Web
Directori
Seu Electrònica
Intranet
Serveis d'Intranet
Control horari
DTIC
DTIC - Incidències
Servei de biblioteca
——–
Avis Legal, UAB
Protecció de dades, UAB
This is an old revision of the document!
Actualització de l'estació de treball HP xw4400 de l'espectròmetre Bruker AvanceIII 400sb.
La distribució de GNU/Linux que s'instal·la és la Debian version 8.8.0, released on May 6th, 2017, codenamed jessie, AMD64 architecture,
es creará més un cop completada la instal·lacióFaig servir l'opció “Whole disk using LVM” que crea les següents particions al disc:
esquema de particions: boot + LVM
LVM VG cie-55-31-vg, LV home as ext4 LVM VG cie-55-31-vg, LV root as ext4 LVM VG cie-55-31-vg, LV swap_1 as swap LVM VG cie-55-31-vg, LV tmp as ext4 LVM VG cie-55-31-vg, LV var as ext4 partition #1 of SCSI3 (0,0,0) (sda) as ext2
amb la configuració del LVM:
Physical volume: /dev/sda3 Volume groups: cie-55-31-vg Logical volumes: home, root, swap_1, tmp, var
Un cop finalitzada la instal·lació, caldrà
Les col·leccions de programes a instal·lar seleccionades són:
comprovar 
taskselLa resta de programes que poguessin ser necessaris, s'instal·laran més endavant.
GRUB Boot Loader s'instal·la al MBR.
Un cop s'han instal·lat tots els paquets, reinicio l'ordinador i entro a la sessió de GNU/Debian Jessie.
Explicar la configuració final de l'escriptor, Gnome classic? per més informació consultar:
Simplifico l'escriptori:
Edito el menú per amagar les aplicacions que no vull que vegin els usuaris (jocs i altres entreteniments). Més endavant miraré d'esbrinar cóm es poden desinstal·lar algunes d'aquestes aplicacions innecessàries. Entre altres:
Afegeixo els següents paquets o programes (aquest no és un llistat exhaustiu, només inclou els dimonis i servidors de xarxa, i altres programes importants):
rsync byobu (arrossega screen i tmux)Afegeixo altres magatzems (repositories) de programes:
deb http://backports.debian.org/debian-backports/ jessie-backports main deb http://www.deb-multimedia.org/ jessie main contrib non-freei la signatura (debian-multimedia-keyring) del magatzem deb-multimedia, i instal·lo:
Adobe Acrobat ReaderTambé afegeixo el magatzem del navegador Chrome de Google:
deb http://dl.google.com/linux/chrome/deb/ stable mainA la pàgina https://sites.google.com/site/mydebiansourceslist/ es poden consultar altres magatzems disponibles.
Afegeixo els següents paquets o programes (aquest no és un llistat exhaustiu, només inclou els dimonis i servidors de xarxa, i altres programes importants):
mc (midnight commander) ftp-ssl en comptes de ftp denyhosts nfs-kernel-server tftp-hpa tftpd-hpa bootparamd isc-dhcp-server xinetd (en comptes del programa per defecte: openbsd-inetd) lshw i lshw-gtk gsmartcontrol (instal·la smartmontools) firefox-esr (extended support release) chrome apt-xapian-index (instal·la python-xapian) firmware-linux (instal·la diversos paquets de firmware) meld cu (command used to call up another system and act as a dial in terminal. Part of UUCP but individually packaged)Elimino els paquets o programes:
telnetElimino els següents metapackages per poder eliminar altres paquets o programes que depenen d'ells sense haver de desinstal·lar altres paquets que sí que m'interessen,
gnome gnome-desktop-environment gnome-officeLlavors desinstal·lo:
gnome-games, gnome-games-data, gnome-games-extra-data simple-scan, xsane, xsane-common, i les biblioteques relacionadesSubstitueixo:
la versió lliure de Java (java-6-openjdk i paquets que en dependen) per la versió oficial (sun-java6-jdk i paquets que en depenen).La connexió a la placa base s'identifica com a eth1 i és una
Ethernet interface /0/100/1c.5/0 product: NetXtreme BCM5755 Gigabit Ethernet PCI Express [14E4:167B] vendor: Broadcom Corporation [14E4] bus info: pci@0000:3f:00.0 logical name: eth1 version: 02 serial: 00:19:bb:57:96:9b size: 100Mbit/s capacity: 1Gbit/s width: 64 bits clock: 33MHz capabilities: ... 1Gbit/s, 1Gbit/s (full duplex), Auto-negotiation configuration: autonegotiation: on broadcast: yes driver: tg3 driverversion: 3.137 duplex: full firmware: 5755-v3.17 latency: 0 link: yes multicast: yes port: twisted pair speed: 100Mbit/s resources: irq: 48 memory: e0400000-e040ffff
i la targeta de xarxa addicional s'identifica com a eth0 és una
Ethernet interface /0/100/1c.4/0 product: NetXtreme BCM5751 Gigabit Ethernet PCI Express [14E4:1677] vendor: Broadcom Corporation [14E4] bus info: pci@0000:28:00.0 logical name: eth0 version: 21 serial: 00:10:18:27:55:de size: 100Mbit/s capacity: 1Gbit/s width: 64 bits clock: 33MHz capabilities: ... 1Gbit/s, 1Gbit/s (full duplex), Auto-negotiation configuration: autonegotiation: on broadcast: yes driver: tg3 driverversion: 3.137 duplex: full firmware: 5751-v3.58 ip: 158.109.55.31 latency: 0 link: yes multicast: yes port: twisted pair speed: 100Mbit/s resources: irq: 47 memory: e0500000-e050ffff memory: e0510000-e051ffff
Comprovo que les targetes estiguin definides al fitxer /etc/udev/rules.d/70-persistent-net.rules per tal verificar que l'assignació de les targetes al sistema operatiu sigui estàtica i no hi hagi cap possibilitat de que canviï si es reinicia l'ordinador, de forma que la targeta a la placa base sigui sempre eth1 i correspongui a la connexió a la consola (IPSO), i que la targeta addicional sigui sempre eth0 i es faci servir per la connexió a la xarxa local (LAN).
root@cie-55-31:/etc/udev/rules.d# more 70-persistent-net.rules
# This file was automatically generated by the /lib/udev/write_net_rules
# program, run by the persistent-net-generator.rules rules file.
#
# You can modify it, as long as you keep each rule on a single
# line, and change only the value of the NAME= key.
# PCI device 0x14e4:0x1677 (tg3)
SUBSYSTEM=="net", ACTION=="add", DRIVERS=="?*", ATTR{address}=="00:10:18:27:55:de", ATTR{dev_id}=="0x0",
ATTR{type}=="1", KERNEL=="eth*", NAME="eth0"
# PCI device 0x14e4:0x167b (tg3)
SUBSYSTEM=="net", ACTION=="add", DRIVERS=="?*", ATTR{address}=="00:19:bb:57:96:9b", ATTR{dev_id}=="0x0",
ATTR{type}=="1", KERNEL=="eth*", NAME="eth1"
Alhora, la targeta de la xarxa UAB (eth0) és configura de forma estàtica per evitar que la caiguda de la xarxa afecti el funcionament de l'espectròmetre, i els paràmetres de configuració són,
El dispositiu eth1 també caldrà configurar-ho de forma estàtica amb els paràmetres de connexió emprats actualment per la connexió de l'estació de treball a la consola.
Cal decidir si es manté la configuració a través del programa network-manager o si es desinstal·la i es fa la configuració manual.
Com que la configuració de la xarxa és estàtica, per evitar problemes elimino,
network-manager i network-manager-gnome, i isc-dhcp i isc-dhpc-common,i instal·lo
net-tools, i ifupdown-extra, que alhora arrossega els paquets wiresharkAquesta és la configuració de xarxa provissional emprada per la instal·lació i configuració del sistema operatiu i del programa TopSpin.
/etc/hosts
127.0.0.1 localhost 127.0.1.1 cie-55-31.uab.es cie-55-31
/etc/resolv.conf
domain uab.es search uab.es nameserver 158.109.0.9 nameserver 158.109.254.130 nameserver 158.109.0.1
/etc/network/interfaces
# This file describes the network interfaces available on your system
# and how to activate them. For more information, see interfaces(5).
# The loopback network interface
auto lo
iface lo inet loopback
# Ethernet interfaces are assigned to physical devices in a
# persistent way according to rules in file:
#
# /etc/udev/rules.d/70-persistent-net.rules
#
# Hence, each of eth0 and eth1 will **always** correspond to
# the same device. The configuration below assumes that,
#
# eth0 -> lan (internet)
# eth1 -> nmr (spectrometer ccu or ipso)
#
auto eth0 eth1
# LAN / INTERNET - Assigned to the primary network interface,
# which usually will be the motherboard integrated NIC.
#
iface eth0 inet static
address 158.109.55.31
netmask 255.255.240.0
broadcast 158.109.63.255
gateway 158.109.0.3
# NMR CONSOLE LAN - Assigned to the secondary network interface,
# which usually will be the added NIC.
#
iface eth1 inet static
address 149.236.99.1
netmask 255.255.255.0
network 149.236.99.0
broadcast 10.10.255.255
/etc/udev/rules.d/70-persistent-net.rules
# This file was automatically generated by the /lib/udev/write_net_rules
# program, run by the persistent-net-generator.rules rules file.
#
# You can modify it, as long as you keep each rule on a single
# line, and change only the value of the NAME= key.
# PCI device 0x14e4:0x167b (tg3)
SUBSYSTEM=="net", ACTION=="add", DRIVERS=="?*", ATTR{address}=="00:10:18:27:55:de",
ATTR{dev_id}=="0x0", ATTR{type}=="1", KERNEL=="eth*", NAME="eth0"
# PCI device 0x14e4:0x1677 (tg3)
SUBSYSTEM=="net", ACTION=="add", DRIVERS=="?*", ATTR{address}=="00:19:bb:57:96:9b",
ATTR{dev_id}=="0x0", ATTR{type}=="1", KERNEL=="eth*", NAME="eth1"
S'ha de configurar (fitxer /etc/avahi/avahi-daemon.conf) per tal de restringir la difusió dels serveis disponibles a l'ordinador i, potser, la cerca de serveis a la xarxa.
Enllaços sobre la configuració del tftpd
Cal configurar-lo per servir el sistema operatiu de la consola.
Cal configurar-lo per servir el sistema operatiu de la consola.
Instal·lo el paquet ntp però no afegeixo cap servidor de temps i deixo la configuració per defecte que fa servir el pool de servidors de temps de Debian.
He afegit nous magatzems (repositories) per tal de poder instal·lar programes addicionals o versions més noves d'alguns programes.
En primer lloc, em descarrego i afegeixo la clau del magatzem Debian Mozilla
# wget -O- -q http://mozilla.debian.net/archive.asc | gpg --import # gpg --check-sigs --fingerprint --keyring /usr/share/keyrings/debian-archive-keyring.gpg # gpg --export -a 06C4AE2A | apt-key add -
i la clau del magatzem Debian Multimedia,
# aptitude install deb-multimedia-keyring
Després actualitzo el registres dels programes apt-get i aptitude
# apt-get update # aptitude update
Instal·lo els drivers més actuals disponibles a debian-backports.
Per més informació consultar:
Per veure si es poden connectar dos monitors consultar:
Aparentment no cal instal·lar cap driver especial ja que la targeta és suportada per GNU/Linux, però per si de cas, aquests són alguns enllaços relacionats amb aquest model de targeta:
La targeta és reconeguda i configurada pel sistema, no cal instal·lar cap controlador addicional,
[ 0.688353] Serial: 8250/16550 driver, 4 ports, IRQ sharing enabled [ 0.688545] alloc irq_desc for 16 on node -1 [ 0.688546] alloc kstat_irqs on node -1 [ 0.688550] serial 0000:1c:00.0: PCI INT A -> GSI 16 (level, low) -> IRQ 16 [ 0.688562] 2 ports detected on Oxford PCI Express device [ 0.688613] ttyS0: detected caps 00000700 should be 00000100 [ 0.688617] 0000:1c:00.0: ttyS0 at MMIO 0xec401000 (irq = 16) is a 16C950/954 [ 0.688670] ttyS1: detected caps 00000700 should be 00000100 [ 0.688674] 0000:1c:00.0: ttyS1 at MMIO 0xec401200 (irq = 16) is a 16C950/954
Quan tot estigui funcionant caldrà verificar la configuració de la BIOS, per exemple, per protegir l'accés amb una contrasenya.
Consultar els següents enllaços sobre cóm millorar o personalitzar el comportament de Gnome
Provo a transferir les dades des de l'antic disc dur que ha donat problemes. Per començar, comprovo si es pot accedir a la taula de particions del disc vell,
sermnadmin@cie-55-31:~$ sudo sfdisk -l /dev/sdb Disk /dev/sdb: 19457 cylinders, 255 heads, 63 sectors/track sfdisk: Warning: extended partition does not start at a cylinder boundary. DOS and Linux will interpret the contents differently. Units: cylinders of 8225280 bytes, blocks of 1024 bytes, counting from 0 Device Boot Start End #cyls #blocks Id System /dev/sdb1 * 0+ 2431- 2432- 19530752 83 Linux /dev/sdb2 2431+ 19457- 17026- 136757249 5 Extended /dev/sdb3 0 - 0 0 0 Empty /dev/sdb4 0 - 0 0 0 Empty /dev/sdb5 2431+ 3039- 608- 4881408 83 Linux /dev/sdb6 3039+ 4498- 1459- 11717632 82 Linux swap / Solaris /dev/sdb7 4498+ 6929- 2432- 19529728 83 Linux /dev/sdb8 6929+ 19457- 12528- 100625408 83 Linux
Llavors faig una còpia de seguretat de la taula de particions,
root@cie-55-31:/home/sermnadmin/Documents/old-hdd-recovery/partition-backup# dd if=/dev/sdb of=backup-old-hdd.mbr count=1 bs=512 1+0 records in 1+0 records out 512 bytes (512 B) copied, 0.00115307 s, 444 kB/s root@cie-55-31:/home/sermnadmin/Documents/old-hdd-recovery/partition-backup# sfdisk -d /dev/sdb > backup-old-hdd.sf sfdisk: Warning: extended partition does not start at a cylinder boundary. DOS and Linux will interpret the contents differently. root@cie-55-31:/home/sermnadmin/Documents/old-hdd-recovery/part
Finalment, provo a copiar amb ddrescue les particions /dev/sdb5 (VAR), /dev/sdb7 (OPT) i /dev/sdb8 (HOME),
root@cie-55-31:/home/sermnadmin/Documents/old-hdd-recovery/sdb5-old-hdd-var# ddrescue -d -r3 /dev/sdb5 sdb5.image sdb5.mapfile GNU ddrescue 1.19 Press Ctrl-C to interrupt rescued: 1179 kB, errsize: 0 B, current rate: 10922 B/s ipos: 1179 kB, errors: 0, average rate: 15521 B/s opos: 1179 kB, run time: 1.26 m, successful read: 0 s ago Copying non-tried blocks... Pass 1 (forwards)
Per algun motiu, aquest procediment és molt lent. Després de provar diverses recomanacions trobades a Internet sense obtenir una millora substancial a la velocitat amb què es copien les dades, decideixo deixar-ho per més endavant i provar amb el disc anterior a aquest.
Un cop recuperades les dades del disc dur més antic, torno a provar a recuperar les del disc que amb problemes.
L'ordinador reconeix el disc i troba les particions esmentades més amunt
[167302.836024] usb 5-8: new high-speed USB device number 12 using ehci-pci [167302.984889] usb 5-8: New USB device found, idVendor=152d, idProduct=2329 [167302.984895] usb 5-8: New USB device strings: Mfr=1, Product=2, SerialNumber=5 [167302.984898] usb 5-8: Product: USB to ATA/ATAPI Bridge [167302.984902] usb 5-8: Manufacturer: JMicron [167302.984905] usb 5-8: SerialNumber: 56819FFFFFFF [167302.985556] usb-storage 5-8:1.0: USB Mass Storage device detected [167302.985724] usb-storage 5-8:1.0: Quirks match for vid 152d pid 2329: 8020 [167302.985758] scsi11 : usb-storage 5-8:1.0 [167307.111166] scsi 11:0:0:0: Direct-Access ST316081 2AS PQ: 0 ANSI: 2 CCS [167307.111581] sd 11:0:0:0: Attached scsi generic sg2 type 0 [167308.435394] sd 11:0:0:0: [sdb] 312581808 512-byte logical blocks: (160 GB/149 GiB) [167308.436640] sd 11:0:0:0: [sdb] Write Protect is off [167308.436646] sd 11:0:0:0: [sdb] Mode Sense: 34 00 00 00 [167308.437632] sd 11:0:0:0: [sdb] Write cache: disabled, read cache: enabled, doesn't support DPO or FUA [167325.207247] sdb: sdb1 sdb2 < sdb5 sdb6 sdb7 sdb8 > [167325.211102] sd 11:0:0:0: [sdb] Attached SCSI disk [167527.620198] sd 11:0:0:0: [sdb] Unhandled sense code [167527.620204] sd 11:0:0:0: [sdb]
però l'intent de fer servir la comanda partprobe dóna un munt d'errors com:
[167527.620207] Result: hostbyte=DID_OK driverbyte=DRIVER_SENSE [167527.620210] sd 11:0:0:0: [sdb] [167527.620213] Sense Key : Medium Error [current] [167527.620217] sd 11:0:0:0: [sdb] [167527.620220] Add. Sense: Unrecovered read error [167527.620223] sd 11:0:0:0: [sdb] CDB: [167527.620225] Read(10): 28 00 00 00 08 00 00 00 08 00 [167527.620235] end_request: critical medium error, dev sdb, sector 2048 [167527.620240] Buffer I/O error on device sdb, logical block 256 [167535.691059] sd 11:0:0:0: [sdb] Unhandled sense code [167535.691066] sd 11:0:0:0: [sdb] [167535.691069] Result: hostbyte=DID_OK driverbyte=DRIVER_SENSE [167535.691072] sd 11:0:0:0: [sdb] [167535.691074] Sense Key : Medium Error [current] [167535.691079] sd 11:0:0:0: [sdb] [167535.691082] Add. Sense: Unrecovered read error [167535.691085] sd 11:0:0:0: [sdb] CDB: [167535.691088] Read(10): 28 00 00 00 08 00 00 00 08 00 [167535.691098] end_request: critical medium error, dev sdb, sector 2048 [167535.691103] Buffer I/O error on device sdb, logical block 256 [167576.211102] sd 11:0:0:0: [sdb] Unhandled sense code [167576.211109] sd 11:0:0:0: [sdb] [167576.211111] Result: hostbyte=DID_OK driverbyte=DRIVER_SENSE [167576.211114] sd 11:0:0:0: [sdb] [167576.211117] Sense Key : Medium Error [current] [167576.211121] sd 11:0:0:0: [sdb] [167576.211124] Add. Sense: Unrecovered read error [167576.211128] sd 11:0:0:0: [sdb] CDB: [167576.211130] Read(10): 28 00 06 a2 c0 00 00 00 08 00 [167576.211140] end_request: critical medium error, dev sdb, sector 111329280 [167576.211146] Buffer I/O error on device sdb8, logical block 0 [167591.821201] sd 11:0:0:0: [sdb] Unhandled sense code [167591.821206] sd 11:0:0:0: [sdb] [167591.821208] Result: hostbyte=DID_OK driverbyte=DRIVER_SENSE [167591.821210] sd 11:0:0:0: [sdb] [167591.821212] Sense Key : Medium Error [current] [167591.821215] sd 11:0:0:0: [sdb] [167591.821217] Add. Sense: Unrecovered read error [167591.821219] sd 11:0:0:0: [sdb] CDB: [167591.821220] Read(10): 28 00 00 00 08 00 00 00 08 00 [167591.821227] end_request: critical medium error, dev sdb, sector 2048 [167591.821232] Buffer I/O error on device sdb1, logical block 0 [167609.355662] sd 11:0:0:0: [sdb] Unhandled sense code [167609.355667] sd 11:0:0:0: [sdb] [167609.355670] Result: hostbyte=DID_OK driverbyte=DRIVER_SENSE [167609.355672] sd 11:0:0:0: [sdb] [167609.355674] Sense Key : Medium Error [current] [167609.355677] sd 11:0:0:0: [sdb] [167609.355679] Add. Sense: Unrecovered read error [167609.355682] sd 11:0:0:0: [sdb] CDB: [167609.355683] Read(10): 28 00 06 a2 c0 00 00 00 08 00 [167609.355691] end_request: critical medium error, dev sdb, sector 111329280 [167609.355696] Buffer I/O error on device sdb8, logical block 0 [167621.491508] sd 11:0:0:0: [sdb] Unhandled sense code [167621.491514] sd 11:0:0:0: [sdb] [167621.491517] Result: hostbyte=DID_OK driverbyte=DRIVER_SENSE [167621.491520] sd 11:0:0:0: [sdb] [167621.491523] Sense Key : Medium Error [current] [167621.491527] sd 11:0:0:0: [sdb] [167621.491530] Add. Sense: Unrecovered read error [167621.491533] sd 11:0:0:0: [sdb] CDB: [167621.491535] Read(10): 28 00 00 00 08 00 00 00 08 00 [167621.491546] end_request: critical medium error, dev sdb, sector 2048 [167621.491551] Buffer I/O error on device sdb, logical block 256 [167631.157487] sd 11:0:0:0: [sdb] Unhandled sense code [167631.157493] sd 11:0:0:0: [sdb] [167631.157496] Result: hostbyte=DID_OK driverbyte=DRIVER_SENSE [167631.157499] sd 11:0:0:0: [sdb] [167631.157502] Sense Key : Medium Error [current] [167631.157506] sd 11:0:0:0: [sdb] [167631.157509] Add. Sense: Unrecovered read error [167631.157512] sd 11:0:0:0: [sdb] CDB: [167631.157514] Read(10): 28 00 00 00 08 00 00 00 08 00 [167631.157524] end_request: critical medium error, dev sdb, sector 2048 [167631.157530] Buffer I/O error on device sdb1, logical block 0 [167661.060928] sd 11:0:0:0: [sdb] Unhandled sense code [167661.060934] sd 11:0:0:0: [sdb]
Com que vaig guardar el disc anterior al disc que ha fallat ara, provo a muntar-ho i a recuperar els fitxers de configuració del TopSpin i els fitxers de dades que conté.
Comprovo que es pugui llegir la taula de particions del disc
root@cie-55-31:/media/sermnadmin/_opt1# sfdisk -l /dev/sdb Disk /dev/sdb: 19457 cylinders, 255 heads, 63 sectors/track Units: cylinders of 8225280 bytes, blocks of 1024 bytes, counting from 0 Device Boot Start End #cyls #blocks Id System /dev/sdb1 * 0+ 15 16- 128488+ 83 Linux /dev/sdb2 16 2055 2040 16386300 83 Linux /dev/sdb3 2056 3075 1020 8193150 82 Linux swap / Solaris /dev/sdb4 3076 19456 16381 131580382+ 83 Linux
i resulta que l'ordinador reconeix i munta automàticament les particions sdb1 (BOOT), sdb2 (ROOT & HOME), i sdb4 (OPT), de forma que puc copiar el seu contingut amb la comanda rsync. Les còpies es guarden provisionalment a les carpetes:
i inclouen els directoris:
conté les dades de rmnAquest és el resum del procés de còpia de les dades de rmn,
root@cie-55-31:/home/sermnadmin/Documents/old-old-hdd-recovery/sdb4-old-old-hdd-opt# rsync -Haxv --progress --stats /media/sermnadmin/_opt1/sermn-uab . : : Number of files: 1,245,349 (reg: 1,048,377, dir: 196,972) Number of created files: 1,245,349 (reg: 1,048,377, dir: 196,972) Number of deleted files: 0 Number of regular files transferred: 1,048,377 Total file size: 85,823,932,533 bytes Total transferred file size: 85,823,932,533 bytes Literal data: 85,823,932,533 bytes Matched data: 0 bytes File list size: 4,915,042 File list generation time: 0.001 seconds File list transfer time: 0.000 seconds Total bytes sent: 85,909,483,467 Total bytes received: 21,165,285 sent 85,909,483,467 bytes received 21,165,285 bytes 12,098,648.19 bytes/sec total size is 85,823,932,533 speedup is 1.00
Cal estudiar la conveniència de moure la carpeta /opt a una partició separada.
Per evitar que els usuaris facin ús dels ports USB per connectar pendrives o discos externs, o del lector de CD/DVD, edito el fitxer /etc/group i els bloquejo l'accés eliminant l'usuari sermnuab dels grups cdrom i plugdev.
