Web
Directori
Seu Electrònica
Intranet
Serveis d'Intranet
Control horari
DTIC
DTIC - Incidències
Servei de biblioteca
——–
Avis Legal, UAB
Protecció de dades, UAB
Aquesta és la llista de tasques de configuració a rer per completar la instal·lació i configuració del TopSpin:
edprobe expinstall
~/par/user edprosol pulse programs pulse shapes
PENDENT iconnmrLes dues sondes disponibles per aquest espectròmetre són,
La primera (TXI) és la que està muntada i el TopSpin la detecta via PICS. Per configurar la segona sonda (TBI) copio els fitxers de configuració i comprovo que ja apareix a edprobe.
Els fitxers de configuració actuals són,
$ pwd /opt/topspin3.6.3/conf/instr/probeheads $ ls -l total 32 -rw-rw-rw-. 1 sermnadmin sermnadmin 10111 Aug 19 14:02 Z8558_0038.par -rw-rw-rw-. 1 sermnadmin sermnadmin 726 Aug 13 09:47 Z8558_0038.ph -rw-rw-rw-. 1 sermnadmin sermnadmin 9719 Aug 12 11:42 Z8618_0019.par -rw-rw-rw-. 1 sermnadmin sermnadmin 1153 Jul 1 2020 Z8618_0019.ph
Executo la comanda expinstall per copiar i configurar els parameter sets a les especificacions de l'espectròmetre. Les opcions triades són:
Configuro l'opció de crear còpies de seguretat automàtiques de la configuració del TopSpin amb les següents opcions:
/opt/topspin3.6.3/nmr_backup
* Installation to be saved (TopSpin home): /opt/topspin3.6.3spectDeixo les opcions per defecte i es crea el cron-job que periòdicament farà una còpia dels fitxers de configuració.
Quan surto es compila el programa AU nmr-save i es crea la primera còpia de seguretat.
El contingut de les còpies de seguretat es pot veure al fitxer de registre
retrieving path to diskless (may take some time)...
found /usr/diskless
prepare backup: Copy /usr/diskless/prog/logfiles to /opt/topspin3.6.3/nmr_backup/tmp_backup_dir/logfiles
extract and backup /opt/topspin3.6.3/conf/instr/servtool/bsmstool/boss/
=>
extract and backup /opt/topspin3.6.3/conf/instr/servtool/bsmstool/boss/wb/
now extracting from dir /opt/topspin3.6.3/conf/instr/servtool/bsmstool/boss/wb/...
<=
=>
extract and backup /opt/topspin3.6.3/conf/instr/servtool/bsmstool/boss/boss3_sb/
now extracting from dir /opt/topspin3.6.3/conf/instr/servtool/bsmstool/boss/boss3_sb/...
<=
now extracting from dir /opt/topspin3.6.3/conf/instr/servtool/bsmstool/boss/...
extract and backup /opt/topspin3.6.3/exp/stan/nmr/py/
=>
extract and backup /opt/topspin3.6.3/exp/stan/nmr/py/biotop/
=>
extract and backup /opt/topspin3.6.3/exp/stan/nmr/py/biotop/experiments/
[...]...
now extracting from dir /opt/topspin3.6.3/plot/layouts/layouts.stack/...
now extracting from dir /opt/topspin3.6.3/exp/stan/nmr/lists/scl/...
Now writing zip file /opt/topspin3.6.3/nmr_backup/extractedDirectories.zip1...
Every file of the following directories will be saved:
/opt/topspin3.6.3/QTP/
/opt/topspin3.6.3/conf/global/
/opt/topspin3.6.3/conf/instr/...
[...]
/opt/topspin3.6.3/exp/stan/nmr/lists/ ...
[...]
/opt/topspin3.6.3/db/quantref/
/opt/topspin3.6.3/classes/prop/ ...
[...]
/opt/topspin3.6.3/db/user/
/opt/topspin3.6.3/data/final/nmr/protocolfiles/
Additionally the following files will be saved (if existing):
/opt/topspin3.6.3/conf/instr/spect/uxnmr.par
/opt/topspin3.6.3/conf/instr/spect/uxnmr.info
[...]
/opt/topspin3.6.3/conf/instr/spect/hardware_list
/opt/topspin3.6.3/classes/prop/ ...
[...]
/opt/topspin3.6.3/conf/instr/ ...
[...]
/opt/topspin3.6.3/conf/topspin-users.prop
/opt/topspin3.6.3/exp/stan/nmr/lists/probeheads
/opt/topspin3.6.3/prog/server/export.conf
------------------------------------------------------------------
start to generate back-up copy...
Now writing zip file /opt/topspin3.6.3/nmr_backup/completeDirectories.zip1...
Now writing zip file /opt/topspin3.6.3/nmr_backup/completeDirectories.zip2...
Now writing zip file /opt/topspin3.6.3/nmr_backup/nmr_backup_20210812-1054.zip...
####################################
Backing up of NMR data was successful!
The backup file
/opt/topspin3.6.3/nmr_backup/nmr_backup_20210812-1054.zip
has been generated!
####################################
Configuro l'opció de crear còpies de seguretat automàtiques de la configuració del TopSpin amb les següents opcions:
/opt/topspin3.6.3/nmr_backupSave user files periodically:premo el botó [Automatic Backup] i s'obre una nova finestra amb els paràmetres de la tasca automàtica. Deixo les opcions per defecte i es crea el cron-job que periòdicament farà una còpia dels fitxers de configuració.
Quan surto es compila el programa AU nmr-save i es crea la primera còpia de seguretat.
El contingut de les còpies de seguretat es pot veure al fitxer de registre
retrieving path to diskless (may take some time)... found /usr/diskless Every non-Bruker file in /home/sermnadmin/.topspin-cie-56-18.uab.cat/ will be saved: Every non-Bruker file in /opt/topspin3.6.3/exp/stan/nmr/au/src/ will be saved: now extracting from dir /opt/topspin3.6.3/exp/stan/nmr/au/src/... Now writing zip file /opt/topspin3.6.3/nmr_backup/extractedDirectories.zip1... Every non-Bruker file in /opt/topspin3.6.3/exp/stan/nmr/lists/base_info/ will be saved: now extracting from dir /opt/topspin3.6.3/exp/stan/nmr/lists/base_info/... [..] Every non-Bruker file in /opt/topspin3.6.3/exp/stan/nmr/lists/vd/ will be saved: now extracting from dir /opt/topspin3.6.3/exp/stan/nmr/lists/vd/... Every non-Bruker file in /opt/topspin3.6.3/exp/stan/nmr/lists/vp/ will be saved: now extracting from dir /opt/topspin3.6.3/exp/stan/nmr/lists/vp/... Every non-Bruker file in /opt/topspin3.6.3/exp/stan/nmr/lists/vt/ will be saved: now extracting from dir /opt/topspin3.6.3/exp/stan/nmr/lists/vt/... Every non-Bruker file in /opt/topspin3.6.3/exp/stan/nmr/lists/wave/ will be saved: now extracting from dir /opt/topspin3.6.3/exp/stan/nmr/lists/wave/... Now writing zip file /opt/topspin3.6.3/nmr_backup/extractedDirectories.zip7... Every non-Bruker file in /opt/topspin3.6.3/exp/stan/nmr/par/ will be saved: now extracting from dir /opt/topspin3.6.3/exp/stan/nmr/par/... Now writing zip file /opt/topspin3.6.3/nmr_backup/extractedDirectories.zip8... Every non-Bruker file in /opt/topspin3.6.3/exp/stan/nmr/py/ will be saved: now extracting from dir /opt/topspin3.6.3/exp/stan/nmr/py/... Now writing zip file /opt/topspin3.6.3/nmr_backup/extractedDirectories.zip9... Now writing zip file /opt/topspin3.6.3/nmr_backup/nmr_backup_sermnadmin_20210812-1137.zip... #################################### Backing up of NMR data was successful! The backup file /opt/topspin3.6.3/nmr_backup/nmr_backup_sermnadmin_20210812-1137.zip has been generated! ####################################
Copio els fitxers que hi ha a les carpetes exp/stan/nmr/*/user/ de les dues darreres instal·lacions del TopSpin, la 3.5 perquè és la que més s'ha fet servir, i la 3.6 instal·lada al maig per si hi hagués algun fitxer nou.
Obro la finestra de la BSMS Tool sense problemes, la configuro perquè es mostri com finestra externa
Config / External checkedi la moc a la seva ubicació final al monitor secundari. Llavors mesuro el nivell d'heli actual i comprovo que la BSMS Tool funciona.
Obro la finestra “LOCK Signal Display” sense problemes. Ja està configurada com finestra externa, o sigui que només l'he de moure a la seva ubicació al monitor secundari.
Executo la comanda rsh per carregar un dels fitxers de shims més actuals. s'0bre la finestra per seleccionar el fitxer a carregar, trio un i el TopSpin el llegeix sense problemes.
Comprovo que MICS ha creat els fitxers mics.sh i mics.csh dins /etc/profile.d per tal que el programa s'executi automàticament cada cop que un usuari obri una sessió.
Caldrà afegir/completar les següents dades:
Les dades de l'imant són:
$ cat /opt/topspin3.6.3/conf/instr/spect/uxnmr.par ... ##$ConsolePnSn= <P/N H03128OB - S/N 0082> --- ##$MagnCoilPnSn= <BZH 286/600/70D> ##$MagnDewarPnSn= <D 262/54-5051> ... ##$OrderNo= <PH000806>
però quan les entro al formulari per descarregar-me el fitxer BIS, em surt el missatge “BIS file for magnet no 286 / cryostat 5051 not found”, de forma que l'hauré de crear manualment.
Obro la pàgina ( Manually create BIS File (old systems), trio l'opció BZH system (4K only), i entro el número de l'imant (286) i del criostat (5051). Llavors apareix un avís en pantalla,
BIS file for magnet no 286 / cryostat 5051 Note: manually creating a BIS file should be done for OLD systems only (e.g. no BIS available for download). Do not attempt to use this function for systems with active cooling and/or liquefaction technology!
com que no se'ns aplica, premo el botó Continue i a la pantalla següent es mostren els paràmetres de l'imant i del criostat. Comprovo que coincideixen amb els de la documentació impresa, i premo el botó Continue.
Llavors s'obre un nou formulari amb un avís,
BIS Parameter Definition This form must be used for NMR magnets only. Please do this very carefully. Parameters should be entered based on magnet manual and type label. Entering wrong data might result in erroneous indications and/or false alarms in system monitoring.
Després de llegir l'avís, empleno el formulari amb les dades tècniques que manquen,
| Magnet | |
|---|---|
| Magnet BZH Number | 286 |
| Frequency | 600 MHz |
| Cryobore | 70 mm |
| Design Letter | D |
| Design Version | 3 |
| Cryostat | |
| Cryostat Serial | 5051 |
| Dewar Type | D262 |
| RT Bore | 54 mm |
| Helium | |
| He Total Volume | 159 L |
| He Holdtime | 130 days |
| He Boil-Off | 40 mL/h |
| Nitrogen | |
| N2 Total Volume | 172 L |
| N2 Holdtime | 17 days |
| N2 Boil-Off | 400 mL/h |
| N2 Vessel Height | 1020 mm |
| Helium Sensor | |
| Part Number | HZ10362 / 00 |
| Min. Allowed Level | 46 % |
| Min. Level Energizing | 76% |
| Active Length | 700 mm |
| He level graph | |
| Point1 Level | 0 % |
| Point1 Volume | 10 L |
| Point1 Level | 37 % |
| Point1 Volume | 20 L |
| Point1 Level | 100 % |
| Point1 Volume | 144 L |
| Nitrogen Sensor (if present) | |
| Part Number | n.a |
| Min. Allowed Level | % |
| Active Length | mm |
i premo el botó Continue per continuar. L'aplicació, després de comprovar les dades entrades, indica que són correctes i que ja es pot generar el fitxer BIS (“all fields are valid. Please check again before creating the BIS file”).
Premo el botó Create BIS i es genera i em descarrego el fitxer 286_5051.dat que hauré d'importar al MICS.
Instal·lo i configuro la darrera versió del MICS (2.09i, juny de 2021), i importo el fitxer BIS de l'imant. Quan finalitza la instal·lació, el programa conté la major part de les dades de l'imant.
Documentar la configuració de l'IconNMR.
Instal·lar el CodeMeter i preguntar a Bruker quin cost tindria aconseguir una llicència per l'espectròmetre.
Aquestes adreces només donen accés als mòduls de la consola si es visiten des de l'ordinador de l'espectròmetre. Des de qualsevol altre ordinador, en la major part dels casos no porten enlloc (són adreces de xarxa local) o a altres ordinadors/dispositius que no tenen res a veure amb els indicats aquí.
