SeRMN Wiki

This page is read only. You can view the source, but not change it. Ask your administrator if you think this is wrong.
====== Estació de treball HP Z400 pel Macromodel ======

Aquest ordinador és un ordinador comú destinat als programes de càlcul d'estructures i, en particular, al programa Macromodel de Schrödinger.

===== Descripció tècnica =====

==== Dades per l'inventari ====

^ Descripció        | Estació de treball HP Z400 HDD 1TB   |
^ Marca             | Hewlett Packard   |
^ Model             | HP Z400 HDD 1TB   |
^ Núm. sèrie        | CZC152FC7M        |
^ Núm. referència   | KK719ET#ABE        |
^ Potència          | 200 W             |
^ Emplaçament       | c2/-135           |
^ Núm. inventari    | 016552110         |

==== Estació de treball pel MACROMODEL ====

^ PC HP Z400 - MACROMODEL                        ^^
^ Data de compra     | 2012-05-11                |
^ DHCP UAB                                       ^^
^ Data d'alta        | 2012-06-07                |
^ Adreça MAC         | 082E5F1DEE86              |
^ Hostname           | cie-48-184                |
^ Adreça IP          | 158.109.48.184            |
^ DADES TÈCNIQUES                                ^^
^ Descripció         | Estació de treball        |
^ Marca              | Hewlett Packard           |
^ Model              | HP Z400 HDD 1TB           |
^ Núm. sèrie         | CZC152FC7M                |
^ Núm. referència    | KK719ET#ABE                |
^ Potència           | 200 W                     |
^ Emplaçament        | c2/-135 (sala de l'Avance 360MHz)              |
^ HP Care Pack       | no cal. Garantia de 3 anys inclosa al producte    |
^ WINDOWS 7 PROFESSIONAL 64-BITS                 ^^
^ Product Key        | VP349 - 9K3TH - WTK2D - WCMP7 - D2YXV         |
^ ---                | X16 - 96076               |
^ Barcode            | 00186-142-971-036         |
^ HP Barcode         | 584048-001                |

==== Targeta gràfica ====

La targeta gràfica instal·lada és una **NVIDIA Quadro FX600, 1024MB, PCI-E**,
  * Manual: [[http://www.nvidia.com/docs/IO/40049/NV_DS_QUADRO_600_US_LR.pdf | NVIDIA Quadro 600]]
  * Drivers: [[http://www.nvidia.com/object/linux-display-amd64-290.10-driver.html | Linux x64 (AMD64/EM64T) Display Driver]]

===== Windows 7 Professional 64-bits =====

L'ordinador ve amb Microsoft Windows 7 Professional 64-bits preinstal·lat en dues particions,
  * **SYSTEM** (label: boot) de 2GB, i
  * **OS (C:)** que ocupa la resta del disc, però que està pràcticament buida.

Després de desactivar la memòria virtual i la recuperació del sistema a totes les particions (instruccions a [[http://superuser.com/questions/88131/how-to-shrink-windows-7-boot-partition-with-unmovable-files | How to shrink Windows 7 boot partition with unmovable files]]) amb l'eina //Partition Manager// del Windows redueixo la 2a partició fins a 37 GB.

Llavors amb l'eina GParted (PartedMagig 11.11.11) he mogut ambudes particions al final del disc per tal d'alliberar espai per la instal·lació del GNU/Linux Debian.

Per finalitzar el procés de còpia de seguretat del Windows-7, faig una còpia del MBR amb la comanda
<code>dd if=/dev/sda of=mbrcontent.bin bs=512 count=1</code> i copio el fitxer dins la partició **OS (C:)**.


===== Instal·lació de Debian GNU/Linux =====

La distribució de GNU/Linux instal·lada és la **Debian version 6.0.3, released on October 8th, 2011, codenamed squeeze, AMD64 architecture.**

==== Configuració inicial ====

  * Language: English
  * Country: Spain
  * Locale: en_US.UTF-8
  * Keymap: Spanish
  * Host name: cie-48-184  (assignat automàticament per DHCP)
  * Domain name: uab.es  (assignat automàticament per DHCP)
  * User name: sermnuab  (SeRMN-UAB Users)
  * Time zone: Madrid

==== Partició del disc ====

Partició a l'AvanceIII-400sb
<file>
[root@cie-55-32 ~]# df -hT -t ext3
Filesystem    Type    Size  Used Avail Use% Mounted on
/dev/sda2     ext3     16G  7.4G  7.3G  51% /
/dev/sda1     ext3    122M   17M   99M  15% /boot
/dev/sda4     ext3    124G   49G   69G  42% /opt
</file>

Partició a l'AvanceII+-600
<file>
[nmrsu@cie-55-31 ~]$ df -hT -t ext3
Filesystem    Type    Size  Used Avail Use% Mounted on
/dev/sda2     ext3     16G  7.9G  6.8G  54% /
/dev/sda1     ext3    122M   17M   99M  15% /boot
/dev/sda4     ext3    124G  117G  765M 100% /opt
</file>

Partició al servidor amb Debian-AMD64
<file>
sermn@cie-59-222:~/Debian DVD$ df -hT -t ext3
Filesystem    Type    Size  Used Avail Use% Mounted on
/dev/sda1     ext3    312M  271M   26M  92% /
/dev/sda9     ext3     74G   54G   17G  77% /home
/dev/sda8     ext3    896M   18M  833M   3% /tmp
/dev/sda5     ext3    8.6G  4.1G  4.2G  50% /usr
/dev/sda6     ext3    129G  891M  121G   1% /var
</file>

A partir d'aquests esquemes de partició decideixo crear les següents particions:
  * Partició primària **/ (root)** de 20 GB. Inclou ''/usr'' i ''/tmp''
  * Partició lògica **/var** de 5 GB.
  * Partició swap de 12 GB.
  * Partició lògica **/opt** de 20 GB. Pel Topspin i altre programari Bruker.
  * Partició lògica **/home** de 907,5 GB (resta d'espai al disc). Entre altres, és on es guardaran les dades dels usuaris.

<file>
root@cie-56-18:/# sfdisk -l

Disk /dev/sda: 121601 cylinders, 255 heads, 63 sectors/track
Warning: extended partition does not start at a cylinder boundary.
DOS and Linux will interpret the contents differently.
Units = cylinders of 8225280 bytes, blocks of 1024 bytes, counting from 0

   Device Boot Start     End   #cyls    #blocks   Id  System
/dev/sda1     117257+ 117517-    261-   2096128    7  HPFS/NTFS
/dev/sda2     117518  121600    4083   32796697+   7  HPFS/NTFS
/dev/sda3   *      0+   2431-   2432-  19530752   83  Linux
/dev/sda4       2431+ 117257- 114826- 922334209    5  Extended
/dev/sda5       2431+   3039-    608-   4881408   83  Linux
/dev/sda6       3039+   4498-   1459-  11717632   82  Linux swap / Solaris
/dev/sda7       4498+   6929-   2432-  19529728   83  Linux
/dev/sda8       6929+ 117257- 110328- 886202368   83  Linux
</file>

Les particions //sda1// i //sda2// contenen la instal·lació original de Windows 7.

==== Instal·lació i configuració de Debian ====

=== Instal·lació bàsica de programes ===

Les //col·leccions// de programes a instal·lar seleccionades són:
  * Desktop Environment
  * Standard System

La resta de programes que poguessin ser necessaris, s'instal·laran més endavant.

== GRUB Boot Loader ==

GRUB Boot Loader s'instal·la al MBR.

== Reiniciar per primer cop ==

Un cop s'han instal·lat tots els paquets, reinicio l'ordinador i entro a la sessió de GNU/Debian Squeeze.

=== Simplificació de l'escriptori ===

Simplifico l'escriptori:
  * Elimino el panel inferior. Abans de fer-ho, moc els applets //Window List// i //Workspace Switcher// al panel superior.
  * Elimino els applets //Notification Area// i //Window Selector// al panel superior, el primer perquè no vull que els usuaris enredin les connexions a la xarxa, i el segon perquè és redundant amb el //Window List//.
  * Al //Workspace Switcher// redueixo el nombre d'escriptoris a 2. Els usuaris de MS-Windows no coneixen el concepte d'escriptoris i tenen tendència a perdre's.
  * Canvio la configuració del //Workpsace Switcher//
    * Show windows from all workspaces
    * Group windows when space is limited
    * Restore to native workspace (les finestres minimitzades s'obren a l'escriptori on es van tancar)
  * Afegeixo els applets //Lock Screen Button// per bloquejar la pantalla, i //Log Out Button// per sortir de la sessió o per canviar a un altre usuari.

Edito el menú per amagar les aplicacions que no vull que vegin els usuaris (jocs i altres entreteniments). Més endavant miraré d'esbrinar cóm es poden desinstal·lar algunes d'aquestes aplicacions innecessàries. Entre altres:
  * L'usuari "normal" no hauria de veure el menú //System | Administration//
  * L'usuari "normal" no hauria de veure moltes de les opcions disponibles al menú //System | Preferences //
  * ...

=== Addició d'altres magatzems (repositories) de programes ===

Afegeixo altres magatzems (repositories) de programes:
  * deb http://backports.debian.org/debian-backports/ squeeze-backports main
  * deb http://www.debian-multimedia.org/ squeeze main contrib non-free
i la signatura (debian-multimedia-keyring) del magatzem //debian-multimedia//, i instal·lo:
  * Adobe Acrobat Reader

=== Altres paquets i programes de Debian ===

Afegeixo els següents paquets o programes (aquest no és un llistat exhaustiu, només inclou els dimonis i servidors de xarxa, i altres programes importants):
  * ssh (openssh-server, openssh-client)
  * mc (midnight commander)
  * rsync
  * ftp-ssl en comptes de ftp
  * denyhosts
  * nfs-kernel-server
  * tftp-hpa
  * tftpd-hpa <color black/yellow>Cal reconfigurar!</color>
  * bootparamd <color black/yellow>Cal reconfigurar!</color>
  * xinetd (en comptes del programa per defecte: openbsd-inetd)

Elimino els paquets o programes:
  * telnet
  * ...

Elimino els següents metapackages per poder eliminar altres paquets o programes que depenen d'ells sense haver de desinstal·lar altres paquets que sí que m'interessen,
  * gnome
  * gnome-desktop-environment
  * gnome-office

Llavors desinstal·lo:
  * gnome-games, gnome-games-data, gnome-games-extra-data
  * simple-scan, xsane, xsane-common, i les biblioteques relacionades
  * ...

Substitueixo la versió lliure de Java (''java-6-openjdk'' i paquets que en dependen) per la versió oficial (''sun-java6-jdk'' i paquets que en depenen).

=== Configuració de la xarxa ===

Actualment la configuració de la xarxa de la UAB la proporciona un servidor de DHCP. Per evitar que la caiguda de la xarxa afecti el funcionament de l'espectròmetre, **la configuració s'haurà de canviar a estàtica.** Els paràmetres són,
  * Hostname: cie-56-18
  * Domain: uab.es
  * IP address: 158.109.56.18
  * Broadcast: 158.109.63.255
  * Netmask: 255.255.240.0
  * DNS:
    * domain uab.es
    * search uab.es
    * nameserver 158.109.0.9
    * nameserver 158.109.254.130
    * nameserver 158.109.0.1

La configuració de més amunt és l'emprada per la targeta de xarxa de la placa basse,
<file>
eth0      Link encap:Ethernet  HWaddr 3c:d9:2b:73:ea:93  
          inet addr:158.109.56.18  Bcast:158.109.63.255  Mask:255.255.240.0
          inet6 addr: fec0::a:3ed9:2bff:fe73:ea93/64 Scope:Site
          inet6 addr: 2002:9e6d:3b49:a:3ed9:2bff:fe73:ea93/64 Scope:Global
          inet6 addr: fe80::3ed9:2bff:fe73:ea93/64 Scope:Link
          UP BROADCAST RUNNING MULTICAST  MTU:1500  Metric:1
          RX packets:91257 errors:0 dropped:0 overruns:0 frame:0
          TX packets:1609 errors:0 dropped:0 overruns:0 carrier:0
          collisions:0 txqueuelen:1000 
          RX bytes:23348532 (22.2 MiB)  TX bytes:123310 (120.4 KiB)
          Interrupt:17 
</file>
i ha estat obtinguda del servidor de DHCP de la universitat, a l'igual que la configuració de servidors de noms,
<file>
# more resolv.conf 
# Generated by NetworkManager
domain uab.es
search uab.es
nameserver 158.109.0.9
nameserver 158.109.254.130
nameserver 158.109.0.1
</file>

La targeta de xarxa addicional també es reconeix,
<file>
eth1      Link encap:Ethernet  HWaddr 1c:7e:e5:10:90:0a  
          UP BROADCAST MULTICAST  MTU:1500  Metric:1
          RX packets:0 errors:0 dropped:0 overruns:0 frame:0
          TX packets:0 errors:0 dropped:0 overruns:0 carrier:0
          collisions:0 txqueuelen:1000 
          RX bytes:0 (0.0 B)  TX bytes:0 (0.0 B)
          Interrupt:21 Base address:0x6000 
</file>
però no té una configuració assignada. Caldrà configurar-la de forma estàtica amb els paràmetres de connexió emprats actualment per la connexió de l'estació de treball a la consola.

=== Paquets i programes de Debian ===

Com que la configuració de la xarxa és estàtica, per evitar problemes elimino,
  * network-manager i network-manager-gnome, i
  * isc-dhcp i isc-dhpc-common,
i instal·lo
  * net-tools, i
  * ifupdown-extra, que alhora arrossega els paquets
    * ethtools, i
    * iputils-arping

=== Configuració de les targetes de xarxa ===

Per evitar que en algun moment es pugui bescanviar la configuració de les targetes de xarxa poso en pràctica les opcions esmentades a [[http://www.science.uva.nl/research/air/wiki/LogicalInterfaceNames | How to reorder or rename logical interface names in Linux.]]

Una opció seria fer servir el programa ''nameif'' (paquet //net-tools//) per assignar un nom de dispositiu en funció de l'adreça física de la targeta; i després emprar el nom de dispositiu assignat al fitxer de configuració //etc/network/interface//.

Però una consulta al fitxer ///etc/udev/rules.d/70-persistent-net.rules// indica que l'assignació del nom de dispositiu, //eth0// o //eth1// feta pel programa [[https://wiki.archlinux.org/index.php/Udev | udev]] és fixe, i que no hi ha perill de que canviï en reiniciar l'ordinador,
<file>
root@cie-56-18:/etc/udev/rules.d# more 70-persistent-net.rules 
# This file was automatically generated by the /lib/udev/write_net_rules
# program, run by the persistent-net-generator.rules rules file.
#
# You can modify it, as long as you keep each rule on a single
# line, and change only the value of the NAME= key.

# PCI device 0x14e4:0x1684 (tg3)
SUBSYSTEM=="net", ACTION=="add", DRIVERS=="?*", ATTR{address}=="3c:d9:2b:73:ea:93",
  ATTR{dev_id}=="0x0", ATTR{type}=="1", KERNEL=="eth*", NAME="eth0"

# PCI device 0x1186:0x4300 (r8169)
SUBSYSTEM=="net", ACTION=="add", DRIVERS=="?*", ATTR{address}=="1c:7e:e5:10:90:0a",
  ATTR{dev_id}=="0x0", ATTR{type}=="1", KERNEL=="eth*", NAME="eth1"
</file>

Així doncs, podem fer servir //eth0// i //eth1// al fitxer de configuració //etc/network/interfaces// sense preocupacions.

=== Bibliografia ===

  * [[http://wiki.debian.org/NetworkConfiguration | Network Configuration]] a la wiki de Debian.
  * [[http://wiki.debian.org/NetworkManager | NetworkManager]] a la wiki de Debian.
  * [[http://www.debian.org/doc/manuals/debian-reference/ch05.en.html | Chapter 5. Network setup,]] a //Debian Reference,// by Osamu Aoki.
  * [[http://www.linuxquestions.org/questions/linux-networking-3/disable-networkmanager-598907/ | Disable NetworkManager]]
  * ...

=== Fitxers de configuració provissionals ===

Aquesta és la configuració de xarxa provissional emprada per la instal·lació i configuració del sistema operatiu i del programa TopSpin.

**/etc/hosts**

<file>
127.0.0.1	localhost
127.0.1.1	cie-56-18.uab.es	cie-56-18
</file>

**/etc/resolv.conf**

<file>
# Generated by NetworkManager
domain uab.es
search uab.es
nameserver 158.109.0.9
nameserver 158.109.254.130
nameserver 158.109.0.1
</file>

**/etc/network/interfaces**

<file>
# This file describes the network interfaces available on your system
# and how to activate them. For more information, see interfaces(5).

# The loopback network interface
auto lo
iface lo inet loopback

# Ethernet interfaces are assigned to physical devices in a
# persistent way according to rules in file:
#
#   /etc/udev/rules.d/70-persistent-net.rules
#
# Hence, each of eth0 and eth1 will **always** correspond to
# the same device. The configuration below assumes that,
#
#   eth0 -> lan (internet)
#   eth1 -> nmr (spectrometer ccu or ipso)
#
auto eth0 eth1

# LAN / INTERNET - Assigned to the primary network interface,
# which usually will be the motherboard integrated NIC.
#
iface eth0 inet static
    address 158.109.56.18
    netmask 255.255.240.0
    broadcast 158.109.63.255
    gateway 158.109.0.3

# NMR CONSOLE LAN - Assigned to the secondary network interface,
# which usually will be the added NIC.
#
iface eth1 inet static
    address 149.236.99.1
    netmask 255.255.255.0
    network 149.236.99.0
    broadcast 10.10.255.255
</file>

**/etc/udev/rules.d/70-persistent-net.rules**

<file>
# This file was automatically generated by the /lib/udev/write_net_rules
# program, run by the persistent-net-generator.rules rules file.
#
# You can modify it, as long as you keep each rule on a single
# line, and change only the value of the NAME= key.

# PCI device 0x14e4:0x1684 (tg3)
SUBSYSTEM=="net", ACTION=="add", DRIVERS=="?*", ATTR{address}=="3c:d9:2b:73:ea:93",
  ATTR{dev_id}=="0x0", ATTR{type}=="1", KERNEL=="eth*", NAME="eth0"

# PCI device 0x1186:0x4300 (r8169)
SUBSYSTEM=="net", ACTION=="add", DRIVERS=="?*", ATTR{address}=="1c:7e:e5:10:90:0a",
  ATTR{dev_id}=="0x0", ATTR{type}=="1", KERNEL=="eth*", NAME="eth1"
</file>

=== Configuració de serveis ===

== Avahi ==

FIXME S'ha de configurar (fitxer ''/etc/avahi/avahi-daemon.conf'') per tal de restringir la difusió dels serveis disponibles a l'ordinador i, potser, la cerca de serveis a la xarxa.

== Trivial FTP daemon ==

Enllaços sobre la configuració del //tftpd// 

  * http://chschneider.eu/linux/server/tftpd-hpa.shtml
  * http://diablo.craem.net/wordpress/?p=171
  * ...

== Bootparam ==

Cal configurar-lo per servir el sistema operatiu de la consola.

== NFS ==

Cal configurar-lo per servir el sistema operatiu de la consola.

== NTP ==

Instal·lo el paquet //ntp// i al final del fitxer ///etc/ntp.conf// afegeixo els següents servidors de temps,
  * server swisstime.ethz.ch 
  * server ntp.uab.es
  * server ntp.univ-lyon1.fr

=== Altres programes no procedents de Debian ===

Afegeixo els programes:
  * Firefox del lloc web de Mozilla
  * Filezilla? :warn: potser no cal, perquè el gestor de fitxers ja incorpora un client de ftp/ssh.
  * ...

==== Hardware especial ====

=== Drivers per la targeta gràfica ===

Instal·lo els drivers més actuals disponibles a debian-backports.

Per més informació consultar:
  * http://wiki.debian.org/NvidiaGraphicsDrivers#non-free_drivers
  * http://www.nvidia.com/object/unix.html
  * http://www.nvidia.com/object/linux-display-amd64-290.10-driver.html
  * http://packages.debian.org/search?keywords=nvidia-glx
  * ...

Per veure si es poden connectar dos monitors consultar:
  * http://en.gentoo-wiki.com/wiki/X.Org/Dual_Monitors/Nvidia
  * http://www.nvidia.com/object/feature_twinview.html
  * http://ubuntuforums.org/showthread.php?t=1817622
  * http://www.ublug.org/ubuntu/twinview/twinview-howto-breezy.html
  * http://us.download.nvidia.com/solaris/96.43.21/README/appendix-g.html
  * http://defindit.com/readme_files/x_windows_dual_monitor.html
  * http://forums.nvidia.com/
  * ...


==== Configuració de la BIOS ====

FIXME Quan tot estigui funcionant caldrà verificar la configuració de la BIOS, per exemple, per protegir l'accés amb una contrasenya.

==== Securing Debian GNU/Linux ====

  * [[http://wiki.debian.org/SELinux | Debian SELinux support.]] The Debian packaged Linux kernels have had SELinux support compiled in (but disabled by default) since version 2.6.9.
    * [[http://wiki.debian.org/SELinux/Setup | SELinux Setup]]
  * [[wp>Security-Enhanced_Linux]]
  * [[http://selinuxproject.org/page/Main_Page | SELinux Project Wiki]]
  * [[http://blog.supportpro.com/2007/08/se-linux/ | SELINUX (Security-Enhanced Linux)]]
  * [[http://www.puschitz.com/SecuringLinux.shtml | Securing and Hardening Red Hat Linux Production Systems.]] A Practical Guide to Basic Linux Security in Production Enterprise Environments. Written by Werner Puschitz.

==== Altres millores a Debian ====

=== Devil's pie ===

  * [[http://www.burtonini.com/blog/computers/devilspie | Devil's Pie]] is a window-matching utility, inspired by Sawfish's "Matched Windows" option and the lack of the functionality in Metacity. Metacity lacking window matching is not a bad thing — Metacity is a lean window manager, and window matching does not have to be a window manager task. Devil's Pie can be configured to detect windows as they are created, and match the window to a set of rules. If the window matches the rules, it can perform a series of actions on that window. For example, I can make all windows created by X-Chat appear on all workspaces, and the main Gkrellm1 window does not appear in the pager or task list.
  * [[https://help.ubuntu.com/community/Devilspie | Devilspie]] is a non-gui utility that lets you make applications start in specified workplaces, in specified sizes and placements, minimized or maximized and much more based on simple config files.
  * [[http://code.google.com/p/gdevilspie/ | GDevilspie]] is a user friendly interface to the devilspie window matching daemon, to create rules easily.
    * [[http://askubuntu.com/questions/20989/how-do-i-tell-a-start-up-program-to-start-minimized | How do I tell a start up program to start minimized?]]

=== Teamviewer ===

  * [[http://www.teamviewer.com/es/index.aspx | TeamViewer]] the All-In-One Solution for Remote Access and Support over the Internet. TeamViewer connects to any PC or server around the world within a few seconds. You can remote control your partner's PC as if you were sitting right in front of it.

=== Configuració de GNOME ===

Consultar els següents enllaços sobre cóm millorar o personalitzar el comportament de Gnome
  * [[https://wiki.archlinux.org/index.php/GNOME | GNOME]] at ArchLinux
    * [[https://wiki.archlinux.org/index.php/GNOME_Tips | GNOME Tips]]
    * [[https://wiki.archlinux.org/index.php/GNOME_2.28_Changes#Configuring_gdm_2.28 | Configuring GDM 2.28]]


===== Instal·lació del Macromodel =====

  * [[informatica:hp_z400_macromodel_macromodel | Instal·lació de la Schrodinger Suite 2012]] per Linux-x86 de 64 bits.
SeRMN Wiki

User Tools

Site Tools

Page Tools
