SeRMN Wiki

User Tools

Site Tools

You are here: sermn_wiki » informatica » hp_z400_600_topspin21
Trace: • dell_optiplex745mt_becari_1 • hp_z240mt_biospec • hp_z400_macromodel_macromodel • servidor_internet_2009_debian_10_part_1
informatica:hp_z400_600_topspin21

Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

Both sides previous revision Previous revision
Next revision 		Previous revision
Last revision Both sides next revision
informatica:hp_z400_600_topspin21 [2013/02/13 12:39]
miquel [Problemes de compilació] 		informatica:hp_z400_600_topspin21 [2014/08/21 00:36]
miquel [Configuració del Topspin 2.1]
Line 29: Line 29:
  
 Aquestes són les tasques realitzades, Aquestes són les tasques realitzades,
-  * :ok: ha, i verificar els mòduls detectats+  * :ok: executar ''ha'' i verificar els mòduls detectats
   * :ok: ''cf'' funciona correctament i el fitxer de configuració final (<color black/yellow>afegir-ho!</color>) coincideix amb el del Topspin 2.1 de l'ordinador vell   * :ok: ''cf'' funciona correctament i el fitxer de configuració final (<color black/yellow>afegir-ho!</color>) coincideix amb el del Topspin 2.1 de l'ordinador vell
   * :ok: recuperació de la configuració del Topspin 2.1 amb ''nmr_restore'' a partir del fitxer creat amb ''nmr_save'' al Topspin 2.1 de l'ordinador vell. Inicialment donava un error de compilació, però ja s'ha resolt (veure més avall).   * :ok: recuperació de la configuració del Topspin 2.1 amb ''nmr_restore'' a partir del fitxer creat amb ''nmr_save'' al Topspin 2.1 de l'ordinador vell. Inicialment donava un error de compilació, però ja s'ha resolt (veure més avall).
Line 36: Line 36:
   * :ok: ''cplbruk all'' per compilar tots els programes AU de Bruker.   * :ok: ''cplbruk all'' per compilar tots els programes AU de Bruker.
   * :ok: ''cpluser all'' per compilar tots els programes AU de la carpeta //user//.   * :ok: ''cpluser all'' per compilar tots els programes AU de la carpeta //user//.
-==== Problemes de compilació ==== +==== Problemes de compilació - Llibreria libpthread ====
- +
-=== Llibreria libpthread ===+
  
 Al compilar els programes AU dóna un error perquè no troba la llibreria //libpthread//. Per resoldre el problema cal copiar els fitxers d'aquesta llibreria de la carpeta ''/opt/topspin3.x/gnu/lib'' a ''/opt/topspin2.x/gnu/lib'', Al compilar els programes AU dóna un error perquè no troba la llibreria //libpthread//. Per resoldre el problema cal copiar els fitxers d'aquesta llibreria de la carpeta ''/opt/topspin3.x/gnu/lib'' a ''/opt/topspin2.x/gnu/lib'',
Line 64: Line 62:
 </file> </file>
  
-=== Llibreries de 32-bits en un entorn de 64-bits ===+==== Problemes de compilació - Llibreries de 32-bits en un entorn de 64-bits ====
  
 Per compilar els programes AU en un entorn de 64-bits i enllaçar-los amb les llibreries de 32-bits, cal modificar el fitxer //makeau//. Aparentment el programa d'instal·lació s'encarrega de resoldre aquest problema per instal·lacions del Topspin a ordinadors que facin servir la distribució GNU/Linux RHEL o distribucions derivades (CentOS, Fedora), però no el resol en el cas de distribucions GNU/Linux Debian i derivades (Ubuntu). Per compilar els programes AU en un entorn de 64-bits i enllaçar-los amb les llibreries de 32-bits, cal modificar el fitxer //makeau//. Aparentment el programa d'instal·lació s'encarrega de resoldre aquest problema per instal·lacions del Topspin a ordinadors que facin servir la distribució GNU/Linux RHEL o distribucions derivades (CentOS, Fedora), però no el resol en el cas de distribucions GNU/Linux Debian i derivades (Ubuntu).
  
-Les modificacions a fer al fitxer ///+Les modificacions a fer al fitxer ///opt/topspin2.1/exp/stan/nmr/au/makeau// són,
  
-<note important> +<file> 
-  * **Afegir** nota sobre els canvis al fitxer //makeau// necessaris per compilar i enllaçar els executables de 32-bits en un Debian/Ubuntu de 64-bits <code>*** makeau 2012-02-21 16:50:34.000000000 +0100+*** makeau 2012-02-21 16:50:34.000000000 +0100
 --- makeau.ts216 2012-02-21 13:26:27.000000000 +0100 --- makeau.ts216 2012-02-21 13:26:27.000000000 +0100
 *************** if (($opersys ne "Windows_NT")) { *************** if (($opersys ne "Windows_NT")) {
Line 114: Line 112:
      'Windows_GCC'=> ' -Wl,-warn-common,-warn-constructors' .      'Windows_GCC'=> ' -Wl,-warn-common,-warn-constructors' .
   ' -Wl,--stack,0x800000' . $v_gcc,    ' -Wl,--stack,0x800000' . $v_gcc, 
-</code> +</file> 
-  * ... crec que no he fet més canvis. + 
-</note>+==== Problemes de compilació - Compilació de poptau i paropt ==== 
 + 
 +La compilació del programa AU //poptau// al Topspin 2.x genera un executable que dóna un error de segmentació quan s'executa. Començo per comprovar les biblioteques que crida el programa, 
 + 
 +<file> 
 +# ldd /opt/topspin2.1/prog/au/bin/poptau 
 + linux-gate.so.1 =>  (0xf76fd000) 
 + auliba.so => not found 
 + aulibp.so => not found 
 + chparmod.so => not found 
 + librrs.so => not found 
 + liblrs.so => not found 
 + editpar.so => not found 
 + libacq.so => not found 
 + util.so => not found 
 + uni.so => not found 
 + par.so => not found 
 + libPath.so => not found 
 + libcb.so => not found 
 + libdl.so.2 => /lib32/libdl.so.2 (0xf76df000) 
 + libstdc++.so.6 => /usr/lib32/libstdc++.so.6 (0xf75ea000) 
 + libm.so.6 => /lib32/libm.so.6 (0xf75c4000) 
 + libgcc_s.so.1 => /usr/lib32/libgcc_s.so.1 (0xf75a6000) 
 + libc.so.6 => /lib32/libc.so.6 (0xf745f000) 
 + /lib/ld-linux.so.2 (0xf76fe000) 
 +</file> 
 + 
 +i veig que hi ha moltes que no troba, però una comprovació d'altres programes AU que sí funcionen en aquesta versió 2.x de Topspin, i a la versió 3.x, i a la versió 2.x en altres espectròmetres, m'indica que aquest és un fet comú a tots ells i que no impedeix el correcte funcionament dels programes. Així doncs, la causa del problema ha d'ésser una altra. 
 + 
 +Si executo la comanda ''ldd -r'' em dóna un missatge d'error semblant al que surt en executar el programa, 
 + 
 +<file> 
 +# ldd -r poptau 
 + linux-gate.so.1 =>  (0xf770d000) 
 + auliba.so => not found 
 + aulibp.so => not found 
 + chparmod.so => not found 
 + librrs.so => not found 
 + liblrs.so => not found 
 + editpar.so => not found 
 + libacq.so => not found 
 + util.so => not found 
 + uni.so => not found 
 + par.so => not found 
 + libPath.so => not found 
 + libcb.so => not found 
 + libdl.so.2 => /lib32/libdl.so.2 (0xf76ef000) 
 + libstdc++.so.6 => /usr/lib32/libstdc++.so.6 (0xf75fa000) 
 + libm.so.6 => /lib32/libm.so.6 (0xf75d4000) 
 + libgcc_s.so.1 => /usr/lib32/libgcc_s.so.1 (0xf75b6000) 
 + libc.so.6 => /lib32/libc.so.6 (0xf746f000) 
 + /lib/ld-linux.so.2 (0xf770e000) 
 +/usr/bin/ldd: line 118: 15004 Segmentation fault      LD_TRACE_LOADED_OBJECTS=1 LD_WARN=yes LD_BIND_NOW=yes LD_LIBRARY_VERSION=$verify_out LD_VERBOSE= "$@" 
 +</file> 
 + 
 +mentre que a l'AvanceIII 400sb no dóna cap missatge d'error, 
 + 
 +<file> 
 +[root@cie-55-32 bin]# ldd -r poptau  
 + auliba.so => not found 
 + aulibp.so => not found 
 + chparmod.so => not found 
 + librrs.so => not found 
 + liblrs.so => not found 
 + editpar.so => not found 
 + libacq.so => not found 
 + util.so => not found 
 + uni.so => not found 
 + par.so => not found 
 + libPath.so => not found 
 + libcb.so => not found 
 + libdl.so.2 => /lib/libdl.so.2 (0x00d7f000) 
 + libstdc++.so.6 => /usr/lib/libstdc++.so.6 (0x0760b000) 
 + libm.so.6 => /lib/tls/libm.so.6 (0x00d5a000) 
 + libgcc_s.so.1 => /lib/libgcc_s.so.1 (0x00ccb000) 
 + libc.so.6 => /lib/tls/libc.so.6 (0x00101000) 
 + /lib/ld-linux.so.2 (0x00524000) 
 +undefined symbol: ssleep (./poptau) 
 +undefined symbol: PathXWinNMRProg (./poptau) 
 +undefined symbol: Change_object (./poptau) 
 +undefined symbol: Start_unimar (./poptau) 
 +undefined symbol: DurationToAscii (./poptau) 
 +undefined symbol: setcurdat (./poptau) 
 +undefined symbol: RemoveTree (./poptau) 
 +undefined symbol: Gets (./poptau) 
 +undefined symbol: CPR_exec (./poptau) 
 +undefined symbol: Show_status (./poptau) 
 +undefined symbol: fetchstor (./poptau) 
 +undefined symbol: getcurdat (./poptau) 
 +undefined symbol: Proc_err (./poptau) 
 +undefined symbol: Exit_unimar (./poptau) 
 +undefined symbol: PathSystemTemp (./poptau) 
 +undefined symbol: getparamunit (./poptau) 
 +undefined symbol: Get_command (./poptau) 
 +undefined symbol: GetCPR_object (./poptau) 
 +undefined symbol: PathXWinNMRCurDir (./poptau) 
 +undefined symbol: execau (./poptau) 
 +</file> 
 + 
 +Per altra banda, el programa //paropt// també dóna un error semblant de //segmentation fault// quan s'executa i quan se li aplica la comanda ''ldd -r''. Això podria servir per identificar el problema. 
 + 
 +Una cerca de ''compile*'' a la //Knowledge Database// de Bruker proporciona una possible pista, 
 +  * item 9577 - workaround - TOPSPIN - 1.3.10 - non-critical - CentOS5 TopSpin 1.3pl10 cannot compile AU programs under CentOS 5. Proporciona una nova versió del programa //makeau,// derivada de la versió distribuïda amb el TS-3.x, i esmenta que, si el directori d'instal·lació del Topspin no és ///opt/topspin//, cal modificar la primera línia del programa //makeau// 
 + 
 +que, en el nostre cas, no és la causa, ja que la primera línia al fitxer //makeau// és correcte. 
 + 
 +Al fitxer //opt/topspin2.1/topspin// que s'executa per configurar l'entorn de treball del Topspin i posar en marxa tots els programes i serveis requerits per executar el Topspin, ''LD_LIBRARY_PATH'' està definida com 
 +<file> 
 +Insert Codexport LD_LIBRARY_PATH="$szProgPath"/pvshlib:"$szProgPath"/shlib 
 +</file> 
 + 
 +on 
 + 
 +<file> 
 +szProgPath=`"$XWINNMRHOME"/pathScript prog` 
 +szExpPath=`"$XWINNMRHOME"/pathScript exp` 
 +</file> 
 + 
 +és a dir, en el cas de Topspin ''LD_LIBRARY_PATH'' es defineix com la carpeta ///opt/topspin2.1/prog/shlib// on es troben totes les biblioteques que les comandes ''ldd'' de més amunt indicaven que els programes AU compilats no troben, 
 +<file> 
 +# ls -F  
 +Atma.so* ipsoRout.so*      libCUtil.so* libhttp_channel.so libpthread.so.0@  libtcl3.so 
 +auliba.so* libacb.so*      libDatPath.so libhttp_transport.so libpvacq.so   libTimer.so* 
 +aulibp.so* libacq.so*      libDispClient.so* libJCamp.so* libPvPath.so   lib_tty.so* 
 +Bird.so* libap.so*      libDispNMR.so* libJVMAgent.so* libPvUtil.so   libTxBbis.so* 
 +Bis.so* libAqRack.so*      libDisp.so* liblrs.so* libQTP.so*   libUpnpClient.so* 
 +chparmod.so* libArg.so*      libDispX.so* libMo.so* libRcuBbis.so*   libUtil.so* 
 +convpw_deb.so* libAsuBbis.so*      libDppPars.so* libomniCodeSets4.so.1* librrs.so*   libVtu.so* 
 +convpw.so* libaxis_client.so    libDPP.so* libomniORB4.so.1* librx22.so*   libWrap.so* 
 +ConvSf.so* libaxis_xerces.so    libEdte.so* libomnisslTP4.so.1* lib_sbsb.so*   libxerces-c.so.27 
 +editpar.so* libBbis.so*      libError.so* libomnithread.so.3* libSe451Bbis.so*  par.so* 
 +Error.so* libBmpc.so*      libFcuBbis.so* libParxBase.so libShapeIO.so*   sxutil.so* 
 +gc.so* libBpsu.so*      libFunc.so* libParx.so libssl.so.0.9.8*  uni.so* 
 +Gilson.so* libcb.so*      libgcc_s.so@ libPath.so* libstdc++.so@   util.so* 
 +golibipso.so* libCf.so*      libgcc_s.so.1@ libpreamp.so* libstdc++.so.6@ 
 +gosim.so* libcrypto.so.0.9.8*  libGoRec.so* libPreemp.so* libSwish.so* 
 +Hppr.so* libCt.so*      libhpcu.so* libPsTul.so libtbcload1.4.so 
 +</file> 
 + 
 +**Potser la solució passi per emprar i/o adaptar el fitxer ''makeau'' del TS-3x al TS-2x, o fer servir el ''makeau'' de l'item #9577. Però abans de provar-ho comparo els fitxers ''makeau'' del TS-2x, TS-3x, i de l'item #9577, i trobo que potser seria convenient afegir ''-m32'' a les següents definicions per LINUX de les opcions del compilador, tal i com s'ha fet als fitxers de les versions posteriors i adaptada, 
 + 
 +<file> 
 +# 
 +# basic cc- options 
 +# 
 +%ccopt =( 
 +   'LINUX' => ' -g -m32 -w' . $v_gcc, 
 +   'Windows_GCC' => ' -g -w' . $v_gcc, 
 +   'Windows_NT' => ' /nologo /MD /w', 
 +   ); 
 + 
 +%erropt =( 
 +   'LINUX' => '-g -m32 -pedantic-errors -Wall', 
 +   'Windows_GCC' => '-g -pedantic-errors -Wall', 
 +   'Windows_NT' => '', 
 +   ); 
 + 
 +%warnopt =( 
 +   'LINUX' => '-g -m32 -pedantic -Wall', 
 +   'Windows_GCC' => '-g -pedantic -Wall', 
 +   'Windows_NT' => '-W3', 
 +   ); 
 +## 
 +</file> 
 + 
 +Per altra banda, no estic segur de si caldria afegir aquesta definició que surt al ''makeau'' del TS-3x, 
 + 
 +<file> 
 +my @alwaysSharedLibs = qw 
 +    ( 
 +     libxerces-c 
 +    ); 
 +</file> 
 + 
 +però que a la versió de l'itej #9577 surt com, 
 + 
 +<file> 
 +my @alwaysSharedLibs = (); 
 +</file> 
 + 
 +en tot cas, caldria tenir present que la variable definida al TS-2x seria ''@alwaysSharedLibs''. 
 + 
 +==== Provant el makeau de l'item #9577 ==== 
 + 
 +<file> 
 +root@cie-56-18:/opt/topspin2.1/exp/stan/nmr/au#  ./makeau -show -verbose ./src/paropt  
 +makeau ($Revision: 1.108.2.2 $ ) 
 +  OperatingSystem=LINUX 
 +Setup for gcc (Bruker) 
 +  CC=/opt/topspin2.1/gnu/bin/gcc -B/opt/topspin2.1/gnu/lib/gcc-lib/ 
 +  LD=/opt/topspin2.1/gnu/bin/c++ -B/opt/topspin2.1/gnu/lib/gcc-lib/ -L/opt/topspin2.1/gnu/lib-B/lib32 -B/usr/lib32 
 + 
 +Installed RPM packages: 
 +Can't exec "rpm": No such file or directory at ./makeau line 317. 
 + 
 +used kernel release: 2.6.32-5-amd64 
 +Exec /opt/topspin2.1/gnu/bin/gcc -B/opt/topspin2.1/gnu/lib/gcc-lib/ -print-search-dirs 
 +install: /pr/gnu/lib/gcc/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/ 
 +programs: =/opt/topspin2.1/gnu/lib/gcc-lib/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/:/opt/topspin2.1/gnu/lib/gcc-lib/:/opt/topspin2.1/gnu/bin/../libexec/gcc/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/:/opt/topspin2.1/gnu/bin/../libexec/gcc/:/pr/gnu/libexec/gcc/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/:/pr/gnu/libexec/gcc/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/:/pr/gnu/libexec/gcc/i686-pc-linux-gnu/:/pr/gnu/lib/gcc/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/:/pr/gnu/lib/gcc/i686-pc-linux-gnu/:/usr/libexec/gcc/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/:/usr/libexec/gcc/i686-pc-linux-gnu/:/usr/lib/gcc/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/:/usr/lib/gcc/i686-pc-linux-gnu/:/opt/topspin2.1/gnu/bin/../lib/gcc/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/../../../../i686-pc-linux-gnu/bin/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/:/opt/topspin2.1/gnu/bin/../lib/gcc/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/../../../../i686-pc-linux-gnu/bin/:/pr/gnu/i686-pc-linux-gnu/bin/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/:/pr/gnu/i686-pc-linux-gnu/bin/ 
 +libraries: =/opt/topspin2.1/gnu/lib/gcc-lib/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/:/opt/topspin2.1/gnu/lib/gcc-lib/:/opt/topspin2.1/gnu/bin/../lib/gcc/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/:/opt/topspin2.1/gnu/bin/../lib/gcc/:/pr/gnu/lib/gcc/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/:/usr/lib/gcc/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/:/opt/topspin2.1/gnu/bin/../lib/gcc/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/../../../../i686-pc-linux-gnu/lib/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/:/opt/topspin2.1/gnu/bin/../lib/gcc/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/../../../../i686-pc-linux-gnu/lib/:/pr/gnu/i686-pc-linux-gnu/lib/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/:/pr/gnu/i686-pc-linux-gnu/lib/:/opt/topspin2.1/gnu/bin/../lib/gcc/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/../../../i686-pc-linux-gnu/3.4.6/:/opt/topspin2.1/gnu/bin/../lib/gcc/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/../../../:/pr/gnu/lib/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/:/pr/gnu/lib/:/lib/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/:/lib/:/usr/lib/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/:/usr/lib/ 
 + 
 +Known paths: 
 +  /opt/topspin2.1/gnu/bin 
 +  /usr/local/sbin 
 +  /usr/local/bin 
 +  /usr/sbin 
 +  /usr/bin 
 +  /sbin 
 +  /bin 
 +  /opt/topspin2.1/prog/bin 
 +Current environment: 
 +  XAUTHORITY=/var/run/gdm3/auth-for-sermnuab-sepKxp/database 
 +  BROWSER=/etc/alternatives/gnome-www-browser 
 +  GNOME_KEYRING_CONTROL=/tmp/keyring-VeaQgK 
 +  SSH_AUTH_SOCK=/tmp/keyring-VeaQgK/ssh 
 +  PWD=/opt/topspin2.1/exp/stan/nmr/au 
 +  LANG=en_US.UTF-8 
 +  USER=root 
 +  LOGNAME=root 
 +  GNOME_DESKTOP_SESSION_ID=this-is-deprecated 
 +  PERL_BADLANG=true 
 +  CORBA_CLIENT=y 
 +  SHLVL=2 
 +  UIDPATH=/opt/topspin2.1/prog/uid/%U 
 +  XDG_SESSION_COOKIE=9625bbc6a68066da92ea31fc00000008-1360832580.925882-1513866542 
 +  PATH=/opt/topspin2.1/gnu/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/opt/topspin2.1/prog/bin 
 +  PERL5LIB=/opt/topspin2.1/perl/lib/perl5 
 +  WINDOWID=52432982 
 +  COLORTERM=gnome-terminal 
 +  GTK_MODULES=canberra-gtk-module 
 +  TERM=xterm 
 +  MICS_HOME=/opt/Bruker/mics 
 +  LM_LICENSE_FILE=:/usr/local/flexlm/Bruker/licenses/license.dat 
 +  DBUS_SESSION_BUS_ADDRESS=unix:abstract=/tmp/dbus-OuAzObpD9U,guid=8550eda552f6c3d67b0a389900000078 
 +  HOME=/root 
 +  LANGUAGE=en_US:en 
 +  SSH_AGENT_PID=2885 
 +  JAVA_LOGDIR=/opt/topspin2.1/prog/curdir/sermnuab 
 +  GNOME_KEYRING_PID=2825 
 +  USE_VARPATH=1 
 +  XFILESEARCHPATH=/opt/topspin2.1/prog/app-defaults/%N%S:/usr/lib/X11/app-defaults/%N%S 
 +  WINDOWPATH=7 
 +  DISPLAY=:0.0 
 +  GTK_RC_FILES=/etc/gtk/gtkrc:/home/sermnuab/.gtkrc-1.2-gnome2 
 +  _RLD_ARGS=-ignore_unresolved 
 +  ORBIT_SOCKETDIR=/tmp/orbit-sermnuab 
 +  GDMSESSION=default 
 +  MAIL=/var/mail/root 
 +  XWINNMRHOME=/opt/topspin2.1 
 +  USERNAME=sermnuab 
 +  _=./makeau 
 +  XDG_DATA_DIRS=/usr/share/gnome:/usr/share/gdm/:/usr/local/share/:/usr/share/ 
 +  DESKTOP_SESSION=default 
 +  LS_COLORS=rs=0:di=01;34:ln=01;36:mh=00:pi=40;33:so=01;35:do=01;35:bd=40;33;01:cd=40;33;01:or=40;31;01:su=37;41:sg=30;43:ca=30;41:tw=30;42:ow=34;42:st=37;44:ex=01;32:*.tar=01;31:*.tgz=01;31:*.arj=01;31:*.taz=01;31:*.lzh=01;31:*.lzma=01;31:*.tlz=01;31:*.txz=01;31:*.zip=01;31:*.z=01;31:*.Z=01;31:*.dz=01;31:*.gz=01;31:*.lz=01;31:*.xz=01;31:*.bz2=01;31:*.bz=01;31:*.tbz=01;31:*.tbz2=01;31:*.tz=01;31:*.deb=01;31:*.rpm=01;31:*.jar=01;31:*.rar=01;31:*.ace=01;31:*.zoo=01;31:*.cpio=01;31:*.7z=01;31:*.rz=01;31:*.jpg=01;35:*.jpeg=01;35:*.gif=01;35:*.bmp=01;35:*.pbm=01;35:*.pgm=01;35:*.ppm=01;35:*.tga=01;35:*.xbm=01;35:*.xpm=01;35:*.tif=01;35:*.tiff=01;35:*.png=01;35:*.svg=01;35:*.svgz=01;35:*.mng=01;35:*.pcx=01;35:*.mov=01;35:*.mpg=01;35:*.mpeg=01;35:*.m2v=01;35:*.mkv=01;35:*.ogm=01;35:*.mp4=01;35:*.m4v=01;35:*.mp4v=01;35:*.vob=01;35:*.qt=01;35:*.nuv=01;35:*.wmv=01;35:*.asf=01;35:*.rm=01;35:*.rmvb=01;35:*.flc=01;35:*.avi=01;35:*.fli=01;35:*.flv=01;35:*.gl=01;35:*.dl=01;35:*.xcf=01;35:*.xwd=01;35:*.yuv=01;35:*.cgm=01;35:*.emf=01;35:*.axv=01;35:*.anx=01;35:*.ogv=01;35:*.ogx=01;35:*.aac=00;36:*.au=00;36:*.flac=00;36:*.mid=00;36:*.midi=00;36:*.mka=00;36:*.mp3=00;36:*.mpc=00;36:*.ogg=00;36:*.ra=00;36:*.wav=00;36:*.axa=00;36:*.oga=00;36:*.spx=00;36:*.xspf=00;36: 
 +  GDM_LANG=en_US.utf8 
 +  SHELL=/bin/bash 
 +  OMNIORB_CONFIG=/opt/topspin2.1/prog/server/omniorb.conf 
 +  GPG_AGENT_INFO=/tmp/seahorse-s3nBkW/S.gpg-agent:2899:1 
 +  SESSION_MANAGER=local/cie-56-18:@/tmp/.ICE-unix/2849,unix/cie-56-18:/tmp/.ICE-unix/2849 
 +  GDM_KEYBOARD_LAYOUT=es 
 +LibraryExtension: .so 
 +StaticLibraryExtension: .a 
 +SharedLibraryExtension: .so 
 +LibraryPath: shlib 
 +StaticLibraryPath: lib 
 +SharedLibraryPath: shlib 
 +ObjectExtension: .o 
 +BinaryExtension:  
 +BinaryExtension:  
 +Check for /opt/topspin2.1/exp/stan/nmr/au/paravision_2.1.pl 
 +Check for /opt/topspin2.1/exp/stan/nmr/au/user_2.1.pl 
 +submacro(/opt/topspin2.1/prog/include/inc /opt/topspin2.1/exp/stan/nmr/au/src/paropt /opt/topspin2.1/prog/au/bin/paropt.E) 
 +Values of %NEEDED_LIBS 
 +  USE_AULIBP => USE_AULIBP 
 +    aulibp  
 +    librrs  
 +    liblrs  
 +Used libraries: 
 +   auliba 
 +   aulibp 
 +   chparmod 
 +   librrs 
 +   liblrs 
 +   editpar 
 +   libacq 
 +   util 
 +   aulibp 
 +   uni 
 +   par 
 +   libPath 
 +   libcb 
 +Included Libraries 
 +   auliba.so 
 +   aulibp.so 
 +   chparmod.so 
 +   librrs.so 
 +   liblrs.so 
 +   editpar.so 
 +   libacq.so 
 +   util.so 
 +   aulibp.so 
 +   uni.so 
 +   par.so 
 +   libPath.so 
 +   libcb.so 
 +   auliba.a 
 +   aulibp.a 
 +   chparmod.a 
 +   libacq.a 
 +   editpar.a 
 +   util.a 
 +   uni.a 
 +   par.a 
 +   libPath.a 
 +   libcb.a 
 +Combine /opt/topspin2.1/exp/stan/nmr/au/vorspann /opt/topspin2.1/prog/au/bin/paropt.E > /opt/topspin2.1/prog/au/bin/paropt.c 
 + 
 +Include Option: -I/opt/topspin2.1/prog/include -I/opt/topspin2.1/gnu/lib/gcc-lib/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/include 
 + 
 + 
 +chdir /opt/topspin2.1/prog/au/bin 
 +Opersys=LINUX 
 +/opt/topspin2.1/gnu/bin/gcc -B/opt/topspin2.1/gnu/lib/gcc-lib/ -c -DLINUX_INTEL -D_REENTRANT -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE  -g -m32 -w -v -I/opt/topspin2.1/prog/include -I/opt/topspin2.1/gnu/lib/gcc-lib/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/include  paropt.c  
 +Reading specs from /opt/topspin2.1/gnu/bin/../lib/gcc/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/specs 
 +Configured with: ../gcc-3.4.6/configure --prefix=/pr/gnu --enable-threads=posix --enable-__cxa_atexit --enable-languages=c,c++ --with-cpu=pentium4 
 +Thread model: posix 
 +gcc version 3.4.6 
 + /opt/topspin2.1/gnu/bin/../libexec/gcc/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/cc1 -quiet -v -I/opt/topspin2.1/prog/include -I/opt/topspin2.1/gnu/lib/gcc-lib/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/include -iprefix /opt/topspin2.1/gnu/bin/../lib/gcc/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/ -isystem /opt/topspin2.1/gnu/lib/gcc-lib/include -DLINUX_INTEL -D_REENTRANT -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE paropt.c -quiet -dumpbase paropt.c -m32 -mtune=pentium4 -auxbase paropt -g -w -version -o /tmp/ccFmwAq3.s 
 +ignoring nonexistent directory "/opt/topspin2.1/gnu/lib/gcc-lib/include" 
 +ignoring nonexistent directory "/opt/topspin2.1/gnu/bin/../lib/gcc/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/../../../../i686-pc-linux-gnu/include" 
 +ignoring nonexistent directory "/pr/gnu/include" 
 +ignoring nonexistent directory "/pr/gnu/lib/gcc/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/include" 
 +ignoring nonexistent directory "/pr/gnu/i686-pc-linux-gnu/include" 
 +ignoring nonexistent directory "/opt/topspin2.1/gnu/lib/gcc-lib/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/include" 
 +#include "..." search starts here: 
 +#include <...> search starts here: 
 + /opt/topspin2.1/prog/include 
 + /opt/topspin2.1/gnu/bin/../lib/gcc/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/include 
 + /usr/local/include 
 + /usr/include 
 +End of search list. 
 +GNU C version 3.4.6 (i686-pc-linux-gnu) 
 + compiled by GNU C version 3.4.6. 
 +GGC heuristics: --param ggc-min-expand=100 --param ggc-min-heapsize=131072 
 + /opt/topspin2.1/gnu/bin/../lib/gcc/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/../../../../i686-pc-linux-gnu/bin/as -V -Qy -o paropt.o /tmp/ccFmwAq3.s 
 +GNU assembler version 2.16.1 (i686-pc-linux-gnu) using BFD version 2.16.1 
 + exit=0 sig=0 dump=0 
 +Used Libraries 
 +auliba.so aulibp.so chparmod.so librrs.so liblrs.so editpar.so libacq.so util.so aulibp.so uni.so par.so libPath.so libcb.so auliba.a aulibp.a chparmod.a libacq.a editpar.a util.a uni.a par.a libPath.a libcb.a 
 +/opt/topspin2.1/gnu/bin/c++ -B/opt/topspin2.1/gnu/lib/gcc-lib/ -L/opt/topspin2.1/gnu/lib-B/lib32 -B/usr/lib32  -m32 -Wl,-warn-common,-warn-constructors -v  -s  /opt/topspin2.1/prog/au/bin/paropt.o  /opt/topspin2.1/prog/shlib/auliba.so /opt/topspin2.1/prog/shlib/aulibp.so /opt/topspin2.1/prog/shlib/chparmod.so /opt/topspin2.1/prog/shlib/librrs.so /opt/topspin2.1/prog/shlib/liblrs.so /opt/topspin2.1/prog/shlib/editpar.so /opt/topspin2.1/prog/shlib/libacq.so /opt/topspin2.1/prog/shlib/util.so /opt/topspin2.1/prog/shlib/aulibp.so /opt/topspin2.1/prog/shlib/uni.so /opt/topspin2.1/prog/shlib/par.so /opt/topspin2.1/prog/shlib/libPath.so /opt/topspin2.1/prog/shlib/libcb.so /opt/topspin2.1/prog/lib/auliba.a /opt/topspin2.1/prog/lib/aulibp.a /opt/topspin2.1/prog/lib/chparmod.a /opt/topspin2.1/prog/lib/libacq.a /opt/topspin2.1/prog/lib/editpar.a /opt/topspin2.1/prog/lib/util.a /opt/topspin2.1/prog/lib/uni.a /opt/topspin2.1/prog/lib/par.a /opt/topspin2.1/prog/lib/libPath.a /opt/topspin2.1/prog/lib/libcb.a  -lm -ldl   -o paropt 
 +/opt/topspin2.1/gnu/bin/c++ -B/opt/topspin2.1/gnu/lib/gcc-lib/ -L/opt/topspin2.1/gnu/lib-B/lib32 -B/usr/lib32  -m32 -Wl,-warn-common,-warn-constructors -v  -s  /opt/topspin2.1/prog/au/bin/paropt.o  /opt/topspin2.1/prog/shlib/auliba.so /opt/topspin2.1/prog/shlib/aulibp.so /opt/topspin2.1/prog/shlib/chparmod.so /opt/topspin2.1/prog/shlib/librrs.so /opt/topspin2.1/prog/shlib/liblrs.so /opt/topspin2.1/prog/shlib/editpar.so /opt/topspin2.1/prog/shlib/libacq.so /opt/topspin2.1/prog/shlib/util.so /opt/topspin2.1/prog/shlib/aulibp.so /opt/topspin2.1/prog/shlib/uni.so /opt/topspin2.1/prog/shlib/par.so /opt/topspin2.1/prog/shlib/libPath.so /opt/topspin2.1/prog/shlib/libcb.so /opt/topspin2.1/prog/lib/auliba.a /opt/topspin2.1/prog/lib/aulibp.a /opt/topspin2.1/prog/lib/chparmod.a /opt/topspin2.1/prog/lib/libacq.a /opt/topspin2.1/prog/lib/editpar.a /opt/topspin2.1/prog/lib/util.a /opt/topspin2.1/prog/lib/uni.a /opt/topspin2.1/prog/lib/par.a /opt/topspin2.1/prog/lib/libPath.a /opt/topspin2.1/prog/lib/libcb.a  -lm -ldl   -o paropt 
 +Reading specs from /opt/topspin2.1/gnu/bin/../lib/gcc/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/specs 
 +Configured with: ../gcc-3.4.6/configure --prefix=/pr/gnu --enable-threads=posix --enable-__cxa_atexit --enable-languages=c,c++ --with-cpu=pentium4 
 +Thread model: posix 
 +gcc version 3.4.6 
 + /opt/topspin2.1/gnu/bin/../libexec/gcc/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/collect2 --eh-frame-hdr -m elf_i386 -dynamic-linker /lib/ld-linux.so.2 -o paropt -s /usr/lib32/crt1.o /usr/lib32/crti.o /opt/topspin2.1/gnu/bin/../lib/gcc/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/crtbegin.o -L/opt/topspin2.1/gnu/lib-B/lib32 -L/usr/lib32 -L/opt/topspin2.1/gnu/bin/../lib/gcc/i686-pc-linux-gnu/3.4.6 -L/opt/topspin2.1/gnu/bin/../lib/gcc -L/opt/topspin2.1/gnu/bin/../lib/gcc/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/../../../../i686-pc-linux-gnu/lib -L/opt/topspin2.1/gnu/bin/../lib/gcc/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/../../.. -warn-common -warn-constructors /opt/topspin2.1/prog/au/bin/paropt.o /opt/topspin2.1/prog/shlib/auliba.so /opt/topspin2.1/prog/shlib/aulibp.so /opt/topspin2.1/prog/shlib/chparmod.so /opt/topspin2.1/prog/shlib/librrs.so /opt/topspin2.1/prog/shlib/liblrs.so /opt/topspin2.1/prog/shlib/editpar.so /opt/topspin2.1/prog/shlib/libacq.so /opt/topspin2.1/prog/shlib/util.so /opt/topspin2.1/prog/shlib/aulibp.so /opt/topspin2.1/prog/shlib/uni.so /opt/topspin2.1/prog/shlib/par.so /opt/topspin2.1/prog/shlib/libPath.so /opt/topspin2.1/prog/shlib/libcb.so /opt/topspin2.1/prog/lib/auliba.a /opt/topspin2.1/prog/lib/aulibp.a /opt/topspin2.1/prog/lib/chparmod.a /opt/topspin2.1/prog/lib/libacq.a /opt/topspin2.1/prog/lib/editpar.a /opt/topspin2.1/prog/lib/util.a /opt/topspin2.1/prog/lib/uni.a /opt/topspin2.1/prog/lib/par.a /opt/topspin2.1/prog/lib/libPath.a /opt/topspin2.1/prog/lib/libcb.a -ldl -lstdc++ -lm -lgcc_s -lgcc -lc -lgcc_s -lgcc /opt/topspin2.1/gnu/bin/../lib/gcc/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/crtend.o /usr/lib32/crtn.o 
 +exit status is: 0  0 
 +</file> 
 + 
 +la compilació ha funcionat, ara haurem de comprovar-ho, 
 + 
 +<file> 
 +root@cie-56-18:/opt/topspin2.1/exp/stan/nmr/au# ls -l 
 +total 188 
 +-rwxrwxr-x 1 sermnuab sermnuab 42226 Feb 14 10:08 makeau 
 +-rw-r--r-- 1 sermnuab sermnuab 42076 Feb 13 17:05 makeau.item9577 
 +-rwxr-xr-x 1 sermnuab sermnuab 37702 Feb 14 09:39 makeau.ts216 
 +-rwxr-xr-x 1 sermnuab sermnuab 37906 Feb 11 17:12 makeau.ts216-for-debian 
 +drwxrwxrwx 3 nmrsu    nmrsu    12288 Feb 11 16:12 src 
 +-rw-rw-r-- 1 nmrsu    nmrsu     5609 Feb 28  2010 vorspann 
 +root@cie-56-18:/opt/topspin2.1/exp/stan/nmr/au#  
 +root@cie-56-18:/opt/topspin2.1/exp/stan/nmr/au#  
 +root@cie-56-18:/opt/topspin2.1/exp/stan/nmr/au#  
 +root@cie-56-18:/opt/topspin2.1/exp/stan/nmr/au# ls /opt/topspin2.1/prog/a 
 +app-defaults/ au/            
 +root@cie-56-18:/opt/topspin2.1/exp/stan/nmr/au# ls /opt/topspin2.1/prog/a 
 +app-defaults/ au/            
 +root@cie-56-18:/opt/topspin2.1/exp/stan/nmr/au# ls /opt/topspin2.1/prog/au/bin/paropt  
 +/opt/topspin2.1/prog/au/bin/paropt 
 +root@cie-56-18:/opt/topspin2.1/exp/stan/nmr/au# ls -l /opt/topspin2.1/prog/au/bin/paropt  
 +-rwxr-xr-x 1 root root 14680 Feb 14 10:08 /opt/topspin2.1/prog/au/bin/paropt 
 +root@cie-56-18:/opt/topspin2.1/exp/stan/nmr/au# ldd -r /opt/topspin2.1/prog/au/bin/paropt  
 + linux-gate.so.1 =>  (0xf76f4000) 
 + auliba.so => not found 
 + aulibp.so => not found 
 + chparmod.so => not found 
 + librrs.so => not found 
 + liblrs.so => not found 
 + editpar.so => not found 
 + libacq.so => not found 
 + util.so => not found 
 + uni.so => not found 
 + par.so => not found 
 + libPath.so => not found 
 + libcb.so => not found 
 + libdl.so.2 => /lib32/libdl.so.2 (0xf76d6000) 
 + libstdc++.so.6 => /usr/lib32/libstdc++.so.6 (0xf75e1000) 
 + libm.so.6 => /lib32/libm.so.6 (0xf75bb000) 
 + libgcc_s.so.1 => /usr/lib32/libgcc_s.so.1 (0xf759d000) 
 + libc.so.6 => /lib32/libc.so.6 (0xf7456000) 
 + /lib/ld-linux.so.2 (0xf76f5000) 
 +/usr/bin/ldd: line 118:  2358 Segmentation fault      LD_TRACE_LOADED_OBJECTS=1 LD_WARN=yes LD_BIND_NOW=yes LD_LIBRARY_VERSION=$verify_out LD_VERBOSE= "$@" 
 +root@cie-56-18:/opt/topspin2.1/exp/stan/nmr/au#  
 +root@cie-56-18:/opt/topspin2.1/exp/stan/nmr/au# ls -l /lib/ld-linux.so.2  
 +lrwxrwxrwx 1 root root 20 Dec  3 17:43 /lib/ld-linux.so.2 -> /lib32/ld-linux.so.2 
 +root@cie-56-18:/opt/topspin2.1/exp/stan/nmr/au#  
 +root@cie-56-18:/opt/topspin2.1/exp/stan/nmr/au#  
 +root@cie-56-18:/opt/topspin2.1/exp/stan/nmr/au# file /lib/ld-linux.so.2  
 +/lib/ld-linux.so.2: symbolic link to `/lib32/ld-linux.so.2' 
 +root@cie-56-18:/opt/topspin2.1/exp/stan/nmr/au# file /lib32/ld-linux.so.2  
 +/lib32/ld-linux.so.2: symbolic link to `ld-2.11.3.so' 
 +root@cie-56-18:/opt/topspin2.1/exp/stan/nmr/au#  
 +root@cie-56-18:/opt/topspin2.1/exp/stan/nmr/au#  
 +root@cie-56-18:/opt/topspin2.1/exp/stan/nmr/au# file /lib32/ld-2.11.3.so  
 +/lib32/ld-2.11.3.so: ELF 32-bit LSB shared object, Intel 80386, version 1 (SYSV), dynamically linked, stripped 
 +root@cie-56-18:/opt/topspin2.1/exp/stan/nmr/au#  
 +</file> 
 + 
 +==== Enllaços d'interès ==== 
 + 
 +  * [[http://www3.ntu.edu.sg/home/ehchua/programming/cpp/gcc_make.html]] 
 +  * [[http://mindspill.net/computing/linux-notes/debugging-load-library-path-issues/]] 
 +  * [[http://tldp.org/HOWTO/Program-Library-HOWTO/index.html]] 
 +    * [[http://tldp.org/HOWTO/Program-Library-HOWTO/shared-libraries.html]] 
 + 
 + 
 + 
informatica/hp_z400_600_topspin21.txt · Last modified: 2020/07/09 12:51 by miquel

Page Tools

Donate Powered by PHP Valid HTML5 Valid CSS Driven by DokuWiki