This shows you the differences between two versions of the page.
Both sides previous revision Previous revision Next revision | Previous revision | ||
informatica:hp_xw4400_400sb_topspin35 [2017/05/30 12:55] miquel [Nuclis disponibles amb la sonda 1H-BB/19F BBO+ATMA] |
informatica:hp_xw4400_400sb_topspin35 [2017/06/02 16:12] (current) miquel [Instal·lació del Topsin 3.5 Pl 6] |
||
---|---|---|---|
Line 3: | Line 3: | ||
<WRAP todo> | <WRAP todo> | ||
**2017-05-18 - TREBALL EN MARXA / WORK IN PROGRESS** | **2017-05-18 - TREBALL EN MARXA / WORK IN PROGRESS** | ||
+ | * :ok: instal·lar el sistema operatiu Debian GNU/Linux | ||
+ | * :ok: instal·lar i configurar el TopSpin 3.5 pl 6 | ||
+ | * :ok: recuperar els //parameter sets// a partir d'una còpia antiga i de l' | ||
+ | * :warn: comprovar el CORTAB | ||
+ | * no està disponible per tots els nuclis | ||
+ | * caldrà recalibrar de nou els que manquen | ||
+ | * :warn: definir els valors de referència de durada i potència dels pulsos ('' | ||
+ | * tasca feta pels nuclis més habituals | ||
+ | * :warn: convertir els //parameter sets// de PL/SP a PLW/SPW | ||
+ | * tasca feta pels //parameter sets// més habituals. Per la resta cal executar '' | ||
+ | * :ok: exportar les carpetes de dades i de llistes (pulse programs, etc.) al servidor de dades i fer-les accessibles a través del servidor de ftp. | ||
+ | * :ok: optimar l' | ||
+ | * :ok: comprovar la sintonia del canal BB pels nuclis més habituals, i, si cal, corregir els valors per defecte de Tuning & Matching. | ||
+ | * ... | ||
+ | * ... | ||
</ | </ | ||
- | |||
S' | S' | ||
Line 386: | Line 400: | ||
* :ok: libxmu6 [i386] | * :ok: libxmu6 [i386] | ||
- | < | + | < |
Els missatges " | Els missatges " | ||
</ | </ | ||
Line 546: | Line 560: | ||
==== Sonda BB & ATMA ==== | ==== Sonda BB & ATMA ==== | ||
- | El TopSpin detecta el PICS de la sonda, i es descarrega el paràmetres de configuració i la configura correctament. | + | < |
- | + | **Probe information: | |
- | < | + | * Name: PA BBO 400S1 BBF-H-D-05 Z |
- | ERROR a l' | + | * ID: |
+ | * ATM Nuclei: 1H BB | ||
+ | * Required | ||
+ | **BB Information: | ||
+ | * BB range: 19F-109Ag | ||
</ | </ | ||
- | ATMA funciona amb un experiment de protó (rpar sr_proto all) i de fósfor amb i sense desacoblament (rpar sr_fosfor[cpd] all), però amb un experiment de carboni (rpar sr_carboni all) dóna un missatge d' | + | El TopSpin detecta el PICS de la sonda, i es descarrega el paràmetres de configuració i la configura correctament. Però quan comprovo el funcionament de la sintonia automàtica |
+ | |||
+ | Amb un experiment de carboni (rpar sr_carboni all) dóna un missatge dona un missatge d' | ||
< | < | ||
Line 558: | Line 578: | ||
</ | </ | ||
- | que es correspon | + | Aquest missatge |
< | < | ||
Line 568: | Line 588: | ||
</ | </ | ||
- | Quan premo el botó < | + | Després de comentar-ho amb el servei tècnic de Bruker i de fer diverses comprovacions, |
- | < | + | Un cop resolt el problema, comprovo la sintonia dels següents nuclis i que tinguin definida la seva potència màxima a la sonda: |
- | Atma Info | + | |
- | atma_ProbeCorba_impl::start exception: Error: | + | |
- | (Original message = Atma Info | + | |
- | atma_ProbeCorba_impl:: | + | |
- | ==================================================== | + | ^ Nuclei |
- | atma_ProbeCorba_impl::start exception: Error: | + | | 1H |
+ | | 19F | :ok: | 899.0052 | 99.0321 | 50.00 W | | ||
+ | | 7Li | :ok: | 799.0083 | 99.0232 | 80.00 W | | ||
+ | | 31P | :ok: | 799.0056 | 99.0268 | 80.00 W | | ||
+ | | 117Sn | :ok: | 799.0159 | 99.0235 | 80.00 W | | ||
+ | | 13C | :ok: | 798.0277 | 89.0203 | 100.00 W | | ||
+ | | 11B | :ok: | 798.0122 | 99.0227 | 81.34 W | | ||
+ | | 87Rb | ||
+ | | 23Na | ||
+ | | 79Br | ||
+ | | 113Cd | :ok: | 794.0229 | 99.0022 | 100.00 W | | ||
+ | | 29Si | ||
+ | | 127I | ||
+ | | 77Se | ||
+ | | 2H | ||
+ | | 17O | :ok: | 779.0198 | 87.0118 | 100.00 W | | ||
+ | | 15N | :ok: | 754.0171 | 83.0146 | 120.00 W | | ||
+ | | 14N | :ok: | 682.0179 | 74.0218 | 120.00 W | | ||
+ | | 95Mo | ||
+ | | 109Ag | :ok: | 480.0231 | 46.0233 | 120.00 W | | ||
+ | | 119Sn | :ok: | 326.0092 | 76.0014 | 80.00 W | | ||
- | 24 May 2017 11: | + | <WRAP tip> |
- | Topspin Version | + | Compte! no n'hi ha prou amb que la sonda s'hagi sintonitzat a un nucli per poder-lo detectar. També s' |
- | JVM Version | + | * configurar l'// |
- | JVM Total memory = 342 MB | + | * mesurar el puls de 90° per totes les combinacions |
- | JVM Free memory = 189 MB | + | * entrar al PROSOL els valors dels pulsos |
- | + | </WRAP> | |
- | java.lang.Exception: | + | |
- | at bruker.bio.topspin.bfw.gui.warn.AbstractMessage.getDetailsString(AbstractMessage.java: | + | |
- | at bruker.bio.topspin.bfw.gui.warn.AbstractMessage.setMsgSource(AbstractMessage.java: | + | |
- | at bruker.bio.topspin.bfw.gui.warn.AbstractMessage.<init>(AbstractMessage.java: | + | |
- | at de.bruker.nmr.mfw.base.BWarning.< | + | |
- | at de.bruker.nmr.mfw.base.BError.< | + | |
- | at de.bruker.nmr.sc.atma.AtmaPanelStart.showAtmaException(AtmaPanelStart.java: | + | |
- | at de.bruker.nmr.sc.atma.AtmaPanelStart.connect(AtmaPanelStart.java: | + | |
- | at de.bruker.nmr.sc.atma.AtmaPanelStart.start(AtmaPanelStart.java: | + | |
- | at de.bruker.nmr.sc.atma.AtmaPanelStart.atmm(AtmaPanelStart.java: | + | |
- | at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) | + | |
- | at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(NativeMethodAccessorImpl.java: | + | |
- | at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(DelegatingMethodAccessorImpl.java: | + | |
- | at java.lang.reflect.Method.invoke(Method.java: | + | |
- | at de.bruker.nmr.mfw.base.CmdThreadImpl.doJmethod(CmdThreadImpl.java: | + | |
- | at de.bruker.nmr.mfw.base.CmdThreadImpl.exec(CmdThreadImpl.java: | + | |
- | at de.bruker.nmr.mfw.base.CmdThreadImpl.run(CmdThreadImpl.java: | + | |
- | </file> | + | |
==== Sonda HR-MAS ==== | ==== Sonda HR-MAS ==== | ||
Line 796: | Line 814: | ||
==== Dades de rmn d'una antiga instal·lació ==== | ==== Dades de rmn d'una antiga instal·lació ==== | ||
- | |||
- | <WRAP todo> | ||
- | **WORK-IN-PROGRESS | ||
- | </ | ||
Copio les dades de rmn que hi havia en una còpia de seguretat antiga | Copio les dades de rmn que hi havia en una còpia de seguretat antiga | ||
Line 812: | Line 826: | ||
< | < | ||
- | [root@cie-55-32 etc]# cat / | + | root@cie-55-31:/etc# cat / |
- | # export data folder to SeRMN data server | + | # /etc/exports: the access control list for filesystems which may be exported |
- | /home/sermnuab/ | + | # to NFS clients. See exports(5). |
+ | # | ||
+ | # Example for NFSv2 and NFSv3: | ||
+ | # / | ||
+ | # | ||
+ | # Example for NFSv4: | ||
+ | # / | ||
+ | # / | ||
# | # | ||
- | # export lists folder to SeRMN data server | ||
- | / | ||
- | [...] | ||
- | data/ | ||
- | 13 100% 0.02kB/ | ||
- | Number of files: 1,245,348 (reg: 1,048,377, dir: 196,971) | + | # SERMN - EXPORTED FOLDERS |
- | Number of created files: 1,245,348 (reg: 1,048,377, dir: 196,971) | + | |
- | Number of deleted files: 0 | + | # Export data folder to SeRMN data server |
- | Number of regular files transferred: | + | / |
- | Total file size: 85, | + | |
- | Total transferred file size: 85, | + | |
- | Literal | + | |
- | Matched | + | |
- | File list size: 4,915,041 | + | |
- | File list generation time: 0.001 seconds | + | |
- | File list transfer time: 0.000 seconds | + | |
- | Total bytes sent: 85,909,762,834 | + | |
- | Total bytes received: 21,195,209 | + | |
- | sent 85,909,762,834 bytes received 21,195,209 bytes 23, | + | # Export TopSpin 3.5 pl6 lists folder to SeRMN data server |
- | total size is 85,823,932, | + | / |
+ | |||
+ | # DO NOT MAKE CHANGES BELOW THIS LINE | ||
+ | /usr/ | ||
+ | / | ||
</ | </ | ||
Line 843: | Line 854: | ||
< | < | ||
- | [root@cie-55-32 etc]# /usr/sbin/exportfs -av | + | root@cie-55-31:/etc# exportfs -av |
- | exporting sermnserver.sermn.net:/opt/topspin3.2/exp/stan/nmr/lists | + | exportfs: / |
+ | _usr". | ||
+ | Assuming default behaviour (' | ||
+ | NOTE: this default has changed since nfs-utils version 1.0.x | ||
+ | |||
+ | exportfs: /etc/exports [8]: Neither ' | ||
+ | ients/spect" | ||
+ | Assuming default behaviour (' | ||
+ | NOTE: this default has changed since nfs-utils version 1.0.x | ||
exporting spect:/ | exporting spect:/ | ||
exporting spect:/ | exporting spect:/ | ||
- | exporting | + | exporting sermn.uab.es:/ |
- | + | exporting | |
- | root@cie-55-32:/ | + | |
- | / | + | |
- | sermnserver.sermn.net(ro, | + | |
- | / | + | |
- | | + | |
- | /usr/diskless/dl_usr | + | |
- | spect(ro, | + | |
- | / | + | |
- | spect(rw, | + | |
</ | </ | ||
Line 883: | Line 894: | ||
| 13C | :ok: | :ok: | :ok: | :ok: | | | 13C | :ok: | :ok: | :ok: | :ok: | | ||
| 31P | :ok: | :ok: | :ok: | :ok: | | | 31P | :ok: | :ok: | :ok: | :ok: | | ||
+ | | 19F | :ok: | :ok: | :ok: | :ok: | | ||
+ | | 2H | :ok: | :ok: | :ok: | :ok: | | ||