L'any 2007 el SeRMN va sol·licitar un ajut per la compra d'un base de dades de metabonòmica a la convocatòria de l’Agència de Gestió d’Ajuts Universitaris i de Recerca (AGAUR) per a atorgar ajuts per a equipament i infraestructura destinats a la recerca (PEIR - DGR 2007). La petició es va resoldre favorablement amb la concessió de l'ajut PEIR07-B-00010-50. L'any 2008 es va executar la compra a l'empresa Bruker Española, S.A., compra que va incloure,
A principis de 2009 vàrem rebre un CD-R amb la base de dades BBIOREFCODE, composada per les dades espectroscòpiques de rmn 1D i 2D de 500 metabòlits. El CD-R contenia un únic fitxer, aparentment en format TAR, que després de nombrosos intents, només es va poder obrir amb el programa WinZip, cosa que ens fa pensar que es tracta d'una versió no estàndard de fitxer TAR.
Per altra banda, el CD-R no venia amb cap manual d'instruccions per instal·lar-ho. Les instruccions per importar bases de dades es troben al manual de l'Amix, Chapter 14, Spectra bases.
El fitxer té una mida aproximada de 554 MB i un cop descomprimit ocupa uns 880 MB, i conté 167.471 fitxers agrupats en 14.823 carpetes. Ateses les dificultats amb el format del fitxer, he gravat dos CD-R que contenen,
El contingut de la base de dades s'organitza en carpetes de la següent forma,
bbiorefcode-2-0-0 |-- docu |-- info |-- pat `-- ref |-- 1,2-propanediol |-- 1,3-diaminopropane |-- 1,3-dimethylurea |-- 1,3-propanediol |-- 1,6-anhydro-b-D-glucose |-- 1,7-dimethyluricacid |-- 1-butanol : : |-- xanthine |-- xanthopterin |-- xanthosine |-- xanthurenicacid `-- xylitol 504 directories
on
(Per ordre alfabètic)
1,2-propanediol | beta-leucine | methanol |
1,3-diaminopropane | biotin | methionine |
1,3-dimethylurea | butyricacid | methyl-3-hydroxybutyrate |
1,3-propanediol | cadaverine | methylamine |
1,6-anhydro-b-D-glucose | caffeine | methylguanidine |
1,7-dimethyluricacid | caprylicacid | methylmalonicacid |
1-butanol | carnitine | mucicacid |
1-methyl-2-pyrrolidone | carnosine | myo-inositol |
1-methylnicotinamide | catechol | N1-acetylspermine |
1-methyluricacid | chloramphenicol | N2-acetyl-L-ornithine |
1-phenylethylalcohol | chlormequat | N8-acetylspermidine |
2,2-dimethylsuccinicacid | chlorogenicacid | N-acetyl-5-hydroxytryptamine |
2,3-dihydroxybenzoicacid | cholicacid | N-acetylalanine |
2-(4-hydroxyphenyl)propionicacid | choline | N-acetylarginine |
2,5-dihydroxypyridine | cis-4-hydroxy-D-proline | N-acetylasparticacid |
2,5-furandicarboxylicacid | cis-aconiticacid | N-acetylcysteine |
2-amino-2-methylsuccinicacid | cis,cis-muconicacid | N-acetyl-D-glucosamine |
2-amino-3-phosphonopropionicacid | citraconicacid | N-acetylglycine |
2-amino-5-hydroxybenzoicacid | citramalicacid | N-acetyl-L-glutamicacid |
2-aminoadipicacid | citricacid | N-acetyl-L-glutamine |
2-aminobutyricacid | citrulline | N-acetyllysine |
2-aminoimidazole | cotinine | N-acetylneuraminicacid |
2-aminoisobutyricacid | creatine | N-acetylphenylalanine |
2-aminophenol | creatinine | N-acetylputrescine |
2-aminopropanol | crotonaldehyde | N-acetyltryptophan |
2-butanone | crotonicacid | N-acetyltyrosine |
2-chlorophenol | cyclohexanone | N-amidinotaurine |
2-deoxyadenosine | cycloleucine | niacinamide |
2-deoxycytidine-5-monophosphate | cysteicacid | nicotinamide-N-oxide |
2-ethylacrylicacid | cysteine | nicotinamideribotide |
2-furoicacid | cystine | nicotinicacid |
2-hexanone | cytidine | nicotinuricacid |
2-hydroxy-2-methylbutyricacid | cytosine | N-isovaleroylglycine |
2-hydroxy-3-methylvalericacid | deoxycytidine | N-methylasparticacid |
2-hydroxy-4-methylvalericacid | deoxyinosine | N-methyl-L-alanine |
2-hydroxy-5-methoxybenzoicacid | deoxyuridine | N-methyl-L-proline |
2-hydroxybutyricacid | desthiobiotin | N-methylnicotinamide |
2-hydroxyglutaricacid | D-galactose | N-methyltryptamine |
2-hydroxyisobutyricacid | D-gluconicacid | N-methyltyramine |
2-hydroxyisovalericacid | D-glucosamine | N,N-dimethylglycine |
2-hydroxyphenylaceticacid | D-glucose | norepinephrine |
2-hydroxypyridine | D-glucuronicacid | norleucine |
2-hydroxyvalericacid | diethanolamine | normetanephrine |
2-ketobutyricacid | diethylmalonicacid | norvaline |
2-methylbutyricacid | diglycolicacid | octanoyl-L-carnitine |
2-methylbutyrylglycine | dihydrouracil | o-hydroxyhippuricacid |
2-methylglutaricacid | dimethylamine | O-methylserotonin |
2-methylsuccinicacid | dimethylphthalate | ornithine |
2-oxoglutaricacid | dimethylsulfide | oroticacid |
2-oxohexanoicacid | dithiothreitol | oxypurinol |
2-oxoisocaproicacid | D,L-2,6-diaminopimelicacid | pantothenicacid |
2-pentanone | D-lactose | paracetamol |
2-phenylacetamide | D,L-cystathionine | paracetamol-glucuronide |
2-phenylbutyricacid | D-mannitol | paracetamol-sulfate |
2-phenylpropionicacid | D-mannose | para-coumaricacid |
3-(2,4-dihydroxyphenyl)propionicacid | dopamine | paraxanthine |
3-(2-hydroxyphenyl)propionicacid | D-panthenol | patulin |
3-(3,4-dihydroxyphenyl)propionicacid | D-raffinose | p-cresol |
3,3-dimethylacrylicacid | D-saccharicacid | pentaglycine |
3-(3-hydroxyphenyl)propionicacid | D-sorbitol | phenacetin |
3,4-dihydroxybenzoicacid | D-xylose | phenol |
3,4-dihydroxymandelicacid | ectoine | phenylaceticacid |
3,4-dihydroxyphenylaceticacid | epicatechine | phenylacetylglycine |
3,4-dihydroxyphenylalanine | ethanol | phenylalanine |
3,7-dimethyluricacid | ethanolamine | phenylethylalcohol |
3-amino-1,2,4-triazole | ethionine | phenylethylamine |
3-aminoadipicacid | ethosuximide | phenylpropionylglycine |
3-aminobutyricacid | ethyl-2-methylacetoacetate | phloreticacid |
3-aminoisobutyricacid | ethylcrotonate | phloroglucinol |
3-hydroxy-2-butanone | ethyleneglycol | phosphocreatine |
3-hydroxy-3-methylglutaricacid | ethylmalonicacid | phosphoenolpyruvate |
3-hydroxy-4-methoxymandelicacid | folicacid | phosphoethanolamine |
3-hydroxyadipicacid | formicacid | phosphothreonine |
3-hydroxyanthranilicacid | fructose | phthalicacid |
3-hydroxybenzoicacid | fumaricacid | picolinicacid |
3-hydroxybutyricacid | furoylglycine | pimelicacid |
3-hydroxyglutaricacid | galactinol | piperazine |
3-hydroxyglutaricacidethylester | galactitol | porphobilinogen |
3-hydroxyisovalericacid | galactose-1-phosphate | proline |
3-hydroxymandelicacid | gallicacid | propanol |
3-hydroxyphenylaceticacid | gamma-butyrolactone | propionicacid |
3-hydroxypropionicacid | gentisicacid | propionylcarnitine |
3-hydroxysebacicacid | glucose-D-1-phosphate | propionylglycine |
3-methoxytyramine | glutamicacid | pseudouridine |
3-methoxytyrosine | glutamine | purine |
3-methyl-2-oxovalericacid | glutaricacid | putrescine |
3-methyladipicacid | glycericacid | pyridoxal-5-phosphate |
3-methylasparticacid | glycerol | pyridoxamine |
3-methylbutanol | glycerol-1-phosphate | pyridoxicacid |
3-methylcatechol | glycerophosphocholine | pyridoxine |
3-methylcrotonylglycine | glycine | pyrimidine |
3-methylglutaconicacid | glycolicacid | pyrrolidine |
3-methylglutaricacid | glycyl-L-leucine | pyruvicacid |
3-methylhistamine | glyoxylicacid | quinicacid |
3-methylhistidine | guaiacol | quinoline-3-carboxylicacid |
3-oxoadipicacid | guanidinoaceticacid | quinolinicacid |
3-phenyllacticacid | guanidinopropionicacid | R-adrenaline |
3-phenylpropionicacid | guanidinosuccinicacid | resorcine |
3-phenylpropionylglycine | guanosine | ribitol |
3-sulfinoalanine | guanosine-5-diphosphate | S-5-adenosyl-L-homocysteine |
3-tyramine | guanosine-5-phosphate | salicylicacid |
3-ureidopropionicacid | hexanoicacid | salidroside |
4-aminobenzoicacid | hexanoylglycine | sarcosine |
4-aminobutyricacid | hippuricacid | scyllo-inositol |
4-aminohippuricacid | histamine | sebacicacid |
4-aminophenol | histidine | sepiapterin |
4-guanidinobutyricacid | homoarginine | serine |
4-heptanone | homocysteine | serotonin |
4-hydroxy-3-methoxyphenylglycol | homogentisicacid | shikimicacid |
4-hydroxybenzoicacid | homoserine | spermidine |
4-hydroxybutyricacid | homovanillicacid | S-sulphocysteine |
4-hydroxyhippuricacid | hordenine | subericacid |
4-hydroxymandelicacid | hydantoicacid | suberylglycine |
4-hydroxymethylimidazole | hydroferulicacid | succinamide |
4-hydroxyphenylaceticacid | hydroquinone | succinicacid |
4-hydroxyphenylethanol | hydroxyacetone | succinimide |
4-hydroxyphenyllacticacid | hyocholicacid | sucrose |
4-phenylbutyricacid | hyodeoxycholicacid | tartaricacid |
5,6-dihydrothymine | hypotaurine | taurine |
5-aminopentanoicacid | hypoxanthine | taurocyamine |
5-hydroxyanthranilicacid | ibuprofen | terephthalicacid |
5-hydroxyindole-3-aceticacid | imidazole | theobromine |
5-hydroxymethylfurfural | imidazoleaceticacid | thiodiaceticacid |
5-hydroxymethyluracil | indole-3-aceticacid | thioglycolicacid |
5-hydroxytryptophan | indole-3-ethanol | threitol |
5-methoxytryptophol | indole-3-lacticacid | threonicacid |
5-methylcytosine | indole-3-propionicacid | threonine |
6-methyladenine | indoxylsulfate | thymidine |
6-methylnicotinicacid | inosine | thymine |
7-methylxanthine | isethionicacid | thymol |
acetaldehyde | isobarbituricacid | tiglicacid |
acetamide | isobutyricacid | tiglylglycine |
acetanilide | isobutyrylcarnitine | trans-2-hydroxycinnamicacid |
aceticacid | isobutyrylglycine | trans-3-hexenedioicacid |
acetoaceticacid | isocaproicacid | trans-3-hydroxycinnamicacid |
acetone | isocitricacid | trans-aconiticacid |
acetophenone | isoferulicacid | trans-caffeicacid |
acetylcholine | isoglutamine | tricarballylicacid |
acetyl-L-carnitine | isohomovanillicacid | tricine |
adenine | isonicotinicacid | triethanolamine |
adenosine | isopropanolamine | trigonelline |
adenosine-5-diphosphate | isovalericacid | trimethylamine |
adipicacid | isovalerylcarnitine | trimethylamine-N-oxide |
agmatine | itaconicacid | tromethamine |
alanine | ketoleucine | tropicacid |
allantoin | kynurenicacid | tryptamine |
allopurinol | kynurenine | tryptophan |
alpha-D-glucose | lacticacid | tyramine |
alpha-D-mannose-1-phosphate | L-allo-isoleucine | tyrosine |
alpha-hydroxyhippuricacid | lanthionine | uracil |
aniline | L-dihydrooroticacid | ureidosuccinicacid |
anserine | leucine | uridine |
anthranilicacid | levulinicacid | uridine-5-monophosphate |
arabinose | lipoicacid | urocanicacid |
arabitol | L-isoleucine | valericacid |
arbutin | L-pyroglutamicacid | valerylglycine |
arginine | lysine | valine |
ascorbicacid | maleicacid | valproicacid |
asparagine | maleimide | vanillicacid |
asparticacid | malicacid | vanillin |
azelaicacid | mandelicacid | vanilmandelicacid |
benzamidine | melatonin | xanthine |
benzimidazole | melibiose | xanthopterin |
benzoicacid | mesaconicacid | xanthosine |
beta-alanine | meso-tartaricacid | xanthurenicacid |
beta-D-glucose | methacrylicacid | xylitol |
betaine | methanethiol |
El novembre de 2009 la base de dades es va actualitzar a la versió 2.0.1, que incorpora les següents millores:
Aquest programa fa servir el mateix software gestor de llicències que el Topspin, o sigui que es podria demanar una llicència flotant que permetés executar el programa AMIX a qualsevol ordinador autoritzat (caldrà comprovar cóm restringir l'accés al servidor de llicències).
Al lloc web de l'empresa desenvolupadora trobareu una descripció breu del programa i unes senzilles instruccions d'instal·lació on s'explica com obtenir la llicència d'ús del programa.
Aquest programa només està disponible per Windows i la llicència només és vàlida per l'ordinador en que s'instal·la.
Sortosament, hi ha una versió gratuïta “The LITE-Edition covering most of the features of previous version is now FREEWARE for academic users.” Per més informació consulta la pàgina de vendes o la pàgina que compara les característiques de les versions disponibles.
Els programes AMIX, Perch Tools i la base de dades BBIOREFCODE s'han instal·lat en un ordinador disponible pels usuaris del SeRMN. La configuració d'aquest ordinador es pot consultar a la Intranet del SeRMN.