Web
Directori
Seu Electrònica
Intranet
Serveis d'Intranet
Control horari
DTIC
DTIC - Incidències
Servei de biblioteca
——–
Avis Legal, UAB
Protecció de dades, UAB
El procés d'instal·lació del Topspin 3.2 ja està descrit amb detall per l'espectròmetre AvanceII+ 600 i de forma més resumida per l'espectròmetre AvanceIII 400-SB. Així doncs, aquestes instruccions seran molt més simples i esquemàtiques.
Segueixo les instruccions de Bruker per "CentOS 5 TopSpin Installation": 1)
The recommended way to install the required TopSpin runtime environment for CentOS-5.x86_64 is:
rpm --import ftp://ftp.bruker.de/pub/nmr/CentOS/RPM-GPG-KEY-Bruker-AddOn-support wget ftp://ftp.bruker.de/pub/nmr/CentOS/5/Bruker-Addon/bruker-addon-latest.x86_64.rpm yum localinstall bruker-addon-latest.x86_64.rpmThis will automatically install the configuration and GPG keys that are required for safely installing Bruker AddOn packages.
As default, the repo is disabled. You can either enable it globally, or use
–enablerepo=brukerwhen callingyumor the shortcutyumb. Afterwards you may install Bruker specific packages.For Processing Workstation:
yum install --enablerepo=bruker bruker-topspin-environand for Aquisition:
yum install --enablerepo=bruker bruker-acquisition-environwithout the version stamp and you will get always the latest version.
This is a meta-package which installs the TopSpin dependent libraries via its require list:
A full list you get with
rpm --requires -qp 'ftp://ftp.bruker.de/pub/nmr/CentOS/5/Bruker-Addon/bruker-topspin-environ-1.0-11.el5.brk.x86_64.rpm'The bruker-acquisition-environ dependencies:
rpm --requires -qp ftp://ftp.bruker.de/pub/nmr/CentOS/5/Bruker-Addon/bruker-acquisition-environ-1.0-2.el5.brk.noarch.rpm /bin/sh bootparamd bruker-lockdown-session bruker-topspin-environ dhcp nfs-utils rpmlib(CompressedFileNames) <= 3.0.4-1 rpmlib(PayloadFilesHavePrefix) <= 4.0-1 tftp tftp-server xinetdAll mentioned libraries may add more dependencies during installation
Copio el contingut del DVD d'instal·lació del Topspin 3.2 al disc dur per tal de fer més ràpida la instal·lació,
[sermnadmin@cie-55-32 Topspin-3.2]$ md5sum TopSpin-3.2.3.iso 796d08c62e14cbbc58c43d20992b0b89 TopSpin-3.2.3.iso
A continuació munto el fitxer ISO 2)
$ sudo mkdir /mnt/iso
[sudo] password for sermnadmin: ********
$ mount -t iso9660 -o loop ../TopSpin-3.2.3.iso /mnt/iso/
$ df -hl | grep iso
/home/sermnadmin/Downloads/Topspin-3.2/TopSpin-3.2.3.iso
3.8G 3.8G 0 100% /mnt/iso
Llavors executo el programa autorun per iniciar la instal·lació del Tospin, i marco les opcions,
que s'instal·laran a /opt/topspin3.2
Com a setup type trio
i li dic que afegeixi el directori d'instal·lació del TopSpin al PATH.
El programa d'instal·lació dóna un error un cop creat l'usuari nmrsu. Diu que no pot connectar-se a cap gestor de sessions, però comprovo que el compte d'usuari de nmrsu s'ha creat correctament. 
Aquest error es pot ignorar sense problemes, però s'hauria d'actualitzar el script d'instal·lació per evitar que sortís.
Surt un missatge d'avís indicant que s'ha detectat que hi ha un firewall instal·lat al sistema… fet que em sorpren, perquè no crec que hagi instal·lat cap. En tot cas, em proposa configurar-ho executant la comanda
/bin/sh /opt/Bruker/mics/setfirewall.sh install
Un cop completat el procés de configuració, s'obre una finestra amb la llista de programes que s'instal·laran,
Afegir captura de pantalla amb la llista de programes que s'instal·laran.
i tot seguit comença el procés de còpia i instal·lació de les carpetes i fitxers dels programes.
Un cop copiats tots els fitxers, a la fase de Post processing em surt un missatge d'error relacionat amb la Installation protocol for IpsoOS
Errors from /tftpboot/install-services for IpsoOS: Installing and configuring DHCP and TFTP service ... Note: Using 'rpm' for package investigation. Note: Using init directory /etc/rc.d/init.d Package dhcp is installed. Enabling service dhcpd ... [OK] /etc/dhcpd.conf is not an original Bruker file => saved as /etc/dhcpd.conf_save ... /etc/sysconfig/dhcpd is not an original Bruker file => saved as /etc/sysconfig/dhcpd_save ... Starting dhcpd: [FAILED] Package tftp-server is installed. Enabling service tftp ... [OK] Installing and configuring DHCP and TFTP service ... [FAILED]
La causa del problema és que la targeta ethernet de la xarxa per la comunicació amb la CCU no estava configurada. Un cop configurada,
[root@cie-55-32 log]# more /etc/sysconfig/networking/devices/ifcfg-eth1_spect ONBOOT=yes BOOTPROTO=none NETMASK=255.255.255.0 IPADDR=149.236.99.1 DEVICE=eth1 TYPE=Ethernet USERCTL=no IPV6INIT=no PEERDNS=yes
he pogut posar en funcionament el servidor de DHCP sense problemes.
Surt un missatge per indicar cóm canviar el port del servidor de llicències si cal:
Flexlm will use the TCP/IP prot 1753
If you require a different port number for any reason,
you will have to change the port number in the files
/usr/local/flexlm/Bruker/licenses/license.dat
and
/etc/services
After changing the port number the license manager must be restarted.
La instal·lació del programa finalitza amb només un error relacionat amb el Diskless,
incloure captura de pantalla
*** Notice *** Error: Execute cmd: exit=1 Error: Execure cmd: error=<installing and configuring DHCP and TFTP service ... Note: Using 'rpm' for package investigation. Note: Using init directory /etc/rc.d/init.d Package dhcp is installed Enabling service dhcpd ... [OK] /etc/dhcpd.conf is not an original Bruker file => saved as /etc/init.d/dhcpd.conf_save ... /etc/sysconfig/dhcpd is not an original Bruker file => saved as /etc/sysconfig/dhcpd_save ... Starting dhcpd: [FAILED] Package tftp-server is installed Enabling service tftp ... [OK] Installing and configuring DHCP and TFTP service ... [FAILED]
Aquest error s'ha resolt en configurar la targeta ethernet de la connexió de xarxa amb l'espectròmetre (veure més amunt).
Abans de tancar-se, el programa d'instal·lació mostra una darrera recomanació:
The environment has been changed for the programs MICS and TopSpin
Please close existing windows or logout and login again before you launch the program.
Per accedir a l'IPSO a través del port sèrie cal executar la comanda cu -l ttyS0, per exemple, per monitoritzar l'IPSO quan es posa en marxa,
$ cu -l ttyS0 Connected. PXELINUX 2.11 2004-08-16 Copyright (C) 1994-2004 H. Peter Anvin Loading vmlinuz... Loading pxes-0.9.squash... Ready. Linux version 2.4.32-12pxes (root@svetcos01) (gcc version 3.4.6) #1 Sun Feb 12 01:29:05 CET 2012 ...
A CentOS, el programa cu (Command Utility) està disponible al paquet uucp.
Un cop resolt el problema amb el servidor de DHCP, i instal·lada i configurada la connexió per port sèrie, faig un primer intent d'engegar la CCU i carregar el s.o. des de la nova estació de treball. Aquest procés es monitoritza a través del programa Wireshark (activitat i captura de paquets a la xarxa eth1) i de la comanda cu.
Malauradament, el procés de descàrrega del s.o. s'interromp perquè whoami RPC call failed with status 3. Ho provo un 2n cop amb el mateix resultat.
>> u Autoboot: Waiting to load bfs()/usr/diskless/clients/spect/root/unix.r4600_std (CTRL-C to abort) loading Fast ethernet (FEN): 100 MBit/s, half duplex Obtaining /usr/diskless/clients/spect/root/unix.r4600_std from server cie-55-32 799504+98976+804288 entry: 0x80021000 CPU: MIPS R4700 Processor Chip Revision: 1.0 FPU: MIPS R4700 Floating Point Unit [CP1] Revision: 1.0 RISC/os Release 4_52 mips Version UMIPS Total real memory = 16777216 Available memory = 14442496 Root on nfs file :,Swap on nfs file : Fast ethernet (FEN) : 100 MBit/s, full duplex whoami RPC call failed with status 3 PANIC: vfs_mountroot: cannot mount root syncing disks... done Fast ethernet (FEN): 100 MBit/s, half duplex BRUKER CCU R4600 Monitor Version 5.40 MIPS OPT Thu May 17 12:18:17 MSZ 2001 mar Memory size: 16777216 (0x1000000) bytes, 16 MB Icache size: 16384 (0x4000) bytes Dcache size: 16384 (0x4000) bytes >>
Després de comprovar que existeix la carpeta Diskless i que el seu contingut és el correcte, comprovo si està compartida en xarxa, amb la comanda exportfs i trobo que no. Les exporto amb la comanda exportfs -a i torno a comprovar que estiguin compartides en xarxa amb la comanda exportfs -v,
[root@cie-55-32 ~]# exportfs -a
[root@cie-55-32 log]# exportfs -v
/usr/diskless/clients/spect
spect(rw,wdelay,no_root_squash,no_subtree_check,anonuid=65534,anongid=65534)
/usr/diskless/dl_usr
spect(ro,wdelay,root_squash,no_subtree_check,anonuid=65534,anongid=65534)
Provo novament a posar en marxa la CCU, però el problema persisteix,
whoami RPC call failed with status 3 PANIC: vfs_mountroot: cannot mount root syncing disks... done
Després d'una consulta a Internet 3) i de fer les comprovacions suggerides, trobo que el servei BootP no està en funcionament,
[root@cie-55-32 etc]# more /etc/bootparams
spect root=ASP_ST2:/usr/diskless/clients/spect/root swap=ASP_ST2:/usr/diskless/clients/spect/swapfile dump=ASP_ST2:/usr/diskless/clients/spe
ct/dump
[root@cie-55-32 etc]# ps ax | grep boot
6306 pts/2 R+ 0:00 grep boot
[root@cie-55-32 etc]# /etc/init.d/bootparamd
Usage: /etc/init.d/bootparamd {start|stop|status|restart|reload}
[root@cie-55-32 etc]# /etc/init.d/bootparamd status
rpc.bootparamd is stopped
El poso en marxa,
[root@cie-55-32 etc]# more /etc/bootparams spect root=ASP_ST2:/usr/diskless/clients/spect/root swap=ASP_ST2:/usr/diskless/clients/spect/swapfile dump=ASP_ST2:/usr/diskless/clients/spect/dump [root@cie-55-32 etc]# /etc/init.d/bootparamd start Starting bootparamd: [ OK ] [root@cie-55-32 etc]# ps ax | grep boot 9659 ? S 0:00 rpc.bootparamd 9711 pts/2 R+ 0:00 grep boot
i torno a provar a engegar la CCU. No ho aconsegueixo, però l'error és diferent
rpc status 15 RPC: Program not registered
i apunta a que alguns dels programes del servidor NFS no estan en funcionament. Ho comprovo,
[root@cie-55-32 etc]# /etc/init.d/nfs status rpc.mountd is stopped nfsd is stopped rpc.rquotad is stopped
i per resoldre el problema torno a engegar el servidor NFS,
[root@cie-55-32 etc]# /etc/init.d/nfs start Starting NFS services: [ OK ] Starting NFS quotas: [ OK ] Starting NFS daemon: [ OK ] Starting NFS mountd: [ OK ] Stopping RPC idmapd: [ OK ] Starting RPC idmapd: [ OK ]
i finalment la CCU aconsegueix descarregar-se el seu sistema operatiu i posar-se en funcionament
RISC/os Release 4_52 mips Version UMIPS Total real memory = 16777216 Available memory = 14442496 Root on nfs file :,Swap on nfs file : Fast ethernet (FEN) : 100 MBit/s, full duplex hostname: spect domainname: (none) Root fstype nfs Available memory = 12795904 The system is coming up. Please wait. ASP_ST2:/usr/diskless/clients/spect/var mounted on /var ASP_ST2:/usr/diskless/dl_usr mounted on /usr Fast ethernet (FEN) : 100 MBit/s, full duplex Internet daemons: portmap inetd. NFS daemons: biod lockd statd. The system is ready. spect Console login:
El primer cop que executo el TopSpin i corro la comanda cf em surten diversos missatges d'avís que indiquen que cal actualitzar alguns dels firmware dels components de la consola.
fet!
Firmware information for DRU1: Current version on DRU1 : 2008-05-09 Minimum required version: 2013-01-25 Available for update : 2013-01-25 Please proceed as follows: 1) Wait until 'cf' is finished! 2) Start Mozilla Web browser and enter the URL 'http://149.236.99.89' 3) Click 'AQS Firmware Setup' -> 'Load new DRU firmware' 4) Browse to '/opt/topspin3.2/conf/instr/servtool/dru' 5) Select the file 'dru_firmware_130125.gz and install the firmware. 6) Before starting any acquisition you must execute 'ii' in TopSpin! ==================================================== 11 August 2015 17:02:55.174 +0200 Topspin Version = 3.2 (of May 14 2013),build 1791 JVM Version = 1.7.0_13 Oracle Corporation JVM Total memory = 91 MB JVM Free memory = 20 MB
fet!
ATTENTION: the firmware on AQS_RX1 is too old and must be updated! FPGA Firmware information for Receiver1: Current version on Receiver 1 : AT Minimum required version: AW Available for update : AW Please proceed as follows: 1) Open a terminal shell and start 'UniTool' 2) Hit the <Enter> key or enter 'aqs' as device name 3) Enter 16 as SBSB address 4) Read the warning, then hit the <Enter> key 5) Select 'Receiver Service Menu' and hit the <Enter> key 6) Select 'Manual Download' and hit the <Enter> key 7) Enter 'birds/rxs_aw.hex' and hit the <Enter> key Wait until the update is finished - this may take up to 30 min. 8) Enter 'X' repeatedly until UniTool terminates If the update is not done 'wobb' may fail with RGP_RX error. ==================================================== 11 August 2015 17:03:06.600 +0200 Topspin Version = 3.2 (of May 14 2013),build 1791 JVM Version = 1.7.0_13 Oracle Corporation JVM Total memory = 91 MB JVM Free memory = 19 MB
Un cop actualitzat el firmware aquesta és la informació de la placa RXAD/400
Application Version : AW Application Date : 12-10-29 Application Checksum : 0x038 Board Type : 0x72 Board Hardware Version : 2 Board ECL : 1.1 Boot Version : AD Boot Date : 03-08-28
fet!
MAS control unit: Firmware 981102 Your MAS2 is configured for compatibility mode. To enable support of all features, please reconfigure to native mode and do 'cf' again. ==================================================== 11 August 2015 17:08:27.000 +0200 Topspin Version = 3.2 (of May 14 2013),build 1791 JVM Version = 1.7.0_13 Oracle Corporation JVM Total memory = 93 MB JVM Free memory = 51 MB
He consultat a n'Òscar sobre les conseqüències de fer aquest canvi i els possibles problemes de compatibilitat amb el TopSpin 2.x, i no n'hi ha cap. De fet, la configuració “old” del mode de compatibilitat només és necessària si es vol treballar amb el XWinNMR 
…
Així doncs, faig el canvi seguint les instruccions que hi ha a la secció Setup Options - Page 1 - 8.2.1 (pàgines 39-40) del manual “MAS II - User manual - Version 001” (© P/N: Z31701E, DWG-Nr: 1407001).
fet!
Dóna un error de connexió, però aquest és deu a que no hi ha cap unitat de preèmfasi connectada al port sèrie número 10. Només caldrà esborrar aquest paràmetre la propera vegada que s'executi la comanda cf.
Cannot open device for Preemphasis Unit: Opening preemphasis unit failed: Initial open of tty (/dev/tty06) without delay failed: No such device or address Probably the GREAT is switched off ==================================================== 11 August 2015 17:08:32.050 +0200 Topspin Version = 3.2 (of May 14 2013),build 1791 JVM Version = 1.7.0_13 Oracle Corporation JVM Total memory = 93 MB JVM Free memory = 50 MB
Un cop actualitzats els firmwares i fets els canvis de configuració de la MAS Unit indicats per cf al primer intent de configuració, torno a obrir el TopSpin i a executar cf per segon cop per tal de comprovar si cal actualitzar algun altre firmware.
Un cop canviat del mode de la MAS-II Unit, quan executo la comanda cf em surt un missatge que indica que cal actualitzar le firmware de la MAS Unit,
Warning: Current MAS firmware "20051025" does not support MAS2! You must update to firmware "20080601" or newer to use the features of the MAS2 For a firmware update open the MAS-display, switch to the config panel, enable the edit mode and press the download button. ==================================================== 12 August 2015 10:25:46.032 +0200 Topspin Version = 3.2 (of May 14 2013),build 1791 JVM Version = 1.7.0_13 Oracle Corporation JVM Total memory = 90 MB JVM Free memory = 41 MB
Primer instal·lo el firmware més nou distribuit amb el TopSpin 3.2 (mas2_firmware_090331.hex) i després comprovo que al servidor de Bruker n'hi ha quatre versions més noves,
MAS_FW_130613.zip 3302 KB 06/24/2013 12:00:00 AMi em descarrego i instal·lo la més nova (mas130613.hex), però perquè el TopSpin reconegui el fitxer he de canviar-li el nom a mas2_firmware_130613.hex.
Al servidor de Bruker trobo un firmware més actual per la DRU (dru_firmware_150604.gz) i el descarrego.
Després de tancar el TopSpin, instal·lo el nou firmware, i després faig un reset de la DRU.
Firmware Version = 150604La consola d'aquest espectròmetre és una AvanceII i fa servir una AQS/2, o sigui que la DRU no funciona com a controladora de l'AQS, i les altres plaques de l'AQS no es gestionen i configuren a través de la DRU Service Web.
La comprovació i actualització dels firmwares s'haurà de fer a través de la Unitool.
A través de la Unitool s'obté el següent llistat de components de l'AQS/2, on FW és la versió del firmware instal·lat,
Slot Rack Id ECL FW Adr Code HWVersion --------------------------------------------- 2 1 RX_1 01.01 AT 16 72 02 3 1 REF1 03.07 -- 52 02 01 4 1 SGU1 06.00 BH 36 10 04 5 1 SGU2 06.00 BH 37 10 04 8 1 ROU1 00.00 -- 60 04 00 11 1 PSD1 02.00 -- 33 0A 00 -- 1 RAC1 01.01 BH 32 C6 00 4 1 AQS1 --.-- BH 32 07 00
amb els firmwares (a partir del fitxer uxnmr.info):
Firmware: rxs_aw.hex Firmware: sgu2ae.hex Firmware: birdbh.hex Firmware: sgu2ae.hex Firmware: birdbh.hexAmplifiers (default configuration): RO Amplifier Module Nucleus Power/W Switchbox Name PN/SN/FW 1 1 1 X 100 N (I=00) BLAXH 50 -/-/- 2 1 2 1H 50 N (-""-) BLAXH 50 -/-/-
La gestió i configuració de la BSMB/2 es fa a través de l'eina bsms service toolbox (/opt/topspin3.2/conf/instr/servtool/bsmstool/tool/bsms).
La comprovació del firmware dels components de la BSMS indica que cal actualitzar-ne alguns,
*****************************************************************
* >>> bsms service toolbox <<< *
:
>>> Main Menu <<<
0 Keyboard On/Off
1 Init BSMS
2 Check/Download all boards
3 Show all versions
:
F Service...
Q Quit ? Help ! System Your choice: 2
Checking out need for download...
:
D O W N L O A D - R E P O R T
Keyboard is up to date
SCB-M is up to date
SCB-R is up to date
Lock needs autodownload
SLCB needs autodownload
CPU is up to date
communicationtest (15 seconds) ...
Estimated autodownload time: 0 h 33 min
Press 'y' to start autodownload. Any other key aborts. y
Lock ( 40/ 40/ 16) autodownload with firmware (lockap.hex)
Reading file 'lockap.hex'.
check HEX-file (Intel) ...
Erasing FLASH memory...
Programming record: 4969 of 4970
Download done.
54% done
SLCB ( 72/ 40/ -1) autodownload with firmware (slcbad.hex)
Reading file 'slcbad.hex'.
check HEX-file (Intel) ...
Erasing FLASH memory...
Programming record: 4123 of 4123
Download done.
100% done
BSMS Init
2. download-check
Boards in system: CPLSTUD
:
D O W N L O A D - R E P O R T
Keyboard is up to date
SCB-M is up to date
SCB-R is up to date
Lock is up to date
SLCB is up to date
CPU is up to date
Finalment, comprovo les versions de firmware dels diferents mòduls i plaques,
>>> Main Menu <<< 0 Keyboard On/Off 1 Init BSMS 2 Check/Download all boards 3 Show all versions : F Service... Q Quit ? Help ! System Your choice: 3 ---------------------------------------------------------------------------- | All Boards and Versions BSMS-Servicetool 2.23 ( 130515) | | All Boards and Versions | |----------------------------------------------------------------------------| | Name | AppSW Date ChkSum | BootSW Date ChkSum | KernSW Date | V1 | V2 | V3 | |------|-------------------|--------------------|-------------|----|----|----| | CPU | 08.07.05 $2CED | 14.07.00 $90D5 | 08.08.91 | 32 | 0 | -- | | SLCB | 06.02.09 $6B6E | 18.03.92 $FDA5 | 28.02.90 | 72 | 40 | -- | | LCB | 15.05.06 $92D5 | 24.03.92 $E856 | 28.02.90 | 40 | 40 | 16 | | SCB-R| 03.07.03 $8545 | 08.07.92 $85CB | 28.02.90 | 32 | 0 | -- | | SCB-M| 03.07.03 $8545 | 08.07.92 $85CB | 28.02.90 | 16 | 0 | -- | | GAB | --.--.-- $0000 | --.--.-- $0000 | --.--.-- | 0 | 0 | -- | | KBC | 28.03.95 $468A | 26.03.92 $F895 | 28.02.90 | 8 | 16 | -- | | BOSS | ---------------- | ---------------- | --------- |248 |200 | -- | ----------------------------------------------------------------------------
Al fitxer uxnmr.info apareix la següent informació
Eurotherm VTU: device connected to spect:/dev/tty05
i el mòdul de gestió de la temperatura (edte) al TopSpin confirma que es tracta d'un model BVT-3200.
Amb la comanda edte -download del TopSpin inicio el procés d'actualització del firmware de la BVT. La versió que s'instal·larà és la darrera disponible BVT3200_070718.hex. Un cop completada la instal·lació, comprovo la versió a través de l'edte.
Temperature Unit Information Controller Model: 2416 Controller Software: A.3.15 Mainboard Hardware: C.1 Manboard Firmware: 070718 (5.1)
Al fitxer uxnmr.info apareix aquesta informació sobre l'HPPR/2,
Preamplifiers :
HPPR: - HPPR/2 preamplifier connected to spect:/dev/tty10
Type : HPPR/2
Controller: Application firmware = AO
15 LEDs for tuning, 15 LEDs for matching
Module 1 : 1H/2H 1H (virtual 50 Ohm reference: 319.8%/90.7deg)
PN=Z003959, SN=00234 from 20051024
Module 2 : 1H/2H 2H (virtual 50 Ohm reference: 109.3%/-75.8deg)
PN=Z003959, SN=00234 from 20051024
Module 3 : XBB19F 2HS
PN=Z003504, SN=00225 from 20051020
Module 4 : HPHP 19F/1H
PN=Z003544, SN=00101 from 20060216
Module 5 : HPHP XBB31P
PN=Z003549, SN=00183 from 20060228
i el programa Unitool dóna aquest llistat de components i versions
Connecting SBSB address 80 (0x50).
HPPR/2 Main Menu
================
[0] Init HPPR/2
[1] Show Version
:
[X] Exit
your choice: 1
HPPR/2 Cover Module Version Data
--------------------------------
Type Date V0 V1 CheckSum
App SW 071018 AO - 00EA
Boot SW 040928 AD - 00A6
Hardware - 1 0 -
PartNo: Z003356
SerialNo: 01451
CRP / ATMA / PICS
-----------------
no CRP / ATMA / PICS found
HPPR/2 Module Version Data
--------------------------
Nbr PartNbr ECL SerialNbr Variant Name
1 Z003959 03.00 00234 ChA HPPR/2 1H/2H MODULE 400
2 Z003959 03.00 00234 ChB HPPR/2 1H/2H MODULE 400
3 Z003504 03.00 00225 -- HPPR/2 XBB19F 2HS MODULE 400
4 Z003544 03.00 00101 -- HPHP/2 19F/1H MODULE 400
5 Z003549 03.00 00183 -- HPHP/2 XBB31P MODULE 400-750
Com que hi ha una versió més nova del firmware (hppraq.hex), la instal·lo,
HPPR/2 Main Menu
================
[0] Init HPPR/2
[1] Show Version
[A] Auto Download
:
[X] Exit
your choice: A
Check for latest firmware and instructions:
ftp://ftp.bruker.ch/pub/NMR/download/servtools/firmware/hppr/
Press '.' to abort, <ENTER> to start download:
i torno a comprovar la versió de firmware instal·lada,
HPPR/2 Main Menu
================
[0] Init HPPR/2
[1] Show Version
:
[X] Exit
your choice: 1
HPPR/2 Cover Module Version Data
--------------------------------
Type Date V0 V1 CheckSum
App SW 120103 AQ - 00D8
Boot SW 040928 AD - 00A6
Hardware - 1 0 -
PartNo: Z003356
SerialNo: 01451
Un cop actualitzats els firmwares, aquesta és la configuració que resulta d'executar la comanda cf,
CONFIGURATION INFORMATION
=========================
Path : /opt/topspin3.2/conf/instr/spect/uxnmr.info
Date : Wed Aug 12 16:04:45 2015
Release : TOPSPIN Version 3.2-pl3
Installed in : /opt/topspin3.2
Host : cie-55-32
OS : CentOS release 5.11 (Final)
CPU : Intel(R) Core(TM)2 CPU 6600 @ 2.40GHz (2 cores at 1596 MHz)
User : sermnadmin (SeRMN-UAB Staff)
Description : AvanceII 400wb
Location : SeRMN, Universitat Autonoma de Barcelona
System : Avance-AV NMR spectrometer
1H-frequency : 400.17 MHz
Order Number : PH000305
Configured in: /opt/topspin3.2/conf/instr/spect
#--------------------
# FCU configuration:
#--------------------
board # 1 :
MEMORY 0x1ff000 (=511 k Words)
PAL-Version 0x104 = new version (EC level 07 or more)
board # 2 :
MEMORY 0x1ff000 (=511 k Words)
PAL-Version 0x104 = new version (EC level 07 or more)
DRU: AQS DRU Z100977/00230 ECL 02.00
- TCP/IP address = 149.236.99.89
- Firmware Version = 150604
Gcu: GCU3_SlowIF
AQS: connected to spect:/dev/tty10
_Slot_ SBSB _____________________Board_____________________
Number Addr Type HW-VS FW-VS ID ECL Name Description
-----------------------------------------------------------
2 0x10 0x72 0x2 AW R 1.1 REC-1 AQS RXAD400 Z102116/229 ECL 1.1
3 0x34 0x2 0x1 X 3.7 REF-1 REF-400 Reference Board for AQS Receiver
4 0x24 0x10 0x4 BH S 6.0 SGU-1 AQS SGU400 Z003642/03794 ECL 6.0
5 0x25 0x10 0x4 BH S 6.0 SGU-2 AQS SGU400 Z003642/03784 ECL 6.0
8 0x3c 0x4 0 Y 0.0 ROUT-1 Avance Router 3/5
21 0x21 0xa 0 P 2.0 PSD-1 Power Supply Distribution Board
23 0x20 0xc6 0 B 1.1 AQS/2 AQS/2 chassis
25 0x20 0x7 0 B MASTER AQS Rack Master
Logical Receiver/SGU configuration:
Router: 1 Avance-Router
Amplifiers (default configuration):
RO Amplifier Module Nucleus Power/W Switchbox Name PN/SN/FW
1 1 1 X 100 N (I=00) BLAXH 50 -/-/-
2 1 2 1H 50 N (-""-) BLAXH 50 -/-/-
- Type: BSMS/1
- absolute lockshift frequency = changed from 11426996 Hz to 11428531 Hz Hz
- GAB type = GAB
- GAB current limits = 0.0/X, 0.0/Y, 10.0/Z (in A)
Lock: device connected to spect:/dev/tty03
MAS2 control unit: connected to spect:/dev/tty07
- Boot Software : 20031216
- Application Software : 20130613
- Insert Time : 10 s
- Eject Time : 10 s
- Spin Lock Tolerance : 5 Hz
Eurotherm VTU: device connected to spect:/dev/tty05
Preamplifiers :
HPPR: - HPPR/2 preamplifier connected to spect:/dev/tty10
Type : HPPR/2
Controller: Application firmware = AQ
15 LEDs for tuning, 15 LEDs for matching
Module 1 : 1H/2H 1H (virtual 50 Ohm reference: 319.8%/90.7deg)
PN=Z003959, SN=00234 from 20051024
Module 2 : 1H/2H 2H (virtual 50 Ohm reference: 109.3%/-75.8deg)
PN=Z003959, SN=00234 from 20051024
Module 3 : XBB19F 2HS
PN=Z003504, SN=00225 from 20051020
Module 4 : HPHP 19F/1H
PN=Z003544, SN=00101 from 20060216
Module 5 : HPHP XBB31P
PN=Z003549, SN=00183 from 20060228
Frequency generation:
- F1: for SGU
- F2: for SGU
Com que cap de les sondes no té PICS, copio els fitxers de configuració que hi ha a la carpeta /opt/topspin/conf/instr/probeheads/Z820201_52.ph de l'anterior ordinador.
La sonda de CP/MAS és la següent
En algun moment del procés de configuració de la sonda, apareix el següent missatge d'error
MAS error The MAS Firmware does not allow to define the maximum values for DemandedRate, DrivePressure, and BearingPressure, therfore the 'edhead' parameters PHMROT=15000 PHMDRV=0 PHMBRG=0 are ignored Please define the 'installed Probe' in the 'masdisp' window to set the correct maximum values and spin up precedure for the installed MAS Probe! To disable this message, set the parameters to zero! ==================================================== 12 August 2015 16:56:50.734 +0200 Topspin Version = 3.2 (of May 14 2013),build 1791 JVM Version = 1.7.0_13 Oracle Corporation JVM Total memory = 155 MB JVM Free memory = 121 MB java.lang.Exception: Stack trace at de.bruker.nmr.mfw.base.AbstractMessage.setMsgSource(AbstractMessage.java:813) at de.bruker.nmr.mfw.base.AbstractMessage.<init>(AbstractMessage.java:772) at de.bruker.nmr.mfw.base.BWarning.<init>(BWarning.java:57) at de.bruker.nmr.mfw.base.BError.<init>(BError.java:50) at de.bruker.nmr.sc.bsms.BsmsCorbaUtil.showError(BsmsCorbaUtil.java:491) at de.bruker.nmr.sc.mas.MasStatusCorba$1.run(MasStatusCorba.java:87)
Per ara deixo defineixo la sonda a masdisp i deixo els valors de fluxe a la configuració de la sonda.
Quan faig expinstall el TopSpin recomana configurar i activar una còpia de seguretat periòdica de la configuració de l'espectròmetre. Com que sembla una bona idea, ho activo, però a l'hora de compilar el programa nmr_save em dóna un error,
Compilation of nmr_save failed with exit(1) (Original message = Compilation of nmr_save failed with exit(1)) ==================================================== 12 August 2015 17:20:42.725 +0200 Topspin Version = 3.2 (of May 14 2013),build 1791 JVM Version = 1.7.0_13 Oracle Corporation JVM Total memory = 183 MB JVM Free memory = 124 MB java.lang.Exception: Stack trace at de.bruker.nmr.mfw.base.AbstractMessage.setMsgSource(AbstractMessage.java:813) at de.bruker.nmr.mfw.base.AbstractMessage.<init>(AbstractMessage.java:772) at de.bruker.nmr.mfw.base.BWarning.<init>(BWarning.java:57) at de.bruker.nmr.prsc.cpr.CprListener$CPRWarning.<init>(CprListener.java:337) at de.bruker.nmr.prsc.cpr.CprListener.loadAlert(CprListener.java:878) at de.bruker.cpr.CPRClientPOA._invoke_loadAlert(CPRClientPOA.java:121) at de.bruker.cpr.CPRClientPOA._invoke(CPRClientPOA.java:43) at org.openorb.adapter.poa.POA.dispatch(Unknown Source) at org.openorb.net.AbstractServerRequest.dispatch(Unknown Source) at org.openorb.net.ServerManagerImpl.serve_request(Unknown Source) at org.openorb.net.ServerManagerImpl.thread_pool_main(Unknown Source) at org.openorb.net.ServerManagerImpl.access$200(Unknown Source) at org.openorb.net.ServerManagerImpl$PoolThread.run(Unknown Source)
que té a veure amb la necessitat d'instal·lar les llibreries necessàries per poder compilar executables de 32-bits en un sistema de 64-bits,
In file included from /opt/topspin3.2/gnu/lib/gcc/i686-pc-linux-gnu/4.5.3/include-fixed/features.h:328:0,
from /usr/include/stdio.h:28,
from nmr_save.c:30:
/usr/include/gnu/stubs.h:7:27: fatal error: gnu/stubs-32.h: No such file or directory
compilation terminated.
exit 1
Per més detalls, consultar més avall l'apartat “compileall”.
Quan executo la comanda compileall per compilar tots els programes AU, em dóna el següent error per cadascun dels programes que intenta compilar,
In file included from /opt/topspin3.2/gnu/lib/gcc/i686-pc-linux-gnu/4.5.3/include-fixed/features.h:328:0,
from /usr/include/stdio.h:28,
from 2df1shift.c:30:
/usr/include/gnu/stubs.h:7:27: fatal error: gnu/stubs-32.h: No such file or directory
compilation terminated.
exit 1
La cerca a Google de “stubs-32.h centos 5” em proporciona la solució,
Fix for the RHEL/CentOS 5.x for GCC gnu/stub-32.h missing error Type the following yum command:
# yum -y install glibc-devel.i386x86_64 Linux Error: gnu/stub-32.h Missing Error and Solution
La provo
[root@cie-55-32 gnu]# yum -y install glibc-devel.i386 Loaded plugins: fastestmirror, security Loading mirror speeds from cached hostfile * base: mirror.uv.es * epel: mirror.uv.es * extras: mirror.uv.es * rpmforge: fr2.rpmfind.net * rpmforge-extras: fr2.rpmfind.net * updates: mirror.uv.es Setting up Install Process Resolving Dependencies --> Running transaction check ---> Package glibc-devel.i386 0:2.5-123.el5_11.1 set to be updated --> Finished Dependency Resolution Dependencies Resolved ============================================================================================== Package Arch Version Repository Size ============================================================================================== Installing: glibc-devel i386 2.5-123.el5_11.1 updates 2.1 M Transaction Summary ============================================================================================== Install 1 Package(s) Upgrade 0 Package(s) Total download size: 2.1 M Downloading Packages: glibc-devel-2.5-123.el5_11.1.i386.rpm | 2.1 MB 00:00 Running rpm_check_debug Running Transaction Test Finished Transaction Test Transaction Test Succeeded Running Transaction Installing : glibc-devel 1/1 Installed: glibc-devel.i386 0:2.5-123.el5_11.1 Complete!
i torno a executar la comanda compileall al TopSpin, i aquest cop es compilen tots els programes sense cap problema.
Executo la comanda edscon al TopSpin i comprovo que els valors dels paràmetres siguin els mateixos que a l'anterior ordinador. El contingut del fitxer /opt/topspin3.2/conf/instr/spect/scon2 és:
##TITLE= Parameter file, TOPSPIN Version 3.2 ##JCAMPDX= 5.0 ##DATATYPE= Parameter Values ##NPOINTS= 1 $$ modification sequence number ##ORIGIN= Bruker BioSpin GmbH ##OWNER= sermnadmin $$ 2015-08-13 10:59:48.188 +0200 sermnadmin@cie-55-32 $$ /opt/topspin3.2/conf/instr/spect/scon2 $$ process /opt/topspin3.2/prog/mod/cprserver ##$BLKTR= (0..19) 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 ##$BLKTR_MAN= 25 ##$DE1= 4.5 ##$DEADC= 0.5 ##$DEPA= 4.5 ##$DERX= 1.5 ##$FILCOR= 0 ##$GRADCHAN= 0 ##$GRADPRE= (0..1) 10 10 ##$HD_BLKTR= (0..19) 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ##$HD_DE1= 5 ##$HD_DEADC= 0 ##$HD_DEPA= 2.5 ##$HD_DERX= 0 ##END=
Comprovo que
Un cop fetes aquestes comprovacions, no cal executar la comanda edsolv al TopSpin perquè la llista nova inclou els solvents anteriors i no hi ha cap solvent definit per l'usuari.
Transfereixo les dades de l'antic ordinador a la carpeta /home/sermnadmin/Downloads/Topspin-2.1@old-computer del nou ordinador amb rsync fent servir la comanda:
rsync -aHxv --protocol=26 nmrsu@192.168.2.7:/opt/topspin/data .
He hagut d'afegir –protocol=26 perquè rsync funcionés, ja que al nou ordinador fa servir un protocol més nou (protocol=33) que no és compatible amb el vell i donava el següent missatge d'error:
protocol version mismatch - is your shell clean? (see the rsync man page for an explanation) rsync error: protocol incompatibility (code 2) at compat.c(62) rsync: connection unexpectedly closed (0 bytes received so far) [Receiver] rsync error: error in rsync protocol data stream (code 12) at io.c(226) [Receiver=3.1.1]
El missatge al final de la transferència no informa de cap error a la transferència, o sigui que podem donar per fet que s'han transferit totes les dades,
sent 1,740,752 bytes received 6,170,330,889 bytes 6,095,873.23 bytes/sec total size is 6,162,532,109 speedup is 1.00
Transfereixo les carpetes HOME dels usuaris nmrsu, sermn i teo de l'antic ordinador a la carpeta /home/sermnadmin/Downloads/Topspin-2.1@old-computer del nou ordinador amb rsync fent servir la comanda següent on $username s'ha substituït pels noms dels usuaris:
rsync -aHxv --protocol=26 $username@192.168.2.7:/home/$username .
El missatge al final de les transferències no informen de cap error, o sigui que podem donar per fet que s'han transferit les carpetes HOME dels usuaris nmrsu, sermn i teo
$ rsync -aHxv --protocol=26 nmrsu@192.168.2.7:/home/nmrsu . nmrsu@192.168.2.7's password: receiving file list ... done nmrsu/ nmrsu/.DCOPserver_rmn2_:0 -> /home/nmrsu/.DCOPserver_rmn2__0 nmrsu/.DCOPserver_sermn107_:0 -> /home/nmrsu/.DCOPserver_sermn107__0 : nmrsu/xwinplot/applus-tit-exp_integ_x4.xwp nmrsu/xwinplot/applus-tit-full_par.xwp nmrsu/xwinplot/temp-applus-tit-full_par.xwp sent 118,960 bytes received 242,854,959 bytes 8,835,415.24 bytes/sec total size is 242,305,330 speedup is 1.00
$ rsync -aHxv --protocol=26 sermn@192.168.2.7:/home/sermn . sermn@192.168.2.7's password: receiving file list ... done sermn/ sermn/.adobe/ sermn/.adobe/Acrobat/ : sermn/Desktop/USB Stick sermn/Desktop/www.redhat.com sermn/teo/esquire6000.pdf sent 4,832 bytes received 15,339,082 bytes 2,789,802.55 bytes/sec total size is 15,314,312 speedup is 1.00
$ rsync -aHxv --protocol=26 teo@192.168.2.7:/home/teo . teo@192.168.2.7's password: receiving file list ... done teo/ teo/.adobe/ teo/.adobe/Acrobat/ teo/.adobe/Acrobat/7.0/ : teo/NMRSIM_SESSION/wave/rect.shp teo/NMRSIM_SESSION/wave/sinc5neg.shp sent 4,288 bytes received 2,123,317 bytes 607,887.14 bytes/sec total size is 2,101,812 speedup is 0.99
Aquest cop prefereixo fer una instal·lació “neta” i no faig servir les comandes nmr_save i nmr_restore per recuperar els fitxers de configuració de l'anterior instal·lació del TopSpin a l'antiga estació de treball. En comptes, el que faig és copiar els fitxers de configuració a mà fent servir com a guia la informació que hi ha sobre nmr_save a la guia d'instal·lació del TopSpin i transferir només els fitxers imprescindibles:
<TOPSPIN_HOME>/conf/instr/spect/prosol/ fitxers copiats per la sonda de MAS configuració importada? activa? <TOPSPIN_HOME>/conf/instr/spect/cortab/ fitxers copiats configuració importada? activa? <TOPSPIN_HOME>/exp/stan/nmr/lists (pulse shapes, lists of temperatures, delays, loops, etc.) fitxers copiatsHe arribat fins aquí Tasques pendents:
Transfereixo els fitxers CORTAB del TopSpin 2.1.x de l'antiga estació de treball que es troben a la carpeta /opt/topspin/conf/instr/spect/cortab al TopSpin 3.1.x de la nova estació de treball.
OUTPUT FILES On Avance-AQX and Avance -AQS spectrometers
where RO is the router output number.
*.conf - hardware configurations (output of Hardware Configuration) functions.* - Cortab functions (output of Hardware Configuration)
Caldrà comprovar si funcionen directament, o si cal importar-los per canviar-los de format abans de poder fer-los servir.
Transfereixo els fitxers PROSOL del TopSpin 2.1.x de l'antiga estació de treball al TopSpin 3.1.x de la nova estació de treball. Els fitxers antics tenen com a nom <NUC>.<F#>.<>.txt, per exemple, 13C.F1.A1.txt, mentre que els nous fitxers tenen com a nom <NUC>_<obs|dec>.<FIELD>, per exemple, 13C_obs.400.
Després, intento importo els valors amb l'opció Edit | Import Old 90° Pulses | Default Mode de l'eina edprosol, però em surt un missatge de Sorry! No importable file found.
Caldrà comprovar perquè no s'importen els fitxers prosol
Provisionalment defineixo el puls dur de 90 graus amb els següents paràmetres:
Transfereixo al nou TopSpin els fitxers que hi ha a les carpetes:
<TOPSPIN_HOME>/exp/stan/nmr/par/users/ <TOPSPIN_HOME>/exp/stan/nmr/par/teo* (i pau*, mir*. Tots es copien a <TOPSPIN_HOME>/exp/stan/nmr/par/users/) <TOPSPIN_HOME>/exp/stan/nmr/lists/pp/users/ <TOPSPIN_HOME>/exp/stan/nmr/lists/gp/users/ (carpeta buida) <TOPSPIN_HOME>/exp/stan/nmr/lists/vc/ (carpeta buida) <TOPSPIN_HOME>/exp/stan/nmr/lists/vd/ <TOPSPIN_HOME>/exp/stan/nmr/lists/vt/ (carpeta buida) <TOPSPIN_HOME>/exp/stan/nmr/lists/wave/users/No hi ha cap fitxer AU a la carpeta:
Afegeixo l'usuari sermnadmin al grup nmrsu,
Actualitzar la informació sobre la configuració del firewall. Afegir un enllaç a la pàgina http://www.linuxquestions.org/questions/linux-security-4/firewall-blocking-nfs-even-though-ports-are-open-294069/ que és on finalment he trobat la solució completa a cóm configurar iptables per poder muntar la carpeta de dades al servidor.
Exporto la carpeta de dades i la carpeta ~topspin/exp/stan/nmr/lists/ al servidor de dades. Primer afegeixo les entrades corresponents al fitxer /etc/exports
[root@cie-55-32 etc]# cat /etc/exports # export data folder to SeRMN data server /home/sermnuab/data sermn.uab.es(ro,sync,no_subtree_check,root_squash,all_squash,insecure) # # export lists folder to SeRMN data server /opt/topspin3.2/exp/stan/nmr/lists sermn.uab.es(ro,sync,no_subtree_check,root_squash,all_squash,insecure) # DO NOT MAKE CHANGES BELOW THIS LINE /usr/diskless/dl_usr spect(sync,ro) /usr/diskless/clients/spect spect(sync,rw,no_root_squash)
Tot seguit exporto les carpetes i comprovo que estiguin disponibles i els permisos amb què s'exporten,
[root@cie-55-32 etc]# /usr/sbin/exportfs -av
exporting sermnserver.sermn.net:/opt/topspin3.2/exp/stan/nmr/lists
exporting spect:/usr/diskless/clients/spect
exporting spect:/usr/diskless/dl_usr
exporting sermnserver.sermn.net:/home/sermnuab/data
[root@cie-55-32 etc]# /usr/sbin/exportfs -v
/opt/topspin3.2/exp/stan/nmr/lists
sermnserver.sermn.net(ro,wdelay,insecure,root_squash,all_squash,no_subtree_check,anonuid=65534,anongid=65534)
/usr/diskless/clients/spect
spect(rw,wdelay,no_root_squash,no_subtree_check,anonuid=65534,anongid=65534)
/usr/diskless/dl_usr
spect(ro,wdelay,root_squash,no_subtree_check,anonuid=65534,anongid=65534)
/home/sermnuab/data
sermnserver.sermn.net(ro,wdelay,insecure,root_squash,all_squash,no_subtree_check,anonuid=65534,anongid=65534)
Quan provo a muntar al servidor de dades les carpetes exportades, em dóna un erroraccessible,
sermnserver:/home/sermn# rpcinfo -p av2-400-wb rpcinfo: can't contact portmapper: RPC: Remote system error - No route to host
Una consulta ràpida a Google m'indica que el problema està a la configuració del firewall del CentOS, i que cal obrir els ports 111 (udp i tcp), 861 (udp) i 864 (tcp). Per fer-ho afegeixo les línies
-A RH-Firewall-1-INPUT -p udp -m udp --dport 111 -j ACCEPT -A RH-Firewall-1-INPUT -p tcp -m tcp --dport 111 -j ACCEPT -A RH-Firewall-1-INPUT -p udp -m udp --dport 861 -j ACCEPT -A RH-Firewall-1-INPUT -p tcp -m tcp --dport 864 -j ACCEPT
al fitxer /etc/sysconfig/iptables. Tot seguit, reinicio el tallafocs amb la comanda
/etc/init.d/iptables restart
i comprovo la configuració amb la comanda
/etc/init.d/iptables status
. També comprovo amb
rpcinfo -p av2-400-wb
que el servidor de NFS a l'AvanceII 400wb sigui accessible des del servidor de dades. Com que totes les comprovacions són satisfactòries, munto les carpetes compartides de l'AvanceII 400wb i comprovo que siguin accessibles,
sermnserver:/home/sermn# mount -v /var/ftp/av2-400-wb mount.nfs: timeout set for Tue Aug 18 16:16:55 2015 mount.nfs: trying text-based options 'soft,vers=4,addr=192.168.2.14,clientaddr=192.168.2.2' mount.nfs: mount(2): Operation not permitted mount.nfs: trying text-based options 'soft,addr=192.168.2.14' mount.nfs: prog 100003, trying vers=3, prot=6 mount.nfs: trying 192.168.2.14 prog 100003 vers 3 prot TCP port 2049 mount.nfs: prog 100005, trying vers=3, prot=17 mount.nfs: trying 192.168.2.14 prog 100005 vers 3 prot UDP port 861 sermnserver:/home/sermn# ls -l /var/ftp/av2-400-wb total 96 drwxrwxrwx 3 503 503 4096 Apr 18 2006 accept drwxr-xr-x 3 503 503 4096 Jun 7 2006 albert drwxrwxrwx 2 503 503 4096 Oct 3 2008 final drwxrwxrwx 3 503 503 4096 Mar 29 2004 guest drwxr-xr-x 3 503 503 4096 Jan 29 2007 miquel drwxr-xr-x 3 503 503 4096 May 26 2006 miriam drwxr-xr-x 3 503 503 4096 Apr 13 2006 nmrsu drwxr-xr-x 4 503 503 4096 May 25 2010 pau drwxr-xr-x 3 503 503 4096 Sep 14 2007 sergi drwxr-xr-x 3 503 503 4096 May 23 2006 silvia drwxr-xr-x 3 503 503 4096 May 18 2006 teo drwxr-xr-x 3 503 503 4096 Dec 5 2006 usuaris
Aquestes adreces només donen accés als mòduls de la consola si es visiten des de l'ordinador de l'espectròmetre. Des de qualsevol altre ordinador, en la major part dels casos no porten enlloc (són adreces de xarxa local) o a altres ordinadors/dispositius que no tenen res a veure amb els indicats aquí.
Es fa la calibració (Cortab) dels següents nuclis:
