This shows you the differences between two versions of the page.
| Both sides previous revision Previous revision Next revision | Previous revision | ||
|
informatica:hp_xw4400_400wb_topspin31 [2015/08/13 14:53] miquel [CORTAB - Amplifier Correction Tables] |
informatica:hp_xw4400_400wb_topspin31 [2020/07/09 13:01] (current) miquel |
||
|---|---|---|---|
| Line 1: | Line 1: | ||
| ====== Instal·lació de Topspin 3.2 ====== | ====== Instal·lació de Topspin 3.2 ====== | ||
| - | < | + | <WRAP info> |
| El procés d' | El procés d' | ||
| </ | </ | ||
| - | |||
| ===== Preparació de CentOS ===== | ===== Preparació de CentOS ===== | ||
| Line 13: | Line 12: | ||
| The recommended way to install the required TopSpin runtime environment for CentOS-5.x86_64 is: | The recommended way to install the required TopSpin runtime environment for CentOS-5.x86_64 is: | ||
| - | <code bash> | + | <file> |
| rpm --import ftp:// | rpm --import ftp:// | ||
| wget ftp:// | wget ftp:// | ||
| yum localinstall bruker-addon-latest.x86_64.rpm | yum localinstall bruker-addon-latest.x86_64.rpm | ||
| - | </code> | + | </file> |
| This will automatically install the configuration and GPG keys that are required for safely installing Bruker AddOn packages. | This will automatically install the configuration and GPG keys that are required for safely installing Bruker AddOn packages. | ||
| Line 25: | Line 24: | ||
| For **Processing Workstation: | For **Processing Workstation: | ||
| - | <code bash> | + | <file> |
| yum install --enablerepo=bruker | yum install --enablerepo=bruker | ||
| - | </code> | + | </file> |
| and for **Aquisition: | and for **Aquisition: | ||
| - | <code bash> | + | <file> |
| yum install --enablerepo=bruker | yum install --enablerepo=bruker | ||
| - | </code> | + | </file> |
| without the version stamp and you will get always the latest version. | without the version stamp and you will get always the latest version. | ||
| Line 41: | Line 40: | ||
| A full list you get with | A full list you get with | ||
| - | <code bash> | + | <file> |
| rpm --requires -qp ' | rpm --requires -qp ' | ||
| - | </code> | + | </file> |
| The bruker-acquisition-environ dependencies: | The bruker-acquisition-environ dependencies: | ||
| - | <code bash> | + | <file> |
| rpm --requires -qp ftp:// | rpm --requires -qp ftp:// | ||
| Line 61: | Line 60: | ||
| tftp-server | tftp-server | ||
| xinetd | xinetd | ||
| - | </code> | + | </file> |
| All mentioned libraries may add more dependencies during installation | All mentioned libraries may add more dependencies during installation | ||
| Line 72: | Line 71: | ||
| Copio el contingut del DVD d' | Copio el contingut del DVD d' | ||
| - | <code bash> | + | <file> |
| [sermnadmin@cie-55-32 Topspin-3.2]$ md5sum TopSpin-3.2.3.iso | [sermnadmin@cie-55-32 Topspin-3.2]$ md5sum TopSpin-3.2.3.iso | ||
| 796d08c62e14cbbc58c43d20992b0b89 | 796d08c62e14cbbc58c43d20992b0b89 | ||
| - | </code> | + | </file> |
| A continuació munto el fitxer ISO ((Instruccions a http:// | A continuació munto el fitxer ISO ((Instruccions a http:// | ||
| - | <code> | + | <file> |
| $ sudo mkdir /mnt/iso | $ sudo mkdir /mnt/iso | ||
| [sudo] password for sermnadmin: | [sudo] password for sermnadmin: | ||
| Line 85: | Line 84: | ||
| / | / | ||
| 3.8G 3.8G 0 100% /mnt/iso | 3.8G 3.8G 0 100% /mnt/iso | ||
| - | </code> | + | </file> |
| Llavors executo el programa '' | Llavors executo el programa '' | ||
| Line 105: | Line 104: | ||
| Surt un missatge d' | Surt un missatge d' | ||
| - | <code> | + | <file> |
| /bin/sh / | /bin/sh / | ||
| - | </code> | + | </file> |
| Line 198: | Line 197: | ||
| Abans de tancar-se, el programa d' | Abans de tancar-se, el programa d' | ||
| - | <note tip> | + | <WRAP tip> |
| The environment has been changed for the programs MICS and TopSpin | The environment has been changed for the programs MICS and TopSpin | ||
| Please close existing windows or logout and login again before you launch the program. | Please close existing windows or logout and login again before you launch the program. | ||
| - | </note> | + | </WRAP> |
| Line 1205: | Line 1204: | ||
| * :fail: fitxers copiats | * :fail: fitxers copiats | ||
| - | <note> | + | <WRAP important> |
| **He arribat fins aquí** Tasques pendents: | **He arribat fins aquí** Tasques pendents: | ||
| * completar la transferència de fitxers de configuració | * completar la transferència de fitxers de configuració | ||
| Line 1211: | Line 1210: | ||
| * transferir els fitxers de prosol i importar-los al nou TopSpin 3.2 | * transferir els fitxers de prosol i importar-los al nou TopSpin 3.2 | ||
| * ... | * ... | ||
| - | </note> | + | </WRAP> |
| Line 1237: | Line 1236: | ||
| </ | </ | ||
| - | <note important> | + | <WRAP important> |
| + | Caldrà comprovar si funcionen directament, | ||
| + | </WRAP> | ||
| - | ===== Fitxers | + | ===== PROSOL |
| - | Transfereixo els fitxers PROSOL del TopSpin 2.1.x de l' | + | Transfereixo els fitxers PROSOL del TopSpin 2.1.x de l' |
| - | Després, importo els valors amb l' | + | Després, |
| - | <file> | + | <WRAP important> |
| - | 90 degree pulse import for | + | Caldrà comprovar perquè no s' |
| - | / | + | </WRAP> |
| - | / | + | |
| - | / | + | |
| - | / | + | |
| - | / | + | |
| - | / | + | |
| - | / | + | |
| - | / | + | |
| - | / | + | |
| - | / | + | |
| - | / | + | |
| - | / | + | |
| - | / | + | |
| - | / | + | |
| - | / | + | |
| - | + | ||
| - | Get more information about failed imports by typing " | + | |
| - | Please check the succeeded imports experimentally! | + | |
| - | The customized import from within edprosol provides more chances. | + | |
| - | </file> | + | |
| + | Provisionalment defineixo el puls dur de 90 graus amb els següents paràmetres: | ||
| + | * P90: 5.5 us | ||
| + | * PL90: 0.0 | ||
| ===== Fitxers gp/user, par/user, pp/user, ... ===== | ===== Fitxers gp/user, par/user, pp/user, ... ===== | ||
| - | Transfereixo els fitxers que hi ha a les carpetes: | + | Transfereixo |
| - | * < | + | * :ok: < |
| - | * < | + | * :ok: < |
| - | * < | + | * :ok: < |
| - | * < | + | * :ok: < |
| - | * < | + | * :ok: < |
| - | * < | + | * :ok: < |
| - | * < | + | * :ok: < |
| - | + | * :ok: < | |
| - | FIXME cal comprovar els fitxers creats pels usuaris fora de la carpeta //user// i copiar-los dins la carpeta si no hi són o si són més nous. | + | |
| ===== Fitxers au/src/user ===== | ===== Fitxers au/src/user ===== | ||
| - | Transfereixo els fitxers que hi ha a la carpeta: | + | No hi ha cap fitxer AU a la carpeta: |
| * < | * < | ||
| - | FIXME cal comprovar els fitxers creats pels usuaris fora de la carpeta //user// i copiar-los dins la carpeta si no hi són o si són més nous. | ||
| - | ===== Carpeta ~/ | ||
| - | Transfereixo la carpeta /// | + | ===== Afegir sermnadmin al grup 'nmrsu' ===== |
| - | FIXME Consultar si val la pena copiar el contingut. | + | Afegeixo l' |
| - | ===== Darrers problemes | + | ===== Exportació de la carpeta de dades ===== |
| - | ==== Permisos dins la carpeta ~topspin/prog/mod ==== | + | <WRAP important> |
| + | Actualitzar | ||
| + | </ | ||
| - | Per tal que la comanda ' | + | Exporto |
| - | <code> | + | <file> |
| - | chmod 775 * | + | [root@cie-55-32 etc]# cat / |
| - | chmod 664 *i | + | # export data folder to SeRMN data server |
| - | chmod u+s xwish3 | + | / |
| - | chown root:root xwish3 | + | # |
| - | </code> | + | # export lists folder to SeRMN data server |
| + | /opt/ | ||
| - | :warn: Compte! comprova el propietari | + | # DO NOT MAKE CHANGES BELOW THIS LINE |
| + | |||
| + | / | ||
| + | / | ||
| + | </ | ||
| + | |||
| + | Tot seguit exporto les carpetes i comprovo que estiguin disponibles | ||
| < | < | ||
| - | root@cie-55-31:/ | + | [root@cie-55-32 etc]# / |
| - | -rw-rw-r-- 1 nmrsu nmrsu 1308 Feb 12 2012 ecu.i | + | exporting sermnserver.sermn.net:/ |
| - | -rw-rw-r-- 1 nmrsu nmrsu 1308 Feb 12 2012 gcu2.i | + | exporting spect:/ |
| - | -rw-rw-r-- 1 nmrsu nmrsu 1308 Feb 12 2012 gcu3.i | + | exporting spect:/ |
| - | -rw-rw-r-- 1 nmrsu nmrsu 1308 Feb 12 2012 gcu.i | + | exporting sermnserver.sermn.net:/ |
| - | -rw-rw-r-- 1 nmrsu nmrsu 1308 Feb 12 2012 rcu.i | + | |
| - | -rw-rw-r-- 1 nmrsu nmrsu 1308 Feb 12 2012 tcu3.i | + | |
| - | root@cie-55-31:/ | + | [root@cie-55-32 etc]# / |
| - | -rwsrwxr-x 1 root root | + | / |
| + | | ||
| + | / | ||
| + | spect(rw, | ||
| + | / | ||
| + | spect(ro, | ||
| + | / | ||
| + | sermnserver.sermn.net(ro, | ||
| </ | </ | ||
| - | ==== Afegir sermnadmin | + | Quan provo a muntar |
| - | Afegeixo l' | + | < |
| + | sermnserver: | ||
| + | rpcinfo: can't contact portmapper: RPC: Remote system error - No route to host | ||
| + | </file> | ||
| - | ==== L'amplificador de gradients no funciona ==== | + | Una consulta ràpida a Google m'indica que el problema està a la configuració del //firewall// del CentOS, i que cal obrir els ports 111 (udp i tcp), 861 (udp) i 864 (tcp). Per fer-ho afegeixo les línies |
| - | + | ||
| - | L' | + | |
| < | < | ||
| - | Subject: Re: Error quan faig CF amb Topspin-3 al 600 i 400sb | + | -A RH-Firewall-1-INPUT -p udp -m udp --dport 111 -j ACCEPT |
| - | Date: 2014-02-19 15:06 | + | -A RH-Firewall-1-INPUT -p tcp -m tcp --dport 111 -j ACCEPT |
| - | From: Óscar Benítez < | + | -A RH-Firewall-1-INPUT -p udp -m udp --dport 861 -j ACCEPT |
| - | To: Miquel Cabanas | + | -A RH-Firewall-1-INPUT -p tcp -m tcp --dport 864 -j ACCEPT |
| + | </file> | ||
| - | Mira el parametre GRADRES del fitxer /opt/Topspin3.x/conf/instr/spect/uxnmr.par | + | al fitxer /// |
| - | Hauria de ser 5. Si no ho és canvia'l. | + | < |
| + | sermnserver:/ | ||
| + | mount.nfs: timeout set for Tue Aug 18 16:16:55 2015 | ||
| + | mount.nfs: trying text-based options | ||
| + | mount.nfs: mount(2): Operation not permitted | ||
| + | mount.nfs: trying text-based options ' | ||
| + | mount.nfs: prog 100003, trying vers=3, prot=6 | ||
| + | mount.nfs: trying 192.168.2.14 prog 100003 vers 3 prot TCP port 2049 | ||
| + | mount.nfs: prog 100005, trying vers=3, prot=17 | ||
| + | mount.nfs: trying 192.168.2.14 prog 100005 vers 3 prot UDP port 861 | ||
| - | Oscar Benítez Castells | + | sermnserver:/ |
| - | NMR Service Engineer | + | total 96 |
| + | drwxrwxrwx 3 503 503 4096 Apr 18 2006 accept | ||
| + | drwxr-xr-x 3 503 503 4096 Jun 7 2006 albert | ||
| + | drwxrwxrwx 2 503 503 4096 Oct 3 2008 final | ||
| + | drwxrwxrwx 3 503 503 4096 Mar 29 2004 guest | ||
| + | drwxr-xr-x 3 503 503 4096 Jan 29 2007 miquel | ||
| + | drwxr-xr-x 3 503 503 4096 May 26 2006 miriam | ||
| + | drwxr-xr-x 3 503 503 4096 Apr 13 2006 nmrsu | ||
| + | drwxr-xr-x 4 503 503 4096 May 25 2010 pau | ||
| + | drwxr-xr-x 3 503 503 4096 Sep 14 2007 sergi | ||
| + | drwxr-xr-x 3 503 503 4096 May 23 2006 silvia | ||
| + | drwxr-xr-x 3 503 503 4096 May 18 2006 teo | ||
| + | drwxr-xr-x 3 503 503 4096 Dec 5 2006 usuaris | ||
| </ | </ | ||
| - | |||
| - | Comprovo que el valor actual no és el correcte, el modifico i l' | ||
| ===== Adreces IP dels mòduls de la consola ===== | ===== Adreces IP dels mòduls de la consola ===== | ||
| - | < | + | <WRAP important> |
| Aquestes adreces només donen accés als mòduls de la consola si es visiten des de l' | Aquestes adreces només donen accés als mòduls de la consola si es visiten des de l' | ||
| </ | </ | ||
| * [[http:// | * [[http:// | ||
| + | |||
| + | ===== 2016-01-28 - Cortab dels nuclis ===== | ||
| + | |||
| + | Es fa la calibració (Cortab) dels següents nuclis: | ||
| + | * 1H, 2H, 6Li, 7Li, 11B, 13C, 15N, 19F | ||
| + | * 23Na, 27Al, 29Si, 31P, 39K, 67Zn, 71Ga, 77Se, 79Br, 87Rb, 95Mo | ||
| + | * 103Rh, 111Cd, 113Cd, 119Sn, 127I, 195Pt, 199Hg, 207Pb. | ||
| + | |||
| + | |||
| + | |||
| + | |||