SeRMN Wiki

User Tools

Site Tools

You are here: sermn_wiki » informatica » hp_z230_400sb_topspin364_1
Trace: • hp_z400_600_centos7_2 • hp_6000sff_silvia • hp_z240mt_biospec • hp_z230_400sb • hp_600_g3_pd_mt_teo
informatica:hp_z230_400sb_topspin364_1

Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

Both sides previous revision Previous revision
Next revision 		Previous revision
informatica:hp_z230_400sb_topspin364_1 [2021/08/26 13:34]
miquel [Instal·lació del Topspin 3.6.4] 		informatica:hp_z230_400sb_topspin364_1 [2021/08/26 16:31] (current)
miquel [Fitxers de configuració de les connexions RS232]
Line 110: Line 110:
  
 Per acabar premo el botó <key>Finish</key> i surto del programa d'instal·lació. Per acabar premo el botó <key>Finish</key> i surto del programa d'instal·lació.
 +
 +===== Posada en funcionament del TopSpin 3.6.4 =====
 +
 +Abans de posar en marxa per primer cop aquesta versió del TopSpin, visito l'adreça web de l'IPSO (http://149.236.99.90/) per comprovar que s'hagi reiniciat correctament i que estigui en funcionament.
 +
 +També comprovo l'estat de TFTP i, com que està inactiu, l'engego, però abans el configuro perquè es posi en marxa automàticament (''systemctl enable tftp''),
 +
 +<file>
 +# systemctl status tftp
 +● tftp.service - Tftp Server
 +   Loaded: loaded (/usr/lib/systemd/system/tftp.service; indirect; vendor preset: disabled)
 +   Active: inactive (dead)
 +     Docs: man:in.tftpd
 +
 +# systemctl enable tftp                                                                                                                                    
 +Created symlink from /etc/systemd/system/sockets.target.wants/tftp.socket to /usr/lib/systemd/system/tftp.socket.
 +
 +# systemctl start tftp                                                                                                                                     
 +
 +# systemctl status tftp                                                                                                                                    
 +● tftp.service - Tftp Server
 +   Loaded: loaded (/usr/lib/systemd/system/tftp.service; indirect; vendor preset: disabled)
 +   Active: active (running) since Thu 2021-08-26 16:02:06 CEST; 2s ago
 +     Docs: man:in.tftpd
 + Main PID: 13576 (in.tftpd)
 +   CGroup: /system.slice/tftp.service
 +           └─13576 /usr/sbin/in.tftpd -s /var/lib/tftpboot
 +
 +Aug 26 16:02:06 cie-54-214.uab.cat systemd[1]: Started Tftp Server.
 +</file>
 +
 +==== Copia de la configuració de l'espectròmetre ====
 +
 +Com que no s'ha copiat la configuració de l'espectròmetre a TopSpin 3.6.3 durant la instal·lació de la versió 3.6.4, copio a mà les següents carpetes,
 +
 +  * ''/opt/topspin3.6.3/conf/instr/spect''
 +  * ''/opt/topspin3.6.3/conf/instr/curinst''
 +  * ''/opt/topspin3.6.3/conf/instr/probeheads''
 +  * ''/opt/topspin3.6.3/conf/instr/probehead''
 +
 +dins la carpeta ''/opt/topspin3.6.4/conf/instr/''.
 +
 +==== Posada en marxa del TopSpin ====
 +
 +Poso en marxa per primer cop el TopSpin, detecta la consola, i arrenca amb la "spectrometer service license",
 +
 +<file>
 +$ ./topspin -d
 ++ shift
 ++ test 0 '!=' 0
 ++ StartCpr
 ++ AssertUserIsNotRoot
 +++ whoami
 ++ '[' 1 = 1 -a sermnadmin = root ']'
 ++ ImportJavaEnv
 ++ . /opt/topspin3.6.4/javaenv.sh
 +++ SYSTEM_PROPS='-DsecondVirtualMachine=n -DXWINNMRHOME="/opt/topspin3.6.4" -DCOMPUTERNAME=cie-54-214 -DUSERHOME_DOT_TOPSPIN="/home/sermnadmin/.topspin-cie-54-214" -Duser.language= -Dawt.useSystemAAFontSettings=lcd'
 +++ SYSTEM_PROPS='-DsecondVirtualMachine=n -DXWINNMRHOME="/opt/topspin3.6.4" -DCOMPUTERNAME=cie-54-214 -DUSERHOME_DOT_TOPSPIN="/home/sermnadmin/.topspin-cie-54-214" -Duser.language= -Dawt.useSystemAAFontSettings=lcd -Djava.endorsed.dirs="/opt/topspin3.6.4/classes/lib/jacorb" -DTOPSPIN_COMM_DEBUG=0'
 +++ case $OS in
 +++ ShLibExt=.so
 +++ export JAVA=/opt/topspin3.6.4/jre/bin/java
 +++ JAVA=/opt/topspin3.6.4/jre/bin/java
 ++++ quote /opt/topspin3.6.4/jre/bin/java
 ++++ case "$1" in
 ++++ echo /opt/topspin3.6.4/jre/bin/java
 +++ JAVA=/opt/topspin3.6.4/jre/bin/java
 +++ SYSTEM_PROPS='-DsecondVirtualMachine=n -DXWINNMRHOME="/opt/topspin3.6.4" -DCOMPUTERNAME=cie-54-214 -DUSERHOME_DOT_TOPSPIN="/home/sermnadmin/.topspin-cie-54-214" -Duser.language= -Dawt.useSystemAAFontSettings=lcd -Djava.endorsed.dirs="/opt/topspin3.6.4/classes/lib/jacorb" -DTOPSPIN_COMM_DEBUG=0 -Djava.util.Arrays.useLegacyMergeSort=true'
 +++ MEMORY='-Xms64M -Xmx200M'
 +++ MEMORY='-Xms64M -Xmx200M -XX:+HeapDumpOnOutOfMemoryError'
 +++ test '' = cmca
 +++ SPLASH_OPTIONS=-splash:/opt/topspin3.6.4/classes/prop/loadinggraphic_600.png
 +++ JAR='"/opt/topspin3.6.4/classes/lib/topspin.jar"'
 +++ START_CLASS=bruker.bio.start.topspin.Start
 +++ test '' = ICONIFIED
 +++ VERIFY=-Xverify:none
 +++ test -z ''
 +++ test -z ''
 +++ export 'JAVA_ARGS=-splash:/opt/topspin3.6.4/classes/prop/loadinggraphic_600.png -Xms64M -Xmx200M -XX:+HeapDumpOnOutOfMemoryError   -Xverify:none -DsecondVirtualMachine=n -DXWINNMRHOME="/opt/topspin3.6.4" -DCOMPUTERNAME=cie-54-214 -DUSERHOME_DOT_TOPSPIN="/home/sermnadmin/.topspin-cie-54-214" -Duser.language= -Dawt.useSystemAAFontSettings=lcd -Djava.endorsed.dirs="/opt/topspin3.6.4/classes/lib/jacorb" -DTOPSPIN_COMM_DEBUG=0 -Djava.util.Arrays.useLegacyMergeSort=true -jar "/opt/topspin3.6.4/classes/lib/topspin.jar"'
 +++ JAVA_ARGS='-splash:/opt/topspin3.6.4/classes/prop/loadinggraphic_600.png -Xms64M -Xmx200M -XX:+HeapDumpOnOutOfMemoryError   -Xverify:none -DsecondVirtualMachine=n -DXWINNMRHOME="/opt/topspin3.6.4" -DCOMPUTERNAME=cie-54-214 -DUSERHOME_DOT_TOPSPIN="/home/sermnadmin/.topspin-cie-54-214" -Duser.language= -Dawt.useSystemAAFontSettings=lcd -Djava.endorsed.dirs="/opt/topspin3.6.4/classes/lib/jacorb" -DTOPSPIN_COMM_DEBUG=0 -Djava.util.Arrays.useLegacyMergeSort=true -jar "/opt/topspin3.6.4/classes/lib/topspin.jar"'
 ++ '[' '!' -z '' ']'
 ++ StartProgram /opt/topspin3.6.4/prog/mod/cpr -c demo
 ++ '[' /opt/topspin3.6.4/prog/mod/cpr = topspin ']'
 ++ case "$machine" in
 ++ export LD_LIBRARY_PATH=/opt/topspin3.6.4/prog/shlib
 ++ LD_LIBRARY_PATH=/opt/topspin3.6.4/prog/shlib
 ++ Program=/opt/topspin3.6.4/prog/mod/cpr
 ++ shift
 +++ dirname /opt/topspin3.6.4/prog/mod/cpr
 ++ d=/opt/topspin3.6.4/prog/mod
 ++ '[' /opt/topspin3.6.4/prog/mod = . ']'
 ++ '[' '!' -f /opt/topspin3.6.4/prog/mod/cpr ']'
 ++ '[' '!' -x /opt/topspin3.6.4/prog/mod/cpr ']'
 ++ MyExec /opt/topspin3.6.4/prog/mod/cpr -c demo
 ++ exec /opt/topspin3.6.4/prog/mod/cpr -c demo
 +TopSpin 3.6.4  -  Copyright (C) 2021 Bruker BioSpin GmbH
 +Installation directory: "/opt/topspin3.6.4"
 +Waiting for CodeMeter license
 +
 +2021-08-26 15:57:11.616 +0200
 +Cannot checkout TopSpin CodeMeter license
 +No matching license entry found for feature "TOPSPIN3" mapped to product code 1011013000 .
 +CmContainer Entry not found, Error 200.
 +
 +CodeMeter Runtime Version: 7.10.4196
 +empty CodeMeter Server Search List Configuration
 +
 +      If your workstation controls the spectrometer,
 +      you may run the program without license.
 +      This requires the acquisition server to be ready.
 +
 +checking connection to spectrometer (may last several minutes)
 +CPR : 2021-08-26 15:57:13.104 +0200 
 +      TopSpin is currently running under
 +      the spectrometer service license.
 +      Please apply to receive a correct
 +      license for your workstation
 +      using the online license form:
 +      https://www.bruker.com/nmr_license_requests.html
 +</file>
 +
 +===== Configuració de l'espectròmetre =====
 +
 +Un cop es posa en marxa el TopSpin, s'obre una finestra on posa que cal executar ''cf'' i després ''expinstall'' per completar la instal·lació.
 +
 +Executo ''cf'' i trio la configuració d'espectròmetre importada **Avance III 400 (configured in spect)**, la carrega i vaig passant pàgines alhora que comprovo que no surti cap missatge d'error.
 +
 +  * Spectrometer Description
 +    * Description:  Avance III 400 MHz SB - SeRMN, UAB
 +  * Spectrometer Data
 +    * 1H Spectrometer frequency:  400.130 MHz
 +  * Security Options
 +    * Enable power check:  yes (option checked)
 +  * Optional Standard Devices
 +    * MAS2 control unit: connected to: tty05
 +    * Eurotherm VTU: device connected to: tty04
 +
 +I només surt un error
 +
 +<WRAP alert>
 +<file>
 +Error setting parameter "LIFTMODE": Parameter does not exist
 +(Original message = Error setting parameter "LIFTMODE": Parameter does not exist)
 +
 +====================================================
 +26 August 2021 16:17:50.630 +0200
 +Topspin Version  = TopSpin 3.6.4 (of 2021-07-26 14:56:34),build 95
 +OS Name          = Linux 3.10.0-1160.25.1.el7.x86_64
 +JVM Version      = 1.8.0_242 (64 bit) AdoptOpenJDK
 +JVM Total memory = 236 MB
 +JVM Free  memory = 142 MB
 +
 +java.lang.Exception: Stack trace
 + at bruker.bio.topspin.bfw.gui.warn.AbstractMessage.getDetailsString(AbstractMessage.java:875)
 + at bruker.bio.topspin.bfw.gui.warn.AbstractMessage.setMsgSource(AbstractMessage.java:837)
 + at bruker.bio.topspin.bfw.gui.warn.AbstractMessage.<init>(AbstractMessage.java:821)
 + at de.bruker.nmr.mfw.base.BWarning.<init>(BWarning.java:59)
 + at de.bruker.nmr.mfw.base.BError.<init>(BError.java:50)
 + at de.bruker.nmr.sc.util.Misc.makeDialog(Misc.java:119)
 + at de.bruker.nmr.sc.util.Misc.showMsg(Misc.java:98)
 + at de.bruker.nmr.sc.util.Misc.showMsg(Misc.java:72)
 + at de.bruker.nmr.sc.util.Misc.showMsg(Misc.java:59)
 + at de.bruker.nmr.sc.bsms.impl.BsmsCorbaUtil$1.run(BsmsCorbaUtil.java:147)
 + at java.lang.Thread.run(Thread.java:748)
 +</file>
 +</WRAP>
 +
 +==== Fitxer "uxnmr.info" ====
 +
 +<file>
 +# cat uxnmr.info 
 +CONFIGURATION INFORMATION
 +=========================
 +
 +Path         : /opt/topspin3.6.4/conf/instr/spect/uxnmr.info
 +Date         : Thu Aug 26 16:17:50 2021
 +Release      : TopSpin 3.6.4
 +Installed in : /opt/topspin3.6.4
 +Host         : cie-54-214.uab.cat
 +OS           : CentOS Linux release 7.9.2009 (Core)
 +CPU          : Intel(R) Xeon(R) CPU E3-1246 v3 @ 3.50GHz (8 cores at 3500 MHz with Hyperthreading)
 +User         : sermnadmin (SeRMN Staff)
 +System       : Avance III 400 NMR spectrometer
 +1H-frequency : 400.13 MHz
 +Description  : Avance III 400 MHz SB - SeRMN, UAB
 +Bruker Order : Instal·lat al 1993
 +Configured in: cie-54-214.uab.cat:/opt/topspin3.6.4/conf/instr/spect
 +
 +IPSO: connected to spectrometer subnet
 +- TCP/IP address = 149.236.99.90
 + - IPSO type: AQS
 +- Tctrl : 1
 +- Fctrls: 2
 +- Gctrl1: with digital preemphasis
 +- Rctrl : 1
 +- FREDs : none
 +- DPP : 1
 +
 +DRU1: AQS DRU Z100977/00582 ECL 04.00
 +- TCP/IP address = 149.236.99.89
 +- Firmware Version = 170619
 +- DRU1 controls AQS-Rack and HPPR/2
 +
 +AQS: connected to 149.236.99.89:/dev/tty10
 +  _Slot_ SBSB _____________________Board_____________________
 +  Number Addr Type HW-VS FW-VS ID  ECL Name   Description
 +  -----------------------------------------------------------
 +     2   0x10 0x72   0x3    AW  R  3.0 REC-1  AQS RXAD400 Z102116/705 ECL 03.00
 +     3   0x34  0x2   0x1        X  5.0 REF-1  REF-400 Reference Board for AQS Receiver
 +     4   0x24 0x11   0x8    AE  S  2.0 SGU-1  AQS SGU/2 400 Z103080/00351 ECL 02.00 FPGA-Vs=AF
 +     5   0x25 0x11   0x8    AE  S  2.0 SGU-2  AQS SGU/2 400 Z103080/00340 ECL 02.00 FPGA-Vs=AF
 +     9   0x36  0x5     0        A  6.0 BLA-1  BLA2BB 150/60 20-400 W1345049/1817 ECL 6
 +    21   0x21 0xcf     0        P  1.0 PSD-1  PSD/3 Power Supply Distribution Board
 +    --   0x20 0xd1     0        B  2.0 MASTER AQS/3 Chassis
 +     1   0x20  0x7     0        B      MASTER AQS Rack Master
 +  Logical Receiver/SGU configuration:
 +
 +Router: 1 AQS-Minirouter
 +
 +Amplifiers (AQS configuration):
 +  RO  Amplifier  Module  Nucleus  Power/W  Switchbox Name PN/SN/FW
 +   1      1         1        B      150    N         BLA2BB 150/60 20-400 W1345049/1817/-
 +   2      1         2        B       60    N         BLA2BB 150/60 20-400 W1345049/1817/-
 +   3      2         1       2H       20    N         2HTX in BSMS -/-/-
 +
 +Gradient amplifiers at the spectrometer subnet:
 +----------------------------------------------
 +BGA1: BGA_W1213891_0040
 +- TCP/IP address   = 149.236.99.92
 +- Firmware version = 20080206
 +- Web version      = 1.1
 +- Current limits   = 0.0/X, 0.0/Y, -10.0/Z (in A)
 +
 +BSMS: BSMS/2 connected to ethernet
 +- TCP/IP address = 149.236.99.20
 +- ELCB firmware version = 20150423
 +- SCB channels = 20
 +- Shim System = BOSS1-SB
 +- 2HTX Amplifier: available
 +- Lock: installed
 +
 +MAS2 control unit: connected to 149.236.99.90:/dev/tty05
 +- Boot Software        : 20031216
 +- Application Software : 20120329
 +- Insert Time          : 10 s
 +- Eject Time           : 10 s
 +- Spin Lock Tolerance  : 5 Hz
 +
 +Eurotherm VTU: device connected to 149.236.99.90:/dev/tty04
 +
 +Preamplifiers :
 +HPPR2: - HPPR/2 preamplifier connected to 149.236.99.89:/dev/tty10
 +    Type      : HPPR/2
 +    Controller: Cover/1 with Application firmware = AQ
 +                15 LEDs for tuning, 15 LEDs for matching
 +    Module  1 : 1H/2H 1H (virtual 50 Ohm reference: 274.9%/85.9deg)
 +                PN=Z003959, SN=00418 from 20070319
 +    Module  2 : 1H/2H 2H (virtual 50 Ohm reference: 116.6%/-71.1deg)
 +                PN=Z003959, SN=00418 from 20070319
 +    Module  3 : XBB19F 2HS
 +                PN=Z003504, SN=00415 from 20070425
 +
 +Gradient Controller cable connections
 +--------------------------------------------------------------------
 +GCtrl1: connected via DPP to GREAT 1-10 Gradient Amplifier Unit W1213891/0040
 +
 +RF cable connections (assumed)
 +--------------------------------------------------------------------
 +SGU1 NORM output -> input 2 of transmitter 1 (BLA2BB 150/60 20-400 W1345049/1817)
 +SGU1 AUX  output -> input 1 of transmitter 2 (2HTX in BSMS)
 +SGU2 NORM output -> input 3 of transmitter 1 (BLA2BB 150/60 20-400 W1345049/1817)
 +SGU2 AUX  output -> TUNE signal input of HPPR
 +
 +Blanking cable connections (assumed)
 +--------------------------------------------------------------------
 +transmitter 1 = BLA2BB 150/60 20-400 W1345049/1817:
 +- amplifier B-150W uses blanking 1
 +- amplifier B-60W uses blanking 2
 +
 +transmitter 2 = 2HTX in BSMS:
 +- amplifier 2H-20W uses blanking 3
 +</file>
 +
 +==== Fitxers de configuració de les connexions RS232 ====
 +
 +La configuració de les connexions per port sèrie (RS232) és la mateixa que a la versió 3.6.3 perquè he copiat els fitxers de configuració,
 +
 +  * ''~topspin/conf/instr/spect/rs232_device/aqs''
 +  * ''~topspin/conf/instr/spect/rs232_device/mas''
 +  * ''~topspin/conf/instr/spect/rs232_device/mas2''
 +  * ''~topspin/conf/instr/spect/rs232_device/preamp1''
 +  * ''~topspin/conf/instr/spect/rs232_device/temp''
 +
 +
informatica/hp_z230_400sb_topspin364_1.1629977676.txt.gz · Last modified: 2021/08/26 13:34 by miquel

Page Tools

Donate Powered by PHP Valid HTML5 Valid CSS Driven by DokuWiki