Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

--- informatica:hp_xw4400_400wb_topspin31 [2015/08/13 16:15]
miquel [Fitxers au/src/user]
+++ informatica:hp_xw4400_400wb_topspin31 [2020/07/09 13:01] (current)
miquel
@@ Line 1: / Line 1: @@
 ====== Instal·lació de Topspin 3.2 ======
-<WRAP center round info 60%>
+<WRAP info>
 El procés d'instal·lació del Topspin 3.2 ja està descrit amb detall per [[informatica:hp_z400_600_topspin31 | l'espectròmetre AvanceII+ 600]] i de forma més resumida per [[informatica:hp_xw4400_400sb_topspin31 | l'espectròmetre AvanceIII 400-SB]]. Així doncs, aquestes instruccions seran molt més simples i esquemàtiques.
 </WRAP>
 ===== Preparació de CentOS =====
@@ Line 13: / Line 12: @@
 The recommended way to install the required TopSpin runtime environment for CentOS-5.x86_64 is:
-<code bash>
+<file>
 rpm --import ftp://ftp.bruker.de/pub/nmr/CentOS/RPM-GPG-KEY-Bruker-AddOn-support
 wget ftp://ftp.bruker.de/pub/nmr/CentOS/5/Bruker-Addon/bruker-addon-latest.x86_64.rpm
 yum localinstall bruker-addon-latest.x86_64.rpm
-</code>
+</file>
 This will automatically install the configuration and GPG keys that are required for safely installing Bruker AddOn packages.
@@ Line 25: / Line 24: @@
 For **Processing Workstation:**
-<code bash>
+<file>
 yum install --enablerepo=bruker   bruker-topspin-environ
-</code>
+</file>
 and for **Aquisition:**
-<code bash>
+<file>
 yum install --enablerepo=bruker   bruker-acquisition-environ
-</code>
+</file>
 without the version stamp and you will get always the latest version.
@@ Line 41: / Line 40: @@
 A full list you get with
-<code bash>
+<file>
 rpm --requires -qp 'ftp://ftp.bruker.de/pub/nmr/CentOS/5/Bruker-Addon/bruker-topspin-environ-1.0-11.el5.brk.x86_64.rpm'
-</code>
+</file>
 The bruker-acquisition-environ dependencies:
-<code bash>
+<file>
 rpm --requires -qp ftp://ftp.bruker.de/pub/nmr/CentOS/5/Bruker-Addon/bruker-acquisition-environ-1.0-2.el5.brk.noarch.rpm
@@ Line 61: / Line 60: @@
   tftp-server
   xinetd
-</code>
+</file>
 All mentioned libraries may add more dependencies during installation
@@ Line 72: / Line 71: @@
 Copio el contingut del DVD d'instal·lació del Topspin 3.2 al disc dur per tal de fer més ràpida la instal·lació,
-<code bash>
+<file>
 [sermnadmin@cie-55-32 Topspin-3.2]$ md5sum TopSpin-3.2.3.iso
 d08c62e14cbbc58c43d20992b0b89  TopSpin-3.2.3.iso
-</code>
+</file>
 A continuació munto el fitxer ISO ((Instruccions a http://www.tecmint.com/how-to-mount-and-unmount-an-iso-image-in-linux/))
-<code>
+<file>
 $ sudo mkdir /mnt/iso
 [sudo] password for sermnadmin:  ********
@@ Line 85: / Line 84: @@
 /home/sermnadmin/Downloads/Topspin-3.2/TopSpin-3.2.3.iso
 .8G  3.8G     0 100% /mnt/iso
-</code>
+</file>
 Llavors executo el programa ''autorun'' per iniciar la instal·lació del Tospin, i marco les opcions,
@@ Line 105: / Line 104: @@
 Surt un missatge d'avís indicant que s'ha detectat que hi ha un firewall instal·lat al sistema... fet que em sorpren, perquè no crec que hagi instal·lat cap. En tot cas, em proposa configurar-ho executant la comanda
-<code>
+<file>
 /bin/sh /opt/Bruker/mics/setfirewall.sh install
-</code>
+</file>
@@ Line 198: / Line 197: @@
 Abans de tancar-se, el programa d'instal·lació mostra una darrera recomanació:
-<note tip>
+<WRAP tip>
 The environment has been changed for the programs MICS and TopSpin
 Please close existing windows or logout and login again before you launch the program.
-</note>
+</WRAP>
@@ Line 1205: / Line 1204: @@
     * :fail: fitxers copiats
-<note>
+<WRAP important>
 **He arribat fins aquí** Tasques pendents:
   * completar la transferència de fitxers de configuració
@@ Line 1211: / Line 1210: @@
   * transferir els fitxers de prosol i importar-los al nou TopSpin 3.2
   * ...
-</note>
+</WRAP>
@@ Line 1237: / Line 1236: @@
 </blockquote>
-<note important>Caldrà comprovar si funcionen directament, o si cal importar-los per canviar-los de format abans de poder fer-los servir.</note>
+<WRAP important>
+Caldrà comprovar si funcionen directament, o si cal importar-los per canviar-los de format abans de poder fer-los servir.
+</WRAP>
 ===== PROSOL - Probe and Solvent Dependent Parameters =====
@@ Line 1245: / Line 1246: @@
 Després, intento importo els valors amb l'opció //Edit | Import Old 90° Pulses | Default Mode// de l'eina //edprosol//, però em surt un missatge de //Sorry! No importable file found//.
-<note important>
+<WRAP important>
 Caldrà comprovar perquè no s'importen els fitxers prosol
-</note>
+</WRAP>
 Provisionalment defineixo el puls dur de 90 graus amb els següents paràmetres:
@@ Line 1270: / Line 1271: @@
   * <TOPSPIN_HOME>/exp/stan/nmr/au/src/users/
-===== Carpeta ~/.topspin-... =====
-Transfereixo la carpeta ///home/sermn/.topspin-cie-55-32// a la carpeta //home// de l'usuari //sermnuab//, i comparo el contingut amb el de la carpeta ///home/sermnuab/.topspin-cie-55-31//.
-FIXME Consultar si val la pena copiar el contingut.
+===== Afegir sermnadmin al grup 'nmrsu' =====
-===== Darrers problemes =====
+Afegeixo l'usuari //sermnadmin// al grup //nmrsu//,
-==== Permisos dins la carpeta ~topspin/prog/mod ====
+===== Exportació de la carpeta de dades =====
-Per tal que la comanda 'cf' no doni missatges d'error indicant que no pot crear enllaços als fitxers que hi ha dins la carpeta ///opt/topspin3.1/prog/mod// cal que els fitxers executables siguin propietat de ''nmrsu:nmrsu'' i tinguin els permisos ''-rwxrwxr-x-''  (octal: 775). Per canviar-los cal executar,
+<WRAP important>
+Actualitzar la informació sobre la configuració del //firewall//. Afegir un enllaç a la pàgina [[http://www.linuxquestions.org/questions/linux-security-4/firewall-blocking-nfs-even-though-ports-are-open-294069/]] que és on finalment he trobat la solució completa a cóm configurar //iptables// per poder muntar la carpeta de dades al servidor.
-<code>
+</WRAP>
-chmod 775 *
-chmod 664 *i
-chmod u+s xwish3
-chown root:root xwish3
-</code>
-:warn: Compte! comprova el propietari i els permisos dels següents fitxers:
+Exporto la carpeta de dades i la carpeta //~topspin/exp/stan/nmr/lists/// al servidor de dades. Primer afegeixo les entrades corresponents al fitxer ///etc/exports//
 <file>
-root@cie-55-31:/opt/topspin3.1/prog/mod# ls -l *.i
+[root@cie-55-32 etc]# cat /etc/exports
--rw-rw-r-- 1 nmrsu nmrsu 1308 Feb 12  2012 ecu.i
+# export data folder to SeRMN data server
--rw-rw-r-- 1 nmrsu nmrsu 1308 Feb 12  2012 gcu2.i
+/home/sermnuab/data sermn.uab.es(ro,sync,no_subtree_check,root_squash,all_squash,insecure)
--rw-rw-r-- 1 nmrsu nmrsu 1308 Feb 12  2012 gcu3.i
+#
--rw-rw-r-- 1 nmrsu nmrsu 1308 Feb 12  2012 gcu.i
+# export lists folder to SeRMN data server
--rw-rw-r-- 1 nmrsu nmrsu 1308 Feb 12  2012 rcu.i
+/opt/topspin3.2/exp/stan/nmr/lists sermn.uab.es(ro,sync,no_subtree_check,root_squash,all_squash,insecure)
--rw-rw-r-- 1 nmrsu nmrsu 1308 Feb 12  2012 tcu3.i
-root@cie-55-31:/opt/topspin3.1/prog/mod# ls -l | grep root
+# DO NOT MAKE CHANGES BELOW THIS LINE
--rwsrwxr-x 1 root  root   6913656 Feb 12  2012 xwish3
+/usr/diskless/dl_usr            spect(sync,ro)
+/usr/diskless/clients/spect     spect(sync,rw,no_root_squash)
 </file>
-==== Afegir sermnadmin al grup 'nmrsu' ====
+Tot seguit exporto les carpetes i comprovo que estiguin disponibles i els permisos amb què s'exporten,
-Afegeixo l'usuari //sermnadmin// al grup //nmrsu//,
+<file>
+[root@cie-55-32 etc]# /usr/sbin/exportfs -av
+exporting sermnserver.sermn.net:/opt/topspin3.2/exp/stan/nmr/lists
+exporting spect:/usr/diskless/clients/spect
+exporting spect:/usr/diskless/dl_usr
+exporting sermnserver.sermn.net:/home/sermnuab/data
-==== L'amplificador de gradients no funciona ====
+[root@cie-55-32 etc]# /usr/sbin/exportfs -v
+/opt/topspin3.2/exp/stan/nmr/lists
+                sermnserver.sermn.net(ro,wdelay,insecure,root_squash,all_squash,no_subtree_check,anonuid=65534,anongid=65534)
+/usr/diskless/clients/spect
+                spect(rw,wdelay,no_root_squash,no_subtree_check,anonuid=65534,anongid=65534)
+/usr/diskless/dl_usr
+                spect(ro,wdelay,root_squash,no_subtree_check,anonuid=65534,anongid=65534)
+/home/sermnuab/data
+                sermnserver.sermn.net(ro,wdelay,insecure,root_squash,all_squash,no_subtree_check,anonuid=65534,anongid=65534)
+</file>
-L'amplificador de gradients no funciona. Al procés de configuració del hardware es detecta correctament, però a l'hora d'adquirir els experiments o quan es fa servir el //topshim// no fa res. Després de provar a reiniciar-ho, aturar-ho, i desconnectar-ho sense resultats, faig una consulta a n'Òscar i resulta que la solució es canviar el valor del paràmetre ''GRADRES'' al fitxer de configuració //uxnmr.par//,
+Quan provo a muntar al servidor de dades les carpetes exportades, em dóna un erroraccessible,
 <file>
-Subject: Re: Error quan faig CF amb Topspin-3 al 600 i 400sb
+sermnserver:/home/sermn# rpcinfo -p av2-400-wb
-Date: 2014-02-19 15:06
+rpcinfo: can't contact portmapper: RPC: Remote system error - No route to host
-From: Óscar Benítez <...@bruker.es>
+</file>
-To: Miquel Cabanas <...@uab.cat>
-Mira el parametre GRADRES del fitxer /opt/Topspin3.x/conf/instr/spect/uxnmr.par
+Una consulta ràpida a Google m'indica que el problema està a la configuració del //firewall// del CentOS, i que cal obrir els ports 111 (udp i tcp), 861 (udp) i 864 (tcp). Per fer-ho afegeixo les línies
-Hauria de ser 5. Si no ho és canvia'l.
+<file>
+-A RH-Firewall-1-INPUT -p udp -m udp --dport 111 -j ACCEPT
-Oscar Benítez Castells
+-A RH-Firewall-1-INPUT -p tcp -m tcp --dport 111 -j ACCEPT
-NMR Service Engineer
+-A RH-Firewall-1-INPUT -p udp -m udp --dport 861 -j ACCEPT
+-A RH-Firewall-1-INPUT -p tcp -m tcp --dport 864 -j ACCEPT
 </file>
-Comprovo que el valor actual no és el correcte, el modifico i l'amplificador de gradients comença a funcionar.
+al fitxer ///etc/sysconfig/iptables//. Tot seguit, reinicio el tallafocs amb la comanda <code bash>/etc/init.d/iptables restart</code> i comprovo la configuració amb la comanda <code bash>/etc/init.d/iptables status</code>. També comprovo amb <code bash>rpcinfo -p av2-400-wb</code> que el servidor de NFS a l'AvanceII 400wb sigui accessible des del servidor de dades. Com que totes les comprovacions són satisfactòries, munto les carpetes compartides de l'AvanceII 400wb i comprovo que siguin accessibles,
+<file>
+sermnserver:/home/sermn# mount -v /var/ftp/av2-400-wb
+mount.nfs: timeout set for Tue Aug 18 16:16:55 2015
+mount.nfs: trying text-based options 'soft,vers=4,addr=192.168.2.14,clientaddr=192.168.2.2'
+mount.nfs: mount(2): Operation not permitted
+mount.nfs: trying text-based options 'soft,addr=192.168.2.14'
+mount.nfs: prog 100003, trying vers=3, prot=6
+mount.nfs: trying 192.168.2.14 prog 100003 vers 3 prot TCP port 2049
+mount.nfs: prog 100005, trying vers=3, prot=17
+mount.nfs: trying 192.168.2.14 prog 100005 vers 3 prot UDP port 861
+sermnserver:/home/sermn# ls -l /var/ftp/av2-400-wb
+total 96
+drwxrwxrwx 3 503 503 4096 Apr 18  2006 accept
+drwxr-xr-x 3 503 503 4096 Jun  7  2006 albert
+drwxrwxrwx 2 503 503 4096 Oct  3  2008 final
+drwxrwxrwx 3 503 503 4096 Mar 29  2004 guest
+drwxr-xr-x 3 503 503 4096 Jan 29  2007 miquel
+drwxr-xr-x 3 503 503 4096 May 26  2006 miriam
+drwxr-xr-x 3 503 503 4096 Apr 13  2006 nmrsu
+drwxr-xr-x 4 503 503 4096 May 25  2010 pau
+drwxr-xr-x 3 503 503 4096 Sep 14  2007 sergi
+drwxr-xr-x 3 503 503 4096 May 23  2006 silvia
+drwxr-xr-x 3 503 503 4096 May 18  2006 teo
+drwxr-xr-x 3 503 503 4096 Dec  5  2006 usuaris
+</file>
 ===== Adreces IP dels mòduls de la consola =====
-<WRAP center round important 60%>
+<WRAP important>
 Aquestes adreces només donen accés als mòduls de la consola si es visiten des de l'ordinador de l'espectròmetre. Des de qualsevol altre ordinador, en la major part dels casos no porten enlloc (són adreces de xarxa local) o a altres ordinadors/dispositius que no tenen res a veure amb els indicats aquí.
 </WRAP>
   * [[http://149.236.99.89 | DRU Service Web - AQS Main]]
+===== 2016-01-28 - Cortab dels nuclis =====
+Es fa la calibració (Cortab) dels següents nuclis:
+  * 1H, 2H, 6Li, 7Li, 11B, 13C, 15N, 19F
+  * 23Na, 27Al, 29Si, 31P, 39K, 67Zn, 71Ga, 77Se, 79Br, 87Rb, 95Mo
+  * 103Rh, 111Cd, 113Cd, 119Sn, 127I, 195Pt, 199Hg, 207Pb.

SeRMN Wiki

User Tools

Site Tools

Differences

Page Tools