SeRMN Wiki

User Tools

Site Tools

You are here: sermn_wiki » informatica » hp_xw4400_400sb_topspin361
Trace:
informatica:hp_xw4400_400sb_topspin361

Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

Both sides previous revision Previous revision
Next revision 		Previous revision
informatica:hp_xw4400_400sb_topspin361 [2019/06/08 03:24]
miquel [Primer intent d'executar TopSpin] 		informatica:hp_xw4400_400sb_topspin361 [2021/08/25 11:33] (current)
miquel [Configuració dels paràmetres del client i sistema]
Line 1: Line 1:
 ====== Instal·lació del Topsin 3.6.1 ====== ====== Instal·lació del Topsin 3.6.1 ======
 +
 +S'instal·la la darrera versió disponible per consoles AvanceIII: Topspin 3.6.1
  
 <WRAP todo> <WRAP todo>
 **2019-06-07 - TREBALL EN MARXA / WORK IN PROGRESS** **2019-06-07 - TREBALL EN MARXA / WORK IN PROGRESS**
   * :ok: actualitzar el sistema operatiu Debian GNU/Linux   * :ok: actualitzar el sistema operatiu Debian GNU/Linux
-  * :warn: instal·lar i configurar el TopSpin 3.6.1 +  * :ok: instal·lar i configurar el TopSpin 3.6.1 
-  * :warn: recuperar els //parameter sets// a partir d'una còpia antiga i de l'av3-600 +  * :ok: còpia automàtica dels //parameter sets// de TopSpin 3.5.pl6 a 3.6.1 
-  * :warn: comprovar el CORTAB +  * :ok: comprovar el CORTAB 
-    * no està disponible per tots els nuclis +  * :ok: definir els valors de referència de durada i potència dels pulsos (''edprosol'') 
-    * caldrà recalibrar de nou els que manquen +  * :ok: No ha calgut fer res perquè no ha canviat: exportar la carpeta de dades al servidor de dades i fer-la accessible a través del servidor de ftp. 
-  * :warn: definir els valors de referència de durada i potència dels pulsos (''edprosol'') +  * :fail: exportar les carpetes de llistes (pulse programs, etc.) al servidor de dades i fer-les accessibles a través del servidor de ftp.
-    * tasca feta pels nuclis més habituals +
-  * :warn: convertir els //parameter sets// de PL/SP a PLW/SPW +
-    * tasca feta pels //parameter sets// més habituals. Per la resta cal executar ''getprosol'' després de carregar un //parameter set// amb ''rpar'' +
-  * :ok: exportar les carpetes de dades i de llistes (pulse programs, etc.) al servidor de dades i fer-les accessibles a través del servidor de ftp.+
   * :fail: optimar l'homogeneïtat: ''topshim 3d'' i després ''topshim''   * :fail: optimar l'homogeneïtat: ''topshim 3d'' i després ''topshim''
-  * :fail: comprovar la sintonia del canal BB pels nuclis més habituals, i, si cal, corregir els valors per defecte de Tuning & Matching. +  * :ok: comprovar la sintonia del canal BB pels nuclis més habituals, i, si cal, corregir els valors per defecte de Tuning & Matching.
-  * ... +
-  * ...+
 </WRAP> </WRAP>
  
-S'instal·la la darrera versió disponible per consoles AvanceIII: Topspin 3.6.1 
  
  
Line 554: Line 549:
  
 <WRAP tip> <WRAP tip>
-Aquesta comanda permet comprovar si tots els executables del tipus "ELF 32-bit" d'un directori troben les biblioteques que necessiten:+Aquest script permet comprovar si tots els executables del tipus "ELF 32-bit" d'un directori troben les biblioteques que necessiten:
  
-<file> +<code bash ldd-vrfy.sh> 
-for FILE in `file * | grep "ELF 32-bit" | awk -F: '{ print $1 }' `; \ +for FILE in `file * | grep "ELF 32-bit" | awk -F: '{ print $1 }' ` 
-do echo $FILE; \ +do 
-ldd $FILE | grep "not found" | grep "so.[0-9]"; \+    echo $FILE 
 +    ldd $FILE | grep "not found" | grep "so.[0-9]"
 done done
-</file>+</code>
 </WRAP> </WRAP>
  
Line 576: Line 572:
 CONFIGURATION INFORMATION CONFIGURATION INFORMATION
 ========================= =========================
-... + 
-...+Path         : /opt/topspin3.6.1/conf/instr/spect/uxnmr.info 
 +Date         : Sun Jun  9 19:18:38 2019 
 +Release      : TopSpin 3.6.1 
 +Installed in : /opt/topspin3.6.1 
 +Host         : cie-55-31 
 +OS           : Linux 4.9.0-0.bpo.9-amd64 #1 SMP Debian 4.9.168-1+deb9u2~deb8u1 (2019-05-14) 
 +CPU          : Intel(R) Core(TM)2 CPU 6600 @ 2.40GHz (2 cores at 2400 MHz) 
 +User         : sermnadmin (SeRMN-UAB Staff) 
 +System       : Avance III 400 NMR spectrometer 
 +1H-frequency : 400.13 MHz 
 +Description  : Avance III 400 MHz standard-bore 
 +Location     : Servei de Ressonància Magnètica Nuclear 
 +Bruker Order : FIXME 
 +Configured in: cie-55-31:/opt/topspin3.6.1/conf/instr/spect 
 + 
 +IPSO: connected to spectrometer subnet 
 +- TCP/IP address = 149.236.99.90 
 + - IPSO type: AQS 
 +- Tctrl : 1 
 +- Fctrls: 2 
 +- Gctrl1: with digital preemphasis 
 +- Rctrl : 1 
 +- FREDs : none 
 +- DPP : 1 
 + 
 +DRU1: AQS DRU Z100977/00582 ECL 04.00 
 +- TCP/IP address = 149.236.99.89 
 +- Firmware Version = 170619 
 +- DRU1 controls AQS-Rack and HPPR/2 
 + 
 +AQS: connected to 149.236.99.89:/dev/tty10 
 +  _Slot_ SBSB _____________________Board_____________________ 
 +  Number Addr Type HW-VS FW-VS ID  ECL Name   Description 
 +  ----------------------------------------------------------- 
 +     2   0x10 0x72   0x3    AW  R  3.0 REC-1  AQS RXAD400 Z102116/705 ECL 03.00 
 +     3   0x34  0x2   0x1        X  5.0 REF-1  REF-400 Reference Board for AQS Receiver 
 +     4   0x24 0x11   0x8    AE  S  2.0 SGU-1  AQS SGU/2 400 Z103080/00351 ECL 02.00 FPGA-Vs=AF 
 +     5   0x25 0x11   0x8    AE  S  2.0 SGU-2  AQS SGU/2 400 Z103080/00340 ECL 02.00 FPGA-Vs=AF 
 +     9   0x36  0x5     0        A  6.0 BLA-1  BLA2BB 150/60 20-400 W1345049/1817 ECL 6 
 +    21   0x21 0xcf     0        P  1.0 PSD-1  PSD/3 Power Supply Distribution Board 
 +    --   0x20 0xd1     0        B  2.0 MASTER AQS/3 Chassis 
 +     1   0x20  0x7     0        B      MASTER AQS Rack Master 
 +  Logical Receiver/SGU configuration: 
 + 
 + 
 +Router: 1 AQS-Minirouter 
 + 
 +Amplifiers (AQS configuration): 
 +  RO  Amplifier  Module  Nucleus  Power/W  Switchbox Name PN/SN/FW 
 +   1      1         1        B      150    N         BLA2BB 150/60 20-400 W1345049/1817/- 
 +   2      1         2        B       60    N         BLA2BB 150/60 20-400 W1345049/1817/- 
 +   3      2         1       2H       20    N         2HTX in BSMS -/-/- 
 + 
 + 
 +Gradient amplifiers at the spectrometer subnet: 
 +---------------------------------------------- 
 +BGA1: BGA_W1213891_0040 
 +- TCP/IP address   = 149.236.99.93 
 +- Firmware version = 20080206 
 +- Web version      = 1.1 
 +- Current limits   = 0.0/X, 0.0/Y, -10.0/Z (in A) 
 + 
 +BSMS: BSMS/2 connected to ethernet 
 +- TCP/IP address = 149.236.99.20 
 +- ELCB firmware version = 20150423 
 +- SCB channels = 20 
 +- Shim System = BOSS1-SB 
 +- 2HTX Amplifier: available 
 +- Lock: installed 
 + 
 +MAS2 control unit: connected to 149.236.99.90:/dev/tty05 
 +- Boot Software        : 20031216 
 +- Application Software : 20120329 
 +- Insert Time          : 10 s 
 +- Eject Time           : 10 s 
 +- Spin Lock Tolerance  : 5 Hz 
 + 
 +Eurotherm VTU: device connected to 149.236.99.90:/dev/tty04 
 + 
 +Preamplifiers : 
 +HPPR2: - HPPR/2 preamplifier connected to 149.236.99.89:/dev/tty10 
 +    Type      : HPPR/2 
 +    Controller: Cover/1 with Application firmware = AQ 
 +                15 LEDs for tuning, 15 LEDs for matching 
 +    Module  1 : 1H/2H 1H (virtual 50 Ohm reference: 274.9%/85.9deg) 
 +                PN=Z003959, SN=00418 from 20070319 
 +    Module  2 : 1H/2H 2H (virtual 50 Ohm reference: 116.6%/-71.1deg) 
 +                PN=Z003959, SN=00418 from 20070319 
 +    Module  3 : XBB19F 2HS 
 +                PN=Z003504, SN=00415 from 20070425 
 + 
 + 
 + 
 +Gradient Controller cable connections 
 +-------------------------------------------------------------------- 
 +GCtrl1: connected via DPP to GREAT 1-10 Gradient Amplifier Unit W1213891/0040 
 + 
 +RF cable connections (assumed) 
 +-------------------------------------------------------------------- 
 +SGU1 NORM output -> input 2 of transmitter 1 (BLA2BB 150/60 20-400 W1345049/1817) 
 +SGU1 AUX  output -> input 1 of transmitter 2 (2HTX in BSMS) 
 +SGU2 NORM output -> input 3 of transmitter 1 (BLA2BB 150/60 20-400 W1345049/1817) 
 +SGU2 AUX  output -> TUNE signal input of HPPR 
 + 
 +Blanking cable connections (assumed) 
 +-------------------------------------------------------------------- 
 +transmitter 1 = BLA2BB 150/60 20-400 W1345049/1817: 
 +- amplifier B-150W uses blanking 1 
 +- amplifier B-60W uses blanking 2 
 + 
 +transmitter 2 = 2HTX in BSMS: 
 +- amplifier 2H-20W uses blanking 3
 </file> </file>
  
Line 595: Line 702:
 </WRAP> </WRAP>
  
-El TopSpin detecta el PICS de la sonda, i es descarrega el paràmetres de configuració i la configura correctament. Però quan comprovo el funcionament de la sintonia automàtica ATMA, trobo que funciona amb un experiment de protó (rpar sr_proto all) i de fósfor amb i sense desacoblament (rpar sr_fosfor[cpd] all), però que no funciona amb carboni. +El TopSpin detecta el PICS de la sonda, i es descarrega el paràmetres de configuració i la configura correctament. Però quan comprovo el funcionament de la sintonia automàtica ATMA, em dona un missatge d'error:
- +
-Amb un experiment de carboni (rpar sr_carboni all) dóna un missatge dona un missatge d'error en pantalla quan, després d'haver sintonitzat la sonda a la posició inicial, crida el wobb per mostrar en pantalla la senyal de sintonia mentre la optimitza:+
  
 <file> <file>
-atma_ProbeCorba_impl::start exception: Error:can't stat the wobble process [NucBB-NUcBB-]+tma Info  
 +atma_ProbeCorba_impl::start exception: NucConf::init Error: can't create probe-obj Probe-MotorBase-Motor: findActiveLimitSwitch cant access Motor-Nr:1 <1H Tune> 
 +(Original message = Atma Info  
 +atma_ProbeCorba_impl::start exception: NucConf::init Error: can't create probe-obj Probe-MotorBase-Motor: findActiveLimitSwitch cant access Motor-Nr:1 <1H Tune>) 
 + 
 +==================================================== 
 +atma_ProbeCorba_impl::start exception: NucConf::init Error: can't create probe-obj Probe-MotorBase-Motor: findActiveLimitSwitch cant access Motor-Nr:1 <1H Tune> 
 + 
 +9 June 2019 20:15:16.721 +0200 
 +Topspin Version  = TopSpin 3.6.1 (of 2018-12-20 14:06:00),build 143 
 +OS Name          = Linux 4.9.0-0.bpo.9-amd64 
 +JVM Version      = 1.8.0_192 (32 bit) Oracle Corporation 
 +JVM Total memory = 244 MB 
 +JVM Free  memory = 80 MB 
 + 
 +java.lang.Exception: Stack trace 
 + at bruker.bio.topspin.bfw.gui.warn.AbstractMessage.getDetailsString(AbstractMessage.java:875) 
 + at bruker.bio.topspin.bfw.gui.warn.AbstractMessage.setMsgSource(AbstractMessage.java:837) 
 + at bruker.bio.topspin.bfw.gui.warn.AbstractMessage.<init>(AbstractMessage.java:821) 
 + at de.bruker.nmr.mfw.base.BWarning.<init>(BWarning.java:102) 
 + at de.bruker.nmr.mfw.base.BError.<init>(BError.java:93) 
 + at de.bruker.nmr.sc.atma.impl.AtmaPanelStart.showAtmaException(AtmaPanelStart.java:2010) 
 + at de.bruker.nmr.sc.atma.impl.AtmaPanelStart.connect(AtmaPanelStart.java:318) 
 + at de.bruker.nmr.sc.atma.impl.AtmaPanelStart.start(AtmaPanelStart.java:176) 
 + at de.bruker.nmr.sc.atma.impl.AtmaPanelStart.atmm(AtmaPanelStart.java:121) 
 + at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) 
 + at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(NativeMethodAccessorImpl.java:62) 
 + at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(DelegatingMethodAccessorImpl.java:43) 
 + at java.lang.reflect.Method.invoke(Method.java:498) 
 + at de.bruker.nmr.mfw.base.CmdThreadImpl.executeMethod(CmdThreadImpl.java:652) 
 + at de.bruker.nmr.mfw.base.CmdThreadImpl.doJmethod(CmdThreadImpl.java:565) 
 + at de.bruker.nmr.mfw.base.CmdThreadImpl.exec(CmdThreadImpl.java:514) 
 + at de.bruker.nmr.mfw.base.CmdThreadImpl.run(CmdThreadImpl.java:494)
 </file> </file>
  
-Aquest missatge es correspon al següent error al fitxer ///opt/topspin3.5pl6/prog/curdir/sermnuab/history//+Aquest missatge es correspon al següent error al fitxer ///opt/topspin3.6.1/prog/curdir/sermnuab/db_xatma_default.log//
  
 <file> <file>
-10:54:39.938   25157    22 W error msg: atma +root@cie-55-31:/opt/topspin3.6.1/prog/curdir/sermnuab# cat db_xatma_default.log  
-    atma_ProbeCorba_impl::start exception: Error:can't start the wobble process [NucBB-NucBB-] +2019-06-09 20:15:10.340 +0200 INFO   DebugBase::DebugBase() depth:10 
-10:56:25.281   25157    22  error ackn: ok +2019-06-09 20:15:10.340 +0200 INFO   DebugBase::DebugBase() depth:10 
-10:56:25.288   25157          cmd term: atma; status=-2 +... 
-10:56:25.288   25157         proc term+2019-06-09 20:15:11.357 +0200 INFO   ProbeCorba::initialize  
 +2019-06-09 20:15:11.357 +0200 INFO   ProbeCorba TopSpin:  3.5 Atma version  5.01 
 +2019-06-09 20:15:11.357 +0200 INFO   ProbeData::initialize 
 +2019-06-09 20:15:11.357 +0200 INFO   ProbeData::check_lock (new client) fd:18 count:2 lock:2 
 +2019-06-09 20:15:11.357 +0200 INFO   ProbeData::initialize Current used Dataset is: /home/sermnuab/data/eva/nmr/test_bor/1/pdata/1/home/sermnuab/data/eva/nmrtest_bor11 
 +2019-06-09 20:15:11.358 +0200 INFO   ProbeData::initialize: pics = new Pics 0 
 +2019-06-09 20:15:12.525 +0200 INFO   ProbeData::initialize pics->readAndUpdatePicsFile() 
 +2019-06-09 20:15:13.419 +0200 INFO   ProbeCorba::getVersion() 
 +2019-06-09 20:15:13.462 +0200 INFO   ProbeCorba::getInfo() 
 +2019-06-09 20:15:13.462 +0200 INFO   ProbeData::getProbeInfo 
 +2019-06-09 20:15:13.462 +0200 INFO   ProbeData::getProbeInfo [Probe information: 
 +Name: PA BBO 400S1 BBF-H-D-05 Z 
 +ID:   Z104450\-182457200 ECL: 2.0 Var: 0.0 
 +ATM Nuclei: 1H BB 
 +Required ATMA-SW Version: 2.1] 
 +2019-06-09 20:15:13.463 +0200 INFO   ProbeData::getBBInfo 
 +2019-06-09 20:15:13.474 +0200 INFO   ProbeData::getBBInfo [BB range: 19F-109Ag 
 +Nuclei: 19F 7Li 31P 117Sn 13C 11B 87Rb 23Na 79Br 113Cd 29Si 127I 77Se 2H 17O 15N 14N 95Mo 109Ag 119Sn 195Pt] 
 +2019-06-09 20:15:13.474 +0200 INFO   ProbeData::getDrivePos 
 +2019-06-09 20:15:13.474 +0200 INFO   ProbeData::getDrivePos [1H Tune  fine: 1 
 +1H Match fine: 2 
 +BB Tune  fine: 9 
 +BB Match fine: 3 
 +BB Tune  coarse 100: 6 
 +BB Tune  coarse 10:  7 
 +BB Tune  coarse 1:   8 
 +BB Match coarse 10:  4 
 +BB Match coarse 1:   5 
 +] 
 +... 
 +2019-06-09 20:15:15.558 +0200 INFO   Probe::updatePicsRef: PICS changed, create backup </opt/topspin3.6.1/conf/instr/probeheads/Z104450_0188.20170529.bb> 
 +... 
 +2019-06-09 20:15:16.047 +0200 INFO   PositionTracker::PositionTracker Nr:4 
 +2019-06-09 20:15:16.047 +0200 INFO   Motor::Motor Nr:4 
 +2019-06-09 20:15:16.047 +0200 INFO   DebugBase::DebugBase() depth:10 
 +2019-06-09 20:15:16.047 +0200 INFO   MotorDrv2: LogMotNr:4 Physik.Nr:3 Dir:0 Imax:388 
 +2019-06-09 20:15:16.047 +0200 INFO   Motor::setMotorName name [BBSlider3] 
 +2019-06-09 20:15:16.047 +0200 INFO   Slider: LogMotNr:4 maxNotch: 9 name [BBSlider3] 
 +2019-06-09 20:15:16.047 +0200 INFO   DebugBase::DebugBase() depth:10 
 +2019-06-09 20:15:16.047 +0200 INFO   DebugBase::DebugBase() depth:10 
 +2019-06-09 20:15:16.047 +0200 INFO   Slider::Slider motorNr=5 
 +2019-06-09 20:15:16.093 +0200 INFO   DebugBase::DebugBase() depth:10 
 +2019-06-09 20:15:16.093 +0200 INFO   DebugBase::DebugBase() depth:10 
 +2019-06-09 20:15:16.093 +0200 INFO   DebugBase::DebugBase() depth:10 
 +2019-06-09 20:15:16.093 +0200 INFO   DebugBase::DebugBase() depth:10 
 +2019-06-09 20:15:16.093 +0200 INFO   PositionTracker::PositionTracker Nr:5 
 +2019-06-09 20:15:16.093 +0200 INFO   Motor::Motor Nr:5 
 +2019-06-09 20:15:16.093 +0200 INFO   DebugBase::DebugBase() depth:10 
 +2019-06-09 20:15:16.093 +0200 INFO   MotorDrv2: LogMotNr:5 Physik.Nr:4 Dir:0 Imax:388 
 +2019-06-09 20:15:16.093 +0200 INFO   Motor::setMotorName name [BBSlider4] 
 +2019-06-09 20:15:16.093 +0200 INFO   Slider: LogMotNr:5 maxNotch: 9 name [BBSlider4] 
 +2019-06-09 20:15:16.094 +0200 INFO   NucleusBb Name<BB> 
 +2019-06-09 20:15:16.094 +0200 INFO   Nucleus::setChannelNumber Nuc [BB] channel 1 
 +2019-06-09 20:15:16.094 +0200 INFO   Nucleus::setChannelOnInnerCoil Nuc:[BB] preSetMove:2 
 +2019-06-09 20:15:16.094 +0200 INFO   Nucleus::setChannelHasSuperHighQ Nuc:[BB] hasSuperHighQ:0 
 +2019-06-09 20:15:16.094 +0200 INFO   Nucleus::setChannelOnOuterCoil Nuc:[1H] preSetMove:2 
 +2019-06-09 20:15:16.094 +0200 INFO   Probe::initAllDrivesOnProbe 
 +2019-06-09 20:15:16.094 +0200 INFO   MotorBase::doInitDrivesIfReset 
 +2019-06-09 20:15:16.132 +0200 INFO   MotorDrv2::MotorMove: Name[1H Tune] posTime:-1 PosMode:0 iLimit:36 iMax:36 hwImax:-1 
 +2019-06-09 20:15:16.511 +0200 INFO   writeToAtma failed! Cannot get type of cover module: 
 +error in command 'ZP' sent to probe via HPPR/2: 
 +Error 100 in CAPH: I2C error: I2C device did not respond  
 +2019-06-09 20:15:16.716 +0200 INFO   setAtmaRegister failed! Cannot get type of cover module: 
 +error in command 'ZW' sent to probe via HPPR/2: 
 +Error 100 in CAPH: I2C error: I2C device did not respond  
 +2019-06-09 20:15:16.717 +0200 INFO   Motor: findActiveLimitSwitch cant access Motor-Nr:1 <1H Tune> 
 +2019-06-09 20:15:16.717 +0200 INFO   MotorBase-Motor: findActiveLimitSwitch cant access Motor-Nr:1 <1H Tune> 
 +2019-06-09 20:15:16.717 +0200 INFO   Probe-MotorBase-Motor: findActiveLimitSwitch cant access Motor-Nr:1 <1H Tune> 
 +2019-06-09 20:15:16.717 +0200 INFO   ProbeCorba::unlock() 
 +2019-06-09 20:15:16.717 +0200 INFO   ProbeData::unlock 
 +2019-06-09 20:15:16.717 +0200 INFO   ProbeData::unlock Unlock AtmaServer 18 
 +2019-06-09 20:15:16.717 +0200 INFO   ProbeData::unlock Unlocked AtmaServer -1 
 +2019-06-09 20:15:16.717 +0200 INFO   ProbeCorba::start exception [NucConf::init Error: can't create probe-obj Probe-MotorBase-Motor: findActiveLimitSwitch cant access Motor-Nr:1 <1H Tune>] 
 +2019-06-09 20:15:16.858 +0200 INFO   ProbeCorba::unlock() 
 +2019-06-09 20:15:16.858 +0200 INFO   ProbeData::unlock 
 +2019-06-09 20:15:16.858 +0200 INFO   ProbeData::unlock Unlock AtmaServer -1 2 2
 </file> </file>
  
Line 697: Line 909:
  
 ===== Configuració dels paràmetres del client i sistema ===== ===== Configuració dels paràmetres del client i sistema =====
- 
-<WRAP todo 100%> 
-Comprovar i/o completar les dades 
-</WRAP> 
  
 Un cop completada la configuració del TopSpin amb la comanda ''cf'', a la finestra de //Additional Setups - Important// executo la comanda ''Edcstm'' per entrar la informació sobre el sistema i el client: Un cop completada la configuració del TopSpin amb la comanda ''cf'', a la finestra de //Additional Setups - Important// executo la comanda ''Edcstm'' per entrar la informació sobre el sistema i el client:
informatica/hp_xw4400_400sb_topspin361.1559957094.txt.gz · Last modified: 2019/06/08 03:24 by miquel

Page Tools

Donate Powered by PHP Valid HTML5 Valid CSS Driven by DokuWiki