Estació de treball HP Z230T per l'Avance II 400wb

Estació de treball HP Z230T per l'Avance II 400wb

Aquesta estació de treball es va comprar a l'abril de 2016 quan l'estacio de treball instal-lada va deixar de funcionar per problemes amb el controlador dels ports SATA.

Es va instal·lar la versió 8.x de GNU/Linux Debian, i la versio 3.x del Topspin, per configurar-la com a estació de treball de l'espectròmetre AvanceII-400wb.

Hardware specifications

Especificacions del maquinari amb data de 2016-04-xx:

root@partedmagic:~# lshw
partedmagic               
    description: Mini Tower Computer
    product: ...

CPU Specifications (cpuinfo)

Especificacions del processador amb data de 2016-04-06:

root@partedmagic:~# cat /proc/cpuinfo 
processor	: 0
vendor_id	: GenuineIntel
...

Descripció tècnica

Dades per l'inventari

Descripció	Estació de treball HP Z230 HDD 1TB
Marca	Hewlett Packard
Model	HP Z230 Tower Workstation
Núm. sèrie	CZC589808F
Núm. referència	—
Potència	400 W
Emplaçament	c2/-135

Estació de treball per l'Avance-II 400MHz Wide Bore

PC HP Z230T - AVANCE-II 400MHZ WB
Data de compra	2016-04-04
DHCP UAB
Data d'alta	no es dona d'alta
Adreça MAC	50:65:F3:3A:12:5E ¹⁾
Hostname	cie-55-32 ²⁾
Adreça IP	192.168.2.14
DADES TÈCNIQUES
Descripció	Estació de treball
Marca	Hewlett Packard
Model	HP Z230 Tower Workstation
Núm. sèrie	CZC589808F
Núm. referència	—
Potència	400 W
Emplaçament	c2/-135 (sala de l'AvanceII 400MHz WB)
HP Care Pack	no cal. Garantia de 3 anys inclosa al producte

Monitor HP LE2202x

Dades per l'inventari

Descripció	Monitor HP LE2202x - AVANCE-II 400MHZ WB
Marca	Hewlett Packard
Model	LE2202x
Núm. sèrie	CNT214C3JT
Núm. referència	LL649-60004
Potència	28 W
Emplaçament	c2/-135

Dades tècniques

Monitor HP LE2202x - AVANCE-II 400MHZ WB
Data de compra	2012-12-18 (4.500.168.433)
DADES TÈCNIQUES
Descripció	Monitor LCD LED Backlit
Marca	Hewlett Packard
Model	LE2202x
Núm. sèrie	CNT214C3JT
Núm. referència	LL649-60004
Potència	28 W
Emplaçament	c2/-135 (sala de l'AvanceII 400MHz WB)

Targeta port sèrie rs-232

Compro a Misco una targeta StarTech.com 2 Port Native PCI Express RS232 Serial Adapter Card with 16950 UART - adaptador serie - 2 puertos. Referencia de Fabricante: PEX2S952 i la instal·lo. (2016-04-08)

Els ports disponibles són /dev/ttyS1 i /dev/ttyS2,

root@cie-55-32:/etc# dmesg | grep -i tty
[    0.000000] console [tty0] enabled
[    0.409396] 0000:00:16.3: ttyS0 at I/O 0xf0e0 (irq = 19, base_baud = 115200) is a 16550A
[    0.409565] ttyS1: detected caps 00000700 should be 00000500
[    0.409567] 0000:01:00.0: ttyS1 at MMIO 0xef801000 (irq = 16, base_baud = 4000000) is a 16C950/954
[    0.409640] ttyS2: detected caps 00000700 should be 00000500
[    0.409641] 0000:01:00.0: ttyS2 at MMIO 0xef801200 (irq = 16, base_baud = 4000000) is a 16C950/954

i per gestionar millor la targeta instal·lo el paquet setserial,

root@cie-55-32:/etc# setserial -g /dev/ttyS[0123]
/dev/ttyS0, UART: 16550A, Port: 0xf0e0, IRQ: 19
/dev/ttyS1, UART: 16950/954, Port: 0x0000, IRQ: 16
/dev/ttyS2, UART: 16950/954, Port: 0x0000, IRQ: 16
/dev/ttyS3, UART: unknown, Port: 0x02e8, IRQ: 3
root@cie-55-32:/etc#

Preparació del disc per la instal·lació de Debian GNU/Linux

Particions Windows originals

El disc dur ve amb Windows 7 pre-instal·lat. Com que no el volem per res, canvio la mida de les particions des de Windows i les moc al final del disc amb GParted des de GNU/Linux Debian Live per deixar el màxim d'espai disponible.

Les particions visibles a Windows-7 son:

1,25 GB Healthy (Recovery Partition) (*)
100 MB Healthy (EFI System Partition) (*)
Windows (C:) 916,72 GB NTFS Healthy (Boot, Page File, Crash Dump, Primary Partition)
HP_RECOVERY (D:) 13,31 GB NTFS Healthy (OEM Partition) (*)

Les particions identificades amb un asterisc no es poden modificar amb Windows, i això fa que només es pugui reduir la mida de la partició Windows (C:) que passa de 916,72 GB a 59,51 GB, amb la qual cosa s'alliberen 857,21 GB d'espai al disc que podran destinar-se a la instal·lació del GNU/Linux.

La particio /dev/sda3 es una “Microsoft Reserved Partition”

https://en.wikipedia.org/wiki/Microsoft_Reserved_Partition

la forma correcta de moure-la es emprar la comanda 'dd'. Alternativament, es pot esborrar i recrear mes tard.

Les particions de Windows 7 a desplaçar són:

GParted - Device information

Model:   ATA WDC WD10EZEX-60M
Size:    931.51 GiB
Path:    /dev/sda

Partition table:  gpt
Heads:            255
Sectors/track:    63
Cylinders:        121601
Total sectors:    1953525168
Sector size:      512

/dev/sda1 - 1.25 GiB

/dev/sda1  -  1.25 GiB

File System 
  File System:  ntfs                    Used:          376.62 MiB ( 29% )
  Label:        Windows RE Tools        Unused:         906.38 MiB ( 71% )
  UUID:         6E8EFFF28EFFB127        Size:          1.25 GiB
  Status:       Not mounted

Partition:
  Path:         /dev/sda1               First sector:  2048
  Flags:        hidden, diag            Last sector:   2629631
                                        Total sectors: 2627584

/dev/sda2 - 100.00 MiB

/dev/sda2  -  100.00 MiB

File System 
  File System:  fat32                   Used:          65.89 MiB ( 66% )
  Label:        SYSTEM                  Unused:         34.11 MiB ( 71% )
  UUID:         D8EF-9BC4               Size:          100.00 MiB
  Status:       Not mounted

Partition:
  Path:         /dev/sda2               First sector:  2629632
  Flags:        boot, esp               Last sector:   2934431
                                        Total sectors: 204800

/dev/sda3 - 128.00 MiB

/dev/sda3  -  128.00 MiB

File System 
  File System:  unknown                 Size:          128.00 MiB
  Label:        Microsoft reserved partition
  UUID:         b988658c-7b68-4628-93fe-7bf9d1816e35
  Status:       Not mounted

Partition:
  Path:         /dev/sda3               First sector:  2834432
  Flags:        msftres                 Last sector:   3096575
                                        Total sectors: 262144
Warning:

Unable to detect file system! Possible reasons are:
- The file system is damaged
- The file system is unknown to GParted
- There is no file system available (unformatted)
- The device entry /dev/sda3 is missing

/dev/sda4 - 59.51 GiB

/dev/sda4  -  59.51 GiB

File System 
  File System:  ntfs                    Used:          47.16 GiB ( 79% )
  Label:        Windows                 Unused:        12.35 GiB ( 21% )
  UUID:         32C2525AC2522281        Size:          59.51 GiB
  Status:       Not mounted

Partition:
  Path:         /dev/sda4               First sector:  3096575
  Flags:        msftdata                Last sector:   127893503
                                        Total sectors: 124796928

/dev/sda5 - 13.31 GiB

/dev/sda5  -  13.31 GiB

File System 
  File System:  ntfs                    Used:          11.37 GiB ( 85% )
  Label:        HP_RECOVERY             Unused:         1.94 GiB  ( 15% )
  UUID:         8C701DCD701DBF40        Size:          13.31 GiB
  Status:       Not mounted

Partition:
  Path:         /dev/sda1               First sector:  1925591040
  Flags:        hidden, diag            Last sector:   1953513471
                                        Total sectors: 27922432

Particions Windows mogudes

Les particions de Windows 7 un cop reubicades al final del disc són:

GParted - Device information

Model:   ATA WDC WD10EZEX-60M
Size:    931.51 GiB
Path:    /dev/sda

Partition table:  gpt
Heads:            255
Sectors/track:    63
Cylinders:        121601
Total sectors:    1953525168
Sector size:      512

/dev/sda1 - 1.25 GiB

/dev/sda1  -  1.25 GiB

File System 
  File System:  ntfs                    Used:          376.62 MiB ( 29% )
  Label:        Windows RE Tools        Unused:        906.38 MiB ( 71% )
  UUID:         6E8EFFF28EFFB127        Size:          1.25 GiB
  Status:       Not mounted

Partition:
  Path:         /dev/sda1               First sector:  2048
  Flags:        hidden, diag            Last sector:   2629631
                                        Total sectors: 2627584

/dev/sda2 - 100.00 MiB

/dev/sda2  -  100.00 MiB

File System 
  File System:  fat32                   Used:          65.89 MiB ( 66% )
  Label:        SYSTEM                  Unused:         34.11 MiB ( 71% )
  UUID:         D8EF-9BC4               Size:          100.00 MiB
  Status:       Not mounted

Partition:
  Path:         /dev/sda2               First sector:  2629632
  Flags:        boot, esp               Last sector:   2934431
                                        Total sectors: 204800

/dev/sda3 - 128.00 MiB

/dev/sda3  -  128.00 MiB

File System 
  File System:  unknown                 Size:          128.00 MiB
  Label:        Microsoft reserved partition
  UUID:         b988658c-7b68-4628-93fe-7bf9d1816e35
  Status:       Not mounted

Partition:
  Path:         /dev/sda3               First sector:  2834432
  Flags:        msftres                 Last sector:   3096575
                                        Total sectors: 262144
Warning:

Unable to detect file system! Possible reasons are:
- The file system is damaged
- The file system is unknown to GParted
- There is no file system available (unformatted)
- The device entry /dev/sda3 is missing

/dev/sda4 - 59.51 GiB

/dev/sda4  -  59.51 GiB

File System 
  File System:  ntfs                    Used:          47.16 GiB ( 79% )
  Label:        Windows                 Unused:        12.35 GiB ( 21% )
  UUID:         32C2525AC2522281        Size:          59.51 GiB
  Status:       Not mounted

Partition:
  Path:         /dev/sda4               First sector:  3096575
  Flags:        msftdata                Last sector:   127893503
                                        Total sectors: 124796928

/dev/sda5 - 13.31 GiB

/dev/sda5  -  13.31 GiB

File System 
  File System:  ntfs                    Used:          11.37 GiB ( 85% )
  Label:        HP_RECOVERY             Unused:         1.94 GiB  ( 15% )
  UUID:         8C701DCD701DBF40        Size:          13.31 GiB
  Status:       Not mounted

Partition:
  Path:         /dev/sda1               First sector:  1925591040
  Flags:        hidden, diag            Last sector:   1953513471
                                        Total sectors: 27922432

Com que no hi ha forma de moure la particio Microsoft Reserved Partition a /dev/sda3,

root@debian:/home/user# blkid /dev/sda3
/dev/sda3: PARTLABEL="Microsoft reserved partition" PARTUUID="b988658c-7b68-4628-93fe-7bf9d1816e35"

creo una particio /dev/sda6 de la mateixa mida (128 MiB) i copio del contingut de la particio /dev/sda3 a /dev/sda6 amb la comanda 'dd'

root@debian:/home/user# fdisk -l --sector-size 512 /dev/sda | grep sda3
/dev/sda3     2834432    3096575    262144  128M Microsoft reserved
root@debian:/home/user# dd if=/dev/sda3 of=/dev/sda6 bs=1M
128+0 records in
128+0 records out
134217728 bytes (134 MB) copied, 2.43143 s, 55.2 MB/s

Llavors ja puc eliminar la particio /dev/sda3 i moure les particions /dev/sda1 i /dev/sda2 al final del disc.

Tasques pendents

assignar el PARTUUID=“b988658c-7b68-4628-93fe-7bf9d1816e35” a la particio /dev/sda6
canviar el numero de la particio de 'sda6' a 'sda3'

Particions per GNU&Linux Debian

Aplico el mateix esquema de partició emprat a l'estacio de treball Z400 del 600 i xw4400 del 400sb:

Partició primària / (root) de 40 GiB. Inclou /usr i /tmp
Partició lògica /var de 10 GiB.
Partició swap de 12 GiB.
Partició lògica /opt de 20 GiB. Pel Topspin i altre programari Bruker.
Partició lògica /home de 350 GiB. Entre altres, és on es guardaran les dades dels usuaris.

i queda un espai disponible de 425 GiB sense formatar.

Per evitar missatges d'error semblants a “Partition 1 does not start on physical sector boundary”, segueixo aquestes instruccions a l'hora de crear les particions.

El resultat es:

root@debian:/home/user# fdisk -l /dev/sda

Disk /dev/sda: 931.5 GiB, 1000204886016 bytes, 1953525168 sectors
Units: sectors of 1 * 512 = 512 bytes
Sector size (logical/physical): 512 bytes / 4096 bytes
I/O size (minimum/optimal): 4096 bytes / 4096 bytes
Disklabel type: gpt
Disk identifier: 7F293585-C44D-4B78-9E0B-260770D4268C

Device          Start        End   Sectors  Size Type
/dev/sda1  1797699584 1800327167   2627584  1.3G Windows recovery environment
/dev/sda2  1800327168 1800531967    204800  100M EFI System
/dev/sda3  1800531968 1800794111    262144  128M Microsoft reserved
/dev/sda4  1800794112 1925591039 124796928 59.5G Microsoft basic data
/dev/sda5  1925591040 1953513471  27922432 13.3G Microsoft basic data
/dev/sda6        2048   83888127  83886080   40G Linux filesystem
/dev/sda7    83888128  104859647  20971520   10G Linux filesystem
/dev/sda8   104859648  130025471  25165824   12G Linux swap
/dev/sda9   130025472  171968511  41943040   20G Linux filesystem
/dev/sda10  171968512  905971711 734003200  350G Linux filesystem

Partition table entries are not in disk order.

Per resoldre el problema de “Partition table entries are not in disk order” faig servir la comanda 'fdisk'.

root@debian:/home/user# fdisk /dev/sda

Welcome to fdisk (util-linux 2.25.2).
Changes will remain in memory only, until you decide to write them.
Be careful before using the write command.

Command (m for help): p
Disk /dev/sda: 931.5 GiB, 1000204886016 bytes, 1953525168 sectors
Units: sectors of 1 * 512 = 512 bytes
Sector size (logical/physical): 512 bytes / 4096 bytes
I/O size (minimum/optimal): 4096 bytes / 4096 bytes
Disklabel type: gpt
Disk identifier: 7F293585-C44D-4B78-9E0B-260770D4268C

Device          Start        End   Sectors  Size Type
/dev/sda1  1797699584 1800327167   2627584  1.3G Windows recovery environment
/dev/sda2  1800327168 1800531967    204800  100M EFI System
/dev/sda3  1800531968 1800794111    262144  128M Microsoft reserved
/dev/sda4  1800794112 1925591039 124796928 59.5G Microsoft basic data
/dev/sda5  1925591040 1953513471  27922432 13.3G Microsoft basic data
/dev/sda6        2048   83888127  83886080   40G Linux filesystem
/dev/sda7    83888128  104859647  20971520   10G Linux filesystem
/dev/sda8   104859648  130025471  25165824   12G Linux swap
/dev/sda9   130025472  171968511  41943040   20G Linux filesystem
/dev/sda10  171968512  905971711 734003200  350G Linux filesystem

Partition table entries are not in disk order.

Command (m for help): x

Expert command (m for help): m

Help (expert commands):

  GPT
   i   change disk GUID
   n   change partition name
   u   change partition UUID
   M   enter protective/hybrid MBR

   A   toggle the legacy BIOS bootable flag
   B   toggle the no block IO protocol flag
   R   toggle the required partition flag
   S   toggle the GUID specific bits

  Generic
   p   print the partition table
   v   verify the partition table
   d   print the raw data of the first sector from the device
   D   print the raw data of the disklabel from the device
   f   fix partitions order
   m   print this menu

  Save & Exit
   q   quit without saving changes
   r   return to main menu

Expert command (m for help): f
Done.

Expert command (m for help): p
Disk /dev/sda: 931.5 GiB, 1000204886016 bytes, 1953525168 sectors
Units: sectors of 1 * 512 = 512 bytes
Sector size (logical/physical): 512 bytes / 4096 bytes
I/O size (minimum/optimal): 4096 bytes / 4096 bytes
Disklabel type: gpt
Disk identifier: 7F293585-C44D-4B78-9E0B-260770D4268C
First LBA: 34
Last LBA: 1953525134
Alternative LBA: 1953525167
Partitions entries LBA: 2
Allocated partition entries: 128

Device          Start        End   Sectors Type-UUID                            UUID                                 Name                 Attrs
/dev/sda1        2048   83888127  83886080 0FC63DAF-8483-4772-8E79-3D69D8477DE4 6EAEFEE9-5485-4586-B558-303C936EF443                      
/dev/sda2    83888128  104859647  20971520 0FC63DAF-8483-4772-8E79-3D69D8477DE4 0F6A90D5-F0FF-46B7-BC07-269438949D69                      
/dev/sda3   104859648  130025471  25165824 0657FD6D-A4AB-43C4-84E5-0933C84B4F4F C987645A-CE20-486C-88F9-2422BA2AD81B                      
/dev/sda4   130025472  171968511  41943040 0FC63DAF-8483-4772-8E79-3D69D8477DE4 68C4EF95-1E31-448A-8D1D-D081E76E4584                      
/dev/sda5   171968512  905971711 734003200 0FC63DAF-8483-4772-8E79-3D69D8477DE4 E7804EE0-5FE6-499D-925B-A0035AA69864                      
/dev/sda6  1797699584 1800327167   2627584 DE94BBA4-06D1-4D40-A16A-BFD50179D6AC 23B8F022-5942-4C48-B7A7-E343DCCAD750 Basic data partition RequiredPartiton
/dev/sda7  1800327168 1800531967    204800 C12A7328-F81F-11D2-BA4B-00A0C93EC93B 01DB7C46-52FC-4ADD-A1A2-0CB149CFB15B EFI system partition 
/dev/sda8  1800531968 1800794111    262144 E3C9E316-0B5C-4DB8-817D-F92DF00215AE 33C45247-7C17-4290-8678-3C0E77F568C3                      
/dev/sda9  1800794112 1925591039 124796928 EBD0A0A2-B9E5-4433-87C0-68B6B72699C7 74D01D96-791E-43DB-B79B-2639DD2AAA82 Basic data partition 
/dev/sda10 1925591040 1953513471  27922432 EBD0A0A2-B9E5-4433-87C0-68B6B72699C7 CD2E31C0-2528-4621-9B00-B0D94A43769A Basic data partition RequiredPartiton

Expert command (m for help): r

Command (m for help): p
Disk /dev/sda: 931.5 GiB, 1000204886016 bytes, 1953525168 sectors
Units: sectors of 1 * 512 = 512 bytes
Sector size (logical/physical): 512 bytes / 4096 bytes
I/O size (minimum/optimal): 4096 bytes / 4096 bytes
Disklabel type: gpt
Disk identifier: 7F293585-C44D-4B78-9E0B-260770D4268C

Device          Start        End   Sectors  Size Type
/dev/sda1        2048   83888127  83886080   40G Linux filesystem
/dev/sda2    83888128  104859647  20971520   10G Linux filesystem
/dev/sda3   104859648  130025471  25165824   12G Linux swap
/dev/sda4   130025472  171968511  41943040   20G Linux filesystem
/dev/sda5   171968512  905971711 734003200  350G Linux filesystem
/dev/sda6  1797699584 1800327167   2627584  1.3G Windows recovery environment
/dev/sda7  1800327168 1800531967    204800  100M EFI System
/dev/sda8  1800531968 1800794111    262144  128M Microsoft reserved
/dev/sda9  1800794112 1925591039 124796928 59.5G Microsoft basic data
/dev/sda10 1925591040 1953513471  27922432 13.3G Microsoft basic data

Ara que les particions ja estan ordenades, es el moment d'installar GNU/Debian.

Instal·lació de Debian GNU/Linux

La distribució de GNU/Linux instal·lada és la Debian version 8.4, released on April 2dn, 2016, codenamed jessie, AMD64 architecture.

Configuració inicial

Language: English
Country: Spain
Locale: en_US.UTF-8
Keymap: Spanish
Host name: sermn107 (configuració manual)
Domain name: sermn.net (configuració manual)
User name:
- sermnuab (SeRMN-UAB Users)
- sermnadmin (SeRMN-UAB Staff)
Time zone: Madrid

Eliminar Windows-7 del menú de boot

Com que no he eliminat les particions de Windows-7, el boot loader (Grub) detecta la presència de Windows i crea una entrada en el menú de boot. Per eliminar-la i que només quedi Debian GNU/Linux al menú, edito el fitxer /etc/default/grub (primer faig una còpia de seguretat) i afegeixo,

# Uncomment to disable os-prober so that grub does not detect other
# operative systems like Windows
GRUB_DISABLE_OS_PROBER=true

immediatament després de la línia GRUB_CMDLINE_LINUX=. Llavors executo la comanda update-grub per actualitzar la configuració de GRUB,

root@cie-55-32:/etc/default# update-grub
Generating grub configuration file ...
Found background image: /usr/share/images/desktop-base/desktop-grub.png
Found linux image: /boot/vmlinuz-4.4.0-0.bpo.1-amd64
Found initrd image: /boot/initrd.img-4.4.0-0.bpo.1-amd64
Found linux image: /boot/vmlinuz-3.16.0-4-amd64
Found initrd image: /boot/initrd.img-3.16.0-4-amd64
done

Instal·lació i configuració inicial

Instal·lació bàsica de programes

Les col·leccions de programes a instal·lar seleccionades són:

Desktop Environment
Standard System

La resta de programes que poguessin ser necessaris, s'instal·laran més endavant.

GRUB Boot Loader

GRUB Boot Loader s'instal·la a /dev/sda

Reiniciar per primer cop

Un cop s'han instal·lat tots els paquets, reinicio l'ordinador i entro a la sessió de GNU/Debian Squeeze.

Addició d'altres magatzems (repositories) de programes

Afegeixo altres magatzems (repositories) de programes a etc/apt/sources.list.d/:

0-stable.list (Debian Stable repository)
1-security.list (Debian Security repository)
2-mozilla.list (Debian Mozilla repository). Proporciona el navegador Firefox.
3-google-chrom.list (Google Chrome for Debian repository). Proporciona el navegador Chrome de Google.
5-deb-multimedia.list (Debian Multimedia repository). Proporciona el programa Acrobar Reader.

Abans de poder treballar amb el magatzem de Debian Mozilla instal·lo primer el paquet pkg-mozilla-archive-keyring del magatzem de Debian Stable.

Per poder treballar amb el magatzem de Debian Multimedia, el primer paquet a descarregar i install·lo és el deb-multimedia-keyring.

Per poder treballar amb el magatzem de Google Chrome per Debian, primer cal descarregar-se i instal·lar la seva clau de signatura amb la comanda wget -q -O - https://dl.google.com/linux/linux_signing_key.pub | sudo apt-key add -.

A les següents pàgines es poden consultar altres magatzems disponibes:

Debian Wiki - Unofficial Repositories
My Debian source.list. Craigevil's Giant Debian /etc/apt/sources.list Updated October 24, 2012. Si aquesta data és correcta, llavors aquesta llista no està actualitzada i cal prendre-se-la amb precaució.

Altres paquets i programes de Debian

Afegeixo els següents paquets o programes (aquest no és un llistat exhaustiu, només inclou els dimonis i servidors de xarxa, i altres programes importants):

ssh (openssh-server, openssh-client)
mc (midnight commander)
htop, iotop, sysstat
glances, atop, nmon
iftop, nethogs, iptraf
strace, ltrace, latrace
sysdig (Per ara no l'instal·lo perquè requereix la instal·lació d'un munt de paquets addicionals. M'hauré de pensar si compensa).
rsync
ftp-ssl en comptes de ftp
fail2ban (substitueix a denyhosts pels motius exposats a Debian Bug report logs - #732712. Per configurar fail2ban consultar els enllaços Replacing denyhosts with fail2ban for Debian i Migrate from DenyHosts to Fail2ban.
nfs-kernel-server
tftp-hpa
tftpd-hpa Cal reconfigurar!
bootparamd Cal reconfigurar!
xinetd (en comptes del programa per defecte: openbsd-inetd)
lshw i lshw-gtk

Elimino els paquets o programes:

telnet
…

Elimino els següents metapackages per poder eliminar altres paquets o programes que depenen d'ells sense haver de desinstal·lar altres paquets que sí que m'interessen,

gnome
gnome-desktop-environment
gnome-office

Llavors desinstal·lo:

gnome-games, gnome-games-data, gnome-games-extra-data
simple-scan, xsane, xsane-common, i les biblioteques relacionades
…

Substitueixo:

la versió lliure de Java (java-6-openjdk i paquets que en dependen) per la versió oficial (sun-java6-jdk i paquets que en depenen).

Configuració de la xarxa

La connexió a la placa base s'identifica com a eth1 i és una

Ethernet interface
/0/100/19

product: Ethernet Connection I217-LM [8086:153A]
vendor: Intel Corporation [8086]
bus info: pci@0000:00:19.0
logical name: eth1
version: 05
serial: 50:65:f3:3a:12:5e
size: 100Mbit/s
capacity: 1Gbit/s
width: 32 bits
clock: 33MHz
capabilities:
	Power Management,
	Message Signalled Interrupts,
	bus mastering,
	PCI capabilities listing,
	ethernet,
	Physical interface,
	twisted pair,
	10Mbit/s,
	10Mbit/s (full duplex),
	100Mbit/s,
	100Mbit/s (full duplex),
	1Gbit/s (full duplex),
	Auto-negotiation
configuration:
	autonegotiation: on
	broadcast: yes
	driver: e1000e
	driverversion: 2.3.2-k
	duplex: full
	firmware: 0.13-4
	latency: 0
	link: no
	multicast: yes
	port: twisted pair
	speed: 100Mbit/s
resources:
	irq: 40
	memory: efc00000-efc1ffff
	memory: efc3d000-efc3dfff
	ioport: f080(size=32)
this device has been disabled

i la targeta de xarxa addicional s'identifica com a eth0 és una

Ethernet interface
/0/100/1c.1/0

product: I210 Gigabit Network Connection [8086:1533]
vendor: Intel Corporation [8086]
bus info: pci@0000:02:00.0
logical name: eth0
version: 03
serial: a0:36:9f:8f:0a:b3
size: 1Gbit/s
capacity: 1Gbit/s
width: 32 bits
clock: 33MHz
capabilities:
	Power Management,
	Message Signalled Interrupts,
	MSI-X,
	PCI Express,
	bus mastering,
	PCI capabilities listing,
	extension ROM,
	ethernet,
	Physical interface,
	twisted pair,
	10Mbit/s,
	10Mbit/s (full duplex),
	100Mbit/s,
	100Mbit/s (full duplex),
	1Gbit/s (full duplex),
	Auto-negotiation
configuration:
	autonegotiation: on
	broadcast: yes
	driver: igb
	driverversion: 5.0.5-k
	duplex: full
	firmware: 3.16, 0x800004ff, 1.304.0
	ip: 192.168.2.14
	latency: 0
	link: yes
	multicast: yes
	port: twisted pair
	speed: 1Gbit/s
resources:
	irq: 17
	memory: efa00000-efafffff
	memory: efb00000-efb03fff
	memory: ef900000-ef9fffff

Cal comprovar el fitxer /etc/udev/rules.d/70-persistent-net.rules (veure més avall) per tal que l'assignació de les targetes al sistema operatiu sigui estàtica i no es faci cada cop que es reinicia l'ordinador, de forma que la targeta a la placa base sigui sempre eth1 i correspongui a la connexió a la consola (IPSO), i que la targeta addicional sigui sempre eth0 i es faci servir per la connexió a la xarxa local (LAN).

Actualment la configuració de la xarxa interna del SeRMN la proporciona el propi ordinador en mode estàtica i els paràmetres són,

Hostname: cie-55-32
Domain: sermn.net
IP address: 192.168.2.14
Broadcast: 192.168.2.255
Netmask: 255.255.225.0
DNS:
- domain sermn.net
- search sermn.net
- nameserver 192.168.2.1

tal i com es pot comprovar a partir de la configuració del dispositiu eth0,

eth0      Link encap:Ethernet  HWaddr a0:36:9f:8f:0a:b3  
          inet addr:192.168.2.14  Bcast:192.168.2.255  Mask:255.255.255.0
          inet6 addr: fe80::a236:9fff:fe8f:ab3/64 Scope:Link
          UP BROADCAST RUNNING MULTICAST  MTU:1500  Metric:1
          RX packets:347295 errors:0 dropped:0 overruns:0 frame:0
          TX packets:242868 errors:0 dropped:0 overruns:0 carrier:0
          collisions:0 txqueuelen:1000 
          RX bytes:356548362 (340.0 MiB)  TX bytes:29710200 (28.3 MiB)
          Memory:efa00000-efafffff

i dels servidors de noms,

root@cie-55-32:/etc# more resolv.conf
# Generated by NetworkManager
nameserver 192.168.2.1
root@cie-55-32:/etc#

El dispositiu eth1 també es reconeix,

eth1      Link encap:Ethernet  HWaddr 50:65:f3:3a:12:5e  
          BROADCAST MULTICAST  MTU:1500  Metric:1
          RX packets:0 errors:0 dropped:0 overruns:0 frame:0
          TX packets:432 errors:0 dropped:0 overruns:0 carrier:0
          collisions:0 txqueuelen:1000 
          RX bytes:0 (0.0 B)  TX bytes:36715 (35.8 KiB)
          Interrupt:20 Memory:efc00000-efc20000

però no té una configuració assignada. Caldrà configurar-ho de forma estàtica amb els paràmetres de connexió emprats actualment per la connexió de l'estació de treball a la consola.

Paquets i programes de Debian

Com que la configuració de la xarxa és estàtica, per evitar problemes elimino els paquets,

isc-dhcp-client (que alhora desinstal·la network-manager i network-manager-gnome), i
isc-dhpc-common,

i instal·lo

ifupdown-extra, que alhora arrossega els paquets
- curl, i
- ethtools
wireshark

Configuració de les targetes de xarxa

Per evitar que en algun moment es pugui bescanviar la configuració de les targetes de xarxa poso en pràctica les opcions esmentades a How to reorder or rename logical interface names in Linux.

Una consulta al fitxer /etc/udev/rules.d/70-persistent-net.rules indica que l'assignació del nom de dispositiu, eth0 o eth1 feta pel programa udev és fixe, i que no hi ha perill de que canviï en reiniciar l'ordinador,

root@cie-55-32:/etc/udev/rules.d# more 70-persistent-net.rules 
# This file was automatically generated by the /lib/udev/write_net_rules
# program, run by the persistent-net-generator.rules rules file.
#
# You can modify it, as long as you keep each rule on a single
# line, and change only the value of the NAME= key.

# PCI device 0x8086:0x1533 (igb)
SUBSYSTEM=="net", ACTION=="add", DRIVERS=="?*", ATTR{address}=="a0:36:9f:8f:0a:b3", ATTR{dev_id}=="0x0", 
ATTR{type}=="1", KERNEL=="eth*", NAME="eth0"

# PCI device 0x8086:0x153a (e1000e)
SUBSYSTEM=="net", ACTION=="add", DRIVERS=="?*", ATTR{address}=="50:65:f3:3a:12:5e", ATTR{dev_id}=="0x0", 
ATTR{type}=="1", KERNEL=="eth*", NAME="eth1"

Així doncs, podem fer servir eth0 i eth1 al fitxer de configuració etc/network/interfaces sense preocupacions.

Bibliografia

Network Configuration a la wiki de Debian.
NetworkManager a la wiki de Debian.
Chapter 5. Network setup, a Debian Reference, by Osamu Aoki.
Disable NetworkManager
…

Fitxers de configuració provissionals

Aquesta és la configuració de xarxa provissional emprada per la instal·lació i configuració del sistema operatiu i del programa TopSpin.

/etc/hosts

127.0.0.1	localhost
192.168.2.14	cie-55-32.sermn.net	cie-55-32

/etc/resolv.conf

# Generated by NetworkManager
nameserver 192.168.2.1

/etc/network/interfaces

# This file describes the network interfaces available on your system
# and how to activate them. For more information, see interfaces(5).

source /etc/network/interfaces.d/*

# The loopback network interface
auto lo
iface lo inet loopback

# Ethernet interfaces are assigned to physical devices in a
# persistent way according to rules in file:
#
#   /etc/udev/rules.d/70-persistent-net.rules
#
# Hence, each of eth0 and eth1 will **always** correspond to
# the same device. The configuration below assumes that,
#
#   eth0 -> lan (internet)
#   eth1 -> nmr (spectrometer ccu or ipso)
#
auto eth0 eth1

# LAN / INTERNET - Assigned to the primary network interface,
# which usually will be the motherboard integrated NIC.
#
iface eth0 inet static
    address 192.168.2.14
    netmask 255.255.255.0
    broadcast 192.168.2.255
    gateway 192.168.2.1

# NMR CONSOLE LAN - Assigned to the secondary network interface,
# which usually will be the added NIC.
#
iface eth1 inet static
    address 149.236.99.1
    netmask 255.255.255.0
    network 149.236.99.0
    broadcast 10.10.255.255

/etc/udev/rules.d/70-persistent-net.rules

# This file was automatically generated by the /lib/udev/write_net_rules
# program, run by the persistent-net-generator.rules rules file.
#
# You can modify it, as long as you keep each rule on a single
# line, and change only the value of the NAME= key.

# PCI device 0x8086:0x1533 (igb)
SUBSYSTEM=="net", ACTION=="add", DRIVERS=="?*", ATTR{address}=="a0:36:9f:8f:0a:b3", ATTR{dev_id}=="0x0", 
ATTR{type}=="1", KERNEL=="eth*", NAME="eth0"

# PCI device 0x8086:0x153a (e1000e)
SUBSYSTEM=="net", ACTION=="add", DRIVERS=="?*", ATTR{address}=="50:65:f3:3a:12:5e", ATTR{dev_id}=="0x0", 
ATTR{type}=="1", KERNEL=="eth*", NAME="eth1"
root@cie-55-32:/etc/udev/rules.d#

Configuració de serveis

Avahi

S'ha de configurar (fitxer /etc/avahi/avahi-daemon.conf) per tal de restringir la difusió dels serveis disponibles a l'ordinador i, potser, la cerca de serveis a la xarxa.

Trivial FTP daemon

Enllaços sobre la configuració del tftpd

Bootparam

Cal configurar-lo per servir el sistema operatiu de la consola.

NFS

Cal configurar-lo per servir el sistema operatiu de la consola.

NTP

Instal·lo el paquet ntp i al final del fitxer /etc/ntp.conf afegeixo els següents servidors de temps,

server swisstime.ethz.ch
server ntp.uab.es
server ntp.univ-lyon1.fr

DHCP Server

Instal·lo el paquet isc-dhcpd-server que alhora reinstal·la el paquet isc-dhcp-common.

Dial-in terminal (cu)

Instal·lo el paquet cu

Addició de l'arquitectura de 32-bits

Executo la comanda dpkg –add-architecture i386 per afegir els paquets de 32-bits que es necessiten per executar alguns programes de Topspin de 32-bits (per exemple, el servei bfsd).

Instal·lo els següents paquets:

libc6-i386
…

Instal·lació del Topspin

Millores a l'ordinador - Agost de 2019

Actualització del sistema operatiu a Debian 9

Actualitzo el sistema operatiu de la versió 8.0.10 (jessie) a la versió 9.0 (stretch).

Es manté l'arquitectura i386 per poder actualitzar o instal·lar les biblioteques de 32-bits que necessita el TopSpin 3.5,

A continuació comprovo quines biblioteques necessita el TopSpin 3.2 pl7 (per més informació consultar )

# cd /opt/topspin3.2/prog/mod
# for FILE in *; do echo $FILE; ldd $FILE | grep "not found" | grep "so.[0-9]"; done
...

i instal·lo les biblioteques necessàries (apt install package:architecture):

libxmu6:i386
- The following NEW packages will be installed: libxt6:i386

Altres millores

Aquesta és la primera versió que té suport (Long Term Support (LTS)). Aprofito per actualitzar els següents components:

Linux kernel 4.19.0-0.bpo.5-amd64
network-manager
resolvconf

i per eliminar alguns programes obsolets:

net-tools (NET-3 networking toolkit) ³⁾
- que alhora elimina ifupdown-extra i gnome-nettool

bootparamd & tftpd & dhcpd

Comprovar si l'arquitectura Avance-II amb CCU/11 fa servir tftpd & dhcpd o només bootparamd, i desinstal·lar el software que no es faci servir per evitar confusions.

Aquests enllaços

confirmen que l'arquitectura Avance-II amb CCU/11 no fa servir tftpd & dhcpd de forma que desinstal·lo els paquets corresponents, però conservo provisionalment els fitxers de configuració i preferències:

tftp-hpa & tftpd-hpa
isc-dhcp-common & isc-dhcpd-server & isc-dhcpd-client

Activar NFSv2

Per defecte, el servidor de NFS només reconeix els protocols NFSv3 i NFSv4

# cat /proc/fs/nfsd/versions
-2 +3 +4 +4.1 +4.2

però la CCU/11 de l'arquitectura Avance-II utilitza el protocol NFSv2. Per activar-ho cal seguir les instruccions esmentades en la resposta al Bug#869855: Debian Stretch and nfs-kernel-server nfsv2,

Edit /etc/default/nfs-kernel-server file and change RPCNFSDCOUNT variable like this :

RPCNFSDCOUNT=“8 –nfs-version 2”

Save the file and restart nfs-kernel-server service. Check the value of cat /proc/fs/nfsd/versions. Bug#869855: Debian Stretch and nfs-kernel-server nfsv2

Un cop aplico el canvi, spect (la CCU/11) aconsegueix descarregar-se el sistema operatiu i programes que necessita.

Domain name per a spect?

Cal assignar un domini a spect i ASP_ST2 per evitar problemes d'enrutament?

No sembla que sigui necessari.

Actualització del sistema operatiu a Debian 10

Actualitzo el sistema operatiu de la versió 9 (stretch) a la versió 10.0 (buster).

Es manté l'arquitectura i386 per poder actualitzar o instal·lar les biblioteques de 32-bits que necessita el TopSpin 3.5,

A continuació comprovo que estiguin disponibles les biblioteques que necessita el TopSpin 3.2 pl7 (per més informació consultar )

# cd /opt/topspin3.2/prog/mod
# for FILE in *; do echo $FILE; ldd $FILE | grep "not found" | grep "so.[0-9]"; done
...

i trobo que hi són totes, però més tard, quan provo a executar el Topspin, em surt el missatge d'error:

error message cprserver: GetSystemPrinterList: dlopen(libcups.so) failed

de forma que instal·lo aquesta biblioteca (apt install package:architecture):

libcups2:i386

i l'error despareix.

Activar NFSv2

Per defecte, el servidor de NFS només reconeix els protocols NFSv3 i NFSv4, però la CCU/11 de l'arquitectura Avance-II utilitza el protocol NFSv2. Comprovo que el protocol estigui actiu i trobo que s'han mantingut els canvis introduits amb la versió anterior (9, stretch), o sigui que no cal fer res més.

Altres millores

No cal aplicar altres millores.

Reconfiguració de l'ordinador - Agost de 2021

Arran de l'aturada i posterior retirada de l'espectròmetre Avance II 400 MHz WB, l'ordinador es reconfigura per fer-lo servir com estació de treball de l'espectròmetre Avance III 400 MHz SB.

¹⁾

5065F33A125E

²⁾

es manté el hostname de l'anterior ordinador

³⁾

Consultar les comandes alternatives aquí i aquí i al Debian Reference Handbook

Table of Contents

Estació de treball HP Z230T per l'Avance II 400wb

Hardware specifications

CPU Specifications (cpuinfo)

Descripció tècnica

Dades per l'inventari

Estació de treball per l'Avance-II 400MHz Wide Bore

Monitor HP LE2202x

Dades per l'inventari

Dades tècniques

Targeta port sèrie rs-232

Preparació del disc per la instal·lació de Debian GNU/Linux

Particions Windows originals

/dev/sda1 - 1.25 GiB

/dev/sda2 - 100.00 MiB

/dev/sda3 - 128.00 MiB

/dev/sda4 - 59.51 GiB

/dev/sda5 - 13.31 GiB

Particions Windows mogudes

/dev/sda1 - 1.25 GiB

/dev/sda2 - 100.00 MiB

/dev/sda3 - 128.00 MiB

/dev/sda4 - 59.51 GiB

/dev/sda5 - 13.31 GiB

Particions per GNU&Linux Debian

Instal·lació de Debian GNU/Linux

Configuració inicial

Eliminar Windows-7 del menú de boot

Instal·lació i configuració inicial

Instal·lació bàsica de programes

GRUB Boot Loader

Reiniciar per primer cop

Addició d'altres magatzems (repositories) de programes

Altres paquets i programes de Debian

Configuració de la xarxa

Paquets i programes de Debian

Configuració de les targetes de xarxa

Bibliografia

Fitxers de configuració provissionals

Configuració de serveis

Avahi

Trivial FTP daemon

Bootparam

NFS

NTP

DHCP Server

Dial-in terminal (cu)

Addició de l'arquitectura de 32-bits

Instal·lació del Topspin

Millores a l'ordinador - Agost de 2019

Actualització del sistema operatiu a Debian 9

Altres millores

bootparamd & tftpd & dhcpd

Activar NFSv2

Domain name per a spect?

Actualització del sistema operatiu a Debian 10

Activar NFSv2

Altres millores

Reconfiguració de l'ordinador - Agost de 2021