SeRMN Wiki

User Tools

Site Tools

You are here: sermn_wiki » informatica » hp_z230_400sb_topspin364-post
Trace: • hp_xw4400_400wb • hp_dc5800sff_becari_2 • hp_z400_600_centos7_2 • hp_600_g3_pd_sff_pau • hp_z400_600_centos7_3
informatica:hp_z230_400sb_topspin364-post

Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

Both sides previous revision Previous revision
Next revision 		Previous revision
informatica:hp_z230_400sb_topspin364-post [2021/09/02 10:36]
miquel 		informatica:hp_z230_400sb_topspin364-post [2021/09/08 12:10] (current)
miquel [PENDENT - Error setting parameter "LIFTMODE"]
Line 410: Line 410:
   * muntar la carpeta compartida al servidor de dades i muntar per separar ''current'' i ''archive''.   * muntar la carpeta compartida al servidor de dades i muntar per separar ''current'' i ''archive''.
 </WRAP> </WRAP>
 +
 +==== Exportar les carpetes de dades ====
  
 Afegeixo les següents línies per compartir la carpeta de dades i la carpeta ''~topspin/exp/stan/nmr/list'' amb el servidor de dades, Afegeixo les següents línies per compartir la carpeta de dades i la carpeta ''~topspin/exp/stan/nmr/list'' amb el servidor de dades,
Line 442: Line 444:
                 sermn.uab.cat(sync,wdelay,hide,no_subtree_check,sec=sys,ro,insecure,root_squash,all_squash)                 sermn.uab.cat(sync,wdelay,hide,no_subtree_check,sec=sys,ro,insecure,root_squash,all_squash)
 </file> </file>
 +
 +==== Muntar les carpetes de dades ====
 +
 +Edito el fitxer ''/etc/fstab'' al servidor per actualitzar la informació sobre les carpetes exportades per l'espectròmetre,
 +
 +<file>
 +root@sermnserver:/etc# cat fstab
 +...
 +################################################################################                                                       
 +# 2021-09-01 SPECTROMETER AVAILABLE AFTER COMPUTER UPGRADE                                                                             
 +#                                                                                                                                      
 +# AVANCE III 400SB + HR-MAS                                                                                                            
 +# Spectrometer or computer ... Bruker AVANCE III 400 MHz SB + HR-MAS                                                                   
 +# OS ......................... CentOS GNU/Linux                                                                                        
 +# shared dir (protocol) ...... /opt/nmrdata (nfs)    DATA DIRECTORY                                                                    
 +#                                                                                                                                      
 +# removed rsize/wsize option "rsize=8192,wsize=8192" so that the client uses the values set by the server                              
 +## TEMP OFF - 20210824 - MCE cie-55-31.uab.cat:/home/sermnuab/data   /var/ftp/av3-400-sb     nfs     ro,nosuid,noexec,nodev,soft   0   
 +0                                                                                                                                      
 +## TEMP OFF - 20210824 - MCE cie-55-31.uab.cat:/opt/topspin3.6.1/exp/stan/nmr/lists            /var/ftp/av3-400-sb-ts3-lists   nfs     
 +ro,nosuid,noexec,nodev,soft     0       0                                                                                              
 +                                                                                                                                       
 +cie-54-214.uab.cat:/opt/nmrdata    /var/ftp/av3-400-sb    nfs    ro,nosuid,noexec,nodev,soft    0    0                                   
 +cie-54-214.uab.cat:/opt/topspin3.6.4/exp/stan/nmr/lists    /var/ftp/av3-400-sb-ts3-lists    nfs    ro,nosuid,noexec,nodev,soft    0    0                                                                                                                                  
 +
 +...       
 +</file>
 +
 +Llavors provo a muntar la carpeta, però em dona un error
 +
 +<file>
 +root@sermnserver:/etc# mount -v /var/ftp/av3-400-sb
 +mount.nfs: timeout set for Sat Sep  4 12:18:17 2021
 +mount.nfs: trying text-based options 'soft,vers=4,addr=158.109.54.214,clientaddr=192.168.2.2'
 +mount.nfs: mount(2): No route to host
 +mount.nfs: trying text-based options 'soft,vers=4,addr=158.109.54.214,clientaddr=192.168.2.2'
 +mount.nfs: mount(2): No route to host
 +mount.nfs: trying text-based options 'soft,vers=4,addr=158.109.54.214,clientaddr=192.168.2.2'
 +mount.nfs: mount(2): No route to host
 +^C
 +</file>
 +
 +Comprovo si l'espectròmetre i el seu servidor de NFS són accessibles,
 +
 +<file>
 +root@sermnserver:/etc# ping -c 5 cie-54-214.uab.cat
 +PING cie-54-214.uab.cat (158.109.54.214) 56(84) bytes of data.
 +64 bytes from cie-54-214.uab.es (158.109.54.214): icmp_seq=1 ttl=63 time=0.911 ms
 +64 bytes from cie-54-214.uab.es (158.109.54.214): icmp_seq=2 ttl=63 time=0.790 ms
 +64 bytes from cie-54-214.uab.es (158.109.54.214): icmp_seq=3 ttl=63 time=0.795 ms
 +64 bytes from cie-54-214.uab.es (158.109.54.214): icmp_seq=4 ttl=63 time=0.824 ms
 +64 bytes from cie-54-214.uab.es (158.109.54.214): icmp_seq=5 ttl=63 time=0.856 ms
 +
 +--- cie-54-214.uab.cat ping statistics ---
 +5 packets transmitted, 5 received, 0% packet loss, time 4080ms
 +rtt min/avg/max/mdev = 0.790/0.835/0.911/0.048 ms
 +
 +root@sermnserver:/etc# rpcinfo -p cie-54-214.uab.cat
 +rpcinfo: can't contact portmapper: RPC: Remote system error - No route to host
 +
 +root@sermnserver:/etc# route -n
 +Kernel IP routing table
 +Destination     Gateway         Genmask         Flags Metric Ref    Use Iface
 +0.0.0.0         192.168.2.1     0.0.0.0         UG    0      0        0 eth0
 +0.0.0.0         192.168.2.1     0.0.0.0         UG    1024   0        0 eth1
 +192.168.2.0     0.0.0.0         255.255.255.0   U     0      0        0 eth0
 +192.168.2.0     0.0.0.0         255.255.255.0   U     0      0        0 eth1
 +
 +root@sermnserver:/etc# traceroute cie-54-214.uab.cat
 +traceroute to cie-54-214.uab.cat (158.109.54.214), 30 hops max, 60 byte packets
 + 1  sermn.sermn.net (192.168.2.1)  0.259 ms  0.291 ms  0.454 ms
 + 2  cie-54-214.uab.es (158.109.54.214)  2.026 ms !X  2.059 ms !X  2.090 ms !X
 +</file>
 +
 +i la resposta m'indica que hi ha comunicació entre els dos ordinadors, però que no es pot accedir al servei ''portmapper'' del servidor de NFS, potser perquè la configuració del firewall a l'espectròmetre ho impedeix. L'informe de la comanda ''traceroute'' indica el mateix, pot accedir a l'ordinador i pot mesurar el temps de resposta (per exemple, 2.026 ms), però no pot accedir als ports que fa servir per comprovar l'accés l'ordinador i per això surt ''!X'' a l'informe.
 +
 +Comprovo la configuració del tallafocs a l'espectròmetre,
 +
 +<file>
 +[root@cie-54-214 sermnadmin]# ip -brief addr
 +lo               UNKNOWN        127.0.0.1/8 ::1/128 
 +ens3             UP             149.236.99.1/24 fe80::a236:9fff:fe8f:ab3/64 
 +eno1             UP             158.109.54.214/20 fe80::5265:f3ff:fe3a:125e/64 
 +
 +[root@cie-54-214 sermnadmin]# firewall-cmd --get-active-zones
 +public
 +  interfaces: eno1
 +trusted
 +  interfaces: ens3
 +
 +[root@cie-54-214 sermnadmin]# firewall-cmd --list-services
 +dhcpv6-client ssh
 +</file>
 +
 +i afegeixo els serveis relacionats amb NFS que manquen,
 +
 +<file>
 +[root@cie-54-214 sermnadmin]# firewall-cmd --permanent --zone=public --add-service=mountd
 +success
 +
 +[root@cie-54-214 sermnadmin]# firewall-cmd --permanent --zone=public --add-service=nfs
 +success
 +
 +[root@cie-54-214 sermnadmin]# firewall-cmd --permanent --zone=public --add-service=rpc-bind
 +success
 +
 +[root@cie-54-214 sermnadmin]# firewall-cmd --reload
 +success
 +
 +[root@cie-54-214 sermnadmin]# firewall-cmd --zone=public --list-services                                                                               
 +dhcpv6-client mountd nfs rpc-bind ssh
 +</file>
 +
 +Torno a comprovar si el servidor de dades ja pot accedir al servidor NFS a l'espectròmetre,
 +
 +<file>
 +root@sermnserver:/etc# rpcinfo -p cie-54-214.uab.cat
 +   program vers proto   port  service
 +    100000    4   tcp    111  portmapper
 +    100000    3   tcp    111  portmapper
 +    ...
 +    100003    2   tcp   2049  nfs
 +    100003    3   tcp   2049  nfs
 +    ...
 +    100021    4   tcp  46271  nlockmgr
 +    100026    1   udp    766  bootparam
 +</file>
 +
 +i com que ara té accés, provo a muntar la carpeta de dades i aquest cop funciona, 
 +
 +<file>
 +root@sermnserver:/etc# mount -v /var/ftp/av3-400-sb
 +mount.nfs: timeout set for Sat Sep  4 19:17:13 2021
 +mount.nfs: trying text-based options 'soft,vers=4,addr=158.109.54.214,clientaddr=192.168.2.2'
 +
 +root@sermnserver:/etc# ls -l /var/ftp/av3-400-sb
 +total 0
 +drwxr-xr-x 2 root root 6 Sep  1 12:07 archive
 +drwxr-xr-x 2 root root 6 Sep  1 12:07 current
 +</file>
 +
 +
 +==== Enllaços d'interès ====
 +
 +  * [[https://www.howtoforge.com/nfs-server-and-client-on-centos-7 | NFS Server and Client Installation on CentOS]]
 +  * [[https://serverfault.com/questions/434211/what-does-z-and-x-mean-in-a-traceroute | What does "!Z" and "!X" mean in a traceroute?]]
 +  * [[https://man.cx/traceroute(1) | traceroute − print the route packets take to network host.]] Section # 1 : User command (executable programs or shell commands). Linux Manpages Online - man.cx manual pages
 +  * [[https://man.cx/traceroute(8) | traceroute − print the route packets take to network host.]] Section # 8: System administration commands (usually only for root). Linux Manpages Online - man.cx manual pages
 +  * [[https://access.redhat.com/documentation/en-us/red_hat_enterprise_linux/7/html/security_guide/sec-viewing_current_status_and_settings_of_firewalld | 5.3. Viewing the Current Status and Settings of firewalld Red Hat Enterprise Linux 7.]] Red Hat Customer Portal.
 +  * [[https://access.redhat.com/documentation/en-us/red_hat_enterprise_linux/7/html/security_guide/sec-working_with_zones | 5.7. Working with Zones Red Hat Enterprise Linux 7.]] Red Hat Customer Portal.
 +  * [[https://www.liquidweb.com/kb/find-view-active-zones-in-firewalld-on-centos-7/ | Find (View) Active Zones in Firewalld on CentOS 7.]] Liquid Web.
 +  * [[https://www.thegeekdiary.com/5-useful-examples-of-firewall-cmd-command/ | 5 Useful Examples of firewall-cmd command.]] The Geek Diary.
  
 ===== Configuració del TopSpin ===== ===== Configuració del TopSpin =====
Line 464: Line 618:
  
 Copio el fitxer a ''/home/sermnadmin/.topspin/prop'' perquè tots dos comptes vegin les mateixes carpetes. Copio el fitxer a ''/home/sermnadmin/.topspin/prop'' perquè tots dos comptes vegin les mateixes carpetes.
 +
 +==== PENDENT - Error setting parameter "LIFTMODE" ====
 +
 +<WRAP todo>
 +  * He enviat a Bruker aquest error i estic a l'espera de la seva resposta.
 +  * La resposta és que cal actualitzar el firmware de la placa ELCB.
 +  * Actualitzo el firmware però el missatge d'error no desapareix.
 +  * Envio la nova informacíó amb Bruker.
 +  * La nova resposta és que afecta a tots els equips amb BVT en comptes de BSVT, i que estan treballant en una solució.
 +
 +Sortosament, aquest error no sembla afectar al funcionament del TopSpin.
 +</WRAP>
 +
 +<file>
 +Error setting parameter "LIFTMODE": Parameter does not exist
 +(Original message = Error setting parameter "LIFTMODE": Parameter does not exist)
 +
 +====================================================
 +2 September 2021 10:47:14.947 +0200
 +Topspin Version  = TopSpin 3.6.4 (of 2021-07-26 14:56:34),build 95
 +OS Name          = Linux 3.10.0-1160.25.1.el7.x86_64
 +JVM Version      = 1.8.0_242 (64 bit) AdoptOpenJDK
 +JVM Total memory = 170 MB
 +JVM Free  memory = 128 MB
 +
 +java.lang.Exception: Stack trace
 + at bruker.bio.topspin.bfw.gui.warn.AbstractMessage.getDetailsString(AbstractMessage.java:875)
 + at bruker.bio.topspin.bfw.gui.warn.AbstractMessage.setMsgSource(AbstractMessage.java:837)
 + at bruker.bio.topspin.bfw.gui.warn.AbstractMessage.<init>(AbstractMessage.java:821)
 + at de.bruker.nmr.mfw.base.BWarning.<init>(BWarning.java:59)
 + at de.bruker.nmr.mfw.base.BError.<init>(BError.java:50)
 + at de.bruker.nmr.sc.util.Misc.makeDialog(Misc.java:119)
 + at de.bruker.nmr.sc.util.Misc.showMsg(Misc.java:98)
 + at de.bruker.nmr.sc.util.Misc.showMsg(Misc.java:72)
 + at de.bruker.nmr.sc.util.Misc.showMsg(Misc.java:59)
 + at de.bruker.nmr.sc.bsms.impl.BsmsCorbaUtil$1.run(BsmsCorbaUtil.java:147)
 + at java.lang.Thread.run(Thread.java:748)
 +</file>
 +
 +Segons Bruker, aquest error es resol actualitzant el firmware de la placa ELCBñ. La versió actualment instal·lada és,
 +
 +^ Unit                 ^ Version  ^ Date         ^
 +| ELCB Firmware        |   150423 |  Apr 23 2015 |
 +| Bootloader Firmware  |       CB |  Feb 19 2007 |
 +
 +i a la pàgina "BSMS Service Web - Setup" ho confirma,
 +
 +^  Firmware Status  ^^^^
 +^  Unit Name     ^  Required Firmware         ^  Loaded Firmware           ^  Status                     ^
 +| BSMS/2 ELCB    |  unknown                   |  elcb_firmware_150423.gz   |  <color red>not ok</color>  |
 +| BSMS/2 SCB20   |  scb20_fpga_00-001-00.bit  |  scb20_fpga_00-001-00.bit  |  ok                         |
 +| BSMS/2 SLCB/2  |  slcb_firmware_090206.hex  |  slcb_firmware_090206.hex  |  ok                         |
 +
 +Clico a l'enllaç ''Load new firmware'' i em descarrego la darrera versió disponible ''elcb_firmware_210212.gz
 +'' del [[ftp://ftp.bruker.ch/NMR/download/servtools/firmware/elcb/ | servidor FTP de Bruker,]] i la instal·lo. Un cop finalitzada la instal·ació del nou firmware. torno a comprovar la versió instal·lada,
 +
 +^ Unit                 ^ Version  ^ Date         ^
 +| ELCB Firmware        |   210212 |  Feb 12 2021 |
 +| Bootloader Firmware  |       CB |  Feb 19 2007 |
 +
 +i a la pàgina "BSMS Service Web - Setup" la columna ''Status'' marca que els firmwares de totes les plaques són correctes.
 +
 +Llavors reinicio TopSpin per comprovar si ja no apareix l'error i malauradament **l'error no ha desaparegut.**
 +
 +
  
informatica/hp_z230_400sb_topspin364-post.1630571819.txt.gz · Last modified: 2021/09/02 10:36 by miquel

Page Tools

Donate Powered by PHP Valid HTML5 Valid CSS Driven by DokuWiki