SeRMN Wiki

User Tools

Site Tools

You are here: sermn_wiki » informatica » hp_z400_600_topspin21
Trace:
informatica:hp_z400_600_topspin21

Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

Both sides previous revision Previous revision
Next revision 		Previous revision
Next revision Both sides next revision
informatica:hp_z400_600_topspin21 [2013/02/13 16:50]
miquel [Problemes de compilació - Compilació de poptau i paropt] 		informatica:hp_z400_600_topspin21 [2013/02/13 17:38]
miquel [Problemes de compilació - Compilació de poptau i paropt]
Line 213: Line 213:
 </file> </file>
  
-P+Per altra banda, el programa //paropt// també dóna un error semblant de //segmentation fault// quan s'executa i quan se li aplica la comanda ''ldd -r''. Això podria servir per identificar el problema.
  
-<file> +Una cerca de ''compile*'' a la //Knowledge Database// de Bruker proporciona una possible pista, 
-# readelf -d ./poptau +  * item 9577 - workaround - TOPSPIN - 1.3.10 - non-critical - CentOS5 TopSpin 1.3pl10 cannot compile AU programs under CentOS 5. Proporciona una nova versió del programa //makeau,// derivada de la versió distribuïda amb el TS-3.x, i esmenta que, si el directori d'instal·lació del Topspin no és ///opt/topspin//, cal modificar la primera línia del programa //makeau//
- +
-Dynamic section at offset 0xf014 contains 36 entries: +
-  Tag        Type                         Name/Value +
- 0x00000001 (NEEDED)                     Shared library: [auliba.so] +
- 0x00000001 (NEEDED)                     Shared library: [aulibp.so] +
- 0x00000001 (NEEDED)                     Shared library: [chparmod.so] +
- 0x00000001 (NEEDED)                     Shared library: [librrs.so] +
- 0x00000001 (NEEDED)                     Shared library: [liblrs.so] +
- 0x00000001 (NEEDED)                     Shared library: [editpar.so] +
- 0x00000001 (NEEDED)                     Shared library: [libacq.so] +
- 0x00000001 (NEEDED)                     Shared library: [util.so] +
- 0x00000001 (NEEDED)                     Shared library: [uni.so] +
- 0x00000001 (NEEDED)                     Shared library: [par.so] +
- 0x00000001 (NEEDED)                     Shared library: [libPath.so] +
- 0x00000001 (NEEDED)                     Shared library: [libcb.so] +
- 0x00000001 (NEEDED)                     Shared library: [libdl.so.2] +
- 0x00000001 (NEEDED)                     Shared library: [libstdc++.so.6] +
- 0x00000001 (NEEDED)                     Shared library: [libm.so.6] +
- 0x00000001 (NEEDED)                     Shared library: [libgcc_s.so.1] +
- 0x00000001 (NEEDED)                     Shared library: [libc.so.6] +
- 0x0000000c (INIT)                       0x8048db8 +
- 0x0000000d (FINI)                       0x8055974 +
- 0x00000004 (HASH)                       0x8048148 +
- 0x00000005 (STRTAB)                     0x8048798 +
- 0x00000006 (SYMTAB)                     0x8048368 +
- 0x0000000a (STRSZ)                      834 (bytes) +
- 0x0000000b (SYMENT)                     16 (bytes) +
- 0x00000015 (DEBUG)                      0x0 +
- 0x00000003 (PLTGOT)                     0x8057164 +
- 0x00000002 (PLTRELSZ)                   448 (bytes) +
- 0x00000014 (PLTREL)                     REL +
- 0x00000017 (JMPREL)                     0x8048bf8 +
- 0x00000011 (REL)                        0x8048be0 +
- 0x00000012 (RELSZ)                      24 (bytes) +
- 0x00000013 (RELENT)                     8 (bytes) +
- 0x6ffffffe (VERNEED)                    0x8048b60 +
- 0x6fffffff (VERNEEDNUM)                 2 +
- 0x6ffffff0 (VERSYM)                     0x8048ada +
- 0x00000000 (NULL)                       0x0 +
-</file> +
- +
-Un problema semblant apareix amb el programa //paropt// +
- +
-Una cerca de ''compile*'' a la //Knowledge Database// de Bruker proporciona certes pistes, +
-  * item 9577 - workaround - TOPSPIN - 1.3.10 - non-critical - CentOS5 TopSpin 1.3pl10 cannot compile AU programs under CentOS 5. Proporciona una nova versió del programa //makeau,// derivada de la versió distribuïda amb el TS-3.x, i esmenta que, si el directori d'instal·lació del Topspin no és ///opt/topspin//, cal modificar la primera línia del programa //makeau//. **La primera línia al fitxer //makeau// és correcte.** +
-  * ... +
-  * ...+
  
 +que, en el nostre cas, no és la causa, ja que la primera línia al fitxer //makeau// és correcte.
  
 Al fitxer //opt/topspin2.1/topspin// que s'executa per configurar l'entorn de treball del Topspin i posar en marxa tots els programes i serveis requerits per executar el Topspin, ''LD_LIBRARY_PATH'' està definida com Al fitxer //opt/topspin2.1/topspin// que s'executa per configurar l'entorn de treball del Topspin i posar en marxa tots els programes i serveis requerits per executar el Topspin, ''LD_LIBRARY_PATH'' està definida com
Line 278: Line 232:
 </file> </file>
  
-és a dir, en el cas de Topspin ''LD_LIBRARY_PATH'' es defineix com la carpeta ///opt/topspin2.1/prog/shlib// on es troben totes les biblioteques, +és a dir, en el cas de Topspin ''LD_LIBRARY_PATH'' es defineix com la carpeta ///opt/topspin2.1/prog/shlib// on es troben totes les biblioteques que les comandes ''ldd'' de més amunt indicaven que els programes AU compilats no troben,
 <file> <file>
 # ls -F  # ls -F 
Line 300: Line 253:
 </file> </file>
  
 +**Potser la solució passi per emprar i/o adaptar el fitxer ''makeau'' del TS-3x al TS-2x, o fer servir el ''makeau'' de l'item #9577. Però abans de provar-ho comparo els fitxers ''makeau'' del TS-2x, TS-3x, i de l'item #9577, i trobo que potser seria convenient afegir ''-m32'' a les següents definicions per LINUX de les opcions del compilador, tal i com s'ha fet als fitxers de les versions posteriors i adaptada,
 +
 +<file>
 +#
 +# basic cc- options
 +#
 +%ccopt =(
 +   'LINUX' => ' -g -m32 -w' . $v_gcc,
 +   'Windows_GCC' => ' -g -w' . $v_gcc,
 +   'Windows_NT' => ' /nologo /MD /w',
 +   );
 +
 +%erropt =(
 +   'LINUX' => '-g -m32 -pedantic-errors -Wall',
 +   'Windows_GCC' => '-g -pedantic-errors -Wall',
 +   'Windows_NT' => '',
 +   );
 +
 +%warnopt =(
 +   'LINUX' => '-g -m32 -pedantic -Wall',
 +   'Windows_GCC' => '-g -pedantic -Wall',
 +   'Windows_NT' => '-W3',
 +   );
 +##
 +</file>
 +
 +Per altra banda, no estic segur de si caldria afegir aquesta definició que surt al ''makeau'' del TS-3x,
 +
 +<file>
 +my @alwaysSharedLibs = qw
 +    (
 +     libxerces-c
 +    );
 +</file>
 +
 +però que a la versió de l'itej #9577 surt com,
 +
 +<file>
 +my @alwaysSharedLibs = ();
 +</file>
 +
 +en tot cas, caldria tenir present que la variable definida al TS-2x seria ''@alwaysSharedLibs''.
  
  
informatica/hp_z400_600_topspin21.txt · Last modified: 2020/07/09 12:51 by miquel

Page Tools

Donate Powered by PHP Valid HTML5 Valid CSS Driven by DokuWiki