SeRMN Wiki

User Tools

Site Tools

You are here: sermn_wiki » informatica » hp_xw4400_400sb_topspin31
Trace: • hp_xw4400_400sb • hp_z400_600_centos7_3 • hp_600_g3_pd_sff_pau • hp_600_g3_pd_mt_teo • hp_z400_600_centos7_2
informatica:hp_xw4400_400sb_topspin31

Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

Both sides previous revision Previous revision
Next revision 		Previous revision
informatica:hp_xw4400_400sb_topspin31 [2014/06/26 11:34]
miquel [Problemes amb 'cf'] 		informatica:hp_xw4400_400sb_topspin31 [2020/07/09 13:05] (current)
miquel
Line 1: Line 1:
 ====== Instal·lació del Topspin 3.1 ====== ====== Instal·lació del Topspin 3.1 ======
  
-<WRAP center round info 60%>+<WRAP info>
 El procés d'instal·lació del Topspin 3.1 ja està descrit amb detall per l'estació de treball HP Z400 de l'espectròmetre AvanceII+ 600 a [[informatica:hp_z400_600_topspin31 | Instal·lació del Topspin 3.1]]. Així doncs, aquestes instruccions seran molt més simples i esquemàtiques. El procés d'instal·lació del Topspin 3.1 ja està descrit amb detall per l'estació de treball HP Z400 de l'espectròmetre AvanceII+ 600 a [[informatica:hp_z400_600_topspin31 | Instal·lació del Topspin 3.1]]. Així doncs, aquestes instruccions seran molt més simples i esquemàtiques.
 </WRAP> </WRAP>
Line 15: Line 15:
   * Data processing, acquisition and automation   * Data processing, acquisition and automation
 i li dic que afegeixi el directori d'instal·lació del TopSpin al PATH. i li dic que afegeixi el directori d'instal·lació del TopSpin al PATH.
- 
  
 ===== Creació d'usuaris ===== ===== Creació d'usuaris =====
  
 El programa d'instal·lació dóna un error un cop creat l'usuari //nmrsu//. Diu que no pot connectar-se a cap gestor de sessions, però comprovo que el compte d'usuari de //nmrsu// s'ha creat correctament. :warn: Aquest error es pot ignorar sense problemes, però s'hauria d'actualitzar el script d'instal·lació per evitar que sortís. El programa d'instal·lació dóna un error un cop creat l'usuari //nmrsu//. Diu que no pot connectar-se a cap gestor de sessions, però comprovo que el compte d'usuari de //nmrsu// s'ha creat correctament. :warn: Aquest error es pot ignorar sense problemes, però s'hauria d'actualitzar el script d'instal·lació per evitar que sortís.
- 
  
 ===== Linux Firewall ===== ===== Linux Firewall =====
Line 28: Line 26:
 /opt/Bruker/mics/setfirewall.sh install /opt/Bruker/mics/setfirewall.sh install
 </code> </code>
- 
  
 ===== Instal·lació ===== ===== Instal·lació =====
Line 931: Line 928:
 ====== Adreces IP dels mòduls de la consola ====== ====== Adreces IP dels mòduls de la consola ======
  
-<WRAP center round important 60%>+<WRAP important>
 Aquestes adreces només donen accés als mòduls de la consola si es visiten des de l'ordinador de l'espectròmetre. Des de qualsevol altre ordinador, en la major part dels casos no porten enlloc (són adreces de xarxa local) o a altres ordinadors/dispositius que no tenen res a veure amb els indicats aquí. Aquestes adreces només donen accés als mòduls de la consola si es visiten des de l'ordinador de l'espectròmetre. Des de qualsevol altre ordinador, en la major part dels casos no porten enlloc (són adreces de xarxa local) o a altres ordinadors/dispositius que no tenen res a veure amb els indicats aquí.
 </WRAP> </WRAP>
Line 944: Line 941:
 Cada cop que s'executa la comanda ''cf'', surten en pantalla uns missatges d'avís per indicar que el programa no ha pogut crear uns enllaços (//hardlinks//) necessaris pel funcionament del Topspin i que caldrà crear-los a mà. Per exemple, Cada cop que s'executa la comanda ''cf'', surten en pantalla uns missatges d'avís per indicar que el programa no ha pogut crear uns enllaços (//hardlinks//) necessaris pel funcionament del Topspin i que caldrà crear-los a mà. Per exemple,
  
-<code>+<file>
 hconfserver hconfserver
  
Line 956: Line 953:
 link must be done manually with link must be done manually with
   ln /opt/topspin3.1/prog/wobble/pp_birds /opt/topspin3.1/prog/wobble/pulsprog_X   ln /opt/topspin3.1/prog/wobble/pp_birds /opt/topspin3.1/prog/wobble/pulsprog_X
-</code>+</file>
  
 Per resoldre provisionalment el problema, Per resoldre provisionalment el problema,
Line 962: Line 959:
   * he configurat el sistema perquè l'usuari //sermnuab// pugui executar aquest //script// amb els permisos necessaris.   * he configurat el sistema perquè l'usuari //sermnuab// pugui executar aquest //script// amb els permisos necessaris.
  
-<WRAP center round tip 60%> +Així doncs, després d'executar la comanda 'cf' al Topspin, 
-**Després d'executar la comanda 'cf' al Topspin,**+ 
 +<WRAP tip>
   * obre una finestra per comandes, i   * obre una finestra per comandes, i
   * escriu la següent ordre:\\ ''sudo /home/sermnuab/bin/fix_topspin31.sh''   * escriu la següent ordre:\\ ''sudo /home/sermnuab/bin/fix_topspin31.sh''
 </WRAP> </WRAP>
  
 +el resultat de la comanda hauria de ser semblant a,
  
 +<file>
 +sermnuab@cie-55-31:~$ sudo /home/sermnuab/bin/fix_topspin31.sh 
  
 +creating file '/opt/topspin3.1/prog/wobble/pulsprog_X'
 +`/opt/topspin3.1/prog/wobble/pulsprog_X' => `/opt/topspin3.1/prog/wobble/pp_birds'
 +442373 -rw-rw-r-- 2 nmrsu nmrsu 686 Oct  5  2012 /opt/topspin3.1/prog/wobble/pp_birds
 +442373 -rw-rw-r-- 2 nmrsu nmrsu 686 Oct  5  2012 /opt/topspin3.1/prog/wobble/pulsprog_X
 +
 +creating file '/opt/topspin3.1/prog/mod/go'
 +`/opt/topspin3.1/prog/mod/go' => `/opt/topspin3.1/prog/mod/go4'
 +368896 -rwxr-xr-x 2 nmrsu nmrsu 3927964 Oct  5  2012 /opt/topspin3.1/prog/mod/go
 +368896 -rwxr-xr-x 2 nmrsu nmrsu 3927964 Oct  5  2012 /opt/topspin3.1/prog/mod/go4
 +
 +creating file '/opt/topspin3.1/prog/mod/acq_control'
 +`/opt/topspin3.1/prog/mod/acq_control' => `/opt/topspin3.1/prog/mod/go4'
 +368896 -rwxr-xr-x 3 nmrsu nmrsu 3927964 Oct  5  2012 /opt/topspin3.1/prog/mod/acq_control
 +368896 -rwxr-xr-x 3 nmrsu nmrsu 3927964 Oct  5  2012 /opt/topspin3.1/prog/mod/go4
 +
 +creating file '/opt/topspin3.1/prog/mod/shimcntl'
 +`/home/sermnuab/bin/shimcntl' -> `/opt/topspin3.1/prog/mod/shimcntl'
 +368675 -rwxr-xr-x 1 nmrsu nmrsu 2988748 Jun 26 11:46 /opt/topspin3.1/prog/mod/shimcntl
 +</file>
 +
 +Pels més curiosos, aquest és el contingut del script,
 +
 +<code>
 +#!/bin/sh
 +#******************************************************************
 +#
 +# Copyright (c) 2014
 +# SeRMN, Universitat Autonoma de Barcelona
 +#
 +#******************************************************************
 +# DESCRIPTION
 +#
 +# When TopSpin 3.x runs on a Debian GNU/Linux, the 'cf' command
 +# fails to create several hard links needed to run the software,
 +# and to (re)create the program 'shimcntl'.
 +# 
 +# To fix this problem,
 +# 1. run 'cf' and ignore all warnings and errors about not
 +#    being able to create hardlinks.
 +# 2. run this script. It requires root permissions to create, hence,
 +#     this script upon running the 'cf' command.
 +#
 +#******************************************************************
 +
 +echo ""
 +
 +# link pulsprog_X to pp_birds
 +echo "creating file '/opt/topspin3.1/prog/wobble/pulsprog_X'"
 +ln -fv /opt/topspin3.1/prog/wobble/pp_birds /opt/topspin3.1/prog/wobble/pulsprog_X
 +ls -li /opt/topspin3.1/prog/wobble/pp_birds /opt/topspin3.1/prog/wobble/pulsprog_X 
 +echo ""
 +
 +# link go to go4
 +echo "creating file '/opt/topspin3.1/prog/mod/go'"
 +ln -fv /opt/topspin3.1/prog/mod/go4 /opt/topspin3.1/prog/mod/go
 +ls -li /opt/topspin3.1/prog/mod/go /opt/topspin3.1/prog/mod/go4
 +echo ""
 +
 +# link acq_control to go4
 +# 
 +# NOTE: apparently, this link is only required on the AvanceIII-600.
 +# Remove or comment out these lines on the AvanceIII-400sb.
 +#
 +echo "creating file '/opt/topspin3.1/prog/mod/acq_control'"
 +ln -fv /opt/topspin3.1/prog/mod/go4 /opt/topspin3.1/prog/mod/acq_control
 +ls -li /opt/topspin3.1/prog/mod/go4  /opt/topspin3.1/prog/mod/acq_control
 +echo ""
 +
 +# copy shimcntl to /opt/topspin3.1/prog/mod/
 +echo "creating file '/opt/topspin3.1/prog/mod/shimcntl'"
 +cp -fv /home/sermnuab/bin/shimcntl /opt/topspin3.1/prog/mod/
 +chown nmrsu:nmrsu /opt/topspin3.1/prog/mod/shimcntl
 +chmod 755 /opt/topspin3.1/prog/mod/shimcntl
 +ls -li /opt/topspin3.1/prog/mod/shimcntl
 +echo ""
 +</code>
 +
 +i aquesta la línia on es configura el programa ''sudo'' perquè //sermnuab// pugui executar aquest //script// amb permisos de superusuari (o //root//).
 +
 +<file>
 +# Allow sermnuab to fix some problems related to running Topspin 'cf' command.
 +sermnuab  ALL=(root) NOPASSWD: /home/sermnuab/bin/fix_topspin31.sh
 +</file>
  
  
  
  
informatica/hp_xw4400_400sb_topspin31.1403775245.txt.gz · Last modified: 2014/06/26 11:34 by miquel

Page Tools

Donate Powered by PHP Valid HTML5 Valid CSS Driven by DokuWiki