Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

--- informatica:hp_xw4400_400sb_topspin361 [2019/06/07 17:13]
miquel [Instal·lació del Topspin 3.6.1]
+++ informatica:hp_xw4400_400sb_topspin361 [2021/08/25 11:33]
miquel [Configuració dels paràmetres del client i sistema]
@@ Line 1: / Line 1: @@
 ====== Instal·lació del Topsin 3.6.1 ======
+S'instal·la la darrera versió disponible per consoles AvanceIII: Topspin 3.6.1
 <WRAP todo>
 **2019-06-07 - TREBALL EN MARXA / WORK IN PROGRESS**
   * :ok: actualitzar el sistema operatiu Debian GNU/Linux
-  * :warn: instal·lar i configurar el TopSpin 3.6.1
+  * :ok: instal·lar i configurar el TopSpin 3.6.1
-  * :warn: recuperar els //parameter sets// a partir d'una còpia antiga i de l'av3-600
+  * :ok: còpia automàtica dels //parameter sets// de TopSpin 3.5.pl6 a 3.6.1
-  * :warn: comprovar el CORTAB
+  * :ok: comprovar el CORTAB
-    * no està disponible per tots els nuclis
+  * :ok: definir els valors de referència de durada i potència dels pulsos (''edprosol'')
-    * caldrà recalibrar de nou els que manquen
+  * :ok: No ha calgut fer res perquè no ha canviat: exportar la carpeta de dades al servidor de dades i fer-la accessible a través del servidor de ftp.
-  * :warn: definir els valors de referència de durada i potència dels pulsos (''edprosol'')
+  * :fail: exportar les carpetes de llistes (pulse programs, etc.) al servidor de dades i fer-les accessibles a través del servidor de ftp.
-    * tasca feta pels nuclis més habituals
-  * :warn: convertir els //parameter sets// de PL/SP a PLW/SPW
-    * tasca feta pels //parameter sets// més habituals. Per la resta cal executar ''getprosol'' després de carregar un //parameter set// amb ''rpar''
-  * :ok: exportar les carpetes de dades i de llistes (pulse programs, etc.) al servidor de dades i fer-les accessibles a través del servidor de ftp.
   * :fail: optimar l'homogeneïtat: ''topshim 3d'' i després ''topshim''
-  * :fail: comprovar la sintonia del canal BB pels nuclis més habituals, i, si cal, corregir els valors per defecte de Tuning & Matching.
+  * :ok: comprovar la sintonia del canal BB pels nuclis més habituals, i, si cal, corregir els valors per defecte de Tuning & Matching.
-  * ...
-  * ...
 </WRAP>
-S'instal·la la darrera versió disponible per consoles AvanceIII: Topspin 3.6.1
@@ Line 151: / Line 146: @@
 <file>
-==== Sroot@cie-55-31:/tftpboot# apt install policycoreutils
+Sroot@cie-55-31:/tftpboot# apt install policycoreutils
 Reading package lists... Done
 Building dependency tree
@@ Line 455: / Line 450: @@
 ===== Primer intent d'executar TopSpin =====
-El primer intent d'executar TopSpin no funciona perquè no troba algunes biblioteques de 32-bits (arquitectura i386)
+El primer intent d'executar TopSpin aparentment funciona sense problemes
+FIXME copy & paste dels missatges mostrats a la terminal
 <file>
-sermnadmin@cie-55-31:~$ topspin
+...
-TopSpin 3.5 pl 6  -  Copyright (C) 2016 Bruker BioSpin GmbH
+...
-Installation directory: "/opt/topspin3.5pl6"
+</file>
-Waiting for FLEXlm license
-Cannot checkout TopSpin FLEXlm license
+Però més endavant s'obre una finestra en pantalla, relacionada amb el mòdul //bsmsproxyserver// (finestres del senyal de lock i del panel de control de la BSMS), on es mostra un missatge d'error:
-Invalid license file syntax
-Feature:       TOPSPIN3
-License path:  /usr/local/flexlm/Bruker/licenses/license.dat
-FLEXlm error:  -2,413
-For further information, refer to the FLEXlm End User Manual,
-available at "www.macrovision.com".
-The FLEXlm host ID of this machine is 0010182755de
+<file>
+mod bsmsproxy
-      If your workstation controls the spectrometer,
+terminated with exit(1 2 7)
-      you may run the program without license.
+   libjpeg.so.62 => not found
-      This requires the acquisition server to be ready.
+   libXp.so.6 => not found
+</file>
-checking connection to spectrometer (may last several minutes)
+El fitxer ''libjpeg.so.62'' forma part del paquet //libjpeg62-turbo// que ja està instal·lat per l'arquitectura amd64 (64 bits), de forma que només cal instal·lar-ho per l'arquitectura i386 (32 bits).
-CPR : 2017-05-19 17:30:51.941 +0200
-      TopSpin is currently running under
-      the spectrometer service license.
-      Please apply to receive a correct
-      license for your workstation
-      using the online license form:
-      https://www.bruker.com/nmr_license_requests.html
-error message cprserver: GetSystemPrinterList: dlopen(libcups.so) failed
+El fitxer ''libXp.so.6'' forma part del paquet //libxp6// que no està instal·lat, de forma que l'instal·lo per les arquitectures amd64 (64 bitsç) i i386 (32 bits).
-Exception in thread "main" java.lang.UnsatisfiedLinkError: /opt/topspin3.5pl6/jre/lib/i386/libawt_xawt.so: libXtst.so.6: cannot open shared object file: No such file or directory
-	at java.lang.ClassLoader$NativeLibrary.load(Native Method)
-	at java.lang.ClassLoader.loadLibrary0(ClassLoader.java:1941)
-	at java.lang.ClassLoader.loadLibrary(ClassLoader.java:1824)
-	at java.lang.Runtime.load0(Runtime.java:809)
-	at java.lang.System.load(System.java:1086)
-	at java.lang.ClassLoader$NativeLibrary.load(Native Method)
-	at java.lang.ClassLoader.loadLibrary0(ClassLoader.java:1941)
-	at java.lang.ClassLoader.loadLibrary(ClassLoader.java:1845)
-	at java.lang.Runtime.loadLibrary0(Runtime.java:870)
-	at java.lang.System.loadLibrary(System.java:1122)
-	at java.awt.Toolkit$3.run(Toolkit.java:1636)
-	at java.awt.Toolkit$3.run(Toolkit.java:1634)
-	at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method)
-	at java.awt.Toolkit.loadLibraries(Toolkit.java:1633)
-	at java.awt.Toolkit.<clinit>(Toolkit.java:1668)
-	at java.awt.Color.<clinit>(Color.java:275)
-	at de.bruker.nmr.mfw.base.BSplashScreen.<clinit>(BSplashScreen.java:44)
-	at de.bruker.nmr.mfw.base.MfwBuilder.programMain(MfwBuilder.java:420)
-	at bruker.bio.start.topspin.Start.main(Start.java:47)
-premature Java Virtual Machine termination
+Per precaució, comprovo si ''/opt/topspin3.6.1/prog/mod/bsmsproxyserver'' té accés a totes les biblioteques enllaçades
-Program is exiting ...
+<file>
-Hit ENTER to continue ...
+root@cie-55-31:/opt/topspin3.6.1/prog/curdir/sermnadmin# ldd /opt/topspin3.6.1/prog/mod/bsmsproxyserver
+        linux-gate.so.1 (0xf7703000)
+        libomniORB4.so.2 => not found
+        libomniCodeSets4.so.2 => not found
+        libomnisslTP4.so.2 => not found
+        libomnithread.so.4 => not found
+        libssl.so.1.0.0 => not found
+        libcrypto.so.1.0.0 => not found
+        libpthread.so.0 => /lib/i386-linux-gnu/i686/cmov/libpthread.so.0 (0xf76c6000)
+        :
+        libuuid.so.1 => /lib/i386-linux-gnu/libuuid.so.1 (0xf6f6e000)
+        libXdmcp.so.6 => /usr/lib/i386-linux-gnu/libXdmcp.so.6 (0xf6f67000)
 </file>
-Ho comprovo amb la comanda ''ldd''
+i, de les que no es troben, instal·lo el paquet //libomniorb4-dev// per l'arquitectura //i386// (32-bits):
+  * :ok: libomniorb4-dev:i386
+    * Instal·la automàticament els següents paquets dels quals en depèn: libomniorb4-1:i386 libomnithread3-dev:i386 libomnithread3c2:i386 libssl-dev:i386 libssl1.0.0:i386 libstdc++6:i386 zlib1g-dev:i386
+    * Cal crear l'enllaç: ''ln -s /usr/lib/libomniORB4.so.1.6 /usr/lib/libomniORB4.so.2''
+    * Cal crear l'enllaç: ''ln -s /usr/lib/libomniCodeSets4.so.1.6 /usr/lib/libomniCodeSets4.so.2''
+    * Cal crear l'enllaç: ''ln -s /usr/lib/libomnisslTP4.so.1.6 /usr/lib/libomnisslTP4.so.2''
+    * Cal crear l'enllaç: ''ln -s /usr/lib/libomnithread.so.3.4 /usr/lib/libomnithread.so.4''
+Ja posats, comprovo tots els programes,
 <file>
-sermnadmin@cie-55-31:~$ ldd /opt/topspin3.5pl6/jre/lib/i386/libawt_xawt.so
+root@cie-55-31:/opt/topspin3.6.1/prog/mod# for FILE in *; do echo $FILE; \
-	linux-gate.so.1 (0xf779f000)
+ldd $FILE | grep "not found" | grep "so.[0-9]"; done
-	libpthread.so.0 => /lib/i386-linux-gnu/i686/cmov/libpthread.so.0 (0xf7719000)
-	libm.so.6 => /lib/i386-linux-gnu/i686/cmov/libm.so.6 (0xf76d3000)
+accumctrlserver
-	libawt.so => /opt/topspin3.5pl6/jre/lib/i386/libawt.so (0xf7621000)
+:
-	libXext.so.6 => /usr/lib/i386-linux-gnu/libXext.so.6 (0xf760c000)
+bsmsproxyserver
-	libX11.so.6 => /usr/lib/i386-linux-gnu/libX11.so.6 (0xf74ba000)
+        libXp.so.6 => not found
-	libXrender.so.1 => /usr/lib/i386-linux-gnu/libXrender.so.1 (0xf74ae000)
+cf
-	libdl.so.2 => /lib/i386-linux-gnu/i686/cmov/libdl.so.2 (0xf74a9000)
+:
-	libXtst.so.6 => not found
+chkpwd
-	libXi.so.6 => not found
+        libpam.so.0 => not found
-	libjava.so => /opt/topspin3.5pl6/jre/lib/i386/libjava.so (0xf7483000)
+cpr
-	libjvm.so => not found
+:
-	libc.so.6 => /lib/i386-linux-gnu/i686/cmov/libc.so.6 (0xf72d6000)
+mddnmr
-	/lib/ld-linux.so.2 (0x56648000)
+        libgfortran.so.3 => not found
-	libjvm.so => not found
+mvcube
-	libxcb.so.1 => /usr/lib/i386-linux-gnu/libxcb.so.1 (0xf72af000)
+:
-	libjvm.so => not found
+nmrquant
-	libverify.so => /opt/topspin3.5pl6/jre/lib/i386/libverify.so (0xf72a3000)
+nmrsim.mod
-	libXau.so.6 => /usr/lib/i386-linux-gnu/libXau.so.6 (0xf729f000)
+        libXp.so.6 => not found
-	libXdmcp.so.6 => /usr/lib/i386-linux-gnu/libXdmcp.so.6 (0xf7298000)
+peak
-	libjvm.so => not found
+plot
-sermnadmin@cie-55-31:~$ ldd /opt/topspin3.5pl6/jre/lib/i386/libawt_xawt.so
+        libXp.so.6 => not found
-	linux-gate.so.1 (0xf770a000)
+probeserver
-	libpthread.so.0 => /lib/i386-linux-gnu/i686/cmov/libpthread.so.0 (0xf7684000)
+proc1d
-	libm.so.6 => /lib/i386-linux-gnu/i686/cmov/libm.so.6 (0xf763e000)
+proc2d
-	libawt.so => /opt/topspin3.5pl6/jre/lib/i386/libawt.so (0xf758c000)
+        libgfortran.so.3 => not found
-	libXext.so.6 => /usr/lib/i386-linux-gnu/libXext.so.6 (0xf7577000)
+proc3d
-	libX11.so.6 => /usr/lib/i386-linux-gnu/libX11.so.6 (0xf7425000)
+        libgfortran.so.3 => not found
-	libXrender.so.1 => /usr/lib/i386-linux-gnu/libXrender.so.1 (0xf7419000)
+psf
-	libdl.so.2 => /lib/i386-linux-gnu/i686/cmov/libdl.so.2 (0xf7414000)
+:
-	libXtst.so.6 => /usr/lib/i386-linux-gnu/libXtst.so.6 (0xf740b000)
+xwish3
-	libXi.so.6 => /usr/lib/i386-linux-gnu/libXi.so.6 (0xf73f8000)
-	libjava.so => /opt/topspin3.5pl6/jre/lib/i386/libjava.so (0xf73d3000)
-	libjvm.so => not found
-	libc.so.6 => /lib/i386-linux-gnu/i686/cmov/libc.so.6 (0xf7226000)
-	/lib/ld-linux.so.2 (0x565df000)
-	libjvm.so => not found
-	libxcb.so.1 => /usr/lib/i386-linux-gnu/libxcb.so.1 (0xf71ff000)
-	libjvm.so => not found
-	libverify.so => /opt/topspin3.5pl6/jre/lib/i386/libverify.so (0xf71f3000)
-	libXau.so.6 => /usr/lib/i386-linux-gnu/libXau.so.6 (0xf71ef000)
-	libXdmcp.so.6 => /usr/lib/i386-linux-gnu/libXdmcp.so.6 (0xf71e8000)
-	libjvm.so => not found
 </file>
-i les instal·lo. Per això cal instal·lar els següents paquets de l'arquitectura //i386// (32-bits) i aquells dels que en depenen (instal·lació automàtica):
+i, de les que no es troben, instal·lo els paquets per l'arquitectura //i386// (32-bits) que les contenen
-  * :ok: libxext6 [i386]
+  * :ok: libpam0g-dev:i386
-  * :ok: libxtst6 [i386]  (instal·la libxi6)
+    * Instal·la automàticament els següents paquets dels quals en depèn: libaudit1:i386 libpam0g:i386
-  * :ok: libxi6 [i386]  (ja instal·lada)
+  * :ok: libgfortran-4.9-dev:i386
-  * :ok: libcups2 [i386]  (instal·la un munt de dependències)
+    * Instal·la automàticament els següents paquets dels quals en depèn: libasan1:i386 libatomic1:i386 libcilkrts5:i386 libgcc-4.9-dev:i386 libgfortran3:i386 libgomp1:i386 libitm1:i386 libquadmath0:i386 libubsan0:i386
-  * :ok: libxmu6 [i386]  (instal·la libxt6)
+  * :ok: libxp-dev:i386
+    * Instal·la automàticament els següents paquets dels quals en depèn: libpthread-stubs0-dev:i386 libx11-dev:i386 libx11-doc libxau-dev:i386 libxcb1-dev:i386 libxdmcp-dev:i386 libxext-dev:i386 libxp6:i386 x11proto-core-dev x11proto-input-dev x11proto-kb-dev x11proto-print-dev x11proto-xext-dev xorg-sgml-doctools xtrans-dev
 <WRAP info>
-Els missatges "libjvm.so => not found" es poden ignorar ja que la biblioteca "libjvm.so" està disponible al TopSpin (///opt/topspin3.2/jre/lib/i386/[client|server]/libjvm.so//).
+La biblioteca ''libXp.so.6'' inicialment s'havia proporcionat amb la instal·lació del paquet //libxp6// (veure més amunt), però el gestor de paquets ha suggerit que es podia desinstal·lar perquè no hi havia cap paquet instal·lat que en depengués. Per evitar confusions més endavant, l'he desinstal·lat i he instal·lat el paquet //libxp-dev:i386// en substitució.
 </WRAP>
-Ara el TopSpin ja s'executa,
+<WRAP tip>
+Aquest script permet comprovar si tots els executables del tipus "ELF 32-bit" d'un directori troben les biblioteques que necessiten:
-<file>
+<code bash ldd-vrfy.sh>
-sermnadmin@cie-55-31:~$ topspin
+for FILE in `file * | grep "ELF 32-bit" | awk -F: '{ print $1 }' `
-TopSpin 3.5 pl 6  -  Copyright (C) 2016 Bruker BioSpin GmbH
+do
-Installation directory: "/opt/topspin3.5pl6"
+    echo $FILE
-Waiting for FLEXlm license
+    ldd $FILE | grep "not found" | grep "so.[0-9]"
+done
+</code>
+</WRAP>
-Cannot checkout TopSpin FLEXlm license
-Invalid license file syntax
-Feature:       TOPSPIN3
-License path:  /usr/local/flexlm/Bruker/licenses/license.dat
-FLEXlm error:  -2,413
-For further information, refer to the FLEXlm End User Manual,
-available at "www.macrovision.com".
-The FLEXlm host ID of this machine is 0010182755de
+Un cop resolts aquests problemes, provo a configurar-ho amb ''cf'' i ''expinstall''.
-      If your workstation controls the spectrometer,
-      you may run the program without license.
-      This requires the acquisition server to be ready.
-checking connection to spectrometer (may last several minutes)
-CPR : 2017-05-19 17:33:57.165 +0200
-      TopSpin is currently running under
-      the spectrometer service license.
-      Please apply to receive a correct
-      license for your workstation
-      using the online license form:
-      https://www.bruker.com/nmr_license_requests.html
-</file>
-i puc provar a configurar-ho amb ''cf'' i ''expinstall''.
 ===== Configuració amb "cf" =====
 Executo la comanda ''cf'' del TopSpin i, després de reiniciar l'IPSO perquè no es configurava correctament i l'amplificador de gradients perquè no es detectava, aquest és el resultat:
+FIXME afegir el text mostrat en pantalla
 <file>
@@ Line 617: / Line 573: @@
 =========================
-Path         : /opt/topspin3.5pl6/conf/instr/spect/uxnmr.info
+Path         : /opt/topspin3.6.1/conf/instr/spect/uxnmr.info
-Date         : Mon May 29 17:06:26 2017
+Date         : Sun Jun  9 19:18:38 2019
-Release      : TopSpin 3.5 pl 6
+Release      : TopSpin 3.6.1
-Installed in : /opt/topspin3.5pl6
+Installed in : /opt/topspin3.6.1
 Host         : cie-55-31
-OS           : Linux 3.16.0-4-amd64 #1 SMP Debian 3.16.43-2 (2017-04-30)
+OS           : Linux 4.9.0-0.bpo.9-amd64 #1 SMP Debian 4.9.168-1+deb9u2~deb8u1 (2019-05-14)
 CPU          : Intel(R) Core(TM)2 CPU 6600 @ 2.40GHz (2 cores at 2400 MHz)
-User         : sermnuab (SeRMN-UAB - Users,,,)
+User         : sermnadmin (SeRMN-UAB Staff)
 System       : Avance III 400 NMR spectrometer
 H-frequency : 400.13 MHz
@@ Line 630: / Line 586: @@
 Location     : Servei de Ressonància Magnètica Nuclear
 Bruker Order : FIXME
-Configured in: cie-55-31:/opt/topspin3.5pl6/conf/instr/spect
+Configured in: cie-55-31:/opt/topspin3.6.1/conf/instr/spect
 IPSO: connected to spectrometer subnet
@@ Line 644: / Line 600: @@
 DRU1: AQS DRU Z100977/00582 ECL 04.00
 - TCP/IP address = 149.236.99.89
-- Firmware Version = 151014
+- Firmware Version = 170619
 - DRU1 controls AQS-Rack and HPPR/2
@@ Line 660: / Line 616: @@
    0x20  0x7     0        B      MASTER AQS Rack Master
   Logical Receiver/SGU configuration:
 Router: 1 AQS-Minirouter
@@ Line 668: / Line 625: @@
       1         2        B       60    N         BLA2BB 150/60 20-400 W1345049/1817/-
       2         1       2H       20    N         2HTX in BSMS -/-/-
 Gradient amplifiers at the spectrometer subnet:
@@ Line 705: / Line 663: @@
     Module  3 : XBB19F 2HS
                 PN=Z003504, SN=00415 from 20070425
 Gradient Controller cable connections
@@ Line 726: / Line 686: @@
 - amplifier 2H-20W uses blanking 3
 </file>
 ===== Configuració de la sonda amb ''edhead'' =====
@@ Line 741: / Line 702: @@
 </WRAP>
-El TopSpin detecta el PICS de la sonda, i es descarrega el paràmetres de configuració i la configura correctament. Però quan comprovo el funcionament de la sintonia automàtica ATMA, trobo que funciona amb un experiment de protó (rpar sr_proto all) i de fósfor amb i sense desacoblament (rpar sr_fosfor[cpd] all), però que no funciona amb carboni.
+El TopSpin detecta el PICS de la sonda, i es descarrega el paràmetres de configuració i la configura correctament. Però quan comprovo el funcionament de la sintonia automàtica ATMA, em dona un missatge d'error:
-Amb un experiment de carboni (rpar sr_carboni all) dóna un missatge dona un missatge d'error en pantalla quan, després d'haver sintonitzat la sonda a la posició inicial, crida el wobb per mostrar en pantalla la senyal de sintonia mentre la optimitza:
 <file>
-atma_ProbeCorba_impl::start exception: Error:can't stat the wobble process [NucBB-NUcBB-]
+tma Info
+atma_ProbeCorba_impl::start exception: NucConf::init Error: can't create probe-obj Probe-MotorBase-Motor: findActiveLimitSwitch cant access Motor-Nr:1 <1H Tune>
+(Original message = Atma Info
+atma_ProbeCorba_impl::start exception: NucConf::init Error: can't create probe-obj Probe-MotorBase-Motor: findActiveLimitSwitch cant access Motor-Nr:1 <1H Tune>)
+====================================================
+atma_ProbeCorba_impl::start exception: NucConf::init Error: can't create probe-obj Probe-MotorBase-Motor: findActiveLimitSwitch cant access Motor-Nr:1 <1H Tune>
+June 2019 20:15:16.721 +0200
+Topspin Version  = TopSpin 3.6.1 (of 2018-12-20 14:06:00),build 143
+OS Name          = Linux 4.9.0-0.bpo.9-amd64
+JVM Version      = 1.8.0_192 (32 bit) Oracle Corporation
+JVM Total memory = 244 MB
+JVM Free  memory = 80 MB
+java.lang.Exception: Stack trace
+	at bruker.bio.topspin.bfw.gui.warn.AbstractMessage.getDetailsString(AbstractMessage.java:875)
+	at bruker.bio.topspin.bfw.gui.warn.AbstractMessage.setMsgSource(AbstractMessage.java:837)
+	at bruker.bio.topspin.bfw.gui.warn.AbstractMessage.<init>(AbstractMessage.java:821)
+	at de.bruker.nmr.mfw.base.BWarning.<init>(BWarning.java:102)
+	at de.bruker.nmr.mfw.base.BError.<init>(BError.java:93)
+	at de.bruker.nmr.sc.atma.impl.AtmaPanelStart.showAtmaException(AtmaPanelStart.java:2010)
+	at de.bruker.nmr.sc.atma.impl.AtmaPanelStart.connect(AtmaPanelStart.java:318)
+	at de.bruker.nmr.sc.atma.impl.AtmaPanelStart.start(AtmaPanelStart.java:176)
+	at de.bruker.nmr.sc.atma.impl.AtmaPanelStart.atmm(AtmaPanelStart.java:121)
+	at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method)
+	at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(NativeMethodAccessorImpl.java:62)
+	at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(DelegatingMethodAccessorImpl.java:43)
+	at java.lang.reflect.Method.invoke(Method.java:498)
+	at de.bruker.nmr.mfw.base.CmdThreadImpl.executeMethod(CmdThreadImpl.java:652)
+	at de.bruker.nmr.mfw.base.CmdThreadImpl.doJmethod(CmdThreadImpl.java:565)
+	at de.bruker.nmr.mfw.base.CmdThreadImpl.exec(CmdThreadImpl.java:514)
+	at de.bruker.nmr.mfw.base.CmdThreadImpl.run(CmdThreadImpl.java:494)
 </file>
-Aquest missatge es correspon al següent error al fitxer ///opt/topspin3.5pl6/prog/curdir/sermnuab/history//
+Aquest missatge es correspon al següent error al fitxer ///opt/topspin3.6.1/prog/curdir/sermnuab/db_xatma_default.log//
 <file>
-:54:39.938   25157    22 W error msg: atma
+root@cie-55-31:/opt/topspin3.6.1/prog/curdir/sermnuab# cat db_xatma_default.log
-    atma_ProbeCorba_impl::start exception: Error:can't start the wobble process [NucBB-NucBB-]
+-06-09 20:15:10.340 +0200 INFO   DebugBase::DebugBase() depth:10
-:56:25.281   25157    22  error ackn: ok
+-06-09 20:15:10.340 +0200 INFO   DebugBase::DebugBase() depth:10
-:56:25.288   25157          cmd term: atma; status=-2
+...
-:56:25.288   25157         proc term
+-06-09 20:15:11.357 +0200 INFO   ProbeCorba::initialize
+-06-09 20:15:11.357 +0200 INFO   ProbeCorba TopSpin:  3.5 Atma version  5.01
+-06-09 20:15:11.357 +0200 INFO   ProbeData::initialize
+-06-09 20:15:11.357 +0200 INFO   ProbeData::check_lock (new client) fd:18 count:2 lock:2
+-06-09 20:15:11.357 +0200 INFO   ProbeData::initialize Current used Dataset is: /home/sermnuab/data/eva/nmr/test_bor/1/pdata/1/home/sermnuab/data/eva/nmrtest_bor11
+-06-09 20:15:11.358 +0200 INFO   ProbeData::initialize: pics = new Pics 0
+-06-09 20:15:12.525 +0200 INFO   ProbeData::initialize pics->readAndUpdatePicsFile()
+-06-09 20:15:13.419 +0200 INFO   ProbeCorba::getVersion()
+-06-09 20:15:13.462 +0200 INFO   ProbeCorba::getInfo()
+-06-09 20:15:13.462 +0200 INFO   ProbeData::getProbeInfo
+-06-09 20:15:13.462 +0200 INFO   ProbeData::getProbeInfo [Probe information:
+Name: PA BBO 400S1 BBF-H-D-05 Z
+ID:   Z104450\-182457200 ECL: 2.0 Var: 0.0
+ATM Nuclei: 1H BB
+Required ATMA-SW Version: 2.1]
+-06-09 20:15:13.463 +0200 INFO   ProbeData::getBBInfo
+-06-09 20:15:13.474 +0200 INFO   ProbeData::getBBInfo [BB range: 19F-109Ag
+Nuclei: 19F 7Li 31P 117Sn 13C 11B 87Rb 23Na 79Br 113Cd 29Si 127I 77Se 2H 17O 15N 14N 95Mo 109Ag 119Sn 195Pt]
+-06-09 20:15:13.474 +0200 INFO   ProbeData::getDrivePos
+-06-09 20:15:13.474 +0200 INFO   ProbeData::getDrivePos [1H Tune  fine: 1
+H Match fine: 2
+BB Tune  fine: 9
+BB Match fine: 3
+BB Tune  coarse 100: 6
+BB Tune  coarse 10:  7
+BB Tune  coarse 1:   8
+BB Match coarse 10:  4
+BB Match coarse 1:   5
+]
+...
+-06-09 20:15:15.558 +0200 INFO   Probe::updatePicsRef: PICS changed, create backup </opt/topspin3.6.1/conf/instr/probeheads/Z104450_0188.20170529.bb>
+...
+-06-09 20:15:16.047 +0200 INFO   PositionTracker::PositionTracker Nr:4
+-06-09 20:15:16.047 +0200 INFO   Motor::Motor Nr:4
+-06-09 20:15:16.047 +0200 INFO   DebugBase::DebugBase() depth:10
+-06-09 20:15:16.047 +0200 INFO   MotorDrv2: LogMotNr:4 Physik.Nr:3 Dir:0 Imax:388
+-06-09 20:15:16.047 +0200 INFO   Motor::setMotorName name [BBSlider3]
+-06-09 20:15:16.047 +0200 INFO   Slider: LogMotNr:4 maxNotch: 9 name [BBSlider3]
+-06-09 20:15:16.047 +0200 INFO   DebugBase::DebugBase() depth:10
+-06-09 20:15:16.047 +0200 INFO   DebugBase::DebugBase() depth:10
+-06-09 20:15:16.047 +0200 INFO   Slider::Slider motorNr=5
+-06-09 20:15:16.093 +0200 INFO   DebugBase::DebugBase() depth:10
+-06-09 20:15:16.093 +0200 INFO   DebugBase::DebugBase() depth:10
+-06-09 20:15:16.093 +0200 INFO   DebugBase::DebugBase() depth:10
+-06-09 20:15:16.093 +0200 INFO   DebugBase::DebugBase() depth:10
+-06-09 20:15:16.093 +0200 INFO   PositionTracker::PositionTracker Nr:5
+-06-09 20:15:16.093 +0200 INFO   Motor::Motor Nr:5
+-06-09 20:15:16.093 +0200 INFO   DebugBase::DebugBase() depth:10
+-06-09 20:15:16.093 +0200 INFO   MotorDrv2: LogMotNr:5 Physik.Nr:4 Dir:0 Imax:388
+-06-09 20:15:16.093 +0200 INFO   Motor::setMotorName name [BBSlider4]
+-06-09 20:15:16.093 +0200 INFO   Slider: LogMotNr:5 maxNotch: 9 name [BBSlider4]
+-06-09 20:15:16.094 +0200 INFO   NucleusBb Name<BB>
+-06-09 20:15:16.094 +0200 INFO   Nucleus::setChannelNumber Nuc [BB] channel 1
+-06-09 20:15:16.094 +0200 INFO   Nucleus::setChannelOnInnerCoil Nuc:[BB] preSetMove:2
+-06-09 20:15:16.094 +0200 INFO   Nucleus::setChannelHasSuperHighQ Nuc:[BB] hasSuperHighQ:0
+-06-09 20:15:16.094 +0200 INFO   Nucleus::setChannelOnOuterCoil Nuc:[1H] preSetMove:2
+-06-09 20:15:16.094 +0200 INFO   Probe::initAllDrivesOnProbe
+-06-09 20:15:16.094 +0200 INFO   MotorBase::doInitDrivesIfReset
+-06-09 20:15:16.132 +0200 INFO   MotorDrv2::MotorMove: Name[1H Tune] posTime:-1 PosMode:0 iLimit:36 iMax:36 hwImax:-1
+-06-09 20:15:16.511 +0200 INFO   writeToAtma failed! Cannot get type of cover module:
+error in command 'ZP' sent to probe via HPPR/2:
+Error 100 in CAPH: I2C error: I2C device did not respond
+-06-09 20:15:16.716 +0200 INFO   setAtmaRegister failed! Cannot get type of cover module:
+error in command 'ZW' sent to probe via HPPR/2:
+Error 100 in CAPH: I2C error: I2C device did not respond
+-06-09 20:15:16.717 +0200 INFO   Motor: findActiveLimitSwitch cant access Motor-Nr:1 <1H Tune>
+-06-09 20:15:16.717 +0200 INFO   MotorBase-Motor: findActiveLimitSwitch cant access Motor-Nr:1 <1H Tune>
+-06-09 20:15:16.717 +0200 INFO   Probe-MotorBase-Motor: findActiveLimitSwitch cant access Motor-Nr:1 <1H Tune>
+-06-09 20:15:16.717 +0200 INFO   ProbeCorba::unlock()
+-06-09 20:15:16.717 +0200 INFO   ProbeData::unlock
+-06-09 20:15:16.717 +0200 INFO   ProbeData::unlock Unlock AtmaServer 18
+-06-09 20:15:16.717 +0200 INFO   ProbeData::unlock Unlocked AtmaServer -1
+-06-09 20:15:16.717 +0200 INFO   ProbeCorba::start exception [NucConf::init Error: can't create probe-obj Probe-MotorBase-Motor: findActiveLimitSwitch cant access Motor-Nr:1 <1H Tune>]
+-06-09 20:15:16.858 +0200 INFO   ProbeCorba::unlock()
+-06-09 20:15:16.858 +0200 INFO   ProbeData::unlock
+-06-09 20:15:16.858 +0200 INFO   ProbeData::unlock Unlock AtmaServer -1 2 2
 </file>
@@ Line 843: / Line 909: @@
 ===== Configuració dels paràmetres del client i sistema =====
-<WRAP todo 100%>
-Comprovar i/o completar les dades
-</WRAP>
 Un cop completada la configuració del TopSpin amb la comanda ''cf'', a la finestra de //Additional Setups - Important// executo la comanda ''Edcstm'' per entrar la informació sobre el sistema i el client:
@@ Line 927: / Line 989: @@
 Afegeixo l'usuari //sermnadmin// al grup //nmrsu//.
-==== Restriccions a l'usuari 'nmrsu' ====
-<WRAP todo>
-Caldrà restringir l'usuari //mrsu//
-  * <del>que no surti a la finestra de login (gdm3)</del>
-  * <del>que no es pugui fer login remotament via SSH</del>
-  * que no es pugui fer login a l'escriptori
-</WRAP>
-Elimino l'usuari //nmrsu// de la llista d'usuaris que es mostra a la pantalla de login. Per fer-ho, edito el fitxer ///etc/gdm3/daemon.conf// (abans faig una còpia de seguretat) i, a la secció ''[greeter]'' afegeixo les línies:
-<file>
-# 20160422 - MCE - Hide nmrsu user from the login screen
-IncludeAll = false
-Include = sermnadmin,sermnuab
-</file>
-Malauradament, un //bug// al programa fa que ignori aquestes línies i que segueixi sortint l'usuari //nmrsu// a la pantalla de login.
-Per tal que ''nmrsu'' no pugui connectar-se remotament via //SSH//, edito el fitxer ///etc/ssh/sshd_config// i afegeixo les línies:
-<file>
-# 20160422 - MCE - Prevent nmrsu user from log-in via ssh
-DenyUsers nmrsu
-</file>

SeRMN Wiki

User Tools

Site Tools

Differences

Page Tools