-06-09 20:15:16.047 +0200 INFO DebugBase::DebugBase() depth:10 2019-06-09 20:15:16.047 +0200 INFO DebugBase::DebugBase() depth:10 2019-06-09 20:15:16.047 +0200 INFO Slider::Slider motorNr=5 2019-06-09 20:15:16.093 +0200 INFO DebugBase::DebugBase() depth:10 2019-06-09 20:15:16.093 +0200 INFO DebugBase::DebugBase() depth:10 2019-06-09 20:15:16.093 +0200 INFO DebugBase::DebugBase() depth:10 2019-06-09 20:15:16.093 +0200 INFO DebugBase::DebugBase() depth:10 2019-06-09 20:15:16.093 +0200 INFO PositionTracker::PositionTracker Nr:5 2019-06-09 20:15:16.093 +0200 INFO Motor::Motor Nr:5 2019-06-09 20:15:16.093 +0200 INFO DebugBase::DebugBase() depth:10 2019-06-09 20:15:16.093 +0200 INFO MotorDrv2: LogMotNr:5 Physik.Nr:4 Dir:0 Imax:388 2019-06-09 20:15:16.093 +0200 INFO Motor::setMotorName name [BBSlider4] 2019-06-09 20:15:16.093 +0200 INFO Slider: LogMotNr:5 maxNotch: 9 name [BBSlider4] 2019-06-09 20:15:16.094 +0200 INFO NucleusBb Name<BB> 2019-06-09 20:15:16.094 +0200 INFO Nucleus::setChannelNumber Nuc [BB] channel 1 2019-06-09 20:15:16.094 +0200 INFO Nucleus::setChannelOnInnerCoil Nuc:[BB] preSetMove:2 2019-06-09 20:15:16.094 +0200 INFO Nucleus::setChannelHasSuperHighQ Nuc:[BB] hasSuperHighQ:0 2019-06-09 20:15:16.094 +0200 INFO Nucleus::setChannelOnOuterCoil Nuc:[1H] preSetMove:2 2019-06-09 20:15:16.094 +0200 INFO Probe::initAllDrivesOnProbe 2019-06-09 20:15:16.094 +0200 INFO MotorBase::doInitDrivesIfReset 2019-06-09 20:15:16.132 +0200 INFO MotorDrv2::MotorMove: Name[1H Tune] posTime:-1 PosMode:0 iLimit:36 iMax:36 hwImax:-1 2019-06-09 20:15:16.511 +0200 INFO writeToAtma failed! Cannot get type of cover module: error in command 'ZP' sent to probe via HPPR/2: Error 100 in CAPH: I2C error: I2C device did not respond 2019-06-09 20:15:16.716 +0200 INFO setAtmaRegister failed! Cannot get type of cover module: error in command 'ZW' sent to probe via HPPR/2: Error 100 in CAPH: I2C error: I2C device did not respond 2019-06-09 20:15:16.717 +0200 INFO Motor: findActiveLimitSwitch cant access Motor-Nr:1 <1H Tune> 2019-06-09 20:15:16.717 +0200 INFO MotorBase-Motor: findActiveLimitSwitch cant access Motor-Nr:1 <1H Tune> 2019-06-09 20:15:16.717 +0200 INFO Probe-MotorBase-Motor: findActiveLimitSwitch cant access Motor-Nr:1 <1H Tune> 2019-06-09 20:15:16.717 +0200 INFO ProbeCorba::unlock() 2019-06-09 20:15:16.717 +0200 INFO ProbeData::unlock 2019-06-09 20:15:16.717 +0200 INFO ProbeData::unlock Unlock AtmaServer 18 2019-06-09 20:15:16.717 +0200 INFO ProbeData::unlock Unlocked AtmaServer -1 2019-06-09 20:15:16.717 +0200 INFO ProbeCorba::start exception [NucConf::init Error: can't create probe-obj Probe-MotorBase-Motor: findActiveLimitSwitch cant access Motor-Nr:1 <1H Tune>] 2019-06-09 20:15:16.858 +0200 INFO ProbeCorba::unlock() 2019-06-09 20:15:16.858 +0200 INFO ProbeData::unlock 2019-06-09 20:15:16.858 +0200 INFO ProbeData::unlock Unlock AtmaServer -1 2 2
Després de comentar-ho amb el servei tècnic de Bruker i de fer diverses comprovacions, la solució és carregar un nou firmware (PICS) a la sonda.
Un cop resolt el problema, comprovo la sintonia dels següents nuclis i que tinguin definida la seva potència màxima a la sonda:
| Nuclei | ATMA/ATMM | BB-Tuning | BB-Matching | Power Limit |
|---|---|---|---|---|
| 1H | | — | — | 40.00 W |
| 19F | | 899.0052 | 99.0321 | 50.00 W |
| 7Li | | 799.0083 | 99.0232 | 80.00 W |
| 31P | | 799.0056 | 99.0268 | 80.00 W |
| 117Sn | | 799.0159 | 99.0235 | 80.00 W |
| 13C | | 798.0277 | 89.0203 | 100.00 W |
| 11B | | 798.0122 | 99.0227 | 81.34 W |
| 87Rb | | 798.0092 | 99.0223 | 80.00 W |
| 23Na | | 797.0154 | 67.0053 | 95.80 W |
| 79Br | | 795.0093 | 99.0035 | 100.00 W |
| 113Cd | | 794.0229 | 99.0022 | 100.00 W |
| 29Si | | 792.0222 | 99.0062 | 100.00 W |
| 127I | | 792.0198 | 99.0068 | 100.00 W |
| 77Se | | 792.0168 | 89.0172 | 100.00 W |
| 2H | | 784.0282 | 95.0228 | 100.00 W |
| 17O | | 779.0198 | 87.0118 | 100.00 W |
| 15N | | 754.0171 | 83.0146 | 120.00 W |
| 14N | | 682.0179 | 74.0218 | 120.00 W |
| 95Mo | | 657.0303 | 70.0112 | 120.00 W |
| 109Ag | | 480.0231 | 46.0233 | 120.00 W |
| 119Sn | | 326.0092 | 76.0014 | 80.00 W |
Compte! no n'hi ha prou amb que la sonda s'hagi sintonitzat a un nucli per poder-lo detectar. També s'ha de:
La sonda no té PICS i, per això no es detecta i configura automàticament, però faig servir l'opció Manage → Import Old Probe de l'Edprobe (obrir amb la comanda edhead) per importar la configuració a partir del fitxer B3748_0321_34.par d'una versió anterior del TopSpin.
Li asigno el nickname 4 mm HRMAS 1H/13C/31P i comprovo la configuració:
| Parameter name | Value |
|---|---|
| PHNAME | 4 mm HRMAS 1H/13C/31P-2H Z-GRD B3748/0321 |
| PHTYPE | HRMAS |
| PHGTYPE | MAS |
Aquesta configuració es guarda al fitxer /opt/topspin3.5pl6/conf/instr/probeheads/B3748_0321.par
Executo la comanda expinstall i selecciono els tres conjunts d'experiments disponibles:
i es completa el procés sense errors ni avisos.
Provo a configurar les còpies de seguretat automàtiques amb nmr-save però em dóna un error de compilació (veure l'apartat següent). Un cop resolt l'error, configuro el TopSpin perquè es facin automàticament les següents còpies de seguretat:
Intento configurar les còpies de seguretat automàtiques però dóna un error quan intenta compilar el programa nmr_save,
nmr_save.c:30:19: fatal error:stdio.h: No such file or directory
#include <stdio.h>
^
compilation terminated
Per resoldre'l instal·lo les següents biblioteques de l'arquitecura i386:
Amb això aconsegueixo compilar el programa AU nmr_save. Llavors provo a compilar tots els programes AU amb la comanda cplbruk all i es compilen sense cap missatge d'error.
Com que no funciona correctament la importació dels valors de potència a partir d'un fitxer de configuració de la versió 2.x del TopSpin, decideixo entrar a mà el valor del puls de 90° i deixar que el Prosol calculi la resta de pulsos. Els nuclis calibrats són:
Un cop completada la configuració del TopSpin amb la comanda cf, a la finestra de Additional Setups - Important executo la comanda Edcstm per entrar la informació sobre el sistema i el client:
| Customer Info | |
|---|---|
| Customer Name * | Servei de Ressonància Magnètica Nuclear |
| Operator Name | — |
| Company * | Universitat Autònoma de Barcelona |
| Address | Edifici C, Campus de Bellaterra s/n |
| Postal Code | 08193 |
| City * | Cerdanyola del Vallès |
| Country * | Catalunya (Spain) |
| Phone Contact Customer * | +34 93 581 2291 |
| Mobile | — |
| Fax | — |
| E-Mail * | s.rmn@uab.cat |
| Bruker Info | |
| Engineer * | Òscar Benítez |
| Office * | Bruker Española, S.A. |
| Central Hotline Phone * | +34 686 944 920 |
| Central Hotline E-Mail * | oscar.benitez@bruker.com |
| System Info | |
| Order No. * | |
| Contract Service No | — |
| System Type | Avance III 400 |
| Console Part and Serial No | |
| Coil | |
| Dewar | |
| Shim System Offset * | |
| Shim System Angle | — |
| CryoProbe Order No. | — |
| Location | Servei de Ressonància Magnètica Nuclear |
| Register No. | |
* Required Fields
Un cop completada la configuració del TopSpin amb la comanda cf, a la finestra de Additional Setups - Optional executo les següents comandes de configuració:
Ednuc: s'obre una taula amb la llista de nuclis, i la guardo;Eddsolv: s'obre una taula amb la llista de solvents i, després de comprovar-la, la tanco;Edscon: s'obre una finestra amb paràmetres de l'espectròmetre, deixo els valors per defecte, i la tanco;MICS setup: no executo aquesta comanda.Comprovo si s'ha importat el calibratge (Cortab) dels nuclis:
i trobo que només estan disponibles els taules de:
Comprovo que s'hagin copiat a la nova versió de TopSpin els fitxers que hi havia a les següents carpetes de l'anterior versió:
<TOPSPIN_HOME>/exp/stan/nmr/par/users/ <TOPSPIN_HOME>/exp/stan/nmr/par/teo* (i pau*, mir*. Tots es copien a <TOPSPIN_HOME>/exp/stan/nmr/par/users/) <TOPSPIN_HOME>/exp/stan/nmr/lists/pp/users/ <TOPSPIN_HOME>/exp/stan/nmr/lists/gp/users/ (carpeta buida) <TOPSPIN_HOME>/exp/stan/nmr/lists/vc/ (carpeta buida) <TOPSPIN_HOME>/exp/stan/nmr/lists/vd/ <TOPSPIN_HOME>/exp/stan/nmr/lists/vt/ (carpeta buida) <TOPSPIN_HOME>/exp/stan/nmr/lists/wave/users/No hi ha cap fitxer AU a la carpeta:
Afegeixo l'usuari sermnadmin al grup nmrsu.
Aconsegueixo una còpia de seguretat antiga que servirà per recuperar algunes dades, fitxers de paràmetres, etcètera mentre s'intenta recuperar el contingut del disc dur avariat.
Copio el contingut de l'antiga carpeta /opt/~TOPSIN-21/data (accept, final, etc.)
root@cie-55-31:/home/sermnadmin/Documents/old-old-hdd-recovery/sdb4-old-old-hdd-opt/topspin/data# rsync -Hvax --progress --stats ./* /opt/topspin3.5pl6/data/ [...] Number of files: 7,573 (reg: 6,405, dir: 1,168) Number of created files: 7,573 (reg: 6,405, dir: 1,168) Number of deleted files: 0 Number of regular files transferred: 6,405 Total file size: 459,101,587 bytes Total transferred file size: 459,101,587 bytes Literal data: 459,101,587 bytes Matched data: 0 bytes File list size: 65,536 File list generation time: 0.001 seconds File list transfer time: 0.000 seconds Total bytes sent: 459,608,752 Total bytes received: 128,851 sent 459,608,752 bytes received 128,851 bytes 54,086,776.82 bytes/sec total size is 459,101,587 speedup is 1.00
Copio les dades de rmn que hi havia en una còpia de seguretat antiga
root@cie-55-31:/home/sermnadmin/Documents/old-old-hdd-recovery/sdb4-old-old-hdd-opt/sermn-uab# rsync -Hvax --progress --stats ./data /home/sermnuab/
Exporto la carpeta de dades i la carpeta ~topspin/exp/stan/nmr/lists/ al servidor de dades. Primer afegeixo les entrades corresponents al fitxer /etc/exports
root@cie-55-31:/etc# cat /etc/exports # /etc/exports: the access control list for filesystems which may be exported # to NFS clients. See exports(5). # # Example for NFSv2 and NFSv3: # /srv/homes hostname1(rw,sync,no_subtree_check) hostname2(ro,sync,no_subtree_check) # # Example for NFSv4: # /srv/nfs4 gss/krb5i(rw,sync,fsid=0,crossmnt,no_subtree_check) # /srv/nfs4/homes gss/krb5i(rw,sync,no_subtree_check) # # SERMN - EXPORTED FOLDERS # Export data folder to SeRMN data server /home/sermnuab/data sermn.uab.es(ro,sync,no_subtree_check,root_squash,all_squash,insecure) # Export TopSpin 3.5 pl6 lists folder to SeRMN data server /opt/topspin3.5pl6/exp/stan/nmr/lists sermn.uab.es(ro,sync,no_subtree_check,root_squash,all_squash,insecure) # DO NOT MAKE CHANGES BELOW THIS LINE /usr/diskless/dl_usr spect(sync,ro) /usr/diskless/clients/spect spect(sync,rw,no_root_squash)
i després exporto les carpetes i comprovo que estiguin disponibles i els permisos amb què s'exporten,
root@cie-55-31:/etc# exportfs -av
exportfs: /etc/exports [7]: Neither 'subtree_check' or 'no_subtree_check' specified for export "spect:/usr/diskless/dl
_usr".
Assuming default behaviour ('no_subtree_check').
NOTE: this default has changed since nfs-utils version 1.0.x
exportfs: /etc/exports [8]: Neither 'subtree_check' or 'no_subtree_check' specified for export "spect:/usr/diskless/cl
ients/spect".
Assuming default behaviour ('no_subtree_check').
NOTE: this default has changed since nfs-utils version 1.0.x
exporting spect:/usr/diskless/clients/spect
exporting spect:/usr/diskless/dl_usr
exporting sermn.uab.es:/opt/topspin3.5pl6/exp/stan/nmr/lists
exporting sermn.uab.es:/home/sermnuab/data
Llavors provo a muntar les carpetes al servidor de dades i no em dóna cap error, i es pot accedir al contingut de les carpetes.
Aquestes adreces només donen accés als mòduls de la consola si es visiten des de l'ordinador de l'espectròmetre. Des de qualsevol altre ordinador, en la major part dels casos no porten enlloc (són adreces de xarxa local) o a altres ordinadors/dispositius que no tenen res a veure amb els indicats aquí.
La taula següent resumeix l'estat actual dels nuclis que haurien d'estar disponibles a la sonda 1H-BB/19F BBO+ATMA:
| Probe: 1H-BB/19F BBO+ATMA | Console: SGU & Amp | |||
|---|---|---|---|---|
| Nuclei | ATMA / ATMM (Tune & Match) | Power Limit | PROSOL (Pulses) | CORTAB (RF Calibration) |
| 1H | | | | |
| 13C | | | | |
| 31P | | | | |
| 19F | | | | |
| 2H | | | | |
