User Tools

Site Tools


informatica:hp_z400_600_topspin363_1

This is an old revision of the document!


Avance III 600 MHz - Instal·lació del Topspin 3.6.3

Instal·lo el TopSpin 3.6.3 a partir del fitxer d'instal·lació descarregat al maig i que es va fer servir per instal·lar el programa a l'antic disc dur.

$ sh ./topspin-3.6.3-linux.sh 
Verifying archive integrity... All good.
Uncompressing TopSpin 3.6.3  100%  
NOTE: using DISPLAY=:0.0
Please enter root password if prompted for it.
Password: ******
NOTE: using DISPLAY=:0.0
NOTE: using TCL_LIBRARY=/tmp/selfgz158608332/linux/tcl-8.6.9/lib/tcl8.6
NOTE: using TK_LIBRARY=/tmp/selfgz158608332/linux/tk-8.6.9/lib/tk8.6
NOTE: running /tmp/selfgz158608332/linux/tk-8.6.9/bin/wish8.6 -f /tmp/selfgz158608332/xwinstall.d/swim/lib/xwinstall.tcl --
NOTE: using log file: /tmp/install.log

S'obre la finestra on es mostra el progrés de la instal·lació, i la finestra inicial de la instal·lació, on premo el botó Next per començar a instal·lar el TopSpin.

Selecciono que s'instal·lin tots els components,

  • Install Bruker NMR Software
  • Install GPL licensed GNU GCC 4.9.1 compiler (recommended)

i el directori on s'instal·larà el programa és,

  • /opt/topspin3.6.3

Llavors trio que s'instal·li la versió completa del programa,

  • Data processing, acquisition and automation
    Installs Data Processing, Acquisition and Automation Components for Spectroscopy

i que la carpeta del TopSpin s'afegeixi al global PATH.

Al pas següent accepto que nmrsu sigui el NMR Super User, i que es crei el compte d'usuari (la contrasenya del compte és l'habitual). Després em demana la contrasenya per NMR Administration i assigno l'habitual.

Accepto les altres carpetes d'instal·lació proposades pel programa d'instal·lació,

  • MICS: /opt/Bruker/MICS
  • NMR-Data: /opt/topspin3.6.3/examdata

Defineixo enp55s9 com la connexió de xarxa a l'espectròmetre, i dic que es configuri el tallafocs.

A continuació comença el procés d'instal·lació de fitxers:

  • extracció dels fitxers de distribució comprimits,
  • còpia de les carpetes i fitxers a la carpeta del TopSpin, etc.

Es nota que el disc dur és d'estat sòlid (SSD) i que és molt més ràpid que un disc tradicional perquè en pocs minuts s'acaba la instal·lació i surt en pantalla el missatge “Installation finished with the following results”, i es mostra que s'han instal·lat tots els components del programa.

Per acabar premo el botó Finish i surto del programa d'instal·lació.

Configuració de l'espectròmetre

Al final de la instal·lació s'obre una finestra on posa que cal executar cf i després expinstall per completar la instal·lació.

Executo cf, trio crear un nou espectròmetre, i aprofito l'opció d'importar una configuració anterior per importar el fitxer creat a la instal·lació de maig (carpeta /mnt/old-opt/topspin3.6.3/conf/instr/spect). però quan provo a editar, em dona un error perquè no es pot connectar a la DRU ja que la xarxa de l'espectròmetre està caiguda.

Crec que la millor solució serà reiniciar l'ordinador i que configuri la xarxa correctament.

Després de reiniciar-ho el problema amb la xarxa externa persisteix, però la xarxa de l'espectròmetre està configurada. Tanmateix, quan engego el TopSpin no detecta l'IPSO, de forma que el reinicio, i poc després ja el detecta i el TopSpin es posa en marxa.

Executo cf i trio la configuració d'espectròmetre importada Avance III 600 (configured in spect), la carrega i vaig passant pàgines alhora que comprovo que no surti cap missatge d'error.

  • Spectrometer Description
    • Description: Avance III 600 @SeRMN
  • Spectrometer Data
    • 1H Spectrometer frequency: 600.130 MHz
  • Security Options
    • Enable power check: option not checked
  • Optional Standard Devices
    • Bruker Automatic Changer (BACS) connected to: ttty01
    • Variable Temperature Unit connected to: 149.236.99.20
  • Options for the Sample Changer
    • Sample lift controlled by: Sample Changer
    • Delay between insert of sample and next command: 10 s
    • Start experiment while sample changer in motion: option not checked

Es mostra un error perquè no detecta els amplificadors. Caldrà reiniciar-los i tornar a repetir cf. Per altra banda, com que el SampleCase està aturat, també surt el missatge d'error

BSMS Error:

SampleTransporter: Emergency button pressed.

malauradament per ara no el puc posar en marxa.

Després de reiniciar els amplificadors, aconsegueixo completar cf sense errors i el contingut del fitxer uxnmr.info és semblant al de la instal·lació feta al maig.

This website uses cookies. By using the website, you agree with storing cookies on your computer. Also you acknowledge that you have read and understand our Privacy Policy. If you do not agree leave the website.More information about cookies
informatica/hp_z400_600_topspin363_1.1629371120.txt.gz · Last modified: 2021/08/19 13:05 by miquel