SeRMN Wiki

User Tools

Site Tools

You are here: sermn_wiki » informatica » hp_z400_600_topspin21
Trace:
informatica:hp_z400_600_topspin21

Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

Both sides previous revision Previous revision
Next revision 		Previous revision
informatica:hp_z400_600_topspin21 [2012/02/15 16:15]
miquel 		informatica:hp_z400_600_topspin21 [2020/07/09 12:51] (current)
miquel
Line 24: Line 24:
 ===== Configuració del Topspin 2.1 ===== ===== Configuració del Topspin 2.1 =====
  
-<note important> +<WRAP important> 
-Queda pendent la configuració del programa un cop connectat a la consola, +Comentar breument la configuració del programa un cop connectat a la consola, i afegir alguna captura de pantalla 
-  * ha, i verificar els mòduls detectats +</WRAP> 
-  * cf + 
-  * expinstall, edhead, edprosol... +Aquestes són les tasques realitzades, 
-</note>+  * :ok: executar ''ha'' i verificar els mòduls detectats 
 +  * :ok: ''cf'' funciona correctament i el fitxer de configuració final (<color black/yellow>afegir-ho!</color>) coincideix amb el del Topspin 2.1 de l'ordinador vell 
 +  * :ok: recuperació de la configuració del Topspin 2.1 amb ''nmr_restore'' a partir del fitxer creat amb ''nmr_save'' al Topspin 2.1 de l'ordinador vell. Inicialment donava un error de compilació, però ja s'ha resolt (veure més avall). 
 +  * :ok: ''expinstall'' 
 +  * :ok: ''edhead'', ''edprosol'', i la resta de comandes no donen cap problema. Cal importar a mà els //parameter sets// i altres fitxers de configuració que no s'hagin transferit. 
 +  * :ok: ''cplbruk all'' per compilar tots els programes AU de Bruker. 
 +  * :ok: ''cpluser all'' per compilar tots els programes AU de la carpeta //user//. 
 +==== Problemes de compilació - Llibreria libpthread ==== 
 + 
 +Al compilar els programes AU dóna un error perquè no troba la llibreria //libpthread//. Per resoldre el problema cal copiar els fitxers d'aquesta llibreria de la carpeta ''/opt/topspin3.x/gnu/lib'' a ''/opt/topspin2.x/gnu/lib'', 
 + 
 +<file> 
 +# find ./topspin3.1/ -name libpthread* -exec ls -l {} \; 
 +lrwxrwxrwx 1 root root 34 Feb 21  2012 ./topspin3.1/prog/shlib/libpthread.so.0 \ 
 +    -> ../../gnu/lib/libpthread-2.11.3.so 
 +lrwxrwxrwx 1 root root 20 Feb 21  2012 ./topspin3.1/gnu/lib/libpthread.so.0 \ 
 +    -> libpthread-2.11.3.so 
 +-rwxr-xr-x 1 root root 116809 Feb 21  2012 ./topspin3.1/gnu/lib/libpthread-2.11.3.so 
 + 
 +# cp --archive /opt/topspin3.1/gnu/lib/libpthread-2.11.3.so /opt/topspin2.1/gnu/lib 
 + 
 +# ls -l /opt/topspin2.1/gnu/lib/libpthread* 
 +-rwxr-xr-x 1 root root 116809 Feb 21  2012 /opt/topspin2.1/gnu/lib/libpthread-2.11.3.so 
 +lrwxrwxrwx 1 root root     20 Feb 21  2012 /opt/topspin2.1/gnu/lib/libpthread.so.0 \ 
 +    -> libpthread-2.11.3.so 
 + 
 +# cp --archive /opt/topspin3.1/prog/shlib/libpthread.so.0 /opt/topspin2.1/prog/shlib 
 + 
 +# ls -l /opt/topspin2.1/prog/shlib/libpthread* 
 +lrwxrwxrwx 1 root root 34 Feb 21  2012 /opt/topspin2.1/prog/shlib/libpthread.so.0 \ 
 +    -> ../../gnu/lib/libpthread-2.11.3.so 
 +</file> 
 + 
 +==== Problemes de compilació - Llibreries de 32-bits en un entorn de 64-bits ==== 
 + 
 +Per compilar els programes AU en un entorn de 64-bits i enllaçar-los amb les llibreries de 32-bits, cal modificar el fitxer //makeau//. Aparentment el programa d'instal·lació s'encarrega de resoldre aquest problema per instal·lacions del Topspin a ordinadors que facin servir la distribució GNU/Linux RHEL o distribucions derivades (CentOS, Fedora), però no el resol en el cas de distribucions GNU/Linux Debian i derivades (Ubuntu). 
 + 
 +Les modificacions a fer al fitxer ///opt/topspin2.1/exp/stan/nmr/au/makeau// són, 
 + 
 +<file> 
 +*** makeau 2012-02-21 16:50:34.000000000 +0100 
 +--- makeau.ts216 2012-02-21 13:26:27.000000000 +0100 
 +*************** if (($opersys ne "Windows_NT")) { 
 +*** 104,116 **** 
 +      $CC = $GCC . ' -B' . $GCC_EXEC_PREFIX; 
 +      $LPATH = ' -L'.$GCC_LIB; 
 +      $LD = $GCC_PLUS . ' -B'.$GCC_EXEC_PREFIX . $LPATH; 
 +!  
 +!     ## 
 +!     # Extend with 32Bit library path on debian/ubuntu 
 +!     $LD .= '-B/lib32 -B/usr/lib32' if ( -d '/usr/lib32' or -d '/lib32' ); 
 +!  
 +!     $ld_out ='-o '; 
 +!     $cc_info = 'gcc (Bruker)'; 
 +      if (open(FD,"/etc/redhat-release")) 
 +      { 
 +  my $redhat = <FD>; 
 +--- 104,111 ---- 
 +      $CC = $GCC . ' -B' . $GCC_EXEC_PREFIX; 
 +      $LPATH = ' -L'.$GCC_LIB; 
 +      $LD = $GCC_PLUS . ' -B'.$GCC_EXEC_PREFIX . $LPATH; 
 +!     $ld_out ='-o '; 
 +!     $cc_info = 'gcc (Bruker)'; 
 +      if (open(FD,"/etc/redhat-release")) 
 +      { 
 +  my $redhat = <FD>; 
 +*************** $IndexStaticExt = 6; 
 +*** 346,352 **** 
 +    ); 
 +  ## 
 +  %ldopt = ( 
 +!    'LINUX' => ' -m32 -Wl,-warn-common,-warn-constructors'.  
 +      $LIBSTD . $v_gcc, 
 +     'Windows_GCC'=> ' -Wl,-warn-common,-warn-constructors' . 
 +  ' -Wl,--stack,0x800000' . $v_gcc, 
 +--- 341,347 ---- 
 +    ); 
 +  ## 
 +  %ldopt = ( 
 +!    'LINUX' => ' -Wl,-warn-common,-warn-constructors'.  
 +      $LIBSTD . $v_gcc, 
 +     'Windows_GCC'=> ' -Wl,-warn-common,-warn-constructors' . 
 +  ' -Wl,--stack,0x800000' . $v_gcc,  
 +</file> 
 + 
 +==== Problemes de compilació - Compilació de poptau i paropt ==== 
 + 
 +La compilació del programa AU //poptau// al Topspin 2.x genera un executable que dóna un error de segmentació quan s'executa. Començo per comprovar les biblioteques que crida el programa, 
 + 
 +<file> 
 +# ldd /opt/topspin2.1/prog/au/bin/poptau 
 + linux-gate.so.1 =>  (0xf76fd000) 
 + auliba.so => not found 
 + aulibp.so => not found 
 + chparmod.so => not found 
 + librrs.so => not found 
 + liblrs.so => not found 
 + editpar.so => not found 
 + libacq.so => not found 
 + util.so => not found 
 + uni.so => not found 
 + par.so => not found 
 + libPath.so => not found 
 + libcb.so => not found 
 + libdl.so.2 => /lib32/libdl.so.2 (0xf76df000) 
 + libstdc++.so.6 => /usr/lib32/libstdc++.so.6 (0xf75ea000) 
 + libm.so.6 => /lib32/libm.so.6 (0xf75c4000) 
 + libgcc_s.so.1 => /usr/lib32/libgcc_s.so.1 (0xf75a6000) 
 + libc.so.6 => /lib32/libc.so.6 (0xf745f000) 
 + /lib/ld-linux.so.2 (0xf76fe000) 
 +</file> 
 + 
 +i veig que hi ha moltes que no troba, però una comprovació d'altres programes AU que sí funcionen en aquesta versió 2.x de Topspin, i a la versió 3.x, i a la versió 2.x en altres espectròmetres, m'indica que aquest és un fet comú a tots ells i que no impedeix el correcte funcionament dels programes. Així doncs, la causa del problema ha d'ésser una altra. 
 + 
 +Si executo la comanda ''ldd -r'' em dóna un missatge d'error semblant al que surt en executar el programa, 
 + 
 +<file> 
 +# ldd -r poptau 
 + linux-gate.so.1 =>  (0xf770d000) 
 + auliba.so => not found 
 + aulibp.so => not found 
 + chparmod.so => not found 
 + librrs.so => not found 
 + liblrs.so => not found 
 + editpar.so => not found 
 + libacq.so => not found 
 + util.so => not found 
 + uni.so => not found 
 + par.so => not found 
 + libPath.so => not found 
 + libcb.so => not found 
 + libdl.so.2 => /lib32/libdl.so.2 (0xf76ef000) 
 + libstdc++.so.6 => /usr/lib32/libstdc++.so.6 (0xf75fa000) 
 + libm.so.6 => /lib32/libm.so.6 (0xf75d4000) 
 + libgcc_s.so.1 => /usr/lib32/libgcc_s.so.1 (0xf75b6000) 
 + libc.so.6 => /lib32/libc.so.6 (0xf746f000) 
 + /lib/ld-linux.so.2 (0xf770e000) 
 +/usr/bin/ldd: line 118: 15004 Segmentation fault      LD_TRACE_LOADED_OBJECTS=1 LD_WARN=yes LD_BIND_NOW=yes LD_LIBRARY_VERSION=$verify_out LD_VERBOSE= "$@" 
 +</file> 
 + 
 +mentre que a l'AvanceIII 400sb no dóna cap missatge d'error, 
 + 
 +<file> 
 +[root@cie-55-32 bin]# ldd -r poptau  
 + auliba.so => not found 
 + aulibp.so => not found 
 + chparmod.so => not found 
 + librrs.so => not found 
 + liblrs.so => not found 
 + editpar.so => not found 
 + libacq.so => not found 
 + util.so => not found 
 + uni.so => not found 
 + par.so => not found 
 + libPath.so => not found 
 + libcb.so => not found 
 + libdl.so.2 => /lib/libdl.so.2 (0x00d7f000) 
 + libstdc++.so.6 => /usr/lib/libstdc++.so.6 (0x0760b000) 
 + libm.so.6 => /lib/tls/libm.so.6 (0x00d5a000) 
 + libgcc_s.so.1 => /lib/libgcc_s.so.1 (0x00ccb000) 
 + libc.so.6 => /lib/tls/libc.so.6 (0x00101000) 
 + /lib/ld-linux.so.2 (0x00524000) 
 +undefined symbol: ssleep (./poptau) 
 +undefined symbol: PathXWinNMRProg (./poptau) 
 +undefined symbol: Change_object (./poptau) 
 +undefined symbol: Start_unimar (./poptau) 
 +undefined symbol: DurationToAscii (./poptau) 
 +undefined symbol: setcurdat (./poptau) 
 +undefined symbol: RemoveTree (./poptau) 
 +undefined symbol: Gets (./poptau) 
 +undefined symbol: CPR_exec (./poptau) 
 +undefined symbol: Show_status (./poptau) 
 +undefined symbol: fetchstor (./poptau) 
 +undefined symbol: getcurdat (./poptau) 
 +undefined symbol: Proc_err (./poptau) 
 +undefined symbol: Exit_unimar (./poptau) 
 +undefined symbol: PathSystemTemp (./poptau) 
 +undefined symbol: getparamunit (./poptau) 
 +undefined symbol: Get_command (./poptau) 
 +undefined symbol: GetCPR_object (./poptau) 
 +undefined symbol: PathXWinNMRCurDir (./poptau) 
 +undefined symbol: execau (./poptau) 
 +</file> 
 + 
 +Per altra banda, el programa //paropt// també dóna un error semblant de //segmentation fault// quan s'executa i quan se li aplica la comanda ''ldd -r''. Això podria servir per identificar el problema. 
 + 
 +Una cerca de ''compile*'' a la //Knowledge Database// de Bruker proporciona una possible pista, 
 +  * item 9577 - workaround - TOPSPIN - 1.3.10 - non-critical - CentOS5 TopSpin 1.3pl10 cannot compile AU programs under CentOS 5. Proporciona una nova versió del programa //makeau,// derivada de la versió distribuïda amb el TS-3.x, i esmenta que, si el directori d'instal·lació del Topspin no és ///opt/topspin//, cal modificar la primera línia del programa //makeau// 
 + 
 +que, en el nostre cas, no és la causa, ja que la primera línia al fitxer //makeau// és correcte. 
 + 
 +Al fitxer //opt/topspin2.1/topspin// que s'executa per configurar l'entorn de treball del Topspin i posar en marxa tots els programes i serveis requerits per executar el Topspin, ''LD_LIBRARY_PATH'' està definida com 
 +<file> 
 +Insert Codexport LD_LIBRARY_PATH="$szProgPath"/pvshlib:"$szProgPath"/shlib 
 +</file> 
 + 
 +on 
 + 
 +<file> 
 +szProgPath=`"$XWINNMRHOME"/pathScript prog` 
 +szExpPath=`"$XWINNMRHOME"/pathScript exp` 
 +</file> 
 + 
 +és a dir, en el cas de Topspin ''LD_LIBRARY_PATH'' es defineix com la carpeta ///opt/topspin2.1/prog/shlib// on es troben totes les biblioteques que les comandes ''ldd'' de més amunt indicaven que els programes AU compilats no troben, 
 +<file> 
 +# ls -F  
 +Atma.so* ipsoRout.so*      libCUtil.so* libhttp_channel.so libpthread.so.0@  libtcl3.so 
 +auliba.so* libacb.so*      libDatPath.so libhttp_transport.so libpvacq.so   libTimer.so* 
 +aulibp.so* libacq.so*      libDispClient.so* libJCamp.so* libPvPath.so   lib_tty.so* 
 +Bird.so* libap.so*      libDispNMR.so* libJVMAgent.so* libPvUtil.so   libTxBbis.so* 
 +Bis.so* libAqRack.so*      libDisp.so* liblrs.so* libQTP.so*   libUpnpClient.so* 
 +chparmod.so* libArg.so*      libDispX.so* libMo.so* libRcuBbis.so*   libUtil.so* 
 +convpw_deb.so* libAsuBbis.so*      libDppPars.so* libomniCodeSets4.so.1* librrs.so*   libVtu.so* 
 +convpw.so* libaxis_client.so    libDPP.so* libomniORB4.so.1* librx22.so*   libWrap.so* 
 +ConvSf.so* libaxis_xerces.so    libEdte.so* libomnisslTP4.so.1* lib_sbsb.so*   libxerces-c.so.27 
 +editpar.so* libBbis.so*      libError.so* libomnithread.so.3* libSe451Bbis.so*  par.so* 
 +Error.so* libBmpc.so*      libFcuBbis.so* libParxBase.so libShapeIO.so*   sxutil.so* 
 +gc.so* libBpsu.so*      libFunc.so* libParx.so libssl.so.0.9.8*  uni.so* 
 +Gilson.so* libcb.so*      libgcc_s.so@ libPath.so* libstdc++.so@   util.so* 
 +golibipso.so* libCf.so*      libgcc_s.so.1@ libpreamp.so* libstdc++.so.6@ 
 +gosim.so* libcrypto.so.0.9.8*  libGoRec.so* libPreemp.so* libSwish.so* 
 +Hppr.so* libCt.so*      libhpcu.so* libPsTul.so libtbcload1.4.so 
 +</file> 
 + 
 +**Potser la solució passi per emprar i/o adaptar el fitxer ''makeau'' del TS-3x al TS-2x, o fer servir el ''makeau'' de l'item #9577. Però abans de provar-ho comparo els fitxers ''makeau'' del TS-2x, TS-3x, i de l'item #9577, i trobo que potser seria convenient afegir ''-m32'' a les següents definicions per LINUX de les opcions del compilador, tal i com s'ha fet als fitxers de les versions posteriors i adaptada, 
 + 
 +<file> 
 +# 
 +# basic cc- options 
 +# 
 +%ccopt =( 
 +   'LINUX' => ' -g -m32 -w' . $v_gcc, 
 +   'Windows_GCC' => ' -g -w' . $v_gcc, 
 +   'Windows_NT' => ' /nologo /MD /w', 
 +   ); 
 + 
 +%erropt =( 
 +   'LINUX' => '-g -m32 -pedantic-errors -Wall', 
 +   'Windows_GCC' => '-g -pedantic-errors -Wall', 
 +   'Windows_NT' => '', 
 +   ); 
 + 
 +%warnopt =( 
 +   'LINUX' => '-g -m32 -pedantic -Wall', 
 +   'Windows_GCC' => '-g -pedantic -Wall', 
 +   'Windows_NT' => '-W3', 
 +   ); 
 +## 
 +</file> 
 + 
 +Per altra banda, no estic segur de si caldria afegir aquesta definició que surt al ''makeau'' del TS-3x, 
 + 
 +<file> 
 +my @alwaysSharedLibs = qw 
 +    ( 
 +     libxerces-c 
 +    ); 
 +</file> 
 + 
 +però que a la versió de l'itej #9577 surt com, 
 + 
 +<file> 
 +my @alwaysSharedLibs = (); 
 +</file> 
 + 
 +en tot cas, caldria tenir present que la variable definida al TS-2x seria ''@alwaysSharedLibs''. 
 + 
 +==== Provant el makeau de l'item #9577 ==== 
 + 
 +<file> 
 +root@cie-56-18:/opt/topspin2.1/exp/stan/nmr/au#  ./makeau -show -verbose ./src/paropt  
 +makeau ($Revision: 1.108.2.2 $ ) 
 +  OperatingSystem=LINUX 
 +Setup for gcc (Bruker) 
 +  CC=/opt/topspin2.1/gnu/bin/gcc -B/opt/topspin2.1/gnu/lib/gcc-lib/ 
 +  LD=/opt/topspin2.1/gnu/bin/c++ -B/opt/topspin2.1/gnu/lib/gcc-lib/ -L/opt/topspin2.1/gnu/lib-B/lib32 -B/usr/lib32 
 + 
 +Installed RPM packages: 
 +Can't exec "rpm": No such file or directory at ./makeau line 317. 
 + 
 +used kernel release: 2.6.32-5-amd64 
 +Exec /opt/topspin2.1/gnu/bin/gcc -B/opt/topspin2.1/gnu/lib/gcc-lib/ -print-search-dirs 
 +install: /pr/gnu/lib/gcc/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/ 
 +programs: =/opt/topspin2.1/gnu/lib/gcc-lib/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/:/opt/topspin2.1/gnu/lib/gcc-lib/:/opt/topspin2.1/gnu/bin/../libexec/gcc/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/:/opt/topspin2.1/gnu/bin/../libexec/gcc/:/pr/gnu/libexec/gcc/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/:/pr/gnu/libexec/gcc/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/:/pr/gnu/libexec/gcc/i686-pc-linux-gnu/:/pr/gnu/lib/gcc/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/:/pr/gnu/lib/gcc/i686-pc-linux-gnu/:/usr/libexec/gcc/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/:/usr/libexec/gcc/i686-pc-linux-gnu/:/usr/lib/gcc/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/:/usr/lib/gcc/i686-pc-linux-gnu/:/opt/topspin2.1/gnu/bin/../lib/gcc/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/../../../../i686-pc-linux-gnu/bin/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/:/opt/topspin2.1/gnu/bin/../lib/gcc/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/../../../../i686-pc-linux-gnu/bin/:/pr/gnu/i686-pc-linux-gnu/bin/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/:/pr/gnu/i686-pc-linux-gnu/bin/ 
 +libraries: =/opt/topspin2.1/gnu/lib/gcc-lib/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/:/opt/topspin2.1/gnu/lib/gcc-lib/:/opt/topspin2.1/gnu/bin/../lib/gcc/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/:/opt/topspin2.1/gnu/bin/../lib/gcc/:/pr/gnu/lib/gcc/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/:/usr/lib/gcc/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/:/opt/topspin2.1/gnu/bin/../lib/gcc/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/../../../../i686-pc-linux-gnu/lib/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/:/opt/topspin2.1/gnu/bin/../lib/gcc/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/../../../../i686-pc-linux-gnu/lib/:/pr/gnu/i686-pc-linux-gnu/lib/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/:/pr/gnu/i686-pc-linux-gnu/lib/:/opt/topspin2.1/gnu/bin/../lib/gcc/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/../../../i686-pc-linux-gnu/3.4.6/:/opt/topspin2.1/gnu/bin/../lib/gcc/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/../../../:/pr/gnu/lib/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/:/pr/gnu/lib/:/lib/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/:/lib/:/usr/lib/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/:/usr/lib/ 
 + 
 +Known paths: 
 +  /opt/topspin2.1/gnu/bin 
 +  /usr/local/sbin 
 +  /usr/local/bin 
 +  /usr/sbin 
 +  /usr/bin 
 +  /sbin 
 +  /bin 
 +  /opt/topspin2.1/prog/bin 
 +Current environment: 
 +  XAUTHORITY=/var/run/gdm3/auth-for-sermnuab-sepKxp/database 
 +  BROWSER=/etc/alternatives/gnome-www-browser 
 +  GNOME_KEYRING_CONTROL=/tmp/keyring-VeaQgK 
 +  SSH_AUTH_SOCK=/tmp/keyring-VeaQgK/ssh 
 +  PWD=/opt/topspin2.1/exp/stan/nmr/au 
 +  LANG=en_US.UTF-8 
 +  USER=root 
 +  LOGNAME=root 
 +  GNOME_DESKTOP_SESSION_ID=this-is-deprecated 
 +  PERL_BADLANG=true 
 +  CORBA_CLIENT=y 
 +  SHLVL=2 
 +  UIDPATH=/opt/topspin2.1/prog/uid/%U 
 +  XDG_SESSION_COOKIE=9625bbc6a68066da92ea31fc00000008-1360832580.925882-1513866542 
 +  PATH=/opt/topspin2.1/gnu/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/opt/topspin2.1/prog/bin 
 +  PERL5LIB=/opt/topspin2.1/perl/lib/perl5 
 +  WINDOWID=52432982 
 +  COLORTERM=gnome-terminal 
 +  GTK_MODULES=canberra-gtk-module 
 +  TERM=xterm 
 +  MICS_HOME=/opt/Bruker/mics 
 +  LM_LICENSE_FILE=:/usr/local/flexlm/Bruker/licenses/license.dat 
 +  DBUS_SESSION_BUS_ADDRESS=unix:abstract=/tmp/dbus-OuAzObpD9U,guid=8550eda552f6c3d67b0a389900000078 
 +  HOME=/root 
 +  LANGUAGE=en_US:en 
 +  SSH_AGENT_PID=2885 
 +  JAVA_LOGDIR=/opt/topspin2.1/prog/curdir/sermnuab 
 +  GNOME_KEYRING_PID=2825 
 +  USE_VARPATH=1 
 +  XFILESEARCHPATH=/opt/topspin2.1/prog/app-defaults/%N%S:/usr/lib/X11/app-defaults/%N%S 
 +  WINDOWPATH=7 
 +  DISPLAY=:0.0 
 +  GTK_RC_FILES=/etc/gtk/gtkrc:/home/sermnuab/.gtkrc-1.2-gnome2 
 +  _RLD_ARGS=-ignore_unresolved 
 +  ORBIT_SOCKETDIR=/tmp/orbit-sermnuab 
 +  GDMSESSION=default 
 +  MAIL=/var/mail/root 
 +  XWINNMRHOME=/opt/topspin2.1 
 +  USERNAME=sermnuab 
 +  _=./makeau 
 +  XDG_DATA_DIRS=/usr/share/gnome:/usr/share/gdm/:/usr/local/share/:/usr/share/ 
 +  DESKTOP_SESSION=default 
 +  LS_COLORS=rs=0:di=01;34:ln=01;36:mh=00:pi=40;33:so=01;35:do=01;35:bd=40;33;01:cd=40;33;01:or=40;31;01:su=37;41:sg=30;43:ca=30;41:tw=30;42:ow=34;42:st=37;44:ex=01;32:*.tar=01;31:*.tgz=01;31:*.arj=01;31:*.taz=01;31:*.lzh=01;31:*.lzma=01;31:*.tlz=01;31:*.txz=01;31:*.zip=01;31:*.z=01;31:*.Z=01;31:*.dz=01;31:*.gz=01;31:*.lz=01;31:*.xz=01;31:*.bz2=01;31:*.bz=01;31:*.tbz=01;31:*.tbz2=01;31:*.tz=01;31:*.deb=01;31:*.rpm=01;31:*.jar=01;31:*.rar=01;31:*.ace=01;31:*.zoo=01;31:*.cpio=01;31:*.7z=01;31:*.rz=01;31:*.jpg=01;35:*.jpeg=01;35:*.gif=01;35:*.bmp=01;35:*.pbm=01;35:*.pgm=01;35:*.ppm=01;35:*.tga=01;35:*.xbm=01;35:*.xpm=01;35:*.tif=01;35:*.tiff=01;35:*.png=01;35:*.svg=01;35:*.svgz=01;35:*.mng=01;35:*.pcx=01;35:*.mov=01;35:*.mpg=01;35:*.mpeg=01;35:*.m2v=01;35:*.mkv=01;35:*.ogm=01;35:*.mp4=01;35:*.m4v=01;35:*.mp4v=01;35:*.vob=01;35:*.qt=01;35:*.nuv=01;35:*.wmv=01;35:*.asf=01;35:*.rm=01;35:*.rmvb=01;35:*.flc=01;35:*.avi=01;35:*.fli=01;35:*.flv=01;35:*.gl=01;35:*.dl=01;35:*.xcf=01;35:*.xwd=01;35:*.yuv=01;35:*.cgm=01;35:*.emf=01;35:*.axv=01;35:*.anx=01;35:*.ogv=01;35:*.ogx=01;35:*.aac=00;36:*.au=00;36:*.flac=00;36:*.mid=00;36:*.midi=00;36:*.mka=00;36:*.mp3=00;36:*.mpc=00;36:*.ogg=00;36:*.ra=00;36:*.wav=00;36:*.axa=00;36:*.oga=00;36:*.spx=00;36:*.xspf=00;36: 
 +  GDM_LANG=en_US.utf8 
 +  SHELL=/bin/bash 
 +  OMNIORB_CONFIG=/opt/topspin2.1/prog/server/omniorb.conf 
 +  GPG_AGENT_INFO=/tmp/seahorse-s3nBkW/S.gpg-agent:2899:1 
 +  SESSION_MANAGER=local/cie-56-18:@/tmp/.ICE-unix/2849,unix/cie-56-18:/tmp/.ICE-unix/2849 
 +  GDM_KEYBOARD_LAYOUT=es 
 +LibraryExtension: .so 
 +StaticLibraryExtension: .a 
 +SharedLibraryExtension: .so 
 +LibraryPath: shlib 
 +StaticLibraryPath: lib 
 +SharedLibraryPath: shlib 
 +ObjectExtension: .o 
 +BinaryExtension:  
 +BinaryExtension:  
 +Check for /opt/topspin2.1/exp/stan/nmr/au/paravision_2.1.pl 
 +Check for /opt/topspin2.1/exp/stan/nmr/au/user_2.1.pl 
 +submacro(/opt/topspin2.1/prog/include/inc /opt/topspin2.1/exp/stan/nmr/au/src/paropt /opt/topspin2.1/prog/au/bin/paropt.E) 
 +Values of %NEEDED_LIBS 
 +  USE_AULIBP => USE_AULIBP 
 +    aulibp  
 +    librrs  
 +    liblrs  
 +Used libraries: 
 +   auliba 
 +   aulibp 
 +   chparmod 
 +   librrs 
 +   liblrs 
 +   editpar 
 +   libacq 
 +   util 
 +   aulibp 
 +   uni 
 +   par 
 +   libPath 
 +   libcb 
 +Included Libraries 
 +   auliba.so 
 +   aulibp.so 
 +   chparmod.so 
 +   librrs.so 
 +   liblrs.so 
 +   editpar.so 
 +   libacq.so 
 +   util.so 
 +   aulibp.so 
 +   uni.so 
 +   par.so 
 +   libPath.so 
 +   libcb.so 
 +   auliba.a 
 +   aulibp.a 
 +   chparmod.a 
 +   libacq.a 
 +   editpar.a 
 +   util.a 
 +   uni.a 
 +   par.a 
 +   libPath.a 
 +   libcb.a 
 +Combine /opt/topspin2.1/exp/stan/nmr/au/vorspann /opt/topspin2.1/prog/au/bin/paropt.E > /opt/topspin2.1/prog/au/bin/paropt.c 
 + 
 +Include Option: -I/opt/topspin2.1/prog/include -I/opt/topspin2.1/gnu/lib/gcc-lib/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/include 
 + 
 + 
 +chdir /opt/topspin2.1/prog/au/bin 
 +Opersys=LINUX 
 +/opt/topspin2.1/gnu/bin/gcc -B/opt/topspin2.1/gnu/lib/gcc-lib/ -c -DLINUX_INTEL -D_REENTRANT -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE  -g -m32 -w -v -I/opt/topspin2.1/prog/include -I/opt/topspin2.1/gnu/lib/gcc-lib/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/include  paropt.c  
 +Reading specs from /opt/topspin2.1/gnu/bin/../lib/gcc/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/specs 
 +Configured with: ../gcc-3.4.6/configure --prefix=/pr/gnu --enable-threads=posix --enable-__cxa_atexit --enable-languages=c,c++ --with-cpu=pentium4 
 +Thread model: posix 
 +gcc version 3.4.6 
 + /opt/topspin2.1/gnu/bin/../libexec/gcc/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/cc1 -quiet -v -I/opt/topspin2.1/prog/include -I/opt/topspin2.1/gnu/lib/gcc-lib/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/include -iprefix /opt/topspin2.1/gnu/bin/../lib/gcc/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/ -isystem /opt/topspin2.1/gnu/lib/gcc-lib/include -DLINUX_INTEL -D_REENTRANT -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE paropt.c -quiet -dumpbase paropt.c -m32 -mtune=pentium4 -auxbase paropt -g -w -version -o /tmp/ccFmwAq3.s 
 +ignoring nonexistent directory "/opt/topspin2.1/gnu/lib/gcc-lib/include" 
 +ignoring nonexistent directory "/opt/topspin2.1/gnu/bin/../lib/gcc/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/../../../../i686-pc-linux-gnu/include" 
 +ignoring nonexistent directory "/pr/gnu/include" 
 +ignoring nonexistent directory "/pr/gnu/lib/gcc/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/include" 
 +ignoring nonexistent directory "/pr/gnu/i686-pc-linux-gnu/include" 
 +ignoring nonexistent directory "/opt/topspin2.1/gnu/lib/gcc-lib/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/include" 
 +#include "..." search starts here: 
 +#include <...> search starts here: 
 + /opt/topspin2.1/prog/include 
 + /opt/topspin2.1/gnu/bin/../lib/gcc/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/include 
 + /usr/local/include 
 + /usr/include 
 +End of search list. 
 +GNU C version 3.4.6 (i686-pc-linux-gnu) 
 + compiled by GNU C version 3.4.6. 
 +GGC heuristics: --param ggc-min-expand=100 --param ggc-min-heapsize=131072 
 + /opt/topspin2.1/gnu/bin/../lib/gcc/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/../../../../i686-pc-linux-gnu/bin/as -V -Qy -o paropt.o /tmp/ccFmwAq3.s 
 +GNU assembler version 2.16.1 (i686-pc-linux-gnu) using BFD version 2.16.1 
 + exit=0 sig=0 dump=0 
 +Used Libraries 
 +auliba.so aulibp.so chparmod.so librrs.so liblrs.so editpar.so libacq.so util.so aulibp.so uni.so par.so libPath.so libcb.so auliba.a aulibp.a chparmod.a libacq.a editpar.a util.a uni.a par.a libPath.a libcb.a 
 +/opt/topspin2.1/gnu/bin/c++ -B/opt/topspin2.1/gnu/lib/gcc-lib/ -L/opt/topspin2.1/gnu/lib-B/lib32 -B/usr/lib32  -m32 -Wl,-warn-common,-warn-constructors -v  -s  /opt/topspin2.1/prog/au/bin/paropt.o  /opt/topspin2.1/prog/shlib/auliba.so /opt/topspin2.1/prog/shlib/aulibp.so /opt/topspin2.1/prog/shlib/chparmod.so /opt/topspin2.1/prog/shlib/librrs.so /opt/topspin2.1/prog/shlib/liblrs.so /opt/topspin2.1/prog/shlib/editpar.so /opt/topspin2.1/prog/shlib/libacq.so /opt/topspin2.1/prog/shlib/util.so /opt/topspin2.1/prog/shlib/aulibp.so /opt/topspin2.1/prog/shlib/uni.so /opt/topspin2.1/prog/shlib/par.so /opt/topspin2.1/prog/shlib/libPath.so /opt/topspin2.1/prog/shlib/libcb.so /opt/topspin2.1/prog/lib/auliba.a /opt/topspin2.1/prog/lib/aulibp.a /opt/topspin2.1/prog/lib/chparmod.a /opt/topspin2.1/prog/lib/libacq.a /opt/topspin2.1/prog/lib/editpar.a /opt/topspin2.1/prog/lib/util.a /opt/topspin2.1/prog/lib/uni.a /opt/topspin2.1/prog/lib/par.a /opt/topspin2.1/prog/lib/libPath.a /opt/topspin2.1/prog/lib/libcb.a  -lm -ldl   -o paropt 
 +/opt/topspin2.1/gnu/bin/c++ -B/opt/topspin2.1/gnu/lib/gcc-lib/ -L/opt/topspin2.1/gnu/lib-B/lib32 -B/usr/lib32  -m32 -Wl,-warn-common,-warn-constructors -v  -s  /opt/topspin2.1/prog/au/bin/paropt.o  /opt/topspin2.1/prog/shlib/auliba.so /opt/topspin2.1/prog/shlib/aulibp.so /opt/topspin2.1/prog/shlib/chparmod.so /opt/topspin2.1/prog/shlib/librrs.so /opt/topspin2.1/prog/shlib/liblrs.so /opt/topspin2.1/prog/shlib/editpar.so /opt/topspin2.1/prog/shlib/libacq.so /opt/topspin2.1/prog/shlib/util.so /opt/topspin2.1/prog/shlib/aulibp.so /opt/topspin2.1/prog/shlib/uni.so /opt/topspin2.1/prog/shlib/par.so /opt/topspin2.1/prog/shlib/libPath.so /opt/topspin2.1/prog/shlib/libcb.so /opt/topspin2.1/prog/lib/auliba.a /opt/topspin2.1/prog/lib/aulibp.a /opt/topspin2.1/prog/lib/chparmod.a /opt/topspin2.1/prog/lib/libacq.a /opt/topspin2.1/prog/lib/editpar.a /opt/topspin2.1/prog/lib/util.a /opt/topspin2.1/prog/lib/uni.a /opt/topspin2.1/prog/lib/par.a /opt/topspin2.1/prog/lib/libPath.a /opt/topspin2.1/prog/lib/libcb.a  -lm -ldl   -o paropt 
 +Reading specs from /opt/topspin2.1/gnu/bin/../lib/gcc/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/specs 
 +Configured with: ../gcc-3.4.6/configure --prefix=/pr/gnu --enable-threads=posix --enable-__cxa_atexit --enable-languages=c,c++ --with-cpu=pentium4 
 +Thread model: posix 
 +gcc version 3.4.6 
 + /opt/topspin2.1/gnu/bin/../libexec/gcc/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/collect2 --eh-frame-hdr -m elf_i386 -dynamic-linker /lib/ld-linux.so.2 -o paropt -s /usr/lib32/crt1.o /usr/lib32/crti.o /opt/topspin2.1/gnu/bin/../lib/gcc/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/crtbegin.o -L/opt/topspin2.1/gnu/lib-B/lib32 -L/usr/lib32 -L/opt/topspin2.1/gnu/bin/../lib/gcc/i686-pc-linux-gnu/3.4.6 -L/opt/topspin2.1/gnu/bin/../lib/gcc -L/opt/topspin2.1/gnu/bin/../lib/gcc/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/../../../../i686-pc-linux-gnu/lib -L/opt/topspin2.1/gnu/bin/../lib/gcc/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/../../.. -warn-common -warn-constructors /opt/topspin2.1/prog/au/bin/paropt.o /opt/topspin2.1/prog/shlib/auliba.so /opt/topspin2.1/prog/shlib/aulibp.so /opt/topspin2.1/prog/shlib/chparmod.so /opt/topspin2.1/prog/shlib/librrs.so /opt/topspin2.1/prog/shlib/liblrs.so /opt/topspin2.1/prog/shlib/editpar.so /opt/topspin2.1/prog/shlib/libacq.so /opt/topspin2.1/prog/shlib/util.so /opt/topspin2.1/prog/shlib/aulibp.so /opt/topspin2.1/prog/shlib/uni.so /opt/topspin2.1/prog/shlib/par.so /opt/topspin2.1/prog/shlib/libPath.so /opt/topspin2.1/prog/shlib/libcb.so /opt/topspin2.1/prog/lib/auliba.a /opt/topspin2.1/prog/lib/aulibp.a /opt/topspin2.1/prog/lib/chparmod.a /opt/topspin2.1/prog/lib/libacq.a /opt/topspin2.1/prog/lib/editpar.a /opt/topspin2.1/prog/lib/util.a /opt/topspin2.1/prog/lib/uni.a /opt/topspin2.1/prog/lib/par.a /opt/topspin2.1/prog/lib/libPath.a /opt/topspin2.1/prog/lib/libcb.a -ldl -lstdc++ -lm -lgcc_s -lgcc -lc -lgcc_s -lgcc /opt/topspin2.1/gnu/bin/../lib/gcc/i686-pc-linux-gnu/3.4.6/crtend.o /usr/lib32/crtn.o 
 +exit status is: 0  0 
 +</file> 
 + 
 +la compilació ha funcionat, ara haurem de comprovar-ho, 
 + 
 +<file> 
 +root@cie-56-18:/opt/topspin2.1/exp/stan/nmr/au# ls -l 
 +total 188 
 +-rwxrwxr-x 1 sermnuab sermnuab 42226 Feb 14 10:08 makeau 
 +-rw-r--r-- 1 sermnuab sermnuab 42076 Feb 13 17:05 makeau.item9577 
 +-rwxr-xr-x 1 sermnuab sermnuab 37702 Feb 14 09:39 makeau.ts216 
 +-rwxr-xr-x 1 sermnuab sermnuab 37906 Feb 11 17:12 makeau.ts216-for-debian 
 +drwxrwxrwx 3 nmrsu    nmrsu    12288 Feb 11 16:12 src 
 +-rw-rw-r-- 1 nmrsu    nmrsu     5609 Feb 28  2010 vorspann 
 +root@cie-56-18:/opt/topspin2.1/exp/stan/nmr/au#  
 +root@cie-56-18:/opt/topspin2.1/exp/stan/nmr/au#  
 +root@cie-56-18:/opt/topspin2.1/exp/stan/nmr/au#  
 +root@cie-56-18:/opt/topspin2.1/exp/stan/nmr/au# ls /opt/topspin2.1/prog/a 
 +app-defaults/ au/            
 +root@cie-56-18:/opt/topspin2.1/exp/stan/nmr/au# ls /opt/topspin2.1/prog/a 
 +app-defaults/ au/            
 +root@cie-56-18:/opt/topspin2.1/exp/stan/nmr/au# ls /opt/topspin2.1/prog/au/bin/paropt  
 +/opt/topspin2.1/prog/au/bin/paropt 
 +root@cie-56-18:/opt/topspin2.1/exp/stan/nmr/au# ls -l /opt/topspin2.1/prog/au/bin/paropt  
 +-rwxr-xr-x 1 root root 14680 Feb 14 10:08 /opt/topspin2.1/prog/au/bin/paropt 
 +root@cie-56-18:/opt/topspin2.1/exp/stan/nmr/au# ldd -r /opt/topspin2.1/prog/au/bin/paropt  
 + linux-gate.so.1 =>  (0xf76f4000) 
 + auliba.so => not found 
 + aulibp.so => not found 
 + chparmod.so => not found 
 + librrs.so => not found 
 + liblrs.so => not found 
 + editpar.so => not found 
 + libacq.so => not found 
 + util.so => not found 
 + uni.so => not found 
 + par.so => not found 
 + libPath.so => not found 
 + libcb.so => not found 
 + libdl.so.2 => /lib32/libdl.so.2 (0xf76d6000) 
 + libstdc++.so.6 => /usr/lib32/libstdc++.so.6 (0xf75e1000) 
 + libm.so.6 => /lib32/libm.so.6 (0xf75bb000) 
 + libgcc_s.so.1 => /usr/lib32/libgcc_s.so.1 (0xf759d000) 
 + libc.so.6 => /lib32/libc.so.6 (0xf7456000) 
 + /lib/ld-linux.so.2 (0xf76f5000) 
 +/usr/bin/ldd: line 118:  2358 Segmentation fault      LD_TRACE_LOADED_OBJECTS=1 LD_WARN=yes LD_BIND_NOW=yes LD_LIBRARY_VERSION=$verify_out LD_VERBOSE= "$@" 
 +root@cie-56-18:/opt/topspin2.1/exp/stan/nmr/au#  
 +root@cie-56-18:/opt/topspin2.1/exp/stan/nmr/au# ls -l /lib/ld-linux.so.2  
 +lrwxrwxrwx 1 root root 20 Dec  3 17:43 /lib/ld-linux.so.2 -> /lib32/ld-linux.so.2 
 +root@cie-56-18:/opt/topspin2.1/exp/stan/nmr/au#  
 +root@cie-56-18:/opt/topspin2.1/exp/stan/nmr/au#  
 +root@cie-56-18:/opt/topspin2.1/exp/stan/nmr/au# file /lib/ld-linux.so.2  
 +/lib/ld-linux.so.2: symbolic link to `/lib32/ld-linux.so.2' 
 +root@cie-56-18:/opt/topspin2.1/exp/stan/nmr/au# file /lib32/ld-linux.so.2  
 +/lib32/ld-linux.so.2: symbolic link to `ld-2.11.3.so' 
 +root@cie-56-18:/opt/topspin2.1/exp/stan/nmr/au#  
 +root@cie-56-18:/opt/topspin2.1/exp/stan/nmr/au#  
 +root@cie-56-18:/opt/topspin2.1/exp/stan/nmr/au# file /lib32/ld-2.11.3.so  
 +/lib32/ld-2.11.3.so: ELF 32-bit LSB shared object, Intel 80386, version 1 (SYSV), dynamically linked, stripped 
 +root@cie-56-18:/opt/topspin2.1/exp/stan/nmr/au#  
 +</file> 
 + 
 +==== Enllaços d'interès ==== 
 + 
 +  * [[http://www3.ntu.edu.sg/home/ehchua/programming/cpp/gcc_make.html]] 
 +  * [[http://mindspill.net/computing/linux-notes/debugging-load-library-path-issues/]] 
 +  * [[http://tldp.org/HOWTO/Program-Library-HOWTO/index.html]] 
 +    * [[http://tldp.org/HOWTO/Program-Library-HOWTO/shared-libraries.html]] 
 + 
  
  
informatica/hp_z400_600_topspin21.1329318950.txt.gz · Last modified: 2012/02/15 16:15 by miquel

Page Tools

Donate Powered by PHP Valid HTML5 Valid CSS Driven by DokuWiki