Aquesta és la llista de tasques de configuració a rer per completar la instal·lació i configuració del TopSpin:
~/par/user
cplbruk all
i cpluser all
edte
dona un error i la finestra de control de la VTU s'obre però no conté res.Les tres sondes disponibles per aquest espectròmetre són,
Nickname | Probe ID | Description |
---|---|---|
1H+BB+Fluor - ATMA | Z104450 / 0188 | PA BBO 400S1 BBF-H-D-05 Z |
OLD 1H+BBI (19F-109Ag) | Z8202 / 0003 | 5 mm BBI-1H/D Z-GRD Z8202/0003 |
4 mm HRMAS 1H/13C/31P | B3748 / 0321 | 4 mm HRMAS 1H/13C/31P-2H Z-GRD B3748/0321 |
La segona (OLD 1H+BBI) és la que està muntada però el TopSpin no la detecta perquè no té PICS. Per configurar-les, copio els fitxers de configuració de l'anterior instal·lació i comprovo que apareixen a edprobe
. Llavors selecciono la sonda OLD 1H+BBI com a sonda actual (Set as current
), i comprovo i guardo la configuració de les connexions (Edit RF Connections
).
Els fitxers de configuració actuals són,
# pwd /opt/topspin3.6.3/conf/instr/probeheads # ls -l total 48 -rw-rw-rw-. 1 nmrsu nmrsu 9584 Aug 25 09:53 B3748_0321.par -rw-rw-rw-. 1 nmrsu nmrsu 15 Mar 2 2020 curprobe -rw-rw-rw-. 1 nmrsu nmrsu 3061 Mar 2 2020 Z104450_0188.bb -rw-rw-rw-. 1 nmrsu nmrsu 9854 Aug 25 09:51 Z104450_0188.par -rw-rw-rw-. 1 nmrsu nmrsu 1314 Mar 2 2020 Z104450_0188.ph -rw-rw-rw-. 1 nmrsu nmrsu 9585 Aug 25 09:56 Z8202_0003.par
Executo la comanda expinstall
per copiar i configurar els parameter sets a les especificacions de l'espectròmetre. Les opcions triades són:
Configuro i activo l'opció de crear còpies de seguretat automàtiques de la configuració del TopSpin amb les següents opcions:
/opt/topspin3.6.3/nmr_backup
* Installation to be saved (TopSpin home):
/opt/topspin3.6.3spect
Deixo les opcions per defecte i es crea el cron-job que periòdicament farà una còpia dels fitxers de configuració.
Quan surto es compila el programa AU nmr-save
i es crea la primera còpia de seguretat.
El contingut de les còpies de seguretat es pot veure al fitxer de registre
retrieving path to diskless (may take some time)... found /usr/diskless prepare backup: Copy /usr/diskless/prog/logfiles to /opt/topspin3.6.3/nmr_backup/tmp_backup_dir/logfiles extract and backup /opt/topspin3.6.3/conf/instr/servtool/bsmstool/boss/ => extract and backup /opt/topspin3.6.3/conf/instr/servtool/bsmstool/boss/wb/ now extracting from dir /opt/topspin3.6.3/conf/instr/servtool/bsmstool/boss/wb/... [...]... Every file of the following directories will be saved: /opt/topspin3.6.3/QTP/ /opt/topspin3.6.3/conf/global/ /opt/topspin3.6.3/conf/instr/... [...] /opt/topspin3.6.3/db/user/ /opt/topspin3.6.3/data/final/nmr/protocolfiles/ Additionally the following files will be saved (if existing): /opt/topspin3.6.3/conf/instr/spect/uxnmr.par /opt/topspin3.6.3/conf/instr/spect/uxnmr.info [...] /opt/topspin3.6.3/prog/server/export.conf ------------------------------------------------------------------ start to generate back-up copy... Now writing zip file /opt/topspin3.6.3/nmr_backup/completeDirectories.zip1... [...] Backing up of NMR data was successful! The backup file /opt/topspin3.6.3/nmr_backup/nmr_backup_20210824-1726.zip has been generated! ####################################
Configuro l'opció de crear còpies de seguretat automàtiques de la configuració del TopSpin amb les següents opcions:
/opt/topspin3.6.3/nmr_backup
Save user files
periodically:premo el botó [Automatic Backup] i s'obre una nova finestra amb els paràmetres de la tasca automàtica. Deixo les opcions per defecte i es crea el cron-job que periòdicament farà una còpia dels fitxers de configuració.
Quan surto es compila el programa AU nmr-save
i es crea la primera còpia de seguretat.
El contingut de les còpies de seguretat es pot veure al fitxer de registre
retrieving path to diskless (may take some time)... found /usr/diskless Every non-Bruker file in /home/sermnadmin/.topspin-cie-54-214.uab.cat/ will be saved: Every non-Bruker file in /opt/topspin3.6.3/exp/stan/nmr/au/src/ will be saved: now extracting from dir /opt/topspin3.6.3/exp/stan/nmr/au/src/... Now writing zip file /opt/topspin3.6.3/nmr_backup/extractedDirectories.zip1... [...] Now writing zip file /opt/topspin3.6.3/nmr_backup/nmr_backup_sermnadmin_20210812-1137.zip... #################################### Backing up of NMR data was successful! The backup file /opt/topspin3.6.3/nmr_backup/nmr_backup_sermnadmin_20210826-1027.zip has been generated! ####################################
Copio els fitxers que hi ha a la carpeta ~topspin/conf/instr/spect/prosol
de la darrera instal·lació del TopSpin, la 3.6.1.
Copio els fitxers que hi ha a les carpetes exp/stan/nmr/*/user/
de les dues darreres instal·lacions del TopSpin, la 3.6.1 instal·lada al maig perquè és la més recent, i la 3.5 per si de cas conté algun fitxer que no es va importar a la 3.6.1.
Executo les comandes cplbruk all
per compilar els programes AU de Bruker, i cpluser all
per compilar els de la carpeta user
. També es pot fer servir la comanda compileall
per compilar-los tots alhora.
Comprovar i/o completar les dades
Un cop completada la configuració del TopSpin amb la comanda cf
, a la finestra de Additional Setups - Important executo la comanda Edcstm
per entrar la informació sobre el sistema i el client:
Customer Info | |
---|---|
Customer Name * | Servei de Ressonància Magnètica Nuclear |
Operator Name | — |
Company * | Universitat Autònoma de Barcelona |
Address | Edifici C, Campus de Bellaterra s/n |
Postal Code | 08193 |
City * | Cerdanyola del Vallès |
Country * | Catalunya (Spain) |
Phone Contact Customer * | +34 93 581 2291 |
Mobile | — |
Fax | — |
E-Mail * | s.rmn@uab.cat |
Bruker Info | |
Engineer * | Òscar Benítez |
Office * | Bruker Española, S.A. |
Central Hotline Phone * | +34 686 944 920 |
Central Hotline E-Mail * | oscar.benitez@bruker.com |
System Info | |
Order No. * | Instal·lat al 1993 |
Contract Service No | — |
System Type | Avance III 400 MHz SB - SeRMN, UAB |
Console Part and Serial No | H03128OB / Var 0.00 & 0122 / ECL 01 |
Coil | BZH 161 40 70B |
Dewar | D 105 52 1275 |
Shim System Offset * | 769 mm from magnet top / 768 mm |
Shim System Angle | — |
CryoProbe Order No. | — |
Location | Servei de Ressonància Magnètica Nuclear |
Register No. |
* Required Fields
Obro la finestra de la BSMS Tool sense problemes, la configuro perquè es mostri com finestra externa
Config / External checked
i la moc a la seva ubicació final al monitor secundari. Llavors mesuro el nivell d'heli actual i comprovo que la BSMS Tool funciona.
Obro la finestra “LOCK Signal Display” sense problemes. Ja està configurada com finestra externa, o sigui que només l'he de moure a la seva ubicació al monitor secundari.
Executo la comanda rsh
per carregar un dels fitxers de shims més actuals. s'0bre la finestra per seleccionar el fitxer a carregar, trio un i el TopSpin el llegeix sense problemes.
Un cop configurat PROSOL, executo la comanda topshim
i funciona sense problemes.
Provo d'obrir amb la comanda edte
la finestra de control de la Unitat de temperatura (VUT) i em dona un error,
Command table does not exist cmdtab_edte.prop (Original message = Command table does not exist cmdtab_edte.prop) ==================================================== 25 August 2021 15:13:17.353 +0200 Topspin Version = TopSpin 3.6.3 (of 2021-01-04 15:18:28),build 311 OS Name = Linux 3.10.0-1160.25.1.el7.x86_64 JVM Version = 1.8.0_202 (32 bit) Oracle Corporation JVM Total memory = 235 MB JVM Free memory = 155 MB Command table does not exist cmdtab_edte.prop java.lang.reflect.InvocationTargetException at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(NativeMethodAccessorImpl.java:62) at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(DelegatingMethodAccessorImpl.java:43) at java.lang.reflect.Method.invoke(Method.java:498) at de.bruker.nmr.mfw.base.CmdThreadImpl.executeMethod(CmdThreadImpl.java:652) at de.bruker.nmr.mfw.base.CmdThreadImpl.doJmethod(CmdThreadImpl.java:565) at de.bruker.nmr.mfw.base.CmdThreadImpl.exec(CmdThreadImpl.java:514) at de.bruker.nmr.mfw.base.CmdThreadImpl.run(CmdThreadImpl.java:494) Caused by: de.bruker.nmr.mfw.base.CommandTableDoesNotExistsException: Command table does not exist cmdtab_edte.prop at de.bruker.nmr.mfw.base.Comint.<init>(Comint.java:91) at de.bruker.nmr.sc.vtu.ContPanel.<init>(ContPanel.java:81) at de.bruker.nmr.sc.vtu.Starter.createApplFrame(Starter.java:176) ... 8 more
i la finestra que s'obre no conté res. Comprovo que hi ha un fitxer amb aquest nom
# ls -l /opt/topspin3.6.3/classes/prop/cmdtab_edte.prop -rw-rw-rw-. 1 nmrsu nmrsu 2427 Jan 4 2021 /opt/topspin3.6.3/classes/prop/cmdtab_edte.prop
Comprovo els permisos dels fitxers a /opt/topspin3.6.3/exp/stan/nmr/lists/eurotherm
i trobo que el fitxer EdteLogSettings.txt
té permisos incorrectes,
# ls -ld /opt/topspin3.6.3/exp/stan/nmr/lists/eurotherm/ drwxrwxrwx. 7 nmrsu nmrsu 95 Aug 25 11:08 /opt/topspin3.6.3/exp/stan/nmr/lists/eurotherm/ # ls -l /opt/topspin3.6.3/exp/stan/nmr/lists/eurotherm/ total 4 drwxrwxrwx. 2 nmrsu nmrsu 44 Jun 7 2019 config drwxrwxrwx. 2 nmrsu nmrsu 6 Aug 23 13:47 corr -rw-rw-rw-. 1 1003 1003 345 Aug 21 2019 EdteLogSettings.txt drwxrwxrwx. 2 nmrsu nmrsu 6 Aug 23 13:47 hex drwxrwxrwx. 2 nmrsu nmrsu 6 Aug 23 13:47 record drwxrwxrwx. 2 nmrsu nmrsu 6 Aug 23 13:47 tcf
El corregeixo, però això no resol el problema,
# chown nmrsu:nmrsu /opt/topspin3.6.3/exp/stan/nmr/lists/eurotherm/EdteLogSettings.txt # ls -l /opt/topspin3.6.3/exp/stan/nmr/lists/eurotherm/EdteLogSettings.txt -rw-rw-rw-. 1 nmrsu nmrsu 345 Aug 21 2019 /opt/topspin3.6.3/exp/stan/nmr/lists/eurotherm/EdteLogSettings.txt
Aquest error es resol instal·lant la versió 3.6.4 del TopSpin
4.1 Bug Fixes in TopSpin
SKB-230: Fixed an error in edte stating that BVT units were not supportedTopSpin. Release Letter 3.6.4- User Manual Version 003. July 19, 2021.
Instal·lar el CodeMeter i preguntar a Bruker quin cost tindria aconseguir una llicència per l'espectròmetre.