Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

--- informatica:hp_xw4400_400sb_topspin361 [2019/06/09 19:19]
miquel [Configuració amb "cf"]
+++ informatica:hp_xw4400_400sb_topspin361 [2021/08/25 11:33] (current)
miquel [Configuració dels paràmetres del client i sistema]
@@ Line 1: / Line 1: @@
 ====== Instal·lació del Topsin 3.6.1 ======
+S'instal·la la darrera versió disponible per consoles AvanceIII: Topspin 3.6.1
 <WRAP todo>
@@ Line 5: / Line 7: @@
   * :ok: actualitzar el sistema operatiu Debian GNU/Linux
   * :ok: instal·lar i configurar el TopSpin 3.6.1
-  * :warn: recuperar els //parameter sets// a partir d'una còpia antiga i de l'av3-600
+  * :ok: còpia automàtica dels //parameter sets// de TopSpin 3.5.pl6 a 3.6.1
-  * :warn: comprovar el CORTAB
+  * :ok: comprovar el CORTAB
-    * no està disponible per tots els nuclis
+  * :ok: definir els valors de referència de durada i potència dels pulsos (''edprosol'')
-    * caldrà recalibrar de nou els que manquen
+  * :ok: No ha calgut fer res perquè no ha canviat: exportar la carpeta de dades al servidor de dades i fer-la accessible a través del servidor de ftp.
-  * :warn: definir els valors de referència de durada i potència dels pulsos (''edprosol'')
+  * :fail: exportar les carpetes de llistes (pulse programs, etc.) al servidor de dades i fer-les accessibles a través del servidor de ftp.
-    * tasca feta pels nuclis més habituals
-  * :warn: convertir els //parameter sets// de PL/SP a PLW/SPW
-    * tasca feta pels //parameter sets// més habituals. Per la resta cal executar ''getprosol'' després de carregar un //parameter set// amb ''rpar''
-  * :ok: exportar les carpetes de dades i de llistes (pulse programs, etc.) al servidor de dades i fer-les accessibles a través del servidor de ftp.
   * :fail: optimar l'homogeneïtat: ''topshim 3d'' i després ''topshim''
-  * :fail: comprovar la sintonia del canal BB pels nuclis més habituals, i, si cal, corregir els valors per defecte de Tuning & Matching.
+  * :ok: comprovar la sintonia del canal BB pels nuclis més habituals, i, si cal, corregir els valors per defecte de Tuning & Matching.
-  * ...
-  * ...
 </WRAP>
-S'instal·la la darrera versió disponible per consoles AvanceIII: Topspin 3.6.1
@@ Line 554: / Line 549: @@
 <WRAP tip>
-Aquesta comanda permet comprovar si tots els executables del tipus "ELF 32-bit" d'un directori troben les biblioteques que necessiten:
+Aquest script permet comprovar si tots els executables del tipus "ELF 32-bit" d'un directori troben les biblioteques que necessiten:
-<file>
+<code bash ldd-vrfy.sh>
-for FILE in `file * | grep "ELF 32-bit" | awk -F: '{ print $1 }' `; \
+for FILE in `file * | grep "ELF 32-bit" | awk -F: '{ print $1 }' `
-do echo $FILE; \
+do
-ldd $FILE | grep "not found" | grep "so.[0-9]"; \
+    echo $FILE
+    ldd $FILE | grep "not found" | grep "so.[0-9]"
 done
-</file>
+</code>
 </WRAP>
@@ Line 706: / Line 702: @@
 </WRAP>
-El TopSpin detecta el PICS de la sonda, i es descarrega el paràmetres de configuració i la configura correctament. Però quan comprovo el funcionament de la sintonia automàtica ATMA, trobo que funciona amb un experiment de protó (rpar sr_proto all) i de fósfor amb i sense desacoblament (rpar sr_fosfor[cpd] all), però que no funciona amb carboni.
+El TopSpin detecta el PICS de la sonda, i es descarrega el paràmetres de configuració i la configura correctament. Però quan comprovo el funcionament de la sintonia automàtica ATMA, em dona un missatge d'error:
-Amb un experiment de carboni (rpar sr_carboni all) dóna un missatge dona un missatge d'error en pantalla quan, després d'haver sintonitzat la sonda a la posició inicial, crida el wobb per mostrar en pantalla la senyal de sintonia mentre la optimitza:
 <file>
-atma_ProbeCorba_impl::start exception: Error:can't stat the wobble process [NucBB-NUcBB-]
+tma Info
+atma_ProbeCorba_impl::start exception: NucConf::init Error: can't create probe-obj Probe-MotorBase-Motor: findActiveLimitSwitch cant access Motor-Nr:1 <1H Tune>
+(Original message = Atma Info
+atma_ProbeCorba_impl::start exception: NucConf::init Error: can't create probe-obj Probe-MotorBase-Motor: findActiveLimitSwitch cant access Motor-Nr:1 <1H Tune>)
+====================================================
+atma_ProbeCorba_impl::start exception: NucConf::init Error: can't create probe-obj Probe-MotorBase-Motor: findActiveLimitSwitch cant access Motor-Nr:1 <1H Tune>
+June 2019 20:15:16.721 +0200
+Topspin Version  = TopSpin 3.6.1 (of 2018-12-20 14:06:00),build 143
+OS Name          = Linux 4.9.0-0.bpo.9-amd64
+JVM Version      = 1.8.0_192 (32 bit) Oracle Corporation
+JVM Total memory = 244 MB
+JVM Free  memory = 80 MB
+java.lang.Exception: Stack trace
+	at bruker.bio.topspin.bfw.gui.warn.AbstractMessage.getDetailsString(AbstractMessage.java:875)
+	at bruker.bio.topspin.bfw.gui.warn.AbstractMessage.setMsgSource(AbstractMessage.java:837)
+	at bruker.bio.topspin.bfw.gui.warn.AbstractMessage.<init>(AbstractMessage.java:821)
+	at de.bruker.nmr.mfw.base.BWarning.<init>(BWarning.java:102)
+	at de.bruker.nmr.mfw.base.BError.<init>(BError.java:93)
+	at de.bruker.nmr.sc.atma.impl.AtmaPanelStart.showAtmaException(AtmaPanelStart.java:2010)
+	at de.bruker.nmr.sc.atma.impl.AtmaPanelStart.connect(AtmaPanelStart.java:318)
+	at de.bruker.nmr.sc.atma.impl.AtmaPanelStart.start(AtmaPanelStart.java:176)
+	at de.bruker.nmr.sc.atma.impl.AtmaPanelStart.atmm(AtmaPanelStart.java:121)
+	at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method)
+	at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(NativeMethodAccessorImpl.java:62)
+	at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(DelegatingMethodAccessorImpl.java:43)
+	at java.lang.reflect.Method.invoke(Method.java:498)
+	at de.bruker.nmr.mfw.base.CmdThreadImpl.executeMethod(CmdThreadImpl.java:652)
+	at de.bruker.nmr.mfw.base.CmdThreadImpl.doJmethod(CmdThreadImpl.java:565)
+	at de.bruker.nmr.mfw.base.CmdThreadImpl.exec(CmdThreadImpl.java:514)
+	at de.bruker.nmr.mfw.base.CmdThreadImpl.run(CmdThreadImpl.java:494)
 </file>
-Aquest missatge es correspon al següent error al fitxer ///opt/topspin3.5pl6/prog/curdir/sermnuab/history//
+Aquest missatge es correspon al següent error al fitxer ///opt/topspin3.6.1/prog/curdir/sermnuab/db_xatma_default.log//
 <file>
-:54:39.938   25157    22 W error msg: atma
+root@cie-55-31:/opt/topspin3.6.1/prog/curdir/sermnuab# cat db_xatma_default.log
-    atma_ProbeCorba_impl::start exception: Error:can't start the wobble process [NucBB-NucBB-]
+-06-09 20:15:10.340 +0200 INFO   DebugBase::DebugBase() depth:10
-:56:25.281   25157    22  error ackn: ok
+-06-09 20:15:10.340 +0200 INFO   DebugBase::DebugBase() depth:10
-:56:25.288   25157          cmd term: atma; status=-2
+...
-:56:25.288   25157         proc term
+-06-09 20:15:11.357 +0200 INFO   ProbeCorba::initialize
+-06-09 20:15:11.357 +0200 INFO   ProbeCorba TopSpin:  3.5 Atma version  5.01
+-06-09 20:15:11.357 +0200 INFO   ProbeData::initialize
+-06-09 20:15:11.357 +0200 INFO   ProbeData::check_lock (new client) fd:18 count:2 lock:2
+-06-09 20:15:11.357 +0200 INFO   ProbeData::initialize Current used Dataset is: /home/sermnuab/data/eva/nmr/test_bor/1/pdata/1/home/sermnuab/data/eva/nmrtest_bor11
+-06-09 20:15:11.358 +0200 INFO   ProbeData::initialize: pics = new Pics 0
+-06-09 20:15:12.525 +0200 INFO   ProbeData::initialize pics->readAndUpdatePicsFile()
+-06-09 20:15:13.419 +0200 INFO   ProbeCorba::getVersion()
+-06-09 20:15:13.462 +0200 INFO   ProbeCorba::getInfo()
+-06-09 20:15:13.462 +0200 INFO   ProbeData::getProbeInfo
+-06-09 20:15:13.462 +0200 INFO   ProbeData::getProbeInfo [Probe information:
+Name: PA BBO 400S1 BBF-H-D-05 Z
+ID:   Z104450\-182457200 ECL: 2.0 Var: 0.0
+ATM Nuclei: 1H BB
+Required ATMA-SW Version: 2.1]
+-06-09 20:15:13.463 +0200 INFO   ProbeData::getBBInfo
+-06-09 20:15:13.474 +0200 INFO   ProbeData::getBBInfo [BB range: 19F-109Ag
+Nuclei: 19F 7Li 31P 117Sn 13C 11B 87Rb 23Na 79Br 113Cd 29Si 127I 77Se 2H 17O 15N 14N 95Mo 109Ag 119Sn 195Pt]
+-06-09 20:15:13.474 +0200 INFO   ProbeData::getDrivePos
+-06-09 20:15:13.474 +0200 INFO   ProbeData::getDrivePos [1H Tune  fine: 1
+H Match fine: 2
+BB Tune  fine: 9
+BB Match fine: 3
+BB Tune  coarse 100: 6
+BB Tune  coarse 10:  7
+BB Tune  coarse 1:   8
+BB Match coarse 10:  4
+BB Match coarse 1:   5
+]
+...
+-06-09 20:15:15.558 +0200 INFO   Probe::updatePicsRef: PICS changed, create backup </opt/topspin3.6.1/conf/instr/probeheads/Z104450_0188.20170529.bb>
+...
+-06-09 20:15:16.047 +0200 INFO   PositionTracker::PositionTracker Nr:4
+-06-09 20:15:16.047 +0200 INFO   Motor::Motor Nr:4
+-06-09 20:15:16.047 +0200 INFO   DebugBase::DebugBase() depth:10
+-06-09 20:15:16.047 +0200 INFO   MotorDrv2: LogMotNr:4 Physik.Nr:3 Dir:0 Imax:388
+-06-09 20:15:16.047 +0200 INFO   Motor::setMotorName name [BBSlider3]
+-06-09 20:15:16.047 +0200 INFO   Slider: LogMotNr:4 maxNotch: 9 name [BBSlider3]
+-06-09 20:15:16.047 +0200 INFO   DebugBase::DebugBase() depth:10
+-06-09 20:15:16.047 +0200 INFO   DebugBase::DebugBase() depth:10
+-06-09 20:15:16.047 +0200 INFO   Slider::Slider motorNr=5
+-06-09 20:15:16.093 +0200 INFO   DebugBase::DebugBase() depth:10
+-06-09 20:15:16.093 +0200 INFO   DebugBase::DebugBase() depth:10
+-06-09 20:15:16.093 +0200 INFO   DebugBase::DebugBase() depth:10
+-06-09 20:15:16.093 +0200 INFO   DebugBase::DebugBase() depth:10
+-06-09 20:15:16.093 +0200 INFO   PositionTracker::PositionTracker Nr:5
+-06-09 20:15:16.093 +0200 INFO   Motor::Motor Nr:5
+-06-09 20:15:16.093 +0200 INFO   DebugBase::DebugBase() depth:10
+-06-09 20:15:16.093 +0200 INFO   MotorDrv2: LogMotNr:5 Physik.Nr:4 Dir:0 Imax:388
+-06-09 20:15:16.093 +0200 INFO   Motor::setMotorName name [BBSlider4]
+-06-09 20:15:16.093 +0200 INFO   Slider: LogMotNr:5 maxNotch: 9 name [BBSlider4]
+-06-09 20:15:16.094 +0200 INFO   NucleusBb Name<BB>
+-06-09 20:15:16.094 +0200 INFO   Nucleus::setChannelNumber Nuc [BB] channel 1
+-06-09 20:15:16.094 +0200 INFO   Nucleus::setChannelOnInnerCoil Nuc:[BB] preSetMove:2
+-06-09 20:15:16.094 +0200 INFO   Nucleus::setChannelHasSuperHighQ Nuc:[BB] hasSuperHighQ:0
+-06-09 20:15:16.094 +0200 INFO   Nucleus::setChannelOnOuterCoil Nuc:[1H] preSetMove:2
+-06-09 20:15:16.094 +0200 INFO   Probe::initAllDrivesOnProbe
+-06-09 20:15:16.094 +0200 INFO   MotorBase::doInitDrivesIfReset
+-06-09 20:15:16.132 +0200 INFO   MotorDrv2::MotorMove: Name[1H Tune] posTime:-1 PosMode:0 iLimit:36 iMax:36 hwImax:-1
+-06-09 20:15:16.511 +0200 INFO   writeToAtma failed! Cannot get type of cover module:
+error in command 'ZP' sent to probe via HPPR/2:
+Error 100 in CAPH: I2C error: I2C device did not respond
+-06-09 20:15:16.716 +0200 INFO   setAtmaRegister failed! Cannot get type of cover module:
+error in command 'ZW' sent to probe via HPPR/2:
+Error 100 in CAPH: I2C error: I2C device did not respond
+-06-09 20:15:16.717 +0200 INFO   Motor: findActiveLimitSwitch cant access Motor-Nr:1 <1H Tune>
+-06-09 20:15:16.717 +0200 INFO   MotorBase-Motor: findActiveLimitSwitch cant access Motor-Nr:1 <1H Tune>
+-06-09 20:15:16.717 +0200 INFO   Probe-MotorBase-Motor: findActiveLimitSwitch cant access Motor-Nr:1 <1H Tune>
+-06-09 20:15:16.717 +0200 INFO   ProbeCorba::unlock()
+-06-09 20:15:16.717 +0200 INFO   ProbeData::unlock
+-06-09 20:15:16.717 +0200 INFO   ProbeData::unlock Unlock AtmaServer 18
+-06-09 20:15:16.717 +0200 INFO   ProbeData::unlock Unlocked AtmaServer -1
+-06-09 20:15:16.717 +0200 INFO   ProbeCorba::start exception [NucConf::init Error: can't create probe-obj Probe-MotorBase-Motor: findActiveLimitSwitch cant access Motor-Nr:1 <1H Tune>]
+-06-09 20:15:16.858 +0200 INFO   ProbeCorba::unlock()
+-06-09 20:15:16.858 +0200 INFO   ProbeData::unlock
+-06-09 20:15:16.858 +0200 INFO   ProbeData::unlock Unlock AtmaServer -1 2 2
 </file>
@@ Line 808: / Line 909: @@
 ===== Configuració dels paràmetres del client i sistema =====
-<WRAP todo 100%>
-Comprovar i/o completar les dades
-</WRAP>
 Un cop completada la configuració del TopSpin amb la comanda ''cf'', a la finestra de //Additional Setups - Important// executo la comanda ''Edcstm'' per entrar la informació sobre el sistema i el client:

SeRMN Wiki

User Tools

Site Tools

Differences

Page Tools