SeRMN Wiki

User Tools

Site Tools

You are here: sermn_wiki » sermn_wiki » userpages » marta » reserves_future
Trace:
sermn_wiki:userpages:marta:reserves_future

Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

Both sides previous revision Previous revision
Next revision 		Previous revision
sermn_wiki:userpages:marta:reserves_future [2012/02/21 10:18]
miquel [Fitxers per programació d'experiments] 		sermn_wiki:userpages:marta:reserves_future [2012/05/28 15:37] (current)
ferrannp [Petits canvis previstos que anem apuntant (a partir de la versió 1.1.7)]
Line 53: Line 53:
   * Em de pensar com utilitzar el isdefault de la taula usergroups.   * Em de pensar com utilitzar el isdefault de la taula usergroups.
   * Formulari de crear un booking dinàmic (per la selecció de projectes meus o de projectes d'altres).   * Formulari de crear un booking dinàmic (per la selecció de projectes meus o de projectes d'altres).
-  * Preguntar: per què grup Antoni Morros deleted = 1 i en canvi el projecte (com tots els projectes) deleted = 0? +  * Al esborrar un projecte s'ha de poder fer si i només si no depèn de cap usuari, igual passa amb la relació projecte-grup (esborrar un grup si no depèn de cap projecte). 
- +  * A Change Password, per més seguretat, t'hauria de demanar la password actual i comprovar que és correcte.
-===== Cua de rutina - IconNMR ===== +
- +
-Per ara deixo aquí la informació que he recopilat sobre la programació externa d'experiments a l'IconNMR (cua de rutina), +
- +
-==== Per fer ==== +
- +
-  * Decidir quins experiments s'ofereixen a la cua de rutina. Consultar els experiments a les carpetes ''C:\Bruker\TOPSPIN\exp\stan\nmr\par.iconnmr'' i ''C:\Bruker\TOPSPIN\exp\stan\nmr\par.SeRMN'' de l'espectròmetre Avance DPX-250 ROBOT +
-  * Decidir quins paràmetres d'adquisició deixem que pugui modificar l'usuari. Alternativament, es podria definir un catàleg més ampli d'experiments, per exemple, amb diferents //sw//, //ns//, //d1//, etcètera. +
-  * Decidir quins solvents s'ofereixen a la cua de rutina. +
-  * Decidir cóm s'indica si la mostra ja ve preparada per l'usuari o si l'hem de preparar nosaltres. Cal guardar aquesta informació al programa de reserves? +
-  * Decidir cóm s'indica si cal processar i representar els experiments. Cal guardar aquesta informació al programa de reserves? +
-  * Redactar unes notes breus sobre cóm exportar els fitxers i importar-los a l'IconNMR. +
-  * Què fem amb les opcions //SUBMIT// i //NO_SUBMIT//? +
-  * Decidir el títol dels experiments, per exemple: //<data> <hora> - <sample name> \n <experiment> - <solvent> - <parameter set> [(modif)]// on //(modif)// només s'afegeix si s'ha modificat algun valor per defecte de l'experiment (parameter set) triat. +
- +
-==== Fitxers per programació d'experiments  ==== +
- +
-Aquest és un exemple de fitxer per programar experiments a l'IconNMR, +
-<file> +
-# iconnmr external setup file +
-# +
-# dual experiment test file - default parameters modified +
-# +
-USER SeRMN +
-HOLDER 33 +
-NAME ext-set-test-003 +
-SOLVENT aceton +
-# +
-# begin of 1st experiment +
-# +
-EXPNO 1 +
-NO_SUBMIT +
-PARAMETERS sw,20,o1p,0,ns,512 +
-EXPERIMENT teo_proto +
-TITLE ext-set-test-004\n 1D-1H-experiment +
-# +
-# end of 1st experiment +
-# +
-# begin of 2nd experiment +
-# +
-EXPNO 2 +
-NO_SUBMIT +
-PARAMETERS ns,32k +
-EXPERIMENT teo_carboni +
-TITLE ext-set-test-00\n 1D-13C-experiment +
-# +
-# end of 2nd experiment +
-# +
-# end of holder definition +
-END +
-</file> +
- +
-Altres fitxers d'exemple emprats a les proves. <color black/yellow>COMPTE!</color> abans d'importar-los cal substituir les extensions ''.ext'' per ''.001'', ''.002'',... d'acord amb el número al final del nom del fitxer ''-001'', ''-002'',... ) +
-  * {{:sermn_wiki:userpages:marta:iconnmr-external-setup-001.txt|}} +
-  * {{:sermn_wiki:userpages:marta:iconnmr-external-setup-002.txt|}} +
-  * {{:sermn_wiki:userpages:marta:iconnmr-external-setup-003.txt|}} +
-  * {{:sermn_wiki:userpages:marta:iconnmr-external-setup-004.txt|}} +
-  * {{:sermn_wiki:userpages:marta:iconnmr-external-setup-005.txt|}} +
- +
- +
-==== Notes sobre l'ús de fitxers externs per programar experiments  ==== +
- +
-Aquestes són les notes que vaig prendre mentre feia proves amb diferents fitxers. Caldrà tenir-les present a l'hora d'introduir la informació a la base de dades del Bumblebee, i quan es generin els fitxers. +
- +
-  * La importació dels fitxers és gairebé immediata. Tan bon punt es copien a la carpeta ''C:\Bruker\TOPSPIN\prog\tmp'' el programa els importa i mostra a la pantalla de l'IconNMR. +
-  * Els fitxers importats es mouen a la carpeta ''C:\Bruker\TOPSPIN\prog\tmp\save'', de forma que, en cas de necessitat, es podrien recuperar, editar (si calgués), i moure de nou a la carpeta ''C:\Bruker\TOPSPIN\prog\tmp''. +
-  * Després del paràmetre EXPERIMENT només pot anar TITLE, qualsevol altre paràmetre es descarta. Així doncs, cal respectar l'ordre de definició dels paràmetres del fitxer de mostra mostrat indicat més amunt. +
-  * El nom de l'usuari ha de ser exactament un dels definits a l'IconNMR, i les majúscules i minúscules no són equivalents (case sensitive!) +
-  * El nom del solvent ha de ser un dels noms reconeguts pel TopSpin/IconNMR +
-  * Si el nom de la mostra es repeteix encara que sigui en un altre holder, els EXPNO s'incrementaran perquè no coincideixin amb els EXPNO de la mostra d'igual nom en un holder diferent. +
-  * No sé quin és el límit per TITLE, però accepta frases tan llargues com <code>TITLE <data - hora> - ext-set-test-00\n 1D-13C - aceton - teo_carboni (modif)</code> sense problemes. +
-  * Si per error s'assigna el mateix HOLDER i EXPNO a una segona mostra, els experiments es programen al HOLDER indicat, però els EXPNO s'incrementen per no coincidir amb els ja definits. Malauradament, com que només es pot posar una mostra per holder, el que passarà és que a l'IconNMR haurem de moure aquests experiments al holder correcte. +
-  * Si s'envien nous experiments a un holder amb experiments definits, els nous experiments s'afegeixen darrera dels existents, amb l'EXPNO incrementat per respectar els existents. Però si s'afegeix el paràmetre DELETE darrera del paràmetre HOLDER, els experiments existents s'esborraran abans d'afegir els nous, sense tenir en compte l'estat dels experiments (submitted, available, etc.). +
- +
-FIXME  Vaig fer vàries captures de pantalla del programa IconNMR després d'importar diferents fitxers. Aquestes captures il·lustren els errors i problemes que es poden produir. Quan tingui una estona les afegiré i comentaré.+
  
 +  * [[..:marta:cua_rutina |  Cua de Rutina (Mòdul) - IconNMR]]
sermn_wiki/userpages/marta/reserves_future.1329815937.txt.gz · Last modified: 2012/02/21 10:18 by miquel

Page Tools

Donate Powered by PHP Valid HTML5 Valid CSS Driven by DokuWiki