SeRMN Wiki

User Tools

Site Tools

You are here: sermn_wiki » informatica » hp_z400_600_topspin363_1
Trace: • hp_z230_400sb_topspin364_2 • hp_z400_600_topspin363_1
informatica:hp_z400_600_topspin363_1

Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

Next revision 		Previous revision
informatica:hp_z400_600_topspin363_1 [2021/08/19 12:24]
miquel created 		informatica:hp_z400_600_topspin363_1 [2021/08/19 16:09] (current)
miquel [Configuració de l'espectròmetre]
Line 1: Line 1:
 ====== Avance III 600 MHz - Instal·lació del Topspin 3.6.3 ====== ====== Avance III 600 MHz - Instal·lació del Topspin 3.6.3 ======
 +
 +===== Instal·lació del Topspin 3.6.3 =====
  
 Instal·lo el TopSpin 3.6.3 a partir del fitxer d'instal·lació descarregat al maig i que es va fer servir per instal·lar el programa a l'antic disc dur. Instal·lo el TopSpin 3.6.3 a partir del fitxer d'instal·lació descarregat al maig i que es va fer servir per instal·lar el programa a l'antic disc dur.
Line 41: Line 43:
   * NMR-Data: ''/opt/topspin3.6.3/examdata''   * NMR-Data: ''/opt/topspin3.6.3/examdata''
  
-<WRAP alert> +Defineixo ''enp55s9'' com la connexió de xarxa a l'espectròmetre, i dic que es configuri el tallafocs. 
-Caldrà comprovar aquests instruccions i completar-les si cal. + 
-</WRAP>+A continuació comença el procés d'instal·lació de fitxers: 
 + 
 +  * extracció dels fitxers de distribució comprimits, 
 +  * còpia de les carpetes i fitxers a la carpeta del TopSpin, etc. 
 + 
 +Es nota que el disc dur és d'estat sòlid (SSD) i que és molt més ràpid que un disc tradicional perquè en pocs minuts s'acaba la instal·lació i surt en pantalla el missatge "Installation finished with the following results", i es mostra que s'han instal·lat tots els components del programa. 
 + 
 +Per acabar premo el botó <key>Finish</key> i surto del programa d'instal·lació. 
 + 
 +===== Posada en funcionament del TopSpin 3.6.3 ===== 
 + 
 +Poso en marxa el TopSpin per primer cop, i no detecta la consola, 
 + 
 +<file> 
 +TopSpin 3.6.3  -  Copyright (C) 2021 Bruker BioSpin GmbH 
 +Installation directory: "/opt/topspin3.6.3" 
 +Waiting for CodeMeter license 
 + 
 +2021-08-11 12:57:11.846 +0200 
 +Cannot checkout TopSpin CodeMeter license 
 +No matching license entry found for feature "TOPSPIN3" mapped to product code 1011013000 . 
 +CmContainer Entry not found, Error 200. 
 + 
 +CodeMeter Runtime Version: 7.10.4196 
 +empty CodeMeter Server Search List Configuration 
 + 
 +      If your workstation controls the spectrometer, 
 +      you may run the program without license. 
 +      This requires the acquisition server to be ready. 
 + 
 +checking connection to spectrometer (may last several minutes) 
 +no spectrometer service license available 
 +</file> 
 + 
 +segurament perquè cal reiniciar-la perquè es descarregui el nou //diskless// (i llavors també caldrà veure quina adreça IP té i editar ''/etc/hosts'' si ha canviat), però malgrat tot, s'obre la finestra per acceptar la llicència del programa i, després d'acceptar-la, s'obre una finestra on posa que no hi ha cap llicència disponible i mostra les diferents opcions per aconseguir-ne una. 
 + 
 +Premo el botó <key>Exit</key> i es tanca el TopSpin. 
 + 
 +Per resoldre el problema amb la xarxa de l'espectròmetre obro el programa ''Wireshark'' per capturar i examinar els paquets a la xarxa de l'espectròmetre. El primer que veig és que l'IPSO pregunta per la IP 149.239.99.90, però que al fitxer ''/etc/hosts'' ''spect'' té assignada l'adreça 149.236.99.99. Canvio l'adreça IP 
 + 
 +<file> 
 +# cat hosts 
 +## 127.0.0.1   localhost localhost.localdomain localhost4 localhost4.localdomain4 
 +### ::1        localhost localhost.localdomain localhost6 localhost6.localdomain6 
 + 
 +127.0.0.1       localhost localhost.localdomain 
 +158.109.56.18   cie-56-18.uab.es        cie-56-18       av3-600 
 + 
 +# The following lines are related to Bruker NMR spectrometers 
 +# DO NOT REMOVE THEM. 
 +# 
 +# An older TS version? 
 +# 149.236.99.99   spect 
 + 
 +# TS 3.6.3 
 +149.236.99.90   spect 
 + 
 +149.236.99.1    ASP_ST2 
 + 
 +[...] 
 +</file> 
 + 
 +i a Wireshark puc veure que ja s'estableix la correspondència entre adreça IP i MAC, i que l'IPSO sol·licita descarregar-se el seu sistema operatiu PXE/PXELinux, però que no ho aconsegueix, potser perquè cal configurar o activar el servidor o servei (tftp? bootparams?). 
 + 
 +Comprovo l'estat de TFTP i, com que està inactiu, l'engego 
 + 
 +<file> 
 +# systemctl status tftp 
 +● tftp.service - Tftp Server 
 +   Loaded: loaded (/usr/lib/systemd/system/tftp.service; indirect; vendor preset: disabled) 
 +   Active: inactive (dead) 
 +     Docs: man:in.tftpd 
 +[root@cie-56-18 etc]#  
 +[root@cie-56-18 etc]#  
 +[root@cie-56-18 etc]# systemctl start tftp 
 +[root@cie-56-18 etc]# systemctl status tftp 
 +● tftp.service - Tftp Server 
 +   Loaded: loaded (/usr/lib/systemd/system/tftp.service; indirect; vendor preset: disabled) 
 +   Active: active (running) since Wed 2021-08-11 13:16:53 CEST; 1s ago 
 +     Docs: man:in.tftpd 
 + Main PID: 22927 (in.tftpd) 
 +   CGroup: /system.slice/tftp.service 
 +           └─22927 /usr/sbin/in.tftpd -s /var/lib/tftpboot 
 + 
 +Aug 11 13:16:53 cie-56-18.uab.cat systemd[1]: Started Tftp Server. 
 +</file> 
 + 
 +i només posar-lo en marxa, Wireshark mostra que l'IPSO s'ha pogut connectar i que està descarregant el seu sistema operatiu, i una estona després, ja hi ha connexió entre l'ordinador i l'IPSO, 
 + 
 +<file> 
 +# ping -c 5 149.236.99.90 
 +PING 149.236.99.90 (149.236.99.90) 56(84) bytes of data. 
 +64 bytes from 149.236.99.90: icmp_seq=1 ttl=64 time=0.160 ms 
 +64 bytes from 149.236.99.90: icmp_seq=2 ttl=64 time=0.134 ms 
 +64 bytes from 149.236.99.90: icmp_seq=3 ttl=64 time=0.131 ms 
 +64 bytes from 149.236.99.90: icmp_seq=4 ttl=64 time=0.131 ms 
 +64 bytes from 149.236.99.90: icmp_seq=5 ttl=64 time=0.134 ms 
 + 
 +--- 149.236.99.90 ping statistics --- 
 +5 packets transmitted, 5 received, 0% packet loss, time 3999ms 
 +rtt min/avg/max/mdev = 0.131/0.138/0.160/0.011 ms 
 +</file> 
 + 
 +Torno a posar en marxa el TopSpin i aquest cop detecta la consola i arrenca amb la "spectrometer service license", 
 + 
 +<file> 
 +TopSpin 3.6.3  -  Copyright (C) 2021 Bruker BioSpin GmbH 
 +Installation directory: "/opt/topspin3.6.3" 
 +Waiting for CodeMeter license 
 + 
 +2021-08-11 13:21:55.389 +0200 
 +Cannot checkout TopSpin CodeMeter license 
 +No matching license entry found for feature "TOPSPIN3" mapped to product code 1011013000 . 
 +CmContainer Entry not found, Error 200. 
 + 
 +CodeMeter Runtime Version: 7.10.4196 
 +empty CodeMeter Server Search List Configuration 
 + 
 +      If your workstation controls the spectrometer, 
 +      you may run the program without license. 
 +      This requires the acquisition server to be ready. 
 + 
 +checking connection to spectrometer (may last several minutes) 
 +CPR : 2021-08-11 13:21:57.046 +0200  
 +      TopSpin is currently running under 
 +      the spectrometer service license. 
 +      Please apply to receive a correct 
 +      license for your workstation 
 +      using the online license form: 
 +      https://www.bruker.com/nmr_license_requests.html 
 +</file>
  
 ===== Configuració de l'espectròmetre ===== ===== Configuració de l'espectròmetre =====
  
-Al final de la instal·lació s'obre una finestra on posa que cal executar ''cf'' i després ''expinstall'' per completar la instal·lació.+Un cop es posa en marxa el TopSpin, s'obre una finestra on posa que cal executar ''cf'' i després ''expinstall'' per completar la instal·lació.
  
 Executo ''cf'', trio crear un nou espectròmetre, i aprofito l'opció d'importar una configuració anterior per importar el fitxer creat a la instal·lació de maig (carpeta ''/mnt/old-opt/topspin3.6.3/conf/instr/spect''). però quan provo a editar, em dona un error perquè no es pot connectar a la DRU ja que la xarxa de l'espectròmetre està caiguda. Executo ''cf'', trio crear un nou espectròmetre, i aprofito l'opció d'importar una configuració anterior per importar el fitxer creat a la instal·lació de maig (carpeta ''/mnt/old-opt/topspin3.6.3/conf/instr/spect''). però quan provo a editar, em dona un error perquè no es pot connectar a la DRU ja que la xarxa de l'espectròmetre està caiguda.
Line 81: Line 213:
 malauradament per ara no el puc posar en marxa. malauradament per ara no el puc posar en marxa.
  
-Després de reiniciar els amplificadors, aconsegueixo completar ''cf'' sense errors i el contingut del fitxer ''uxnmr.info'' és semblant al de la instal·lació feta al maig.+Després de reiniciar els amplificadors, aconsegueixo completar ''cf'' sense errors i el contingut del fitxer ''uxnmr.info'' és semblant al de la instal·lació feta al maig, 
 + 
 +==== Fitxer "uxnmr.info" ==== 
 + 
 +<file> 
 +# cat uxnmr.info  
 +CONFIGURATION INFORMATION 
 +========================= 
 + 
 +Path         : /opt/topspin3.6.3/conf/instr/spect/uxnmr.info 
 +Date         : Fri Aug 13 09:38:41 2021 
 +Release      : TopSpin 3.6.3 
 +Installed in : /opt/topspin3.6.3 
 +Host         : cie-56-18.uab.cat 
 +OS           : CentOS Linux release 7.9.2009 (Core) 
 +CPU          : Intel(R) Xeon(R) CPU W3550 @ 3.07GHz (4 cores at 3067 MHz) 
 +User         : sermnuab 
 +System       : Avance III 600 NMR spectrometer 
 +1H-frequency : 600.13 MHz 
 +Description  : Avance III 600 @SeRMN 
 +Location     : SeRMN UAB 
 +Bruker Order : PH000806 
 +Configured in: cie-56-18.uab.cat:/opt/topspin3.6.3/conf/instr/spect 
 + 
 +IPSO: connected to spectrometer subnet 
 +- TCP/IP address = 149.236.99.90 
 + - IPSO type: 19" 
 +- Tctrl : 1 
 +- Fctrls: 3 
 +- Gctrl1: with digital preemphasis 
 +- Rctrl : none 
 +- FREDs : none 
 +- DPP : 1 
 + 
 +DRU1: DEB_DEFAULT  
 +- TCP/IP address = 149.236.99.77 
 +- Firmware Version = 170619 
 +- DRU1 controls AQS-Rack and HPPR/2 
 + 
 +AQS: connected to 149.236.99.77:/dev/tty10 
 +  _Slot_ SBSB _____________________Board_____________________ 
 +  Number Addr Type HW-VS FW-VS ID  ECL Name   Description 
 +  ----------------------------------------------------------- 
 +     2   0x10 0x42   0x3    AW  R  3.0 REC-1  AQS RXAD600 Z102117/00312 ECL 03.00 
 +     3   0x34 0xc0   0x1        X  0.4 REF-1  REF-600 Reference Board for AQS Receiver 
 +     4   0x24 0x19   0x8    AD  S  2.0 SGU-1  AQS SGU/2 600 Z103081/00300 ECL 02.00 FPGA-Vs=AF 
 +     5   0x25 0x19   0x8    AD  S  2.0 SGU-2  AQS SGU/2 600 Z103081/00126 ECL 02.00 FPGA-Vs=AF 
 +     6   0x26 0x19   0x8    AD  S  2.0 SGU-3  AQS SGU/2 600 Z103081/00316 ECL 02.00 FPGA-Vs=AF 
 +    21   0x21 0xcf     0        P  1.0 PSD-1  PSD/3 Power Supply Distribution Board 
 +    --   0x20 0xc6     0        B  1.2 AQS/2  AQS/2 chassis 
 +     1   0x20  0x7     0        B      MASTER AQS Rack Master 
 +  Logical Receiver/SGU configuration: 
 + 
 + 
 +Router: none installed 
 + 
 +Transmitters at the spectrometer subnet: 
 +---------------------------------------- 
 +BLA_W1345096_0091 W1345096/0091 ECL 1: 
 +- TCP/IP address = 149.236.99.93 
 +- Firmware VS    = 20120627 
 +- Amplifier      = BLAXH2H300/100/150 E 200-600MHZ: W1345096/0091 ECL 1 
 +- Router         = BLMMR32 RF AMPLIFIER MODULE: W1345204/0135 ECL 0 
 +- Controller     = BLA CONTROL BOARD 6 2V H-USB: W1522050/0022 ECL 1 
 +BLA_W1345092_0060 W1345092/0060 ECL 0: 
 +- TCP/IP address = 149.236.99.92 
 +- Firmware VS    = 20120627 
 +- Amplifier      = BLAX300 E 6-365MHZ: W1345092/0060 ECL 0 
 +- Router         = BLMMR31 RF AMPLIFIER MODULE: W1345212/0215 ECL 0 
 +- Controller     = BLA CONTROL BOARD 6 1V V-USB: W1522041/0110 ECL 1 
 + 
 +Gradient amplifiers at the spectrometer subnet: 
 +---------------------------------------------- 
 +BGA1: BGA_W1213891_0009 
 +- TCP/IP address   = 149.236.99.94 
 +- Firmware version = 20080206 
 +- Web version      = 1.1 
 +- Current limits   = 0.0/X, 0.0/Y, -10.0/Z (in A) 
 + 
 +BSMS: BSMS/2 connected to ethernet 
 +- TCP/IP address = 149.236.99.20 
 +- ELCB firmware version = 20210212 
 +- SCB channels = 40 
 +- Shim System = BOSS2-SB 
 +- 2HTX Amplifier: not available 
 +- Lock: installed 
 +- VTU_SPB = BSMS/2 SPB-E SENSOR & PNEUMATIC BD: Z115192/00855 ECL 05.04 
 +- VTU_VPSB1 = BSMS/2 VARIABLE POWER SUPPLY BD: Z115193/04339 ECL 01.05 
 + 
 +VTU: in BSMS/2 connected to ethernet 
 +- TCP/IP address = 149.236.99.20 
 + 
 +SampleCase: in BSMS/2 connected to ethernet 
 +- TCP/IP address = 149.236.99.20 
 + 
 +Bruker Automatic Changer: device connected to 149.236.99.90:/dev/tty01 
 +- Capacity: 24 holders 
 +- Firmware: 970111 
 +- use BACS air  = yes 
 +- BACS sx delay = 10 s 
 +- Sample Rail fast changer mode = no 
 + 
 +Eurotherm VTU: device connected to 149.236.99.90:/dev/tty05 
 +- (used by TopSpin) 
 + 
 +Preamplifiers : 
 +HPPR2: - HPPR/2 preamplifier connected to 149.236.99.77:/dev/tty10 
 +    Type      : HPPR/2 
 +    Controller: Cover/1 with Application firmware = AQ 
 +                15 LEDs for tuning, 15 LEDs for matching 
 +    Module  1 : 1H LNA 
 +                PN=Z003462, SN=00485 from 20061101 
 +    Module  2 : XBB19F 2HS 
 +                PN=Z003506, SN=00529 from 20061024 
 +    Module  3 : 2H 
 +                PN=Z003473, SN=00491 from 20061206 
 + 
 +Gradient Controller cable connections 
 +-------------------------------------------------------------------- 
 +GCtrl1: connected via DPP to GREAT 1-10 Gradient Amplifier Unit W1213891/0009 
 + 
 +RF cable connections (detected) 
 +-------------------------------------------------------------------- 
 +SGU1 NORM output -> input 1 of transmitter 1 (BLAXH2H300/100/150 E 200-600MHZ W1345096/0091 at TCP/IP 149.236.99.93) 
 +SGU1 AUX  output -> input 4 of transmitter 1 (BLAXH2H300/100/150 E 200-600MHZ W1345096/0091 at TCP/IP 149.236.99.93) 
 +SGU2 NORM output -> input 2 of transmitter 1 (BLAXH2H300/100/150 E 200-600MHZ W1345096/0091 at TCP/IP 149.236.99.93) 
 +SGU2 AUX  output -> TUNE signal input of HPPR 
 +SGU3 NORM output -> input 3 of transmitter 1 (BLAXH2H300/100/150 E 200-600MHZ W1345096/0091 at TCP/IP 149.236.99.93) 
 +SGU3 AUX  output -> input 1 of transmitter 2 (BLAX300 E 6-365MHZ W1345092/0060 at TCP/IP 149.236.99.92) 
 + 
 +Blanking cable connections (detected) 
 +-------------------------------------------------------------------- 
 +transmitter 1 = BLAXH2H300/100/150 E 200-600MHZ W1345096/0091 at TCP/IP 149.236.99.93: 
 +- amplifier 1H-100W uses blanking 2 
 +- amplifier X-300W uses blanking 1 
 +- amplifier 2H-150W needs no blanking 
 + 
 +transmitter 2 = BLAX300 E 6-365MHZ W1345092/0060 at TCP/IP 149.236.99.92: 
 +- amplifier X-300W uses blanking 3 
 +</file> 
 + 
 +==== Fitxers de configuració de les connexions RS232 ==== 
 + 
 +La configuració de les connexions per port sèrie (RS232) també coincideix amb la del mes de maig, 
 + 
 +<file> 
 +# for FILE in ./rs232_device/* 
 +> do 
 +> echo $FILE 
 +> cat $FILE 
 +> echo 
 +> done 
 + 
 +./rs232_device/aqs 
 +# TOPSPIN alpha TTY configuration file 
 +# created automatically by 'cf' 
 +# do not edit, changes are lost after next 'cf' 
 +unit   = AQS 
 +host   = 149.236.99.77 
 +device = /dev/tty10 
 +type   = RS485 
 +stty   = 9600 min 1 time 50 cs8 hupcl cread clocal 
 + 
 +./rs232_device/bacs 
 +# TOPSPIN alpha TTY configuration file 
 +# created automatically by 'cf' 
 +# do not edit, changes are lost after next 'cf' 
 +unit   = Bruker Automatic Changer 
 +host   = 149.236.99.90 
 +device = /dev/tty01 
 +type   = RS232 
 +stty   = 9600 min 1 time 50 cs8 hupcl cread clocal 
 + 
 +./rs232_device/preamp1 
 +# TOPSPIN alpha TTY configuration file 
 +# created automatically by 'cf' 
 +# do not edit, changes are lost after next 'cf' 
 +unit   = HPPR/2 preamplifier 
 +host   = 149.236.99.77 
 +device = /dev/tty10 
 +type   = RS485 
 +stty   = 9600 min 1 time 50 cs8 hupcl cread clocal 
 + 
 +./rs232_device/temp 
 +# TOPSPIN alpha TTY configuration file 
 +# created automatically by 'cf' 
 +# do not edit, changes are lost after next 'cf' 
 +unit   = Eurotherm VTU 
 +host   = 149.236.99.90 
 +device = /dev/tty05 
 +type   = RS232 
 +stty   = 9600 time 5 parenb cs7 cread clocal istrip 
 +</file> 
 + 
informatica/hp_z400_600_topspin363_1.1629368679.txt.gz · Last modified: 2021/08/19 12:24 by miquel

Page Tools

Donate Powered by PHP Valid HTML5 Valid CSS Driven by DokuWiki