Web
Directori
Seu Electrònica
Intranet
Serveis d'Intranet
Control horari
DTIC
DTIC - Incidències
Servei de biblioteca
——–
Avis Legal, UAB
Protecció de dades, UAB
This is an old revision of the document!
El primer problema és que, per seguratat, el DVD d'instal·lació es munta per defecte amb permís noexec fet que impedeix executar el programa d'instal·lació. Això es resol fàcilment amb la comanda,
root@cie-56-18:/opt# mount -o remount,exec /media/cdrom0
Llavors ja es pot executar el programa autorun per iniciar la instal·lació del Tospin.
Com que ja està instal·lat el Topsin 3.1, trio l'opció Customized per podeu excloure de la instal·lació els components Diskless i FLEXlm i fer servir els instal·lats amb el Topspin 3.1.
A continuació, a la finestra Select a spectrometer configuration to import trio l'opció spect in /opt/topspin3.1
Contesto no a la pregunta de si vull afegir la carpeta d'instal·lació del Topspin a la variable PATH general, on ja està definit el directori del Topspin-3.1. Això vol dir si escrivim topspin en una terminal, accedirem a la versió 3.1.
Després de triar l'usuari nmrsu (que ja existeix) i de definir el password de l'usuari d'administració, comença la instal·lació del Topspin-2.1… i poc després finalitza sense cap missatge d'error,
<note important> Comentar breument la configuració del programa un cop connectat a la consola, i afegir alguna captura de pantalla </note>
Aquestes són les tasques realitzades,
ha, i verificar els mòduls detectats 
cf funciona correctament i el fitxer de configuració final (afegir-ho!) coincideix amb el del Topspin 2.1 de l'ordinador vell recuperació de la configuració del Topspin 2.1 amb nmr_restore a partir del fitxer creat amb nmr_save al Topspin 2.1 de l'ordinador vell. Inicialment donava un error de compilació, però ja s'ha resolt (veure més avall). expinstall edhead, edprosol, i la resta de comandes no donen cap problema. Cal importar a mà els parameter sets i altres fitxers de configuració que no s'hagin transferit. cplbruk all per compilar tots els programes AU de Bruker. cpluser all per compilar tots els programes AU de la carpeta user.
Al compilar els programes AU dóna un error perquè no troba la llibreria libpthread. Per resoldre el problema cal copiar els fitxers d'aquesta llibreria de la carpeta /opt/topspin3.x/gnu/lib a /opt/topspin2.x/gnu/lib,
# find ./topspin3.1/ -name libpthread* -exec ls -l {} \;
lrwxrwxrwx 1 root root 34 Feb 21 2012 ./topspin3.1/prog/shlib/libpthread.so.0 \
-> ../../gnu/lib/libpthread-2.11.3.so
lrwxrwxrwx 1 root root 20 Feb 21 2012 ./topspin3.1/gnu/lib/libpthread.so.0 \
-> libpthread-2.11.3.so
-rwxr-xr-x 1 root root 116809 Feb 21 2012 ./topspin3.1/gnu/lib/libpthread-2.11.3.so
# cp --archive /opt/topspin3.1/gnu/lib/libpthread-2.11.3.so /opt/topspin2.1/gnu/lib
# ls -l /opt/topspin2.1/gnu/lib/libpthread*
-rwxr-xr-x 1 root root 116809 Feb 21 2012 /opt/topspin2.1/gnu/lib/libpthread-2.11.3.so
lrwxrwxrwx 1 root root 20 Feb 21 2012 /opt/topspin2.1/gnu/lib/libpthread.so.0 \
-> libpthread-2.11.3.so
# cp --archive /opt/topspin3.1/prog/shlib/libpthread.so.0 /opt/topspin2.1/prog/shlib
# ls -l /opt/topspin2.1/prog/shlib/libpthread*
lrwxrwxrwx 1 root root 34 Feb 21 2012 /opt/topspin2.1/prog/shlib/libpthread.so.0 \
-> ../../gnu/lib/libpthread-2.11.3.so
Per compilar els programes AU en un entorn de 64-bits i enllaçar-los amb les llibreries de 32-bits, cal modificar el fitxer makeau. Aparentment el programa d'instal·lació s'encarrega de resoldre aquest problema per instal·lacions del Topspin a ordinadors que facin servir la distribució GNU/Linux RHEL o distribucions derivades (CentOS, Fedora), però no el resol en el cas de distribucions GNU/Linux Debian i derivades (Ubuntu).
Les modificacions a fer al fitxer /opt/topspin2.1/exp/stan/nmr/au/makeau són,
*** makeau 2012-02-21 16:50:34.000000000 +0100
--- makeau.ts216 2012-02-21 13:26:27.000000000 +0100
*************** if (($opersys ne "Windows_NT")) {
*** 104,116 ****
$CC = $GCC . ' -B' . $GCC_EXEC_PREFIX;
$LPATH = ' -L'.$GCC_LIB;
$LD = $GCC_PLUS . ' -B'.$GCC_EXEC_PREFIX . $LPATH;
!
! ##
! # Extend with 32Bit library path on debian/ubuntu
! $LD .= '-B/lib32 -B/usr/lib32' if ( -d '/usr/lib32' or -d '/lib32' );
!
! $ld_out ='-o ';
! $cc_info = 'gcc (Bruker)';
if (open(FD,"/etc/redhat-release"))
{
my $redhat = <FD>;
--- 104,111 ----
$CC = $GCC . ' -B' . $GCC_EXEC_PREFIX;
$LPATH = ' -L'.$GCC_LIB;
$LD = $GCC_PLUS . ' -B'.$GCC_EXEC_PREFIX . $LPATH;
! $ld_out ='-o ';
! $cc_info = 'gcc (Bruker)';
if (open(FD,"/etc/redhat-release"))
{
my $redhat = <FD>;
*************** $IndexStaticExt = 6;
*** 346,352 ****
);
##
%ldopt = (
! 'LINUX' => ' -m32 -Wl,-warn-common,-warn-constructors'.
$LIBSTD . $v_gcc,
'Windows_GCC'=> ' -Wl,-warn-common,-warn-constructors' .
' -Wl,--stack,0x800000' . $v_gcc,
--- 341,347 ----
);
##
%ldopt = (
! 'LINUX' => ' -Wl,-warn-common,-warn-constructors'.
$LIBSTD . $v_gcc,
'Windows_GCC'=> ' -Wl,-warn-common,-warn-constructors' .
' -Wl,--stack,0x800000' . $v_gcc,
La compilació del programa AU poptau al Topspin 2.x genera un executable que dóna un error de segmentació quan s'executa. Començo per comprovar les biblioteques que crida el programa,
# ldd /opt/topspin2.1/prog/au/bin/poptau linux-gate.so.1 => (0xf76fd000) auliba.so => not found aulibp.so => not found chparmod.so => not found librrs.so => not found liblrs.so => not found editpar.so => not found libacq.so => not found util.so => not found uni.so => not found par.so => not found libPath.so => not found libcb.so => not found libdl.so.2 => /lib32/libdl.so.2 (0xf76df000) libstdc++.so.6 => /usr/lib32/libstdc++.so.6 (0xf75ea000) libm.so.6 => /lib32/libm.so.6 (0xf75c4000) libgcc_s.so.1 => /usr/lib32/libgcc_s.so.1 (0xf75a6000) libc.so.6 => /lib32/libc.so.6 (0xf745f000) /lib/ld-linux.so.2 (0xf76fe000)
i veig que hi ha moltes que no troba, però una comprovació d'altres programes AU que sí funcionen en aquesta versió 2.x de Topspin, i a la versió 3.x, i a la versió 2.x en altres espectròmetres, m'indica que aquest és un fet comú a tots ells i que no impedeix el correcte funcionament dels programes. Així doncs, la causa del problema ha d'ésser una altra.
Si executo la comanda ldd -r em dóna un missatge d'error semblant al que surt en executar el programa,
# ldd -r poptau linux-gate.so.1 => (0xf770d000) auliba.so => not found aulibp.so => not found chparmod.so => not found librrs.so => not found liblrs.so => not found editpar.so => not found libacq.so => not found util.so => not found uni.so => not found par.so => not found libPath.so => not found libcb.so => not found libdl.so.2 => /lib32/libdl.so.2 (0xf76ef000) libstdc++.so.6 => /usr/lib32/libstdc++.so.6 (0xf75fa000) libm.so.6 => /lib32/libm.so.6 (0xf75d4000) libgcc_s.so.1 => /usr/lib32/libgcc_s.so.1 (0xf75b6000) libc.so.6 => /lib32/libc.so.6 (0xf746f000) /lib/ld-linux.so.2 (0xf770e000) /usr/bin/ldd: line 118: 15004 Segmentation fault LD_TRACE_LOADED_OBJECTS=1 LD_WARN=yes LD_BIND_NOW=yes LD_LIBRARY_VERSION=$verify_out LD_VERBOSE= "$@"
mentre que a l'AvanceIII 400sb no dóna cap missatge d'error,
[root@cie-55-32 bin]# ldd -r poptau auliba.so => not found aulibp.so => not found chparmod.so => not found librrs.so => not found liblrs.so => not found editpar.so => not found libacq.so => not found util.so => not found uni.so => not found par.so => not found libPath.so => not found libcb.so => not found libdl.so.2 => /lib/libdl.so.2 (0x00d7f000) libstdc++.so.6 => /usr/lib/libstdc++.so.6 (0x0760b000) libm.so.6 => /lib/tls/libm.so.6 (0x00d5a000) libgcc_s.so.1 => /lib/libgcc_s.so.1 (0x00ccb000) libc.so.6 => /lib/tls/libc.so.6 (0x00101000) /lib/ld-linux.so.2 (0x00524000) undefined symbol: ssleep (./poptau) undefined symbol: PathXWinNMRProg (./poptau) undefined symbol: Change_object (./poptau) undefined symbol: Start_unimar (./poptau) undefined symbol: DurationToAscii (./poptau) undefined symbol: setcurdat (./poptau) undefined symbol: RemoveTree (./poptau) undefined symbol: Gets (./poptau) undefined symbol: CPR_exec (./poptau) undefined symbol: Show_status (./poptau) undefined symbol: fetchstor (./poptau) undefined symbol: getcurdat (./poptau) undefined symbol: Proc_err (./poptau) undefined symbol: Exit_unimar (./poptau) undefined symbol: PathSystemTemp (./poptau) undefined symbol: getparamunit (./poptau) undefined symbol: Get_command (./poptau) undefined symbol: GetCPR_object (./poptau) undefined symbol: PathXWinNMRCurDir (./poptau) undefined symbol: execau (./poptau)
Per altra banda, el programa paropt també dóna un error semblant de segmentation fault quan s'executa i quan se li aplica la comanda ldd -r. Això podria servir per identificar el problema.
Una cerca de compile* a la Knowledge Database de Bruker proporciona una possible pista,
que, en el nostre cas, no és la causa, ja que la primera línia al fitxer makeau és correcte.
Al fitxer opt/topspin2.1/topspin que s'executa per configurar l'entorn de treball del Topspin i posar en marxa tots els programes i serveis requerits per executar el Topspin, LD_LIBRARY_PATH està definida com
Insert Codexport LD_LIBRARY_PATH="$szProgPath"/pvshlib:"$szProgPath"/shlib
on
szProgPath=`"$XWINNMRHOME"/pathScript prog` szExpPath=`"$XWINNMRHOME"/pathScript exp`
és a dir, en el cas de Topspin LD_LIBRARY_PATH es defineix com la carpeta /opt/topspin2.1/prog/shlib on es troben totes les biblioteques que les comandes ldd de més amunt indicaven que els programes AU compilats no troben,
# ls -F Atma.so* ipsoRout.so* libCUtil.so* libhttp_channel.so libpthread.so.0@ libtcl3.so auliba.so* libacb.so* libDatPath.so libhttp_transport.so libpvacq.so libTimer.so* aulibp.so* libacq.so* libDispClient.so* libJCamp.so* libPvPath.so lib_tty.so* Bird.so* libap.so* libDispNMR.so* libJVMAgent.so* libPvUtil.so libTxBbis.so* Bis.so* libAqRack.so* libDisp.so* liblrs.so* libQTP.so* libUpnpClient.so* chparmod.so* libArg.so* libDispX.so* libMo.so* libRcuBbis.so* libUtil.so* convpw_deb.so* libAsuBbis.so* libDppPars.so* libomniCodeSets4.so.1* librrs.so* libVtu.so* convpw.so* libaxis_client.so libDPP.so* libomniORB4.so.1* librx22.so* libWrap.so* ConvSf.so* libaxis_xerces.so libEdte.so* libomnisslTP4.so.1* lib_sbsb.so* libxerces-c.so.27 editpar.so* libBbis.so* libError.so* libomnithread.so.3* libSe451Bbis.so* par.so* Error.so* libBmpc.so* libFcuBbis.so* libParxBase.so libShapeIO.so* sxutil.so* gc.so* libBpsu.so* libFunc.so* libParx.so libssl.so.0.9.8* uni.so* Gilson.so* libcb.so* libgcc_s.so@ libPath.so* libstdc++.so@ util.so* golibipso.so* libCf.so* libgcc_s.so.1@ libpreamp.so* libstdc++.so.6@ gosim.so* libcrypto.so.0.9.8* libGoRec.so* libPreemp.so* libSwish.so* Hppr.so* libCt.so* libhpcu.so* libPsTul.so libtbcload1.4.so
**Potser la solució passi per emprar i/o adaptar el fitxer makeau del TS-3x al TS-2x, o fer servir el makeau de l'item #9577.
